Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA CP000730 2,337,959 C→T 100% intergenic (‑125/‑119) USA300HOU_2195 ← / → USA300HOU_2196 possible MerR family transcriptional regulator/hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*CP0007302,337,9590CT100.0% 227.8 / NA 72intergenic (‑125/‑119)USA300HOU_2195/USA300HOU_2196possible MerR family transcriptional regulator/hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (47/25);  total (47/25)
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold.
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand.

TTAGTTTTCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTGGGT  >  CP000730/2337824‑2338094
                                                                                                                                        |                                                                                                                                       
ttAGTTTTCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTc                                                                                                                                    <  2:276337/141‑1 (MQ=255)
  aGTTTTCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCAt                                                                                                                                  <  2:678291/141‑1 (MQ=255)
     tttCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGt                                                                                                                               >  2:234178/1‑141 (MQ=255)
     tttCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGt                                                                                                                               <  2:559434/141‑1 (MQ=255)
           tGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTACATATATTGTCATCTTCGTTTGATTACTTGTTTTATATGATTCCAAATGTAAGTTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTaa                                                                                                                         >  2:804297/1‑141 (MQ=255)
            gCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAAt                                                                                                                        >  1:656646/1‑141 (MQ=255)
                   tCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTACATTTTTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTa                                                                                                                 >  1:782234/1‑141 (MQ=255)
                             tATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGtat                                                                                                       <  2:463999/141‑1 (MQ=255)
                                   tGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTa                                                                                                 >  1:209718/1‑141 (MQ=255)
                                       cgtcTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTACata                                                                                             >  2:74108/1‑141 (MQ=255)
                                       cgtcTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAata                                                                                             <  1:290301/141‑1 (MQ=255)
                                       cgtcTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAata                                                                                             >  1:577005/1‑141 (MQ=255)
                                       cgtcTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAata                                                                                             >  1:535313/1‑141 (MQ=255)
                                         tcTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTTTCTGTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAGTTACTTTAACAATTGTATTACTTTAATAtt                                                                                           >  1:390010/1‑141 (MQ=255)
                                         tcTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATAtt                                                                                           <  1:234178/141‑1 (MQ=255)
                                            aaaGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTCTGTTTCATCGTTTTTAATTATTTTAAAAATTGTATAACTTAAATAtttta                                                                                        >  2:587938/1‑139 (MQ=255)
                                             aaGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTaaa                                                                                       >  2:757538/1‑141 (MQ=255)
                                                     ttGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGAtata                                                                               >  2:40442/1‑141 (MQ=255)
                                                      tGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATAATTAAAATGATATaa                                                                              >  1:732907/1‑141 (MQ=255)
                                                       gCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAAt                                                                             >  2:55663/1‑141 (MQ=255)
                                                          ttATATATTGTCATCTTCCTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCAc                                                                          <  1:151325/141‑1 (MQ=255)
                                                           tatataTTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTGTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTAAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACt                                                                         >  2:802083/1‑141 (MQ=255)
                                                             tatatTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTaa                                                                       >  1:530072/1‑141 (MQ=255)
                                                              atatTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAATTATTTAAAATGATATAATCACTAAg                                                                      >  2:423066/1‑141 (MQ=255)
                                                              atatTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAg                                                                      <  2:632940/141‑1 (MQ=255)
                                                                  tGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGTTTg                                                                  >  1:306236/1‑141 (MQ=255)
                                                                    tCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGat                                                                <  2:744083/141‑1 (MQ=255)
                                                                         ttCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATACCTTAAATAATTAAAATGATATAATCACTAATATTGATAatat                                                           >  2:682069/1‑141 (MQ=255)
                                                                          tCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATAtt                                                          <  2:59180/141‑1 (MQ=255)
                                                                          tCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATAtt                                                          <  1:393466/141‑1 (MQ=255)
                                                                          tCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATAtt                                                          >  2:67021/1‑141 (MQ=255)
                                                                          tCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATAtt                                                          >  2:675738/1‑141 (MQ=255)
                                                                          tCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTCCTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATAtt                                                          >  1:530647/1‑141 (MQ=255)
                                                                           cGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATAttt                                                         >  2:291495/1‑141 (MQ=255)
                                                                            gTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTTACATTTTTTATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTCAGATTAATATTGTTTa                                                        >  2:36377/1‑141 (MQ=255)
                                                                            gTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTCTATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAAACACTAAGATGTATAATATTTa                                                        >  1:57245/1‑141 (MQ=255)
                                                                            gTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTTATCGTTTTTAATTATGTTAAAGATTGTCTAACTTACATATTTAAAATTATAGAAGTCCGAAGATTGATAATAATTa                                                        >  2:280330/1‑141 (MQ=255)
                                                                            gTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTCAGATTGAGAATATTTa                                                        >  2:704886/1‑141 (MQ=255)
                                                                              ttGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGAAACTATTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTCACACGATATCATCACCACGATTGATATGATTTAAt                                                      >  1:287093/1‑141 (MQ=255)
                                                                                gAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTCATATTTACTCATCCATAATTACTTAAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAAttt                                                    <  2:298421/141‑1 (MQ=255)
                                                                                    aCTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTCAGATTGATAATATTTACttttctt                                                >  1:286964/1‑138 (MQ=255)
                                                                                     cttcttATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGa                                               <  1:660932/141‑1 (MQ=255)
                                                                                      ttcttATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAACTGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGaa                                              >  1:376919/1‑141 (MQ=255)
                                                                                        tttattttattACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGCTATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGaaaa                                            <  1:743894/140‑1 (MQ=255)
                                                                                        cttTTTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGaaaa                                            <  1:324517/141‑1 (MQ=255)
                                                                                        cttATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGaaaa                                            <  1:811488/141‑1 (MQ=255)
                                                                                          tattttattACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGCAActt                                          >  1:673897/1‑141 (MQ=255)
                                                                                               tattaCTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTTTTTTTTTTTAATATTAAGTATTTAATTAATTTATATATTGTTTAACTTATTTTTATAAAATGATATAATCACTTAACTTGATATTATTACATTTATTTAAAATTAtttt                                     >  2:94749/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                attaCTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATTATTTTTTATTTTTTTAAAATttttttt                                    >  1:622594/1‑140 (MQ=255)
                                                                                                    cTCAGATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTg                                <  1:310050/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                       cAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTTTAAATTATTTAAGTAGCa                              >  2:581250/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                         aatttaaatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAAt                            >  1:472507/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                            ttaaatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAACATCCTATAACTTAAATATGTAAAATAATATAATCACTAAGATTGCTAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAAtttt                         >  2:546654/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                             taaatttGTCTCTTTTTTTTTTTTTTTTATTTCATCGATTTTAATTACTTTAAAAATTGTATTACTTAAATATTTAAAATGATGTAATCCCTAAGTTTTATAATATTTAATTTTTTGTTAATttttttttttttttttttt                        >  2:109306/1‑128 (MQ=255)
                                                                                                             taaatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGTTAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAAttttt                        >  2:517221/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                              aaatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTATATATTTAAAATGATATGATCACTAAGATTGTTAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTGGCAATTTTTg                       >  2:292973/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                              aaatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTg                       >  2:307266/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                               aatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTGCTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGAATGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATCTTAGTTGCAATTTTTgg                      >  2:754231/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                               aatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGGTAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTGTTgg                      >  1:211477/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                               aatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTgg                      <  1:346363/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                 tttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCCTCGTATTTAATTACTTTAAGAAATGTATAACTAGAATATTTAACATGATAAACTACCTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAATAATATTTTAGTTTAAATTTATggat                    >  2:353574/1‑139 (MQ=255)
                                                                                                                   tGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGa                  <  1:151692/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                    gTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGTTGAt                 >  1:90659/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                    gTCTCTTTTTTAAAATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGAt                 <  1:379078/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                       tctTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCg              <  1:17394/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                           ttttAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTGGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGaca          >  1:385699/1‑139 (MQ=255)
                                                                                                                              tAACTTTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAAtt       <  2:88392/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                               aaCATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAAttt      <  1:701225/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                aCATTTTATATTTTATCGTTTTTTATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGGTTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTg     <  2:196557/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                aCATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATGATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGGTGGGGAAAATTTg     >  1:266846/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                aCATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTCCTTTTTTGAAAATTCTTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAACATTTg     >  1:171367/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                   ttttATATTTCATCGTTTTTAATTACTCTAAAAATTGTATACCTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTTGGTGATGCGGAAAATTTGGGt  <  1:720916/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                        |                                                                                                                                       
TTAGTTTTCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTGGGT  >  CP000730/2337824‑2338094

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: