Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA CP000730 512,643 A→G 23.4% intergenic (+711/‑150) recR → / → rrs1 recombination protein RecR/16S ribosomal RNA

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*CP000730512,6430AG23.4% 65.4 / 18.3 44intergenic (+711/‑150)recR/rrs1recombination protein RecR/16S ribosomal RNA
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (17/15);  new base G (2/8);  total (20/24)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.28e-02
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.63e-01

AGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATC  >  CP000730/512503‑512779
                                                                                                                                            |                                                                                                                                        
aGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTCAGAAATAACTTGAATTACTACCGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTta                                                                                                                                          >  2:125468/1‑141 (MQ=255)
aGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTta                                                                                                                                          >  1:63553/1‑141 (MQ=255)
aGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTta                                                                                                                                          <  1:223770/141‑1 (MQ=255)
    gtAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAGAGTTATTGACTTAAATGTtaataa                                                                                                                                      >  1:330310/1‑141 (MQ=255)
             aCTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaa                                                                                                                             >  1:32991/1‑141 (MQ=255)
              cTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAAGGTTAATAAAATGTAtaat                                                                                                                            >  1:188169/1‑141 (MQ=255)
                gttgttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaatta                                                                                                                          >  1:146821/1‑141 (MQ=255)
                gttgttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaatta                                                                                                                          >  1:5692/1‑141 (MQ=255)
                  tgttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaattaat                                                                                                                        <  2:329896/141‑1 (MQ=255)
                     tAAGCATTTTGAAAGCCTGAATAGTATTTATTTATCAAAGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATGAATTTTAAAAAGTTATAGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCt                                                                                                                     <  2:125057/141‑1 (MQ=255)
                        gCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGt                                                                                                                  >  1:130321/1‑141 (MQ=255)
                           gTTTGAAAGCCTGTATAGTATCTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCgg                                                                                                               <  2:17819/141‑1 (MQ=255)
                            tttGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACATAAGAAATAACTTGAAATACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAGATGTATAATTAATTCtaaaaaaa                                                                                                              <  2:266714/141‑8 (MQ=255)
                                aaaGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGa                                                                                                          >  1:82795/1‑141 (MQ=255)
                                  aGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGaaa                                                                                                        >  1:284503/1‑141 (MQ=255)
                                        tataGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGaa                                                                                                  >  2:132089/1‑141 (MQ=255)
                                                 tatttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGaaaa                                                                                         <  2:82505/141‑1 (MQ=255)
                                                  atttGTTGAGGCAAAAAAAACAACGCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAAc                                                                                        <  2:221798/141‑1 (MQ=255)
                                                        tgATGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGagac                                                                                  <  2:155133/141‑4 (MQ=255)
                                                          aGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAATTGAATGaa                                                                                >  1:234255/1‑140 (MQ=255)
                                                                acaaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATg                                                                          >  2:102695/1‑141 (MQ=255)
                                                                             actTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTc                                                             <  2:307195/141‑1 (MQ=255)
                                                                                        aaCTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAATTGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAAGGACAATGTGTCAACGTAAATTCCAAAAAACGTa                                                  >  1:227601/1‑141 (MQ=255)
                                                                                          cTTGAATTACTAACGAAAATTAATTATAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAAc                                                <  2:188390/141‑1 (MQ=255)
                                                                                           ttGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACt                                               <  2:5692/141‑1 (MQ=255)
                                                                                           ttGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACt                                               >  2:83330/1‑141 (MQ=255)
                                                                                            tGAATTACTAACGAAAATTGATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTCATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGAAAGAAAAAGGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAAAGAAACta                                              >  1:198198/1‑141 (MQ=37)
                                                                                               aatACTAAAGAAAAATAATTATAAAAAGTAATTGAATAAAAAGTTAAAAAAATGTAAAAGAAATTCTTCACGCCAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATAGGTCAAAAAAAAAAAAAAAAAACGTAACTATaa                                           <  2:89791/139‑1 (MQ=255)
                                                                                               aTTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATaa                                           <  1:122926/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                       aatgaacaaaataaaaaaaGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACaaa                                   <  2:317964/127‑1 (MQ=25)
                                                                                                          aaaTTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACat                                <  2:362634/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                          aaaTTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAAAGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAAAat                                >  2:338785/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                           gcaaagataaaaaaaGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACatt                               >  2:323655/11‑141 (MQ=255)
                                                                                                            attaattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACatta                              >  2:286755/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                            acaagataaaaaaaGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACatta                              <  2:46475/132‑1 (MQ=255)
                                                                                                                attTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTa                          >  2:192914/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                      aaaaGTTAATGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGATAATTACAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTAttt                    <  2:117308/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                         aGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAGGTTACAAACATTATTAGGtatgtatg                 >  1:120737/1‑141 (MQ=21)
                                                                                                                           ttATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAg               <  1:303010/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                           ttATTGAATTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAg               <  1:118638/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                            tATGGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGc              <  2:83317/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                             aTTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAACCATTATTTAGTATTTATGAGcc             >  2:5409/1‑140 (MQ=255)
                                                                                                                                gACTTAAATGTTCATAAAATGGATAATCAATCCCTGCCGCTAAGAAACATGAACATTGAATTCTGACCGACAATATTTCAAAATAAAAAAAAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGTGCTAAt          <  2:192246/141‑1 (MQ=12)
                                                                                                                                  cTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCa        >  1:190560/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                      aaTGTCAATAAAATGTATAATTAATTCGTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAATTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAAca    <  2:198198/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                       aTGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAAcat   <  2:1317/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                       aTGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATCCCGTCAGCGATTACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAAcat   <  1:289897/141‑1 (MQ=17)
                                                                                                                                        tGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAAcatc  <  1:42620/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                            |                                                                                                                                        
AGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATC  >  CP000730/512503‑512779

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑