| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP000730 | 117,845 | A→T | 6.1% | E261V (GAA→GTA) | USA300HOU_0115 → | possible MFS family major facilitator transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 117,845 | 0 | A | T | 6.1% | 302.8 / 8.0 | 101 | E261V (GAA→GTA) | USA300HOU_0115 | possible MFS family major facilitator transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (36/57); new base T (3/3); total (39/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.78e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.78e-01 | |||||||||||
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
TGTCATTACTAAAGGTGCAGCACTTGGTTACACATCATTATGGTTCTTTGGTTTGATTGCAATCGTAATTGTAGCATTCTTTATTTTCTTAAATGTTGAGAAAAAAGTAGATAATCCACTTATTGATTTTAAATTATTTGAAAATAAACCATATACAGGTGCAACGATTTCGAACTTCTTATTAAACGGTGTTGCAGGTACATTAATTGTAGCGAATACATTCGTGCAACAAGGTTTAGGTTATACAGCATTGCAGGCAGGATACTTATCAATTACT > CP000730/117705‑117981 | tGTCATTACTAAAGGTGCAGCACTTGGTTACACATCATTATGGTTCTTTGGTTTGATTGCAATCGTAATTGTAGCATTCTTTATTTTCTTAAATGTTGAGAAAAAAGTAGATAATCCACTTATTGATTTTAAATTATTTGa > 2:139562/1‑141 (MQ=255) ttaaTTACTAAAAGGTCAGCACTGAGTTACAAATCATTATTTTTCTATGCCTTGATTGCAAACGTAATTGTAGCCTTCTTTATTTTTTTAAAAAAAAAAAAAAAAGTAGATAATCCACTTATTGATTTTAAATTATTTGaa < 2:791993/138‑1 (MQ=255) tatttgttaaGGTGCAGCATGTGGTTACGCATTATTATGGTTCTTTGTTTTGATTGCAACTGTAATTGTAGCTTTCTTTATTTTTTTAAATGTTGAGAAAAAAGTAGATAATCCACTTATTGATTTTAAATTATTTGaaaa < 2:293748/133‑1 (MQ=255) cATTACTAAAGGTGCAGCACTTGGTTACACATCATTATGGTTCTTTGGTTTGATTGCAATCGTAATTGTAGCATTCTTTCTTTTCTTAAATGGTGAGAAAAAAGTAGATAATCCACTTATTGATTTTAAATTATTTGaaaa < 1:364294/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tAAATTATTTGAAAATAAACCATATACAGGTGCAACGATTTCGAACTTCTTATTAAACGGTGTTGCAGGTACATTAATTGTAGCGAATACATTCGTGCAACAAGGTTTAGGTTATATAGCATTGCAGGCAGGATACTTATc < 1:537261/141‑1 (MQ=255) attattTGAAAATAAACCATATACAGGTGCAACGATTTCGAACTTCTTATTAAACGGTGTTGCAGGTACATTAATTGTAGCGAATACATTCGTGCAACAAGGTTTAGGTTATACAGCATTGCAGGCAGGATACTTATCAAt < 2:416405/141‑1 (MQ=255) attattTGAAAATAAACCATATACAGGTGCAACGATTTCGAACTTCTTATTAAACGGTGTTGCAGGTACATTAATTGTAGCGAATACATTCGTGCAACAAGGTTTAGGTTATACAGCATTGCAGGCAGGATACTTATCAAt > 1:654044/1‑141 (MQ=255) attTGAAAATAAACCATATACAGGTGCAACGATTTCGAACTTCTTATTAAACGGTGTTGCAGGTACATTAATTGTAGCGAATACATTCGTGCTACATGGTTTAAGTTATTCATCATTGCTGTCAGGATACTTAtttagtac > 2:728362/1‑134 (MQ=255) tttGAAAATAAACCATATACAGGTGCAACGATTTCGAACTTCTTATTAAACGGTGTTGCAGGTACATTAATTGTAGCGAATACATTCGTGCAACAAGGTTTAGGTTATACAGCATTGCAGGCAGTATACTTATCAATTACt < 1:417245/141‑1 (MQ=255) | TGTCATTACTAAAGGTGCAGCACTTGGTTACACATCATTATGGTTCTTTGGTTTGATTGCAATCGTAATTGTAGCATTCTTTATTTTCTTAAATGTTGAGAAAAAAGTAGATAATCCACTTATTGATTTTAAATTATTTGAAAATAAACCATATACAGGTGCAACGATTTCGAACTTCTTATTAAACGGTGTTGCAGGTACATTAATTGTAGCGAATACATTCGTGCAACAAGGTTTAGGTTATACAGCATTGCAGGCAGGATACTTATCAATTACT > CP000730/117705‑117981 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |