| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 797,329 | G→C | 5.0% | Q82H (CAG→CAC) | USA300HOU_0745 → | glycine/betaine/carnitine/choline ABC superfamily ATP binding cassette transporter, ABC protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 797,329 | 0 | G | C | 5.0% | 262.3 / 3.9 | 81 | Q82H (CAG→CAC) | USA300HOU_0745 | glycine/betaine/carnitine/choline ABC superfamily ATP binding cassette transporter, ABC protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (36/40); new base C (2/2); total (38/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.14e-01 | |||||||||||
GGTTGTGGAAAAACTACGACATTAAAAATGATTAATCGACTCATTCACTTAAGTGAAGGTTATATTTATTTTAAAGATAAACCAATAAGTGATTATCCAGTATACGAAATGCGTTGGGATATTGGATACGTATTGCAGCAGATTGCATTATTCCCACATATGACAATCAAAGAAAATATTGCACAAGTGCCACAAATGAAAAAGTGGAAAGAAAAAGATATAGATAAAAGAGTAGATGAATTACTTGAAATGGTTGGATTAGAACCTGAAAAATATAA > CP000730/797192‑797469 | ggTTGTGGAAAAACTACGACATTAAAAATGATTAATCGACTCATTCACTTAAGTGAAGGTTATATTTATTTAAAAGATAAACCAATAAGTGATTATCCAGTATACGAAATGCGTTGGGATATTGGATACGAATTgcagcac > 1:376925/1‑140 (MQ=255) gTTGTGGAAAAACTACGACATTAAAAATGATTAATCGACTCATTCACTTAAGTGAAGGTTATATTTATTTTAAAGATAAACAAATAAGTGATTATCCAGTATACGAAATGCGGTGGGATATTGGATACGTATTGCAGCAGa > 1:25329/1‑141 (MQ=255) gtgGAAAAACTACGACATTAAAAATGATTAATCGACTCATTCACTTAAGTGAAGGTTATATTTATTTTAAAGATAAACCAATAAGTGATTATCCAGTATACGAAATGCGTTGGGATATTGGATACGTATTGCAGCAGATTg < 2:56852/141‑1 (MQ=255) ggAAAAACTACGACATTAAAAATGATTAACCGACTGATGCACTTAAGTGAAGGTTATATTTATTTTAAAGATAAACCAATAAGTGATTATCCAGTATACGAAATGCGTTGGGATATTGGATACGTATTGCAGCAGATAGCa < 2:349140/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tACGACATTAAAAATGATTAATCGACTCATTCACTTAAGTGAAGGTTATATTTATTTTAAAGATAAACCAATAAGTGATTATCCAGTATACGAAATGCGTTGGGATATTGGATACGTATTGCAGCAGATTGCATTATTccc < 2:459327/141‑1 (MQ=255) tACGACATTAAAAATGATTAATCGACTCATTCACTTAAGTGAAGGTTATATTTATTTTAAAGATAAACCAATAAGTGATTATCCAGTATACGAAATGCGTTGGGATATTGGATACGTATTGCACCAGATTGCATTATTccc > 2:680542/1‑141 (MQ=255) tACGACATTAAAAATGATTAATCGACTCATTCACTTAAGTGAAGGTTATATTTATTTTAAAGATAAACCAATAAGTGATTATCCAGTATACGAAATGCGTTGGGATATTGGATACGTATTGCACCAGATTGCATTATTccc > 2:680350/1‑141 (MQ=255) aCGACATTAAAAATGATTAATCGACCTATTCACTTAAGTGAAGGTTATATTTATTTTAAAGATAAACCAATAAGTGATTATCCAGTATACGAAATGCGTTGGGATATTGGATACGTATTGCAGCAGATTGCATTATTCCca < 2:609712/141‑1 (MQ=255) cGACATTAAAAATGATTAATCGACTCATTCACTTAAGTGAAGGTTATATTTATTTTAAAGATAAACCAATAAGTGATTATCCAGTATACGAAATGCGTTGGGATATTGGATACGTATTGCAGCAGATTGCATTATTCCcac > 1:15914/1‑141 (MQ=255) cGACATTAAAAATGATTAATCGACTCATTCACTTAAGTGAAGGTTATATTTATTTTAAAGATAAACCAATAAGTGATTATCCAGTATACGAAATGAGTTGGGATATTGGTAACGTGTTGCAGCAGATTGAATTATTCCcac > 1:209311/1‑141 (MQ=255) cGACATTAAAAATGATTAAGCGACTCATTCACTTAAGTGAAGGTTATATTTATTTTAAAGATAAACCAATAAGTGATTATCCAGTATACGAAATGCGTTGGGATATTGGATACGTATTGCAGCAGATTGCATTATTCCcac < 1:199486/141‑1 (MQ=255) ttAAAAATGATTAATTTACTCATTCACTTAAGTGAAGGGTAGATTTATTTTAAAGATAAACCAATAAGTGATTATCCAGTATACGAAATGCGTTGGGATATTGGATACGTATTGCAGCAGATTGCATTATTCCCACATATg < 1:557653/141‑1 (MQ=255) aaaaaTGATTAATCGACTCATTCACTTAAGTGAAGGTTATATTTATTTTAAAGATAAACCAATAAGTGATTATCCAGTATACGAAATGCGTTGGGATATTGGATACGTATTGCAGCAGATTGCATTATTCCCACATATGAc < 1:385815/141‑1 (MQ=255) aaaaTGTGTAATCTACTCATTCACTTAAGTGAAGGTTATATCTATTTTAAATATACACCAATAAGTGATTATCCACTATACGCAATTCGTTGCGACATTGGATACGAATTTCAGCAGATTGCATTATTCCCACTTATGACa < 2:314459/141‑1 (MQ=255) aaaaTGATTAATCGACTCATTCACTTAAGTGAAGGTTATATTTATTTTAAAGATAAACCAATAAGTGATTATCCAGTATACGAAATGCGTTGGGATATTGGATACGTATTGCAGCAGATTGCATTATTCCCACATATAACa > 2:648412/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) tatttTAAAGAGAAACAAATCAGTGATTTGCCAGTATACGAAATGCGTTGGGATATTGGATACGTATTGCAGCAGATTGCATTATTCCCACATATGAAAATCAAAGAAAATATTGCACAAGTGCCACAAATGAAAAAGTgg < 2:193930/141‑1 (MQ=255) atttTAAAGATAAACGAATAAGTGAGTATCCAGTATACGAAATGCGTTGGGATATTGGATACGTATTGCAGCAGATTGCATTATTCCCACATATGACAATCAAAGAAAATATTGCACAAGTGCCACAAATGAAAAAGTGga > 1:421661/1‑141 (MQ=255) atttTAAAGATAAACCAATAAGTGATTATCCAGTATACGAAATGCGTTGGGATATTGGATACGTATTGCAGCAGATTGCATTATTCCCACATATGACAATCAAAGAAAATATTGCACAAGTGCCACAAATGAAAAAGTGga < 1:361873/141‑1 (MQ=255) tAAAGATAAACCAATAAGTGATTATCCAGTATACGAAATGCGTTGGGATATTGGATACGTATTGCAGCAGATTGCATTATTCCCACATATGACAATCAAAGAAAATATTGCACAAGTGCCACAAATGAAAAAGTGgaaaga > 1:321161/1‑141 (MQ=255) aaaGAAAAACCAATAAGTGATTATCCAGTATACGAAATGCGTTGGGATATTGGATACGTATTGCAGCAGATTGCATTATTCCCACATATGACAATCAAAGAAAATATTGCACAAGTGCCACAAATGAAAAAGTGgaaagaa < 1:181489/141‑1 (MQ=255) aTAAACCAATAAGTGATTATCCAGTATACGAAATGCGTTGGGATATTGGATACGTATTGCAGCAGATTGCATTATTCCCACATATGACAATCAAAGAAAATATTGCACAAGTGCCACACATGAAAAAGTGGCACGACAAAg > 1:641035/1‑141 (MQ=255) aTAAACCAATAAGTGATTATCCAGTATACGAAATGCGTTGGGATATTGGATACGTATTGCAGCAGATTGCATTATTCCCACATATGACAATCAAAGAAAATATTGCACAAGTGCCACAAATGAAAAAGTGGAAAGAAAAAg > 1:411732/1‑141 (MQ=255) aTAAACCAATAAGTGATTATCCAGTATACGAAATGCGTTGGGATATTGGATACGTATTGCAGCAGATTGCATTATTCCCACATATGACAATCAAAGAAAATATTGCACAAGTGCAACAAATGAAAAAGTGGAAAGaaaaaa > 1:589965/1‑140 (MQ=255) tAAACCAATAAGTGATTATCCAGTTTACGAAATGCGTTGGGATATTATAGCCTTATTGCAGCAGATTGCATTATTCCCACATATGACAATCAAAGAAAATATTGCACAAGTGCCACAAATGAAAAAGTGGAAAGAAAAAGa < 1:394880/141‑1 (MQ=255) aaaCCAATAAGTGATTATCCAGTATACGAAATGCGTTGGGATATTGGATACGTATTGCAGCAGATTGCATTATTCCCACATATGACAATCAAAGAAAATATTGCACAAGTGCCACAAATGAAAAAGTGGAAAGAAAAAGaa > 1:218526/1‑140 (MQ=255) aaCCAATAAGTGATTATCCAGTATACGAAATGCGTTGGGATATTGGATACGTATTGCAGCAGATTGCATTATTCCCACATATGACAATCAAAGAAAATATTGCACAAGTGCCACAAATGAAAAAGTGGAAAGAAAAAGata < 1:123979/141‑1 (MQ=255) 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1:82626/141‑1 (MQ=255) ataCGAAATGCGTTGGGATATTGGATACGTATTGCAGCAGATTGCATTATTCCCACATATGACAATCAAAGAAAATATTGCACAAGTGCCACAAATGAGAAAGTGGAAAGAAAAAGATATATATATAAGAGTAGATGAAtt < 1:624951/141‑1 (MQ=255) aCGAAATGCGTTGGGATATTGGATACGTATTGCAGCAGATTGCATTATTCCCACATATGACAATCAAAGAAAATATTGCACAAGTGCCACAAATGAAAAAGTGGAAAGAAAAAGATATAGATAAAAGAGTAGATGAATTAc > 1:649016/1‑141 (MQ=255) cgagtagagaaatTGGACACGTATAGCATCAGATTTCATTATTCCCACATATGACAATCAAAGAAAATATTGCACAAGTGCCACAAATGAAAAAGTGGAAAGAAAAAGATATAGATAAAAGAGTAGATGAATTACTTGaaa < 1:102022/130‑1 (MQ=255) cGTTTGGATATTGGATACGTATTGCAGCAGATTGCATTATTCCCACATATGACAATCAAAGAAAATATTGCACAAGTGCCACAAATGAAAAAGTGGAAAGAAAAAGATATAGATAAAAGAGTAGATGAATTACTTGAAATg > 2:535815/1‑141 (MQ=255) cGTTGGGATATTGGATACGTATTGCAGCAGATTGCATTATTCCCACATATGACAATCAAAGAAAATATTGCACAAGTGCCACAAATGAAAAAGTGGAAAGAAAAAGATATAGATAAAAGAGTAGATGAATTACTTGAAATg > 1:8605/1‑141 (MQ=255) 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1:722332/1‑141 (MQ=255) | GGTTGTGGAAAAACTACGACATTAAAAATGATTAATCGACTCATTCACTTAAGTGAAGGTTATATTTATTTTAAAGATAAACCAATAAGTGATTATCCAGTATACGAAATGCGTTGGGATATTGGATACGTATTGCAGCAGATTGCATTATTCCCACATATGACAATCAAAGAAAATATTGCACAAGTGCCACAAATGAAAAAGTGGAAAGAAAAAGATATAGATAAAAGAGTAGATGAATTACTTGAAATGGTTGGATTAGAACCTGAAAAATATAA > CP000730/797192‑797469 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |