BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
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Read alignment evidence...
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*	CP000730	36,087	0	A	G	62.0%	812.8 / inf	1050	C155C (TGT→TGC)	USA300HOU_0026	IS431mec transposase
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (202/197); new base G (329/313); total (537/513)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.49e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.66e-01

Only 100 of 1054 total aligned reads displayed.

TTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTAT  >  CP000730/35947‑36226

        taGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAgg                                                                                                                                      <  1:447224/141‑1 (MQ=255)

         agagCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGgt                                                                                                                                     >  2:629513/1‑141 (MQ=255)

         agagCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGgt                                                                                                                                     >  2:206830/1‑141 (MQ=255)

          gagCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGgtt                                                                                                                                    >  1:274408/1‑141 (MQ=255)

           agCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGgttt                                                                                                                                   >  1:424458/1‑141 (MQ=255)

                 aaTACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACGATGACAGTCAGgtttaagttt                                                                                                                             >  1:198589/1‑141 (MQ=255)

                 aaTACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGgtttaagttt                                                                                                                             <  2:102838/141‑1 (MQ=255)

                 aaTACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTTTTTATTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTGCGgtttaagttt                                                                                                                             >  1:555033/1‑141 (MQ=14)

                  aTACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGgtttaagttta                                                                                                                            >  2:410155/1‑141 (MQ=255)

                  aTACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGgtttaagttta                                                                                                                            <  1:459619/141‑1 (MQ=255)

                  aTACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGgtttaagttta                                                                                                                            >  1:397407/1‑141 (MQ=255)

                   tACATTCAATCCCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATTTCCAAAGACATTCAGgtttaagtttaa                                                                                                                           >  1:380828/1‑141 (MQ=14)

                            ttcctttttatggtttCTTTGCCGTATTGCTACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGCGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTaa                                                                                                                  <  2:225519/127‑1 (MQ=14)

                             aCCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGAAAGTAATATGTAATTTTAAAAGCTTTAAt                                                                                                                 <  1:580682/141‑1 (MQ=14)

                             aCCTTGTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCGGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAAt                                                                                                                 <  1:328054/141‑1 (MQ=255)

                              ccTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGAGACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCACTGAGGGTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAAtt                                                                                                                <  1:67022/141‑1 (MQ=14)

                              ccTTTTAAAGTATTCTTAGCAGTATGGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAAtt                                                                                                                >  2:762256/1‑141 (MQ=255)

                                ttttAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTAc                                                                                                              <  2:7259/141‑1 (MQ=255)

                                ttttAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTAc                                                                                                              >  2:178050/1‑141 (MQ=255)

                                ttttAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTat                                                                                                              >  2:591886/1‑140 (MQ=255)

                                 tttAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTGCTGACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACt                                                                                                             <  1:534278/141‑1 (MQ=255)

                                 tttAAAGTATTCTTTGCTGTATCGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACt                                                                                                             <  1:592935/141‑1 (MQ=255)

                                  ttAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACtt                                                                                                            >  1:156831/1‑141 (MQ=255)

                                  ttAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTattt                                                                                                            <  2:451936/141‑4 (MQ=255)

                                            ttttGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGc                                                                                                  <  2:439213/140‑1 (MQ=255)

                                            cTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGc                                                                                                  <  2:523757/141‑1 (MQ=255)

                                                gccgTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCtgcc                                                                                              <  1:310824/138‑4 (MQ=255)

                                                gCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTAcc                                                                                              >  2:470261/1‑141 (MQ=255)

                                                gCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTAcc                                                                                              >  1:755127/1‑141 (MQ=255)

                                                gCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTAcc                                                                                              <  1:132463/141‑1 (MQ=255)

                                                gCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTAcc                                                                                              >  2:247836/1‑141 (MQ=255)

                                                  tGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCtt                                                                                            >  1:723585/1‑141 (MQ=255)

                                                    tATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCg                                                                                          <  2:322063/141‑1 (MQ=255)

                                                    tATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCATCCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCg                                                                                          <  1:570301/141‑1 (MQ=255)

                                                     aTTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGt                                                                                         <  2:238802/141‑1 (MQ=255)

                                                       tGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGCTCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATACTTCGCTGTACACTGGCTGTCCGGTTCAAGTTTAAAAGCTGTAATTACTTGAACCATTGCTACCTCAGTTg                                                                                       >  2:657062/1‑141 (MQ=14)

                                                        gtgccTTTGATTCCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTG‑a                                                                                     <  2:42798/137‑1 (MQ=14)

                                                        gATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTG‑a                                                                                     >  1:247499/1‑141 (MQ=255)

                                                        gATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGAGATCTTGCTCAATGAGGTTGTTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGATTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTG‑a                                                                                     >  1:115664/1‑141 (MQ=14)

                                                         aTACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCCCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCGATTGCTGCCTTCGTTG‑aa                                                                                    >  2:311961/1‑141 (MQ=14)

                                                         aTACTTTGATACCTTGTCTTTCCTACTTTAATATGACGGTGATATTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTG‑aa                                                                                    >  2:678136/1‑141 (MQ=255)

                                                           aCTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTcaacgaagg                                                                                   <  1:628437/141‑9 (MQ=14)

                                                           aCTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTG‑AAgg                                                                                  <  1:518972/141‑1 (MQ=40)

                                                            ttttGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATTACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTG‑AAGGt                                                                                 <  1:362986/140‑1 (MQ=255)

                                                            cTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGCTCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGt                                                                                 >  2:29689/1‑141 (MQ=255)

                                                             tttGATACCTTGTCTTTCTAACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTg                                                                                >  1:473391/1‑141 (MQ=38)

                                                             tttGATACCTTGTCTTGCTTTCTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTg                                                                                <  2:509410/141‑1 (MQ=255)

                                                              ttGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTG‑AAGGTGc                                                                               <  2:272755/141‑1 (MQ=255)

                                                              ttGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGc                                                                               >  2:283930/1‑141 (MQ=255)

                                                              ttGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGAGAACTCGCTCAATGAGGTTATTCAGATACATCGAGGGACAATGCCAGTCAGATTTAAGTTTAAAAGCGTTAATTACGGTAACCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGc                                                                               >  2:778487/1‑141 (MQ=11)

                                                               tGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGcc                                                                              <  1:352035/141‑1 (MQ=39)

                                                                gATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTG‑AAGGTGCCt                                                                             <  2:693908/141‑1 (MQ=255)

                                                                 aTACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGCCTg                                                                            >  2:128021/1‑141 (MQ=255)

                                                                  tACCCTGTCTTTTTTGATTTAATATGACGGTGATCTTACTCAATGTGGTTATTTAGATATTTCGGGGTACATTGATAATCAGGTTAAAGTTTCATGGCTTTTGTTCATTTATACTTTGGTACTTTCGtgggtgaagcctca                                                                            >  2:540857/1‑128 (MQ=255)

                                                                     cTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCt                                                                        <  1:337258/141‑1 (MQ=255)

                                                                       tGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCACATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGt                                                                      >  2:579904/1‑141 (MQ=255)

                                                                         tctttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGACCTGTaa                                                                    >  2:338578/1‑141 (MQ=255)

                                                                          ctttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCCGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTCCTTTAACCATTGCTACCTTCCTTG‑AACGTGCCTCACCTGTAAt                                                                   >  2:744322/1‑141 (MQ=14)

                                                                           tttcttACTTTAATATGACGGTGATGTTGCTCAATGAGGTTATTCACATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGACTGATCTGTAAtt                                                                  >  2:397577/1‑141 (MQ=11)

                                                                            ttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAATTa                                                                 >  2:710601/1‑141 (MQ=255)

                                                                             tcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAACTAc                                                                >  1:260868/1‑141 (MQ=255)

                                                                               ttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAATTACCt                                                              >  1:620068/1‑141 (MQ=255)

                                                                               ttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAACTACCt                                                              <  2:26012/141‑1 (MQ=255)

                                                                                tACTTGAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAATTACCtt                                                             <  1:702378/141‑1 (MQ=255)

                                                                                 aCTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAACTACCttt                                                            >  2:37773/1‑141 (MQ=255)

                                                                                  cTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTCG‑AAGGTGCCTGATCTGTAATTACCtttt                                                           <  1:499250/141‑1 (MQ=255)

                                                                                     tAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAg                                                        <  1:776363/141‑1 (MQ=255)

                                                                                       atatGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAATCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGt                                                      <  2:192105/141‑1 (MQ=255)

                                                                                        tatGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGtt                                                     >  1:544385/1‑141 (MQ=255)

                                                                                         atGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGctt                                                    >  1:142428/1‑141 (MQ=255)

                                                                                           gACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTAc                                                  <  1:762897/141‑1 (MQ=11)

                                                                                           gACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGAAAGTAAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTAc                                                  <  1:413638/141‑1 (MQ=11)

                                                                                           gACGGTGATCGTGCGCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAc                                                  >  2:534818/1‑141 (MQ=25)

                                                                                            aCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAcc                                                 >  2:46321/1‑141 (MQ=255)

                                                                                            aCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTACCTACCTTTTGTGGCGTAcc                                                 >  1:285744/1‑141 (MQ=11)

                                                                                            aCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAACTCCCTTTTGAGGCTTAcc                                                 >  2:117733/1‑141 (MQ=11)

                                                                                               gTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCaaa                                              <  1:233089/141‑1 (MQ=12)

                                                                                                   tCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTGGTTG‑ACGGGGCCTGGTCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACTAAATTGt                                          >  2:83179/1‑141 (MQ=11)

                                                                                                     ttGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGttt                                        <  2:365311/141‑1 (MQ=11)

                                                                                                       gCTCAATGAGGATATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTaa                                      >  2:14403/1‑141 (MQ=11)

                                                                                                         tCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATg                                    <  1:640598/141‑1 (MQ=17)

                                                                                                          cAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATga                                   <  2:570549/141‑1 (MQ=32)

                                                                                                            aTGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATtaga                                 >  1:100012/1‑141 (MQ=12)

                                                                                                            aTGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATgaga                                 <  1:303435/141‑1 (MQ=17)

                                                                                                             tGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGAc                                >  1:88155/1‑141 (MQ=17)

                                                                                                              gAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGATTTCACGGCTAGTGGATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACg                               <  1:739405/141‑1 (MQ=11)

                                                                                                                ggTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAACCACTCTAACTATTTTGGCCATTGATGCCCCCACCGCACGGTG‑CTTAGCGTGAACGACCTTGTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACggt                             >  2:166028/1‑139 (MQ=2)

                                                                                                                ggTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGtt                             >  1:688916/1‑141 (MQ=11)

                                                                                                                gattATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTCATTACCTTTTGACGTTTACCGAATTGTTTAATGAGACGtt                             >  2:35404/3‑141 (MQ=11)

                                                                                                                 gTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGttt                            <  2:621034/141‑1 (MQ=17)

                                                                                                                       cacatacTTGGAAGTACAATGAAAGTCAGGTTTAATGTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTTTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATaaa                      <  1:656923/138‑1 (MQ=11)

                                                                                                                       cAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATaaa                      >  2:49344/1‑141 (MQ=17)

                                                                                                                          atatTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTG‑AAGGGGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGc                   <  2:606840/141‑1 (MQ=11)

                                                                                                                            atTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCat                 <  2:645893/141‑1 (MQ=17)

                                                                                                                            atTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAAAAACCTTTTGAGGATTACAAAATTGTTTAATGAGACGTTTTGTAAAGGCat                 >  2:153043/1‑141 (MQ=11)

                                                                                                                               tCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATg              >  1:604571/1‑141 (MQ=12)

                                                                                                                                cGATGTACAATGACAGGCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTGTAGCCATTGCTGCCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGc             <  1:215336/141‑1 (MQ=11)

                                                                                                                                  aTGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGTTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATAGGACGTTTTTTAAACGCAGTTGCtt           >  1:5077/1‑140 (MQ=11)

                                                                                                                                     tACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAACTTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCCTATGCTGAAt        >  2:47865/1‑141 (MQ=11)

                                                                                                                                      aCAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATg       <  1:16833/141‑1 (MQ=255)

TTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTAT  >  CP000730/35947‑36226

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 12 ≤` `ATCG/ATCG` `< 13 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`