| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 309,578 | C→G | 32.1% | N179K (AAC→AAG) | lrgB → | murein hydrolase regulator LrgB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 309,578 | 0 | C | G | 32.1% | 26.5 / 20.5 | 25 | N179K (AAC→AAG) | lrgB | murein hydrolase regulator LrgB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (9/8); new base G (3/5); total (12/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.73e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.60e-01 | |||||||||||
CAACTACAGCGATTGCGTTACCAGTATCAGCTGGTATCGGTGGTATAAAAGAATTAACATCATTAGCAGTTATTTTAAATGGTGTCATTATTTATGCCCTAGGTAATAAATTCTTAAAGCTTTTCCGAATTACTAACCCTATTGCCCGAGGATTAGCACTTGGAACAAGTGGTCACACATTAGGTGTAGCACCAGCCAAAGAATTAGGACCTGTAGAAGAATCAATGGCAAGTATAGCTTTAGTGTTAGTTGGTGTAGTTGTTGTAGC > CP000730/309442‑309709 | caACTACAGCGATTGCGTTACCAGTATCAGCTGGTATCGGTGGTATAAAAGAATTAACATCATGAGCAGTTATTTTAAATGGCGTAATTATTTATCCCATCGTGAATAAATTCTTAAAGCTTTTCCGAATTACTAAGCCTa < 1:120239/141‑1 (MQ=255) tACAGCGATTGCGTTACCAGTATCAGCTGGTATCGGTGGTATAAAAGAATTAACATCATTAGCAGTTATTTTAAATGGTGTCATTATTTATGCCCTAGGTAATAAATTCTTAAAGCTTTTCCGAATTACTAACCCTATTGc > 2:61482/1‑141 (MQ=255) aCAGCGATTGCGTTACCAGTATCAGCTGGTATCGGTGGTATAAAAGAATTAACATCATTAGCAGTTATTTTAAATGGTGTCATTATTTATGCCCTAGGTAATAAATTCTTAAAGCTTTTCCGAATTACTAACCCCATTGcc > 2:118482/1‑141 (MQ=255) aTTGCGTTACCAGTATCAGCGGGTATCGGTGGTATAAAAGAATTAACATCATTAGCAGTTATTTTAAATGGTGTCATTATTTATGCCCTAGGTAATAAATTCTTAAAGCTTTTCCGAATTACTAACCCTATTGCCCGAGGa < 2:32681/141‑1 (MQ=255) tttcggtcccAGTATCAGCTGGGGTCGGTGGTATAAAAGAATTAACATCATTATGCGTTATTTTAAATGGTGTCATTATTTATGCCCTCGGTAATACATTCTTAAAGCTTTTCCGAATTACTAAGCCTATTGCCCGAGGAt < 2:136949/133‑1 (MQ=255) tGCGTTACCAGTATCAGCTGGTATCGGTGGTATAAAAGAATTAACATCATTAGCAGTTATTTTAAATGGTGTCATTATTTATGCCCTAGGTAATAAATTCTTAAAGCTTTTCAGAATTACTAACACTATTGCCCGAGGGtt > 2:196303/1‑141 (MQ=255) aCCAGTATCAGCTGGTATCGGTGGTATAAAAGAATTAACATCATTAGCAGTTATTTTAAATGGTGTCATTATTTATGCCCTAGGTAATAAATTCTTAAAGCTTTTCCGAATTACTAACCCTATTGCCCGAGGATTAGCACt > 1:199115/1‑141 (MQ=255) ccAGTATCAGCTGGTATCGGTGGTATAAAAGAATTAACATCATTAGCAGTTATTTTAAATGGTGTCATTATTTATGCCCTAGGTAATAAATTCTTAAAGCTTTTCCGAATTACTAAGCCTATTGCCCGAGGATTAGCACtt > 2:143836/1‑141 (MQ=255) tATCAGCTCGTATCGGTGGTATAAAAGAATTAACATCATTAGCAGTTATTTTAAATGGTGTCATTATTTATGCCCTAGGTAATAAATTCTTAAAGCTTTTCCGAATTACTAACCCTATTGCCCGAGGATTAGCACTTgttc < 1:78812/141‑4 (MQ=255) gCTGGTATCGGTGGTATAAAAGAATTAACATCATTAGCAGTTATTTTAAATGGTGTCATTATTTATGCCCTAGGTAATAAATTCTTAAAGCTTTTCCGAATTACTAACCCTATTGCCCGAGGATTAGCACTTGGAACAAGt > 2:4926/1‑141 (MQ=255) tGGTATCGGTGGTATAAAAGAATTAACATCATTAGCAGTTATTTTAAATGGTGTCATTATTTATGCCCTAGGTAATAAATTCTTAAAGCTTTTCCGAATTACTAACCCTATTGCCCGAGGATTAGCACTTGGAACAAGTgg < 1:101926/141‑1 (MQ=255) ggTATCGGTGGTATAAAAGAATTAACATCATTAGCAGTTATTTTACATGGTGTCATTATTTATGCCCTAGGTAATAAATTCTTAAAGCTTTTCCGAATTACTAACCCTAATGCCCGAGGATTAGCACTTGGAACAAGTGGt < 2:29257/141‑1 (MQ=255) catcatTAGCAGTTATTTTAAATGGTGTCATTATTTATGCCCTAGGTAATAAATTCTTAAAGCTTTTCCGAATTACTAACCCTATTGCCCGAGGATTAGCACTTGGAACAAGTGGTCACACATTAGGTGTAGCACCAGCCa < 1:61482/141‑1 (MQ=255) gTTATTTTAAATGGTGTCATTATTTATGCCCTAGGTAATAAATTCTTAAAGCTTTTCCGATTTACTAAGCCTATTGCCCGAGGATTAGCACTTGGAACAAGTGGTCACACATTAGGTGTAGCACCAGCCAAAGAATTAGGa < 2:10458/141‑1 (MQ=255) tttAAATGGTGTCATTATTTATGCCCTAGGTAATAAATTCTTAAAGCTTTTCCGAATTACTAACCCTATTGCCCGAGGATTAGCACTTGGAACAAGTGGTCACACATTAGGTGTAGCACCAGCCAAAGAATTAGGACCTGt > 1:78549/1‑141 (MQ=255) ttCATTATTTATGCCCTAGGTAATAAATTCTTAAAGCTTTTCCGAATTACTAACCCTATTGCCCGAGGATTAGCACTTGGAACAAGTGGTCACACATTAGGTGTAGCACCAGCCAAAGAATTAGGACCTGTAGAAGAATCa < 1:1844/140‑1 (MQ=255) attattTATGCCCTAGGTAATAAATTCTTAAAGCTTTTCCGAATTACTAACCCTATTGCCCGAGGATTAGCACTTGGAACAAGTGGTCACACATTAGGTGTAGCACCAGCCAAAGAATTAGGACCTGTAGAAGAATCAATg > 2:217279/1‑141 (MQ=255) tatttatGCCCTAGGTAATAAATTCTTAAAGCTTTTCCGAATTACTAAGCCTATTGCCCGAGGATTAGCACTTGGAACAAGTGGTCACACATTAGGTGTAGCACCAGCCAAAGAATTAGGACCTGTAGAAGAATCAATGGc < 1:153792/141‑1 (MQ=255) atGCCCTAGGTAATAAATTCTTAAAGCTTTTCCGAATTACTAACCCTATTGCCCGAGGATTAGCACTTGGAACAAGTGGTATTTCATGGGATGTAGCACCAGCCAGAGCATTAGGACCTGTAGAAGAATCAGTGGCacgga > 1:57636/1‑137 (MQ=255) taaATTCTTAAAGCTTTTCCGAATTACTAAGCCTATTGCCCGAGGATTAGCACTTGGAACAAGTGGTCACACATTAGGTGTAGCACCAGCCAAAGAATTAGGACCTGTAGAAGAATCAATGGCAAGTATAGCTTTAGTGtt > 1:131221/1‑141 (MQ=255) aaGCTTTTCCGAATTACTAAGCCTATTGCCCGAGGATTAGCACTTGGAACAAGTGGTCACACATTAGGTGTAGCACCAGCCAAAGAATTAGGACCTGTAGAAGAATCAATGGCAAGTATAGCTTTAGTGTTAGTTGGTGTa < 2:131221/141‑1 (MQ=255) gCTTTTCCGAATTACTAACCCTATTGCCCGAGGATTAGCACTTGGAACAAGTGGTCACACATTAGGTGTAGCACCAGCCAAAGAATTAGGACCTGTAGAAGAATCAATGGCAAGTATAGCTTTAGTGTTAGTTGGTGTAgt < 2:189406/141‑1 (MQ=255) ccGAATTACTAACCCTATTTCCCGAGGATTAGCACTGGGAACAAGTGGTCACACATTAGGTGAAGCACCAGCCAAAGAATTAGGACCTGTAGAAGAACCAATGGCAAGTATAGCTTTAGTGATAGTTGGGGTAGttggtga > 2:70558/1‑140 (MQ=255) cGAATTACTAACCCTATTGCCCGAGGATTAGCACTTGGAACAAGTGGTCACACATTAGGTGTAGCACCAGCCAAAGAATTAGGACCTGTAGAAGAATCAATGGCAAGTATAGCTTTAGTGTTAGTTGGTGTAGTTGTTGTa < 1:29627/141‑1 (MQ=255) aaTTACTAAGCCTATTGCCCGAGGATTAGCACTTGGAACAAGTGGTCACACATTAGGTGTAGCACCAGCCAAAGAATTAGGACCTGTAGAAGAATCAATGGCAAGTATAGCTTTAGTGTTAGTTGGTGTAGTTGGTGTAGc > 2:197576/1‑141 (MQ=255) | CAACTACAGCGATTGCGTTACCAGTATCAGCTGGTATCGGTGGTATAAAAGAATTAACATCATTAGCAGTTATTTTAAATGGTGTCATTATTTATGCCCTAGGTAATAAATTCTTAAAGCTTTTCCGAATTACTAACCCTATTGCCCGAGGATTAGCACTTGGAACAAGTGGTCACACATTAGGTGTAGCACCAGCCAAAGAATTAGGACCTGTAGAAGAATCAATGGCAAGTATAGCTTTAGTGTTAGTTGGTGTAGTTGTTGTAGC > CP000730/309442‑309709 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |