BRESEQ :: Evidence

New junction evidence
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*	?	CP000730	512620 =	68 (0.970)	44 (0.910) +TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAA	32/180	NT	48.4%	intergenic (+688/‑173)	recR/rrs1	recombination protein RecR/16S ribosomal RNA
*	?	CP000730	1998278 =	NA (NA)	44 (0.910) +TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAA	32/180	NT	48.4%	intergenic (‑6/+5)	USA300HOU_t0050/rrf4	tRNA‑Val/5S ribosomal RNA

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GGGCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTAT  >  CP000730/512481‑512759

tcacacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaa                                                                                                                                            <  1:424821‑M1/2‑1 (MQ=255)

tcacacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaa                                                                                                                                            >  1:48711‑M1/140‑141 (MQ=255)

gggCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCACACTTGACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTaa                                                                                                                                            <  1:325563/141‑1 (MQ=255)

   cacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaaaaa                                                                                                                                         <  1:465466‑M1/5‑1 (MQ=255)

   cGTACAGTACAGATGACTAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTaaaaa                                                                                                                                         <  2:171593/141‑1 (MQ=255)

    gTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAg                                                                                                                                        <  2:16394/141‑1 (MQ=255)

    acctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAg                                                                                                                                        <  2:145400‑M1/6‑1 (MQ=255)

        aGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATAAATATaaaaaacaaaa                                                                                                                                    >  1:812/1‑136 (MQ=255)

         ttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTAtt                                                                                                                                   <  2:716953‑M1/11‑1 (MQ=255)

         gTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCATAGTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTAtt                                                                                                                                   >  1:197979/1‑141 (MQ=255)

            tggATGACAAAGGTTTAATTTTTACTGTTGTTAAGAAGTTTGAAAGCCTGTATAGTTTTTATTTGTTGAGGCCAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGAc                                                                                                                                <  2:323542/139‑1 (MQ=255)

            ccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGAc                                                                                                                                >  1:675128‑M1/128‑141 (MQ=255)

            ccatgccgaacacagaagtgaagcttctgagcgtcgatggtagtcgaagttccgtgccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGAc                                                                                                                                >  1:524983‑M1/128‑141 (MQ=255)

              gATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAATAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACtt                                                                                                                              <  1:375464/141‑1 (MQ=255)

               ttgtctatggTGTAATTTGTACTGTTGTTAAGCAGTGTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTa                                                                                                                             <  2:410898/133‑1 (MQ=255)

               atcactaaGGTGTAATTTTTATTGTTGTTAAGCAGATTGATAGCCTATATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTa                                                                                                                             <  2:777991/135‑1 (MQ=255)

               aTGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTa                                                                                                                             <  2:809765/141‑1 (MQ=255)

                  aCAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGAATGTATAGTATATTGTTGTTGAGGCAACCACAACAACTCAACTTAGGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAAt                                                                                                                          >  2:301493/1‑141 (MQ=255)

                    aacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGt                                                                                                                        >  1:806851‑M1/120‑141 (MQ=255)

                    aaaGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGt                                                                                                                        >  2:655351/1‑141 (MQ=255)

                     acacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGtt                                                                                                                       <  1:807755‑M1/23‑1 (MQ=255)

                     aatgtgtAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGGTTGAAAGTCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGtt                                                                                                                       <  2:739066/138‑1 (MQ=255)

                       ggTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTTTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaa                                                                                                                     <  1:569961/141‑1 (MQ=255)

                        gtgtAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaat                                                                                                                    <  1:820669/141‑1 (MQ=255)

                        cagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAatgttgat                                                                                                                    <  1:281135‑M1/26‑4 (MQ=255)

                          gaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtgataa                                                                                                                  >  1:447660‑M1/114‑141 (MQ=255)

                               taagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGt                                                                                                             <  1:685202‑M1/33‑1 (MQ=255)

                               taagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGt                                                                                                             <  2:711629‑M1/33‑1 (MQ=255)

                                  gctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGtata                                                                                                          <  1:553577‑M1/36‑1 (MQ=255)

                                   ctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTGAAGGTTTATAAAATGTAtaa                                                                                                         <  1:7178‑M1/37‑1 (MQ=255)

                                     ccttagcgtcaatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGCCTTAAATGTTGATAAAATGTAtaatt                                                                                                       >  2:751861‑M1/103‑141 (MQ=255)

                                      gttgttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTAATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaatta                                                                                                      >  2:811241/1‑141 (MQ=255)

                                       tttttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaattaa                                                                                                     <  2:410546/138‑1 (MQ=255)

                                        tgttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaattaat                                                                                                    >  1:136472/1‑141 (MQ=255)

                                                  ggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGt                                                                                          <  1:357899‑M1/52‑1 (MQ=255)

                                                  ggtaggcgaacttacgttccgctagagtagaacggtgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatgtacaagataaAAAAAGTTATTGACTAAAATGTTGATAAAATGTATAAGTAATTCTTGTCGGt                                                                                          >  2:141849‑M1/90‑141 (MQ=255)

                                                    tGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTaa                                                                                        <  2:440180/141‑1 (MQ=255)

                                                     gAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTaaa                                                                                       >  1:257813/1‑140 (MQ=255)

                                                         gaatttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGaaaa                                                                                   >  2:242152‑M1/83‑141 (MQ=255)

                                                           cTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGATAGAACTTGAATTCCTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAAt                                                                                 >  1:789600/1‑141 (MQ=255)

                                                                taGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACa                                                                            >  1:219551/1‑141 (MQ=255)

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                                                                    caggtagaggagaacgttgccagggagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaattgacaagataaAAAAAGTTATTGCCTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGa                                                                        >  2:273467‑M1/72‑141 (MQ=255)

                                                                      ttatttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGaaa                                                                      <  2:269673/141‑1 (MQ=255)

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                                                                       tactacgtcaGGCAAACAAAACAACACAACTTAAGAAATAAATTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGaaaa                                                                     <  2:277269/132‑1 (MQ=255)

                                                                        atttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAAc                                                                    <  2:197979/141‑1 (MQ=255)

                                                                        atttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAAc                                                                    >  2:774388/1‑141 (MQ=255)

                                                                          ttgttgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTg                                                                  <  2:73503/141‑1 (MQ=255)

                                                                          ttgttgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAAATAATTTTAAAATTGTATTTACTTAAATGTAGCCCTAGTGTGGTAGACATTTTCGTAGGTTAGAGAAATGAACATTGAAAACTg                                                                  >  1:190178/1‑141 (MQ=255)

                                                                          gagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTg                                                                  <  1:47333‑M1/76‑1 (MQ=255)

                                                                          aagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttagttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAATACTg                                                                  >  2:579848‑M1/66‑141 (MQ=255)

                                                                               gAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGa                                                             >  2:163745/1‑141 (MQ=255)

                                                                                aacgttgccaggcagttttttaatcaaattgtggttaaaaaataaaatggaccacataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGAc                                                            <  1:24499‑M1/82‑1 (MQ=255)

                                                                                aGGCAAACAAAACACCTCCACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGAc                                                            >  2:595663/1‑141 (MQ=255)

                                                                                 ggCAAACAAAACAACGCAACTTAAGAAATAACTTGAATTGATAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGCCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACa                                                           <  2:552319/141‑1 (MQ=255)

                                                                                 acgttgccaggcagttttttaatcaaattttgcttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACa                                                           >  1:108045‑M1/59‑141 (MQ=255)

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                                                                                   gttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAat                                                         <  2:389655‑M1/85‑1 (MQ=255)

                                                                                           gcagttttttcatcaaagtgtggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAAc                                                 >  1:313845‑M1/49‑141 (MQ=255)

                                                                                           acaacTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACACTATGTCAAc                                                 >  2:630338/1‑141 (MQ=255)

                                                                                           acaacTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAAc                                                 >  1:121291/1‑141 (MQ=255)

                                                                                           acaacTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAACTTATTGACTTAAATGTTAATAAAAGCTTTAATTAAGAACGCACGGAAACAAAAAAGAACATAGACAACAGAATGACAatattgacaa                                                 >  2:511646/1‑135 (MQ=255)

                                                                                             agttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGt                                               <  1:37390‑M1/95‑1 (MQ=255)

                                                                                              gttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGtt                                              <  1:160860‑M1/96‑1 (MQ=255)

                                                                                              actcaactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGtt                                              <  2:116129/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                 ttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAATCTGAATGACAatatgtcaaaaaaaaa                                           >  2:501450‑M1/43‑134 (MQ=255)

                                                                                                 tttgaatcaaattttgggtaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAt                                           >  2:669254‑M1/43‑141 (MQ=255)

                                                                                                       acaaattttggttaaaaaataaaatagaaaaaataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaa                                     >  2:81608‑M1/37‑141 (MQ=255)

                                                                                                        caaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTACTTCCaaaa                                    <  1:104686‑M1/106‑1 (MQ=255)

                                                                                                        caaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaaa                                    >  1:389655‑M1/36‑141 (MQ=255)

                                                                                                        caaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAAGGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaaa                                    >  2:174755‑M1/36‑141 (MQ=255)

                                                                                                         gAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaaaa                                   <  1:716690/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                         aaaaTAATATGAATTAATAACGAAAATTAATTTAAAAAAGTGATTGACTTAAATGTTAATAACATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATGCCaaaaa                                   <  2:680621/140‑1 (MQ=37)

                                                                                                          aaatatggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaaaaa                                  >  1:554913‑M1/34‑141 (MQ=255)

                                                                                                                  tGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTATTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACCATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACta                          >  1:145739/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                   gAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATACAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACtat                         >  2:184931/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                        aCTAACGAAAATTCATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGAAACTATAAGtt                    >  2:650029/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                         ccaaagAAAATTAATTTTAAAAAGGTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTa                   <  1:355646/136‑1 (MQ=255)

                                                                                                                         cTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTa                   <  1:595663/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                         ataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAAGATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTAtaagata                   <  2:290097‑M1/123‑4 (MQ=255)

                                                                                                                          taaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTAc                  <  2:96191‑M1/124‑1 (MQ=255)

                                                                                                                           aaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACa                 >  2:465466‑M1/17‑141 (MQ=255)

                                                                                                                           aaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACa                 <  1:792549‑M1/125‑1 (MQ=255)

                                                                                                                           aaCGAACATTAATTTTAAAAAGTTATTGAGTAAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTATTGTCGGTATGAAAAATGAATATTGAAAACTGAATGACAATACGTCAACCTTACTTCCAAAAAACGAACACCTAAGTTACa                 >  2:366630/1‑141 (MQ=25)

                                                                                                                           aaCGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACa                 >  1:44418/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                            aaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAgttaaaa                <  1:94445‑M1/126‑4 (MQ=255)

                                                                                                                              gAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAAc              >  1:501529/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                                 gacaagataaAAAAAGTTATTTACTTAAATGTAGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACatt           >  1:586836‑M1/11‑141 (MQ=255)

                                                                                                                                 aattaattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACatt           >  2:602123/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                                   caagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACGAACattat         <  2:184958‑M1/133‑1 (MQ=255)

                                                                                                                                     aattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTCATTCCGATCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTAttt       >  1:325587/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                                      attTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTa      >  1:489530/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                                       tcttAAAAAGGTATTGACTTGAACTTAAAGAAAATGCATAATTAATTCTTGTCGGTAAGACAAATGAACGTTGACAACTCAATGACCAAACGTCAGCCTGCATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTGACAAACATCATATAg     >  2:262563/3‑141 (MQ=16)

                                                                                                                                       ataaAAAAAGTTATTGTCTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAg     >  2:334736‑M1/5‑141 (MQ=255)

                                                                                                                                       ataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAg     >  2:684421‑M1/5‑141 (MQ=255)

                                                                                                                                         aaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATAGGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTAACAAACATCATTTAGTa   <  2:775231‑M1/139‑1 (MQ=255)

                                                                                                                                          aAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTAt  <  1:105459‑M1/140‑1 (MQ=255)

GGGCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTAT  >  CP000730/512481‑512759

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 12 ≤` `ATCG/ATCG` `< 13 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.