| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 111,516 | C→A | 21.0% | Q196K (CAA→AAA) | USA300HOU_0110 → | possible staphylococcal tandem lipoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 111,516 | 0 | C | A | 21.0% | 213.0 / 40.1 | 104 | Q196K (CAA→AAA) | USA300HOU_0110 | possible staphylococcal tandem lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (42/40); new base A (10/12); total (52/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.11e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.06e-01 | |||||||||||
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
CTGAGGAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGAT‑TATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGAA > CP000730/111376‑111656 | cTGAGGAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTc > 2:403226/1‑141 (MQ=255) aGGAAGTTAAAGAAGACAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTGTTGTGCTCAATATCGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAat < 1:784334/141‑1 (MQ=21) aGGAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAat < 2:831036/141‑1 (MQ=255) gtaaGTTAAAAAATAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAata < 2:158953/139‑1 (MQ=255) ggAAGTTAAAGAACAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAATCTTTAAGTTTTTTGCGCAATTTAGCAATTTTAAAGATTTAATGAACTATAAAGATGGAGATATATCATAGAATCCAGAGGTGCCGAGTTAGTCGGCTAAata < 1:41754/141‑1 (MQ=18) aGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTTTTCATTTTTGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGTTTCCGAGTTATTCAGCTCAatataa > 2:263393/1‑139 (MQ=18) aGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCa > 1:180143/1‑141 (MQ=255) aaaGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTa > 2:66775/1‑141 (MQ=255) aaaGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTa > 2:773588/1‑141 (MQ=255) aaaGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGGTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGGATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTGACCTCAATATCAATTa > 2:773538/1‑141 (MQ=255) aagaagAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTACTGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGCGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTaa > 1:195211/1‑141 (MQ=255) aagaagAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTaa < 1:776001/141‑1 (MQ=255) aagaagAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTaa < 2:472306/141‑1 (MQ=255) aagaaaAAAACAAAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTaa < 2:451054/141‑1 (MQ=255) agaagaAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAAc > 1:738810/1‑141 (MQ=255) gaagaaAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACt > 1:100592/1‑141 (MQ=255) gaagaaAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACt > 1:247335/1‑141 (MQ=255) aaagaaAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGCGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACt < 1:660996/140‑1 (MQ=255) agaaAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGATTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTaa < 2:180143/141‑1 (MQ=255) gaaAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCGGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAat > 1:239577/1‑141 (MQ=255) aaCATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGCGTTATTCGGATAAATATCAATTAACTAatgat > 1:400192/1‑141 (MQ=255) aaCATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAatgat < 1:100811/141‑1 (MQ=255) aaCATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAatgat < 1:95953/141‑1 (MQ=255) aCATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATGTAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAatgatg > 2:570541/1‑141 (MQ=255) aCATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAatgatg > 1:526914/1‑141 (MQ=255) aCATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAatgatg > 1:721437/1‑141 (MQ=255) tAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATAACAATTAACTAATGATGAt‑t > 2:756717/1‑141 (MQ=255) aaaaaaaGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCAAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGAT‑ta > 2:401272/1‑141 (MQ=255) aacaaaCAAATCGAAAACTTTAAGTTTCTTGCTCAAAATCGCAACTTATAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGCGATATATCATATAATTCAGAGGTGCCGAGCTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGAT‑tat < 2:122781/138‑1 (MQ=14) aaaaaaGAAATCGAAAACTTAAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAACTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATAATGTGATCAAGAGGTGCCGAGTTTATCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGAT‑tat > 2:460188/1‑141 (MQ=21) aaaaGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGAT‑TATaa < 2:468740/141‑1 (MQ=255) gAAATCTAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGAT‑TATAATGTa < 2:783717/141‑1 (MQ=255) gAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGAT‑TATAATGTa > 1:519246/1‑141 (MQ=255) aaaTCGTAATCTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGAT‑TATAATGTaa < 1:680882/141‑1 (MQ=255) aaaTCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGAT‑TATAATGTaa < 2:667374/141‑1 (MQ=255) aTCGAATACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGAT‑TATAATGTaaaa < 2:818689/141‑1 (MQ=255) aTCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGAT‑TATAATGTaaaa < 1:124134/141‑1 (MQ=255) ttgAAAAGTTTAAGTTTTTGGCGCGATATGGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATATTCCAGAGGTGCCGAGTTATTCATCTCAATATCAATTAACTAATGATGAT‑TATAATGTAacac < 2:423474/139‑1 (MQ=18) tCGGAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCGCAATATCAATTAACTAATGATGAT‑TATAATGTAAAAc < 2:657947/141‑1 (MQ=255) tCGAAAACTTTAAGTTTTTTTTTTTTTTTAGAAATTATAAAGGTTTAATGAATTATAAAGATGGAGTTGTGTCATATAATCTATAGTTGCCGAGTTATTAAGCTCAATATCATTTAAATATTGTTGAT‑TTTATTGTataat > 2:221110/1‑140 (MQ=255) tCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGAT‑TATAATGTAAAAc < 2:118504/141‑1 (MQ=255) tCGAAAACTTTAAGTTTTTAGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGAT‑TATAATGTAAAAc > 1:502009/1‑141 (MQ=255) tCGAAAACTTTAAGTCTTTCGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGAT‑TATAATGTAAAAc > 1:624731/1‑141 (MQ=255) aaaaCTTTAAGTTTTTTGCGGAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGAT‑TATAATGTAAAACAAt < 2:647745/141‑1 (MQ=255) aaaaCTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGAT‑TATAATGTAAAACAAt < 1:357721/141‑1 (MQ=255) aaaCTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGAT‑TATAATGTAAAACAAtt < 2:641236/141‑1 (MQ=255) acgttAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAAATTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGAT‑TATAATGTAAAACAATTAc < 1:676280/138‑1 (MQ=255) aCTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGAT‑TATAATGTAAAACAATTAc < 1:749825/141‑1 (MQ=255) aaGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGAT‑TATAATGTAAAACAATTACGTaaa < 2:299414/141‑1 (MQ=255) tttttttGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGAT‑TATAATGTAAAACAATTACGCAAAAg < 2:471619/140‑1 (MQ=255) tGCGCAATTTTGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGAT‑TATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGa < 1:238781/141‑1 (MQ=255) tGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTAAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGAT‑TATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGa < 1:364018/141‑1 (MQ=255) gcgcAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAGAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGAA‑TATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGat > 2:765545/1‑140 (MQ=17) gcgcAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGAAGAT‑TATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGat > 1:614702/1‑140 (MQ=255) cgcAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGAT‑TATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGata < 2:364865/141‑3 (MQ=255) cgcAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATAACAATTAACTAATGATGAT‑TATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGata < 1:279765/141‑3 (MQ=14) cgaaaTATATCAATTTTAAAGATTTAATGAAGTATAAAGATGGAGATGTATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATTATGAT‑TATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACa < 2:63852/138‑1 (MQ=18) gcAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGAT‑TATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACAt < 1:320128/141‑1 (MQ=255) cAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGGTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGCTGAT‑TATAATGTAAAAAAATTACGCCAAAGATATGAtata > 1:79126/1‑141 (MQ=14) ataGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGAT‑TATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACaaa > 2:614496/1‑141 (MQ=255) aGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGAT‑TATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATAcggacg > 2:419636/1‑136 (MQ=14) gCAATTTTAAAGGTTCAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAAAATCAATTAACTAATGATGAT‑TATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACcaacaa < 1:286491/141‑1 (MQ=255) gCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGAT‑TATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACcaacaa > 1:250268/1‑141 (MQ=255) cAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGAT‑TATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACaaa < 1:553466/141‑1 (MQ=255) cAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGAT‑TATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACaaa > 1:133188/1‑141 (MQ=255) tAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGAT‑TATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAgc > 1:804156/1‑141 (MQ=255) aaaGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGAT‑TATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACAAACAAATAAAgcg > 2:647661/1‑141 (MQ=255) aaGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGAT‑TATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAgcgc > 1:624413/1‑141 (MQ=255) aaGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCAGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGAT‑TATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAAAAAATAAAgagc > 2:304155/1‑141 (MQ=255) aGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGAT‑TATAATGTAAAACAACTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGcc < 2:624731/141‑1 (MQ=255) ttAATGAATTATAAAGACGGAGATATATCATATAACCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCCCAATATCAATTAACTAATGATGAT‑TATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAg < 1:145073/141‑1 (MQ=255) tGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGAT‑TATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCtgt > 2:456270/1‑141 (MQ=255) tGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGAT‑TATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCtgt > 2:775565/1‑141 (MQ=255) tGAAATATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGAT‑TATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATATAGCGCCGAAGCtgt > 1:598001/1‑141 (MQ=255) aaTTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGAT‑TATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCtgttg < 1:263393/141‑1 (MQ=255) aaaGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGAT‑TATAATGTAAAACAATTACGTAAATGTCATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGaaa < 1:575769/141‑1 (MQ=255) aaaGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGAT‑TATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGaaa < 2:705033/141‑1 (MQ=255) aaaGATGGAGACATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTATCTAATGATGAT‑TATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGaaa < 2:212497/141‑1 (MQ=255) aGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGAT‑TATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGAGATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGACAgg > 2:588196/1‑141 (MQ=255) aatatatCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGAT‑TATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAggg < 2:324518/140‑1 (MQ=255) tatatCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGAT‑TATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGaa > 2:319548/1‑141 (MQ=255) atatCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTACTAATGAT‑TATAATATAAAACAATTACGTAAAAGATAAGACATCCCAACAAATAAAGCGACAAAGACAGTGCAGAAAGGAACAgggcaa > 2:659280/1‑138 (MQ=14) atatCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGAT‑TATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAAt > 2:379954/1‑141 (MQ=255) atatCATATAATCCAGAGGTGCCGAGATATACAGCTCAATTACAATTAACCAATGATGAT‑TATAATGTAAAAAAATTACGTAATAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAAt > 2:412429/1‑141 (MQ=17) tCACATAACCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATACCAATTAACCAATGATGAT‑TATAATGTAAAACAATTACCTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTa < 2:503417/141‑1 (MQ=14) aTCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGAT‑TATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGtt < 1:403226/141‑1 (MQ=255) aTCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGAT‑TATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGtt > 1:387304/1‑141 (MQ=255) cAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGAT‑TATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTtcat > 2:671213/1‑141 (MQ=255) agGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGCGGAG‑TATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAg > 1:576411/1‑141 (MQ=255) agGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGAT‑TATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGGACAGAGAATTT‑AAAGGTTCATCGGt > 2:311475/1‑141 (MQ=255) gTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGAT‑TATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGtt > 2:17804/1‑141 (MQ=255) gTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGAT‑TATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGAAATTTAAAAGGTTCATCAGtt > 1:289519/1‑141 (MQ=255) gAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGAT‑TATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGata < 1:602715/141‑1 (MQ=255) ggTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGAT‑TATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGatat < 2:319887/140‑1 (MQ=255) aTTCAGCTCAATATCCATTGAATAAT‑ATAATAGATAATGTACAACAATTACGTAAAAGATATGACAGACCAACAAATAAAGATCCGAAGCTGGTGGTGAAAGGTAGAGGGTATTGAAAAGGTTCATCAGTTGGATATaaaa > 2:807279/1‑141 (MQ=14) aTTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGAT‑TATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGACGCTGTTGTTGAAAGTTACAGCGACTCTAAAAGGGTCATCAGTTGGATATgaaa > 2:337665/1‑141 (MQ=17) gCTCAATATCAATTAACTAATGATGAT‑TATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATaaaaaaact > 2:836845/1‑139 (MQ=255) cTCAATATCAATAAACTAATGATGAT‑TATAAAGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGAAAATAAAAAAATTg < 2:254370/141‑1 (MQ=255) cAATATCAATTAACTAATGATGAT‑TATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGGTATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAAGTGaa < 1:570541/141‑1 (MQ=255) cAATATCAATTAACTAATGATGAT‑TATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGaa < 2:721437/141‑1 (MQ=255) | CTGAGGAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGAT‑TATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAATTGAA > CP000730/111376‑111656 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |