| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 110,651 | C→T | 11.2% | D170D (GAC→GAT) | USA300HOU_0109 → | staphylococcal tandem lipoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 110,651 | 0 | C | T | 11.2% | 203.5 / 11.0 | 83 | D170D (GAC→GAT) | USA300HOU_0109 | staphylococcal tandem lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (27/44); new base T (7/2); total (36/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.26e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.70e-01 | |||||||||||
AAAAGATATCCGGTTAAAATGGTCGATAATAAAATCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTTATTGTTAAAAGGT > CP000730/110511‑110789 | aaaaGATATCCGGTTAAAATGGTCGATAATAAAATCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGAc > 1:547175/1‑141 (MQ=255) aaGATATCCGGTTAAAATGGTCGATAATAAAATCATTCCAACAAAAGAAATTCCAGCAAGGGAGATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACgg < 1:398206/141‑1 (MQ=18) aaGATATCCGGGTAAAATGGTAGATAATAAAAACATTCCAACAAAAGAAATTAAAAATACCGAGTTAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACgg < 1:822660/141‑1 (MQ=17) gATATCCGGTTAAAATGGTCGATAATAAAATCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTGCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGgag < 2:47795/141‑1 (MQ=255) atCCGGTTAAAATGGTCGATAATAAAATCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGAAGata > 1:583486/1‑141 (MQ=255) ggTTAAAATGGTCGATAATAAAATCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTc < 1:76984/141‑1 (MQ=255) gTTAAAATGGTCGATAATAGAATCATTCCAACAAAAGAGATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTAGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCa > 1:467947/1‑141 (MQ=255) tAAAAGTGTCGATAATATAATCACTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCata < 2:39737/141‑1 (MQ=255) aaTGGTCGATAATAAAATCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATaa > 1:768554/1‑141 (MQ=255) ggTCGATAATAAAATCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATatcatca > 1:816124/1‑140 (MQ=255) ggTCGATAATAAAATCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATcc < 1:597238/141‑1 (MQ=255) tCGATAATAAAATCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTCCCTCGCTTCTACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTAATATAATCCag > 1:397692/1‑141 (MQ=17) tCGATAATAAAATCATTCCAAAAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCag < 1:316347/141‑1 (MQ=255) gATAATAAAATCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCagag < 1:382143/141‑1 (MQ=255) ataaAATCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGc < 1:470421/141‑1 (MQ=255) aaaTCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATTTAGAGGTGCCGa > 1:84475/1‑141 (MQ=255) aaTCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAg < 2:654380/141‑1 (MQ=255) aTCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGt < 1:408459/141‑1 (MQ=255) aTCAATCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGt < 2:674777/141‑1 (MQ=255) ttCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAtt < 1:499066/141‑1 (MQ=255) acaagaaaGAAATTAAAATGGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTGGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTAGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCgg < 2:816102/136‑1 (MQ=17) 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(MQ=255) aTTAAAGATGGAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAATTCTTAGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAATCGGCTAAATCTCaa > 2:364344/1‑141 (MQ=17) aataTGAAAAAATAAAAAAAGAAATCAAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCAACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGAAGGAGATTTTTCATATAATCCAAAAATGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTaa > 2:174075/4‑141 (MQ=17) aagaagAAAAAATAAAAAAAGAAATCGCAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGATTATAAAAAAAAAAAAAATTATAAAGACTGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTaa < 2:198025/141‑1 (MQ=17) aaaaTAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAatgat < 2:720764/141‑1 (MQ=255) aaataaaaaaataaaaCGAAAACTTTAAGTTTGTTGTTCAATATGGCGAATTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAatgatg < 1:170114/141‑1 (MQ=17) aaaTAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAatgatg > 1:634572/1‑141 (MQ=255) agaaaaaaaaGGAATCGCAACCTTTAAGGTCTTTGTTCAATATGGTGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAAtgatga < 1:393473/138‑1 (MQ=14) aaTAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAatgatgg > 2:324804/1‑140 (MQ=255) aaTAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAAtgatga < 1:364736/141‑1 (MQ=255) aaTAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAAtgatga > 2:716121/1‑141 (MQ=255) aaTAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAAtgatga < 1:742522/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACaa < 2:172205/141‑1 (MQ=255) aaaaCTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAAt < 1:60921/141‑1 (MQ=255) aaaaCTTTAAGTTATATGTTCAATATGGCGACTATAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAAt < 1:699937/141‑1 (MQ=255) aaCTTTAAGTTCTTTGTTCAGTATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGAAGATATTTCATATAATGCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTCATGATGATTATAATGTTAAACAATTa > 1:511558/1‑141 (MQ=17) aaCTTTAAGTTCTGTGGTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTa < 2:131368/141‑1 (MQ=255) cTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACg < 1:786872/141‑1 (MQ=255) tttAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGc < 2:515752/141‑1 (MQ=255) tAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGTCTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCTGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCaa > 2:599378/1‑141 (MQ=255) tAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCaa < 1:716121/141‑1 (MQ=255) aGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCaaaa > 2:241598/1‑141 (MQ=255) ttttGTTCGATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATGTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAgata < 2:133115/140‑1 (MQ=255) 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1:118133/1‑141 (MQ=255) ttaatgaaTTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGAGGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGGTCCAAAg > 1:432105/7‑141 (MQ=14) ttGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATCATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAg > 2:461671/1‑141 (MQ=255) ttGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACGTTTACGCAAAAGATGTGATATACCGAGGGGTAGAGCTCCaagg > 1:124632/1‑139 (MQ=17) ttGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAg > 1:494523/1‑141 (MQ=255) tGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGt > 2:508406/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) aTTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTTATTGt < 1:351685/141‑1 (MQ=255) taAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTGGAATGATAGTTAAGTGACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTTATTGTTaaa > 2:591272/1‑141 (MQ=17) aaaGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTTATTGTTaaaa < 1:603068/141‑1 (MQ=255) aaaGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTTATTGTTaaaa < 1:5177/141‑1 (MQ=255) aaaGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATCATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTTATTGTTaaaa < 1:90064/141‑1 (MQ=255) gACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTTATTGTTAAAAGGt < 2:773320/141‑1 (MQ=255) | AAAAGATATCCGGTTAAAATGGTCGATAATAAAATCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTTATTGTTAAAAGGT > CP000730/110511‑110789 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |