| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,513,930 | A→T | 100% | L413F (TTA→TTT) | USA300HOU_1379 → | hypothetical membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,513,930 | 0 | A | T | 100.0% | 74.7 / NA | 23 | L413F (TTA→TTT) | USA300HOU_1379 | hypothetical membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (7/16); total (7/16) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
TGTATGTATCGCTTTATTAGTAGCCATTGGCATGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTAATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGCTAAACAATAATGCACTTAAAGTTTTGAACTGACGAAATTT > CP000730/1513801‑1514062 | tgtatgtaTCGCTTTATTAGTAGCCATTGGCATGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAgg < 2:340332/141‑1 (MQ=255) tatgtatCGCTTTATTAGTAGCCATTGGCATGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGat < 1:264633/141‑1 (MQ=255) tgtagCCATTGGCATGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACGCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCattatt < 2:49485/140‑1 (MQ=255) gCCATTGGCATGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGa < 1:298157/141‑1 (MQ=255) aTTGGCATGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTa < 1:69921/141‑1 (MQ=255) ggcttGGCTGTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATcc < 1:145130/138‑1 (MQ=255) tttGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTGTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCtt > 1:198415/1‑141 (MQ=255) tgactctTGGCCACAGCGTACAAAAATTACTGTAAGAATAGTTCCACATCGTGTATATAAACCAGCTTCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGt < 2:256620/138‑1 (MQ=255) ttgaaaaaaGCGTACAAAAAAGACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTtat < 2:110236/135‑1 (MQ=255) aGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCTCGGAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAAt < 1:141371/141‑1 (MQ=255) gCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAAtt < 1:316949/141‑1 (MQ=255) tACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTAAATTAat > 2:61242/1‑141 (MQ=255) aaaaaaTACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTTTCCTTGTTTTTATAATTGAATTAAtttt > 2:193994/1‑141 (MQ=255) aaaTACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATtata > 2:2271/1‑141 (MQ=255) tGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTaa > 1:313900/1‑141 (MQ=255) cAATAAAAGTACCACATCTCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAAGTTGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAg < 2:164689/141‑1 (MQ=255) aTAAAAGTACCAAATAAAGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGAt < 2:287638/141‑1 (MQ=255) aGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGAtcgtcg > 1:235755/1‑141 (MQ=255) aTCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGCTAAAc < 1:354876/141‑1 (MQ=255) ccgTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGCTAAACaat < 1:2409/140‑1 (MQ=255) gTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGCTAAACaataa > 1:168823/1‑141 (MQ=255) ccAGCATCTATATCATTCATAATCTGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGCTAAACAATAATGCACTTaa < 2:340092/141‑1 (MQ=255) atatGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGCTAAACAATAATGCACTTAAAGTTGTGAACTGACGAAAttt < 1:185770/141‑1 (MQ=255) | TGTATGTATCGCTTTATTAGTAGCCATTGGCATGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTAATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGCTAAACAATAATGCACTTAAAGTTTTGAACTGACGAAATTT > CP000730/1513801‑1514062 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |