| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 36,581 | C→T | 27.1% | intergenic (‑30/‑493) | USA300HOU_0026 ← / → USA300HOU_0028 | IS431mec transposase/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 36,581 | 0 | C | T | 27.1% | 198.8 / 78.4 | 126 | intergenic (‑30/‑493) | USA300HOU_0026/USA300HOU_0028 | IS431mec transposase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (40/51); new base T (17/17); total (57/69) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.53e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.33e-01 | |||||||||||
Only 100 of 126 total aligned reads displayed.
CCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACA‑GAACCACACATTCCAACCAGAAGAGAAAGTATGTCTATTTA > CP000730/36444‑36719 | ccTTAATAGTGCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACtat < 1:266046/141‑1 (MQ=17) ttAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATaa > 1:30189/1‑141 (MQ=33) tAATATTTTATATAAATCACGATAGCTCAATGAATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATaaa < 1:412/141‑1 (MQ=11) tAATATTTCAGATATAGCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAATAGCCAACTGCTACAGTTATAATATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTCAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATaaa < 2:247909/141‑1 (MQ=11) atgtCAGCTATATCACGACAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCa < 1:108250/138‑1 (MQ=255) atTTCCGATATATCACGATAACTCCATGTACATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCa < 1:358286/141‑1 (MQ=255) atTTCAGATATATCACGATCACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCa < 1:17475/141‑1 (MQ=25) ttaGATATATCACGATCACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACt < 1:27951/139‑1 (MQ=25) aGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACttt > 1:102941/1‑141 (MQ=35) tatatCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCa < 1:83144/141‑1 (MQ=35) aCGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGaa > 1:96305/1‑141 (MQ=35) tagcTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCATCGGCTACAGTGATATCGACCTTGTTAAATTGTTTATATCTCAAATAGTTTATACATAATACTCCTTTTTTTTAAAATTATATTATTAATTCAACTTTGCAACAGAACCGt < 2:31402/138‑1 (MQ=11) tagcTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGt > 2:252535/4‑141 (MQ=2) tAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGt < 1:143588/141‑1 (MQ=37) gcTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTACTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtat > 1:662117/2‑141 (MQ=12) gcTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACAGCCTGGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtat > 1:795425/2‑141 (MQ=255) cTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtatt > 1:86602/1‑141 (MQ=12) tCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtatta > 1:332464/1‑141 (MQ=40) tCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACCGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattt < 1:10620/141‑2 (MQ=255) tCAATGCATATCTTAGATAATAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattt > 1:469163/1‑140 (MQ=255) cAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTAATTTAAAGTATATTATAAATTCACCTTTGCAACAGAACCGtatttt > 1:567633/1‑139 (MQ=11) aaTGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtatttta > 1:762678/1‑138 (MQ=255) aaTGAATATCTTAGATAGTAGCCAACTGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAAcctcctaact < 2:345749/141‑9 (MQ=11) atgcatatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttat > 1:22127/5‑137 (MQ=255) tgcatatCTTAGATAGTAAGCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatg < 1:85758/138‑6 (MQ=11) tgaatatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGCCTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAAcctcctaactgt < 2:664464/138‑11 (MQ=11) gcatatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatga < 1:276641/139‑7 (MQ=255) catatatTAGATAGTAGCCAACAGCTACAGTGATAACAAAATTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTACTTTTTGTTAAAATTATACTATGAATTCAACTTTACAACAGAAcctcttttactata > 2:17777/2‑129 (MQ=11) catatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAAcctcctaactgtat < 1:307722/140‑13 (MQ=11) catatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAAcctcctaactgtat > 1:255493/2‑129 (MQ=11) catatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAAcctcctaactgtat < 1:648907/140‑13 (MQ=11) catatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatgag > 1:50106/2‑134 (MQ=255) catatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatgag > 1:629694/2‑134 (MQ=255) gtatCTTAGATAGTAGCCAACAGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAAcctcatttactatat < 2:103718/140‑14 (MQ=11) atatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATCGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATGATACTATAACTTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATa > 1:190792/1‑141 (MQ=255) atatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTTTTTTTTTTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATa > 2:676832/1‑141 (MQ=14) atatCTTAGATAGTAGCCAACAGTTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGTAGACTCCTTTTTGTTAAAATTAGACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAAcctcatttactatat < 2:238374/141‑14 (MQ=11) atatCTTAGATAGTAGCCAACAGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAAcctcatttactatat < 1:791634/141‑14 (MQ=11) atatCTTAGATAGTAGCCAACAGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAAcctcatttactatat > 1:409768/1‑128 (MQ=11) tatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGATcctcctaactgtatta < 1:641070/141‑15 (MQ=11) tatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAAcctcctaactgtattg > 2:796596/1‑127 (MQ=11) tatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAAcctcctaactgtatta > 2:667416/1‑127 (MQ=11) tatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatgagta < 2:768772/141‑10 (MQ=255) tatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatgagta < 1:773756/141‑10 (MQ=255) tatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATGGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGGAcctcctaactgtatta > 2:450868/1‑127 (MQ=11) tatCTTAGATAGTAGCCAACAGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAAcctaatttactatctg > 2:805930/1‑127 (MQ=11) ttAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGAt < 1:765449/141‑1 (MQ=255) tAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATATTGCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATg < 2:803464/141‑1 (MQ=255) tAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatgagtacactc < 2:265660/141‑15 (MQ=11) aGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGt < 1:384304/141‑1 (MQ=255) aGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGt < 2:49061/141‑1 (MQ=255) tagtagGCAACGGCTACAGTGATAACTTCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTgg < 2:188222/141‑1 (MQ=255) tagtagCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTgg < 2:404323/141‑1 (MQ=255) agtagCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGt > 2:555297/1‑141 (MQ=255) tagCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTaa < 2:470750/141‑1 (MQ=255) tagCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTaa < 2:470960/141‑1 (MQ=255) tagCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTaa > 1:309791/1‑141 (MQ=255) cAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACAtt < 1:185256/141‑1 (MQ=255) cAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACAtt < 1:369046/141‑1 (MQ=255) aCGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTta < 1:667835/141‑1 (MQ=255) ggCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTtata > 2:152623/1‑141 (MQ=255) ggCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTaata > 2:365174/1‑141 (MQ=255) gCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGAATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTtataa > 2:486642/1‑140 (MQ=255) tACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAg > 1:643195/1‑141 (MQ=255) ggATAACATACTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCa < 2:581478/140‑1 (MQ=255) aTAACATCCTTGTTACATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCAtt < 1:522802/141‑1 (MQ=255) aTCCTTGGTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACt < 1:245457/141‑1 (MQ=255) ccTTGTTAAATAGTTTATATCTGACACCCATCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTa > 2:348251/1‑141 (MQ=25) ttGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAg < 1:171911/141‑1 (MQ=255) gTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGtt > 1:461186/1‑141 (MQ=255) gTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGtt > 1:10832/1‑141 (MQ=255) ttAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGttt > 1:739366/1‑141 (MQ=255) tAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTa < 2:71894/141‑1 (MQ=255) aaaTTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTaa > 1:576782/1‑141 (MQ=255) ttGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAAttt < 2:2874/141‑1 (MQ=255) tataTCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGtta > 1:323747/1‑141 (MQ=255) tCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAACCTCATCCATGGACTTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTAc > 1:493538/1‑141 (MQ=37) taaaTAGTTTAGACATAAGTCTCCTTTTTGTTAAAATTATCCTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGTCAACATTCATTCAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACA‑Ga < 1:789928/140‑1 (MQ=25) gAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACA‑Ga > 2:638495/1‑141 (MQ=255) gAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATAAAGGGTCATTATACTTAAGTTTAGTTTCGTTATTACA‑Ga > 1:294390/1‑141 (MQ=255) aGTTCATTAAGATGACTCGTTTTTGTTAGAATTATACNTTAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAGTAGAGATGTTGGTAACATTGATACAGGATCAATATACTTAAGTTTTATTTCGTTATTACA‑GAACcac < 2:541288/141‑1 (MQ=37) aGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACA‑GAACcac < 1:152623/141‑1 (MQ=255) aGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACA‑GAACcac < 1:57402/141‑1 (MQ=255) aGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACA‑GAACcac < 1:333053/141‑1 (MQ=255) attactACAGAAGCCTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTTTACAGGCTCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACA‑GAACcaca < 2:544179/136‑1 (MQ=255) ttCAAACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACA‑GAACcacac < 1:149682/141‑1 (MQ=255) tCATACATAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACA‑GAACcacaca > 1:527086/1‑141 (MQ=255) tCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGGTGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATAATTAAGTTTAATTTCGTTATTACA‑GAACcacaca > 1:217100/1‑141 (MQ=255) aaCAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACA‑GAACCACACATTc < 1:90471/140‑1 (MQ=255) agaCTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACA‑GAACCACACATTCCAACCa > 1:678140/1‑141 (MQ=255) cTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACA‑GAACCACACATTCCAACCagaa > 1:263990/1‑141 (MQ=255) ccTTTTTTTTTTTATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAAACGTATTATGGAATAGAGCTGATGGTAGCATTTATACAGGAACATTATACTTAAGTTTAATTTTG‑TATTTCATGAACCACACATTCCAACCagaaga > 2:458094/1‑141 (MQ=255) ttttGTTAAAATGATAATATAAATTCAATGTTTCAACAGATCCGTGTTATGGAATAGAGATGGTGGTAACATTTATACAGGATCATGATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACA‑GAACCACACATTCCAACCAGAAGAGaa < 1:155086/141‑1 (MQ=255) tGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTCGTAACAGATCCCTATTATTGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTACGTCTACTTTCGCTATTACA‑GAACCACACACTCCAACCAGACGAGAAAGt < 2:718788/141‑1 (MQ=255) ttAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACA‑GAACCACACATTCCAACCAGAAGAGAAAGTAt > 2:749655/1‑141 (MQ=255) aaaTTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATCGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCCTTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACA‑GAACCACCAATTCCAACCAGAAGAGAAAGTATGTc > 2:413482/1‑141 (MQ=255) ttATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACA‑GAACCACACATTCCAACCAGAAGAGAAAGTATGTCTAt < 1:373771/141‑1 (MQ=255) ttATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACAGCATTATGGAATAGAGATGTTGATGAGAATTATACAGGATCATTATACTTGAGTTTAATTTGGGTATGACA‑GAACCACACATTCCAACCAGAAGAGAAAGTATggccat > 2:294825/1‑136 (MQ=255) taCTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACA‑GAACCACACATTCCAACCAGAAGAGAAAGTATGTCTATTTa > 1:720728/1‑141 (MQ=255) taCTATAAATTCAAATTTGAAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACA‑GAACCACACATTCCAACCAGAAGAGAAAGTATGTCTAtttg > 1:546438/1‑140 (MQ=255) | CCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACA‑GAACCACACATTCCAACCAGAAGAGAAAGTATGTCTATTTA > CP000730/36444‑36719 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |