Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA CP000730 36,119 C→T 33.9% V145I (GTA→ATA)  USA300HOU_0026 ← IS431mec transposase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*CP00073036,1190CT33.9% 214.5 / 195.3 234V145I (GTA→ATA) USA300HOU_0026IS431mec transposase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (69/84);  new base T (42/37);  total (111/123)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.69e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.34e-01

Only 100 of 236 total aligned reads displayed.

TTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATA  >  CP000730/35979‑36249
                                                                                                                                             |                                                                                                                                  
ttttAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTAc                                                                                                                                    <  1:209886/141‑1 (MQ=40)
 tttAAAGTATTCTTTGCTGTACTGACACTTCGATACCTTTTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGGTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACt                                                                                                                                   <  1:77185/141‑1 (MQ=14)
    aaaGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGATGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTa                                                                                                                                <  2:40838/141‑1 (MQ=255)
    aaaGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTa                                                                                                                                <  1:60716/141‑1 (MQ=255)
       gTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAAcc                                                                                                                             >  2:370608/1‑141 (MQ=255)
       gTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAAcc                                                                                                                             >  2:201610/1‑141 (MQ=255)
       gTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAgtc                                                                                                                             <  2:311193/141‑3 (MQ=255)
        tATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCa                                                                                                                            >  1:145559/1‑141 (MQ=255)
          ttCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCAtt                                                                                                                          <  1:275922/141‑1 (MQ=255)
          ttCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCAtt                                                                                                                          <  1:20306/141‑1 (MQ=255)
            cTTTGCTGTATTGATACGTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGc                                                                                                                        <  2:97327/141‑1 (MQ=255)
            cTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGc                                                                                                                        <  2:53795/141‑1 (MQ=255)
            cTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTACTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCCCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGc                                                                                                                        >  2:177507/1‑141 (MQ=14)
             tttGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACCGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCt                                                                                                                       <  2:106065/141‑1 (MQ=255)
              ttGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCtg                                                                                                                      >  2:105459/1‑140 (MQ=255)
                gccgacttGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCtgcc                                                                                                                    <  2:295786/135‑4 (MQ=14)
                gccgTATTGATACTTTGATATATTGACAGTTTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGcc                                                                                                                    >  1:371310/4‑141 (MQ=14)
                    tATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTTCTACTTTCg                                                                                                                >  2:303567/1‑141 (MQ=255)
                     aTTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGt                                                                                                               <  1:121718/141‑1 (MQ=255)
                     aTTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGt                                                                                                               <  1:58800/141‑1 (MQ=255)
                      ttgctcaactGATACATTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTGGCTAAATTTGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑CCAATAGCACTCAGGTGTAATTTTAAGAAATTTAATTACTATAACCATTGCCACCGTCGtt                                                                                                              >  2:163700/10‑141 (MQ=2)
                      ttGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTACTCCATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGGCAGTCAGTTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGtt                                                                                                              >  2:113798/1‑141 (MQ=14)
                        gATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGa                                                                                                            <  2:97956/141‑1 (MQ=255)
                        gATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGa                                                                                                            <  1:303568/141‑1 (MQ=255)
                           aCTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAgg                                                                                                         >  2:126737/1‑141 (MQ=255)
                             tttGATACCTTGTCTTGCTTAGTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTg                                                                                                       >  1:190543/1‑141 (MQ=255)
                              ttGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGc                                                                                                      <  2:138473/141‑1 (MQ=255)
                              ttGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGc                                                                                                      <  2:287963/141‑1 (MQ=255)
                              ttGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGc                                                                                                      >  2:351991/1‑141 (MQ=255)
                                gATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCt                                                                                                    <  1:227157/141‑1 (MQ=255)
                                gATATCCTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCt                                                                                                    <  2:325465/141‑1 (MQ=255)
                                gATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCt                                                                                                    >  2:315077/1‑141 (MQ=255)
                                gATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGACATTGCTAACTTCGTTGAGGGTGCCt                                                                                                    >  2:253505/1‑141 (MQ=255)
                                  tatcTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTTCCTGa                                                                                                  >  2:150042/4‑141 (MQ=255)
                                  tACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCCTCGTTGAAGGTGCCTGa                                                                                                  >  1:257675/1‑141 (MQ=38)
                                        gTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATTT‑ACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTa                                                                                            >  1:316381/1‑141 (MQ=38)
                                         tctttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTaa                                                                                           >  2:84212/1‑141 (MQ=255)
                                           tttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAAtt                                                                                         <  2:267128/141‑1 (MQ=255)
                                           tttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCAATGCTACAGTCCCTTAAGGTGCCTGATCTGTAAtt                                                                                         <  1:89295/141‑1 (MQ=14)
                                              cttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATCACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGACGGTGCCTGAGTTGtacctacc                                                                                      >  2:212722/1‑141 (MQ=11)
                                              cttACTTTAATATGACGGAGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTAcc                                                                                      >  2:74675/1‑141 (MQ=255)
                                               ttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCt                                                                                     >  1:335960/1‑141 (MQ=255)
                                               ttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATAT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTCACTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCt                                                                                     >  1:250110/1‑141 (MQ=14)
                                                 aCTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGCTCTGTAATTACCttt                                                                                   >  2:249537/1‑141 (MQ=255)
                                                 aCTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCttt                                                                                   >  2:16088/1‑141 (MQ=255)
                                                  cTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTCCTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCtttt                                                                                  <  1:179046/141‑1 (MQ=255)
                                                  cTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCtttt                                                                                  >  1:318484/1‑141 (MQ=25)
                                                  cTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCtttt                                                                                  <  2:329947/141‑1 (MQ=25)
                                                      aaTATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCACTTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAgg                                                                              >  1:69213/1‑141 (MQ=11)
                                                          tGACGGTGATTTTGCCCAATGAGGTTATATTTTTATTTGGATGTGACTA‑GCAACTCAGGGTTAAGTTTAAAAGCTTTATTTACTTTAACCATTGCCACCTTCGTTGAAGGTGCCTGAGCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTa                                                                          <  1:365966/141‑1 (MQ=2)
                                                          tGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTa                                                                          >  1:299378/1‑141 (MQ=25)
                                                            aCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGGCAGTCCGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGCTCTGTAATTACCTTTTTAGGTTTAcc                                                                        >  2:45555/1‑141 (MQ=11)
                                                            aCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAcc                                                                        >  2:237521/1‑141 (MQ=21)
                                                            aCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTGTAACCATTGCTACCGTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAcc                                                                        <  1:217246/141‑1 (MQ=255)
                                                            aCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTCAGCCTTAcc                                                                        >  2:173595/1‑141 (MQ=11)
                                                             cGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCa                                                                       <  2:64606/141‑1 (MQ=11)
                                                              ggTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGTTACTTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCaa                                                                      <  2:204886/141‑1 (MQ=255)
                                                               gTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCaaa                                                                     >  1:219345/1‑141 (MQ=17)
                                                               gTGATCTTGCTCAAGGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCaaa                                                                     <  2:336996/141‑1 (MQ=11)
                                                                 gATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAAtt                                                                   <  1:345793/141‑1 (MQ=32)
                                                                   tCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGt                                                                 >  1:325456/1‑141 (MQ=17)
                                                                    cTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGtt                                                                >  1:129918/1‑141 (MQ=17)
                                                                    cTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGtt                                                                >  1:134885/1‑141 (MQ=17)
                                                                       tgtCAATGAGGTTTTTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTaa                                                             <  2:69513/139‑1 (MQ=11)
                                                                       gCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTaa                                                             <  2:185073/141‑1 (MQ=17)
                                                                        cTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAAt                                                            <  1:321417/141‑1 (MQ=12)
                                                                        cTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAAt                                                            <  2:190543/141‑1 (MQ=17)
                                                                         tCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATg                                                           <  2:76787/141‑1 (MQ=32)
                                                                          cAATTAGGTTATTCATATATTTCGATGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTATCCATTGCTATCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTCTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATga                                                          <  2:196988/141‑1 (MQ=11)
                                                                           aaTGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACTACATAGTTTAATgag                                                         >  2:66785/1‑141 (MQ=11)
                                                                           aaTGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATgag                                                         >  2:276688/1‑141 (MQ=255)
                                                                             tGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGAc                                                       <  1:105459/141‑1 (MQ=11)
                                                                              gAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACg                                                      >  2:294753/1‑141 (MQ=12)
                                                                               gggTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGt                                                     <  2:234086/140‑1 (MQ=12)
                                                                               aggctgttCATATATCTCGATGT‑ACAACGGCAGTCAGGTTTAAGTGTAAAATCTTTAATTACTTTAACCACTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCCGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGt                                                     <  1:113798/135‑1 (MQ=11)
                                                                               aGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGt                                                     <  2:301587/141‑1 (MQ=17)
                                                                               aGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGt                                                     <  1:177507/141‑1 (MQ=255)
                                                                                ggTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAATCATTGCTACCTTTGTTGAAGGTTCCTGATCTGTAATTACATTTTGTTGTTTGCTAAATTGTTTAATGAGACGtt                                                    >  1:361793/1‑141 (MQ=11)
                                                                                ggTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGCCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGtt                                                    <  1:201173/141‑1 (MQ=11)
                                                                                  ttATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTg                                                  <  2:358758/141‑1 (MQ=17)
                                                                                  ttATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTg                                                  <  1:317116/141‑1 (MQ=11)
                                                                                  ttATTCAGATATTTCGATGG‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTg                                                  >  1:197112/1‑141 (MQ=12)
                                                                                   tATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGa                                                 >  2:193166/1‑141 (MQ=12)
                                                                                   tATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAACAAATTGTTTAATGAGACGTTTGa                                                 <  1:238934/141‑1 (MQ=17)
                                                                                      tCAGATATTTCGATGT‑ACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATaa                                              >  1:306325/1‑141 (MQ=255)
                                                                                       cAGATATTTCGATGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATaaa                                             >  2:15518/1‑141 (MQ=12)
                                                                                              ttCGATGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCatat                                      >  1:22247/1‑141 (MQ=17)
                                                                                               tCGATGT‑ACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATg                                     >  1:340904/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                cGATGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATCGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACGTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAATGCATATGc                                    <  2:275484/141‑1 (MQ=11)
                                                                                                  aTGT‑ACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGGAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTg                                  <  1:27075/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                  aTGT‑ACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCta                                  >  1:213549/1‑140 (MQ=17)
                                                                                                     t‑ACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAAt                               >  1:53165/1‑141 (MQ=11)
                                                                                                       aCAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATg                              <  2:282106/141‑1 (MQ=17)
                                                                                                       aCAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATg                              >  2:131837/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                        cAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGa                             >  1:153818/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                        cAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGa                             >  1:265812/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                         aaggACAGTCAGGTTTAAGTTGAAAAGCTTTAATTATGTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGAt                            <  2:118688/138‑1 (MQ=11)
                                                                                                         aaTGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGAt                            <  1:262994/141‑1 (MQ=11)
                                                                                                         aaTGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGAt                            <  1:196308/141‑1 (MQ=32)
                                                                                                                                   gcgttAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGTTCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACGAAATTTTTTAAGGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCATCCAAata  <  1:234769/138‑1 (MQ=1)
                                                                                                                                             |                                                                                                                                  
TTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGT‑ACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATA  >  CP000730/35979‑36249

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑