| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 522,654 | C→T | 100% | T169I (ACA→ATA) | USA300HOU_0484 → | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 522,654 | 0 | C | T | 83.5% | 38.7 / 2.3 | 20 | T169I (ACA→ATA) | USA300HOU_0484 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/2); new base T (4/12); total (6/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.47e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
TGATTTTAGAAAATTAGTAAAAATATTAGCGCAACATTTAAAAACACGTATCGAGTTGAGACAAATTGGTGTAAGGGATGAAGCCAAATTGCTTGGCGGTATCGGACCTTGTGGTAGGTCGTTATGTTGTTCTACATTTTTAGGGGATTTTGAACCAGTATCGATTAAGATGGCTAAGGATCAAAATTTATCATTAAATCCAACTAAAATTTCTGGTGCATGTGGTCGTTTGATGTGTTGTTTAAAATATGAAAATGACTATTATGAG > CP000730/522520‑522787 | tGATTTTAGAAAATCAGTAAAAATATTAGCGCAACATTTAAAAACACGTATCGAGTTGAGACAAATTGGTGTAAGGGATGAAGCCAAATTGCTTGGCGGTATCGGACCTTGTGGTAGGTCGTTATGTTGTTCTATAttttt < 1:207984/141‑1 (MQ=255) tAGAAAATTAGTAAAAATATTAGCGCAACCTTTAAAAACACGTATCGAGTTGAGACAAATTGGTGTAAGGGATGAAGCCCAATTGCTTGGCGGTATCGGACCTTGTGGTAGGTCGTTATGTTGTTCTATATTTTTAGGGGa < 1:52787/141‑1 (MQ=255) gAAAATTAGTAAAAATATTAGCGCAACATTTAAAAACACGTATCGAGTTGAGACAAATTGGTGTAAGGGATGAAGCCAAATTGCTTGGCGGTATCGGACCTTGTGGTAGGTCGTTATGTTGTTCTATATTTTTAGGGGAtt < 1:204756/141‑1 (MQ=255) aGTAAAAATATTAGCGCAACATTTAAAAACACGGATCGAGTTGAGACAAATTGGTGTAAGGGATGAAGCCAAATTGCTTGGCGGTATCGGACCTTGTGGTAGGTCGTTATGTTGTTCTACATTTTTAGGGGATTTTGAAcc < 2:120948/141‑1 (MQ=255) actattctcggaaCATTTAAAAACACGTATCGAGTTGAGACAAATTGGTGTAAGGGATGAAGCCAAATTGCTTGGCGGTATCGGACCTTGTGGTAGGTCGTTATGTTGTTCTATATTTTTAGGGGATTTTGAACCAGTATc < 1:107045/130‑1 (MQ=255) gcgcAACATTTAAAAACACGTATCGAGTTGAGACAAATTGGTGTAAGGGATGAAGCCAAATTGCTTGGCGGTATCGGACCTTGTGGTAGGTCGTTATGTTGTTCTATATTTTTAGGGGATTTTGAACCAGTATCGGTTAAg > 2:39436/1‑141 (MQ=255) tttAAAAACACGTATCGAGTTGAGACAAATTGGTGTAAGGGATGAAGCCAAATTGCTTGGCGGTATCGGACCTTGTGGTAGGTCGTTATGTTGTTCTAAATTTTTAGGGGCGTTTGAACCAGTATCGATTAAGAGGGCTaa > 1:126459/1‑141 (MQ=255) ttAAAAACACGTATCGAGTTGAGACAAATTGGTGTAAGGGATGAAGCCAAATTGCTTGGCGGTATCGGACCTTGTGGTAGGTCGTTATGTTGTTCTATATTTTTAGGGGATTTTGAACCAGTATCGATGAAGAAGGCTAAg > 2:77748/1‑141 (MQ=255) aaTTGGGGTAAGGGAGGAAGCCAAATTGCTTGGCGGTATCGGACCTTGTGGTAGGTCGTTATGTTGTTCTATATTTTTAGGGGATTTTGAACCAGTATCGATTAAGATGGCTAAGGATCAAAATTTATCATTAAATCCAAc < 1:72520/141‑1 (MQ=255) ttGGTGTAAGGGATGAAGCCAAATTGCTTGGCGGTATCGGACCTTGTGGTAGGTCGTTATGTTGTTCTATATTTTTAGGGGATTTTGAACCAGTATCGATTAAGATGGCTAAGGATCAAAATTTATCATTAAATCCAACTa < 2:58173/141‑1 (MQ=255) ggTGTAAGGGATGAAGCCAAATTGCTTGGCGGTATCGTACCTTGTGGTAGGTCATTATGTTGTTCTATATTTTTAGGAGAATTTGTACCAGTATCGATTAAGATGGCTAAGGATCAAAATTTATCATTAAATCCAACTaac < 2:66161/141‑2 (MQ=255) gATGAAGCCAAATTGCTTGGCGGTATCGGACCTTGTGGTAGGTCGTTATGTTGTTCTACATTTTTAGGGGATTTTGAACCAGTATCGATTAAGATGGCTAAGGATCAAAATTTATCATTAAATCCAACTAAAATTTCTGGt > 1:184687/1‑141 (MQ=255) aaGCCAAATTGCTTGGCGGTATCGGACCTTGTGGTAGGTTGTTATGTTGTTCTACATTTTTAGGGGATTTTGAACCAGTATCGATTAAGATGGCTAAGGATCAAAATTTATCATTAAATCCAACTAAAATTTCTGGTGCAt < 2:248785/141‑1 (MQ=255) gCCAAATTGCTTGGCGGTATCGGACCTTGTGGTAGGTCGGTATGTTGGTCTATATTTTTAGGGGATTTTGAACCAGTATCGATTAAGATGGCTAAGGATCAAAATTTATCATTAAATCCAACTAAAATTTCTGGTGCAtgt < 1:219913/141‑1 (MQ=255) cAAATTGCTTGGCGGTATCGGACCTTGTGGTAGGTCGTTATGTTGTTCTATATTTTTAGGGGATTTTGAACCAGTATCGATTAAGATGGCTAAGGATCAAAATTTATCATTAAATCCAACTAAAATTTCTGGTGCATGTgg < 1:249888/141‑1 (MQ=255) ttGCTTGGCGGTATCGGACCTTGTGGTAGGTCGTTATGTTGTTCTATATTTTTAGGGGATTTTGAACCAGTATCGATTAAGATGGCTAAGGATCAAAATTTATCATTAAATCCAACTAAAATTTCTGGTGCATGTGGTCGt > 1:161795/1‑141 (MQ=255) ttGTGGTAGGTCGTTATGTTGTTCTATATTTTTAGGGGATTTTGAACCAGTATCGATTAAGATGGCTAAGGATCAAAATTTATCATTAAATCCAACTAAAATTTCTGGTGCATGTGGTCGTTTGATGTGTTGTTTAAAata < 2:36858/141‑1 (MQ=255) gTCGTTATGTTGTTCTATATTTTTAGGGGATTTTGAACCAGTATCGATTAAGATGGCTAAGGATCAAAATTTATCATTAAATCCAACTAACATTTCTGGTGCATGTGGTCGTTTGATGTGTTGTTTAAAATATGAAAATGa < 1:131450/141‑1 (MQ=255) ttAGGTTGTTCTATATTTTTAGGGGATTTTGAACCAGTATCGATTAAGATGGCTAAGGATCAAAATTTATCATTAAATCCAACTAAAATTTCTGGTGCATGTGGTCGTTTGATGTGTTGTTTAAAATATGAAAATGACtat < 2:37428/141‑1 (MQ=255) tgttCTATATTTTTAGGGGATTTTGAACCAGTATCGATTAAGATGGCTAAGGATCAAAATTTATCATTAAATCCAACTAAAATTTCTGGTGCATGTGGTCGTTTGATGTGTTGTTTAAAATATGAAAATGACTATTATGAg > 1:28983/1‑141 (MQ=255) | TGATTTTAGAAAATTAGTAAAAATATTAGCGCAACATTTAAAAACACGTATCGAGTTGAGACAAATTGGTGTAAGGGATGAAGCCAAATTGCTTGGCGGTATCGGACCTTGTGGTAGGTCGTTATGTTGTTCTACATTTTTAGGGGATTTTGAACCAGTATCGATTAAGATGGCTAAGGATCAAAATTTATCATTAAATCCAACTAAAATTTCTGGTGCATGTGGTCGTTTGATGTGTTGTTTAAAATATGAAAATGACTATTATGAG > CP000730/522520‑522787 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |