Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA CP000730 36,124 G→A 62.0% A143V (GCT→GTT)  USA300HOU_0026 ← IS431mec transposase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*CP00073036,1240GA62.0% 484.6 / inf 779A143V (GCT→GTT) USA300HOU_0026IS431mec transposase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (130/161);  new base A (227/249);  total (363/416)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.56e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.03e-01

Only 100 of 781 total aligned reads displayed.

AGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCC  >  CP000730/35985‑36264
                                                                                                                                           |                                                                                                                                            
aGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGc                                                                                                                                             >  2:684436/1‑141 (MQ=40)
 gTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCGTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGcc                                                                                                                                            <  2:637175/141‑1 (MQ=255)
     tCTTTGCTGTATTGACACTTTGATACCTTGTCTTTCTTTCTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACCATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTg                                                                                                                                        <  1:88716/141‑1 (MQ=14)
       tttGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCt                                                                                                                                      >  2:758876/1‑141 (MQ=255)
           cTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTAATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCCTTGCTACCt                                                                                                                                  >  2:183158/1‑141 (MQ=255)
             gTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTc                                                                                                                                <  1:499650/141‑1 (MQ=255)
              tATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCATCCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCg                                                                                                                               <  1:570301/141‑1 (MQ=255)
                ttGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGtt                                                                                                                             <  2:334441/141‑1 (MQ=255)
                ttGATACTGTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGtt                                                                                                                             <  2:24146/141‑1 (MQ=255)
                 tGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTg                                                                                                                            <  1:286466/141‑1 (MQ=255)
                  gATACTTTGATAGCGTGTCTTTCATACTTTAATATGCAGGTGATATTGCTCAATGAAGTTAATCAGATATCTCGATGTATTATGGCAGTCATGTTGAAGTTTAGAAGCTTTAATTATTTGAACCATTGCTACCTTCGTTGa                                                                                                                           <  2:380189/141‑1 (MQ=9)
                  gATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGa                                                                                                                           >  1:247499/1‑141 (MQ=255)
                     aCTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAgg                                                                                                                        <  1:595770/141‑1 (MQ=255)
                     aCTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGGGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGACTTCGTTTAAgg                                                                                                                        <  2:361040/141‑1 (MQ=14)
                     aCTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAgg                                                                                                                        <  1:518972/141‑1 (MQ=40)
                      ttttGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATTACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGt                                                                                                                       <  1:362986/140‑1 (MQ=255)
                       tttGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTg                                                                                                                      <  1:447004/141‑1 (MQ=255)
                        ttGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGc                                                                                                                     <  2:272755/141‑1 (MQ=255)
                          gATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCt                                                                                                                   >  1:77015/1‑141 (MQ=255)
                          gATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCATCGTTGAAGGTGCCt                                                                                                                   <  1:585114/141‑1 (MQ=255)
                           atatgttGTCTTTCTTACTTTAATATGACGCTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTCTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTg                                                                                                                  >  2:479233/6‑141 (MQ=14)
                           atatcTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTg                                                                                                                  >  2:460791/5‑141 (MQ=255)
                           aTACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAATGTGCCTg                                                                                                                  >  1:655086/1‑141 (MQ=255)
                           aTACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTg                                                                                                                  >  2:128021/1‑141 (MQ=255)
                            tACCCTGTCTTTTTTGATTTAATATGACGGTGATCTTACTCAATGTGGTTATTTAGATATTTCGGGGTACATTGATAATCAGGTTAAAGTTTCATGGCTTTTGTTCATTTATACTTTGGTACTTTCGtgggtgaagcctca                                                                                                                 >  2:540857/1‑128 (MQ=255)
                              ccTTGTCTTTCTTACTTTATTATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTACGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTGAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATc                                                                                                               >  2:441611/1‑141 (MQ=255)
                               cTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCt                                                                                                              >  2:620649/1‑141 (MQ=255)
                               cTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTGGAAGGTGCCTGATCt                                                                                                              >  2:597014/1‑141 (MQ=255)
                                ttGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATGTTTCGAAGTACACTGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAACTTTACTTCATTTAGCAATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGACTGAGCtt                                                                                                             >  2:80827/1‑140 (MQ=11)
                                ttGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTTCCTGATCtt                                                                                                             >  1:47704/1‑140 (MQ=255)
                                  gTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGCCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTa                                                                                                           <  2:305450/141‑1 (MQ=255)
                                     tttcttACTTTAATATGTCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAAtt                                                                                                        <  2:373823/141‑1 (MQ=255)
                                          tACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCtt                                                                                                   <  1:623720/141‑1 (MQ=255)
                                          tACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAAGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCtt                                                                                                   <  2:578142/141‑1 (MQ=255)
                                           aCTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCttt                                                                                                  <  2:207070/141‑1 (MQ=255)
                                            cTTTAATATGACGGTGATCTTTCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCtttt                                                                                                 <  1:274856/141‑1 (MQ=255)
                                            cTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCtttt                                                                                                 <  2:735331/141‑1 (MQ=255)
                                             tttAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTg                                                                                                >  1:260610/1‑141 (MQ=255)
                                             tttAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTAAAGGTGCCTGATCTGGAACTACCTTTTg                                                                                                >  2:472776/1‑141 (MQ=11)
                                              tgaaTATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGa                                                                                               <  2:227548/139‑1 (MQ=255)
                                               tAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAg                                                                                              <  1:169359/141‑1 (MQ=255)
                                                 atatGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAATCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGt                                                                                            <  2:192105/141‑1 (MQ=255)
                                                  tatGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGtt                                                                                           >  1:544385/1‑141 (MQ=255)
                                                  tatGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTACGATGTACAATGGCAGCCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGtt                                                                                           <  2:58427/141‑1 (MQ=255)
                                                   atGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGttt                                                                                          >  1:560368/1‑141 (MQ=255)
                                                   atGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGctt                                                                                          >  2:403710/1‑141 (MQ=255)
                                                    tGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGAAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAAGTAGCGCTACCTTAGTTCGAGGAGCCTGCTCTGTGATTACCTGTTGAGGtttt                                                                                         >  1:694458/1‑140 (MQ=11)
                                                      gcGGTCAGCTTGTTCAATGGGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAcc                                                                                       <  1:30349/140‑1 (MQ=11)
                                                      aCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTCCCTTTTGAGGCTTAcc                                                                                       >  2:117733/1‑141 (MQ=11)
                                                      aCGGTGATCTTGCACAATGAGGTTATTCAGATATTTCGAAGTACACTGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCGTCGTTGAAGGTGCCGGATCTGTAATGACCTTTTTAGGTGTAcc                                                                                       >  2:530643/1‑141 (MQ=11)
                                                       cGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCa                                                                                      <  1:669774/141‑1 (MQ=21)
                                                        ggTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTATTTACCTTTCGAGGTTTACCaa                                                                                     <  1:410944/141‑1 (MQ=255)
                                                         gTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCaaa                                                                                    <  1:393151/141‑1 (MQ=17)
                                                         gTGATCTTGCTCAAAGAGGATATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCaaa                                                                                    >  1:514355/1‑141 (MQ=255)
                                                           gATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAAtt                                                                                  <  2:413964/141‑1 (MQ=17)
                                                             tCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGt                                                                                <  2:167280/141‑1 (MQ=32)
                                                              cTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGATTACCAAATTGtt                                                                               >  1:531112/1‑141 (MQ=17)
                                                              cTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGtt                                                                               >  2:51801/1‑141 (MQ=12)
                                                                tgcgcggtGAGGTTGGTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTa                                                                             <  2:670355/134‑1 (MQ=11)
                                                                 gCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTaa                                                                            <  2:767765/141‑1 (MQ=17)
                                                                 gCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTTATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTaa                                                                            <  2:252813/141‑1 (MQ=11)
                                                                 gCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGACGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTaa                                                                            <  1:214935/141‑1 (MQ=11)
                                                                  cTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAAt                                                                           <  1:14526/141‑1 (MQ=17)
                                                                     aaTGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATgag                                                                        <  1:463993/141‑1 (MQ=17)
                                                                     aaTGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATgag                                                                        <  1:159666/141‑1 (MQ=11)
                                                                      aTGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATtaga                                                                       >  1:100012/1‑141 (MQ=12)
                                                                      aTGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATgaga                                                                       <  1:352038/141‑1 (MQ=17)
                                                                        gAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGATTTCACGGCTAGTGGATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACg                                                                     <  1:739405/141‑1 (MQ=11)
                                                                         gggTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGt                                                                    <  2:492283/140‑1 (MQ=12)
                                                                         aGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGt                                                                    <  2:350658/141‑1 (MQ=11)
                                                                         aGGTTATTCAGAGATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGt                                                                    <  1:330121/141‑1 (MQ=17)
                                                                         aGGTTAGTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCGTTAAATATTTTAGCCATTGCTGTCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGt                                                                    <  2:282155/141‑1 (MQ=11)
                                                                          ggTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAATATTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGAGGtt                                                                   >  1:117924/1‑141 (MQ=11)
                                                                          ggTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTTCCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGtt                                                                   >  1:339400/1‑141 (MQ=11)
                                                                           gTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGttt                                                                  <  2:291646/141‑1 (MQ=17)
                                                                            ttATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTg                                                                 >  1:231984/1‑141 (MQ=17)
                                                                             tATTCAGATAATTCGATTTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACGTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGa                                                                <  2:146306/141‑1 (MQ=255)
                                                                              aTTCAGATATTTTGATGTATGAGGTCTGTTAGGTTTAAGTTTAACAGCTTTAATGACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCTTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGAt                                                               <  2:652209/141‑1 (MQ=11)
                                                                              aTTCAGATATTTCGATGTACAAGGGCAGTCAGGTGTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACATTCGTTGAAGGGGCCAGATCTGTAGTTACCTTATGAGGTTGCCCAACTTGTTTAATAAGACGttgtat                                                               >  2:611354/1‑137 (MQ=11)
                                                                                tCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATaa                                                             <  2:106158/141‑1 (MQ=17)
                                                                                tCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATaa                                                             >  2:317324/1‑141 (MQ=17)
                                                                                    atatTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGc                                                         >  1:200316/1‑141 (MQ=255)
                                                                                     tatTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCa                                                        <  1:313694/141‑1 (MQ=17)
                                                                                      atTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAAAAACCTTTTGAGGATTACAAAATTGTTTAATGAGACGTTTTGTAAAGGCat                                                       >  2:153043/1‑141 (MQ=11)
                                                                                        ttCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGATTGATAAACGCatat                                                     >  2:43063/1‑141 (MQ=12)
                                                                                         tCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATAAGACGTTTGATAAACGCATATg                                                    >  1:631977/1‑141 (MQ=12)
                                                                                          cGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGc                                                   <  1:607646/141‑1 (MQ=11)
                                                                                           gATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGcttgtgtt                                                  >  2:505383/1‑134 (MQ=255)
                                                                                           gATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCt                                                  >  1:748877/1‑141 (MQ=12)
                                                                                           gATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCAGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCt                                                  >  2:565006/1‑141 (MQ=11)
                                                                                             tGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGa                                                >  1:761068/1‑141 (MQ=12)
                                                                                                 cAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTTATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTATTGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGTATgt                                            >  1:642462/1‑140 (MQ=11)
                                                                                                  aaTGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCGTATGCTGAATGAt                                           >  2:260230/1‑141 (MQ=2)
                                                                                                  aaTGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGAt                                           <  1:424358/141‑1 (MQ=11)
                                                                                                  aaTGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTGGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGAt                                           <  1:684436/141‑1 (MQ=17)
                                                                                                   aTGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGAtt                                          <  1:723757/141‑1 (MQ=32)
                                                                                                    tGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTa                                         >  2:710621/1‑141 (MQ=11)
                                                                                                                                       tttAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAatgtatg      <  1:129786/141‑1 (MQ=11)
                                                                                                                                       tttAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAatgtatg      >  1:785867/1‑141 (MQ=11)
                                                                                                                                           gCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGAAACCCAATATCTAATGTATGTccc  >  2:703443/1‑141 (MQ=17)
                                                                                                                                           |                                                                                                                                            
AGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCC  >  CP000730/35985‑36264

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: