| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 35,876 | C→T | 41.7% | intergenic (+107/+1) | USA300HOU_0025 → / ← USA300HOU_0026 | hypothetical protein/IS431mec transposase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 35,876 | 0 | C | T | 41.7% | 58.3 / 60.3 | 62 | intergenic (+107/+1) | USA300HOU_0025/USA300HOU_0026 | hypothetical protein/IS431mec transposase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (16/20); new base T (10/16); total (26/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.95e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCT‑AGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATAT‑AGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACC > CP000730/35736‑36016 | aGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGc < 1:157007/141‑1 (MQ=255) aTTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGCTCTGATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAACGAAAGAGAAGAAAGCTAACCAATAATTTATCATGTCCGTGTTCGCTTaa > 2:78070/1‑141 (MQ=255) tCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACt > 1:10051/1‑141 (MQ=255) taAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCT‑Ag < 1:13430/141‑1 (MQ=255) 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2:158653/141‑1 (MQ=17) cTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCT‑AGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGc < 2:208903/141‑1 (MQ=255) cTTAAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCGGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCT‑AGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGc < 2:243140/141‑1 (MQ=255) acaacaGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCT‑AGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGaaaa > 2:226083/1‑141 (MQ=255) aCAAGAGCTAAAATAAAATTGTCATCTAATAAAAATAGACAGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATCTATCATTGGAGGGTTCGCTTAACTTGCT‑AGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGaaaa < 1:311465/141‑1 (MQ=17) gagCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCT‑AGCATGATTCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCg > 2:310540/1‑141 (MQ=255) 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2:186990/141‑1 (MQ=255) aTCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCT‑AGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGc < 2:10051/141‑1 (MQ=255) tCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCT‑AGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCg < 1:213002/141‑1 (MQ=255) ttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCT‑AGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGtt < 2:340933/140‑1 (MQ=11) taagaaAAATTGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCT‑AGCATGATGCTAATCTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGt < 2:61688/141‑1 (MQ=255) ataaAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCT‑AGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTc < 2:156609/141‑1 (MQ=38) 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(MQ=11) aGTGTTCGTTTAACTTGCT‑AGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGGGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTACGGTTCTTTTTATAT‑AGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACt > 1:325465/1‑141 (MQ=255) gttttCGTTTTACTTGCT‑AGCATGATGCTAATTTCGAGGCATGGGGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTACGGTTCTTTTTATAT‑AGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACtt < 1:220734/138‑1 (MQ=11) gtgtTCGTTTAACTTGCT‑AGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGGGAAAATCCGTAGATCTGCGGATACCTACGGTTCTTTTTATAT‑AGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACtt < 1:368075/141‑1 (MQ=11) gtgtTCGTTTAACTTGCT‑AGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGGGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTACGGTTCTTTTTATAT‑AGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACtt > 1:355741/1‑141 (MQ=11) gtgtTCGTTGAAGTTGCT‑AGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGGGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTACGGTTCTTTTTATAT‑AGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACtt < 2:241365/141‑1 (MQ=11) gtgtTCGCTTAACTTGCT‑AGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATAT‑AGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACtt > 1:320397/1‑141 (MQ=32) tgtTCGTTTAACTTGCT‑AGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGGGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTACGGTTCTTTTTATAT‑AGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACttt > 1:249908/1‑141 (MQ=255) tgtTCGTTTAACTTGCT‑AGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGGGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTACGGTTCTTTTTATAT‑AGAGCGAGAACACGGTCAAGACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACttt > 1:28804/1‑141 (MQ=11) tgtTCGTTTAACTTGCT‑AGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATAT‑AGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACttt > 2:325923/1‑141 (MQ=17) gtTCGTTTAACTTGCT‑AGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATAT‑AGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTg > 2:340462/1‑141 (MQ=12) gtTCGCTTAACTTGCTCGGCATGGT‑TTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATAT‑AGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTg > 2:265240/1‑141 (MQ=11) 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2:251961/141‑1 (MQ=17) gCTTAACTTGCT‑AGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATAT‑AGAGCGTAAATACACTCCATGCCTGTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATAc > 1:287963/1‑141 (MQ=255) gCTTAACTTGCT‑AGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATAT‑AGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATAc < 2:365020/141‑1 (MQ=17) gCTTAACTTGCT‑AGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATAT‑AGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATAc < 2:49348/141‑1 (MQ=17) cTTAACTTGCT‑AGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGTCCTGCGGTTCTTTTTATAT‑AGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATAcc < 2:229755/141‑1 (MQ=17) | AGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCT‑AGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATAT‑AGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACC > CP000730/35736‑36016 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |