Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA CP000730 36,133 A→G 28.2% V140A (GTA→GCA)  USA300HOU_0026 ← IS431mec transposase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*CP00073036,1330AG28.2% 865.7 / inf 808V140A (GTA→GCA) USA300HOU_0026IS431mec transposase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (261/312);  new base G (101/126);  total (365/443)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.13e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.43e-01

Only 100 of 822 total aligned reads displayed.

TTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGCATCA  >  CP000730/35993‑36273
                                                                                                                                            |                                                                                                                                             
  gCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTAcc                                                                                                                                             >  1:16572/1‑141 (MQ=255)
    cgTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATTAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTATAAGCTTTAATTATTTTAGTCATTGCTGCCtt                                                                                                                                           >  1:150433/2‑141 (MQ=14)
        ttGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTACTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGTAGTCAGGCTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGtt                                                                                                                                       >  1:323462/1‑141 (MQ=14)
         tGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGCTCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATACTTCGCTGTACACTGGCTGTCCGGTTCAAGTTTAAAAGCTGTAATTACTTGAACCATTGCTACCTCAGTTg                                                                                                                                      >  2:657062/1‑141 (MQ=14)
         tGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTg                                                                                                                                      <  1:286466/141‑1 (MQ=255)
              ttttGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATTACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTG‑AAGGt                                                                                                                                <  1:362986/140‑1 (MQ=255)
              cTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGt                                                                                                                                <  2:447342/141‑1 (MQ=255)
              cTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGt                                                                                                                                <  1:762256/141‑1 (MQ=255)
               tttGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTg                                                                                                                               <  1:645213/141‑1 (MQ=255)
               tttGATACCTTGTCTTTCTAACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTTGCCTTTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTg                                                                                                                               >  1:473333/1‑141 (MQ=255)
                ttGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTG‑AAGGTGc                                                                                                                              <  2:272755/141‑1 (MQ=255)
                ttGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGc                                                                                                                              <  1:96919/141‑1 (MQ=255)
                ttGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGc                                                                                                                              <  2:181067/141‑1 (MQ=255)
                   aTACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGTTCTTGCTCAATGTGGTTATTCAGATACTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTTAGTTTAAAAGCTTTAATTGCTTTAACCATTGCTGCCTTCGTTG‑AAGGGGGCTg                                                                                                                           >  2:151350/1‑141 (MQ=255)
                   aTACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCTGGTTCATGGGTTAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGCCTg                                                                                                                           >  1:219693/1‑141 (MQ=11)
                   aTACCTTGTCTTTCTTACTTCAATATGACGGTGATCTTGCTCAAGGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAAGTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGCCTg                                                                                                                           >  2:431522/1‑141 (MQ=14)
                     atcTTGGCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGACCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTG‑AACGTGCCTGAt                                                                                                                         <  2:187198/139‑1 (MQ=11)
                       cTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCt                                                                                                                       <  1:337258/141‑1 (MQ=255)
                         tGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGt                                                                                                                     <  1:77457/141‑1 (MQ=255)
                          gTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGCCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTa                                                                                                                    <  2:305450/141‑1 (MQ=255)
                            ttttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAAt                                                                                                                  <  2:703937/140‑1 (MQ=255)
                             tttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCGCATTGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTGAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTG‑CAGGGGCCTGATCTGTAAtt                                                                                                                 <  1:588483/141‑1 (MQ=11)
                                tttACCTTACTATGACGGTGATCTTCCTCAATGGGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAACTAcc                                                                                                              <  2:1271/140‑1 (MQ=11)
                                 ttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCACAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGAACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAATTAcat                                                                                                             <  2:319999/141‑3 (MQ=255)
                                  tACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATATCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAACTACCtt                                                                                                            >  1:742931/1‑141 (MQ=255)
                                  tACTTGAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAATTACCtt                                                                                                            <  1:702378/141‑1 (MQ=255)
                                   aCTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAATTACCttt                                                                                                           >  2:788731/1‑141 (MQ=255)
                                    cTTTAATATGACGGTGATCTTTCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAATTACCtttt                                                                                                          <  1:274856/141‑1 (MQ=255)
                                    cTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAATTACCtttt                                                                                                          <  1:634498/141‑1 (MQ=255)
                                     tctAATATGACGGTGATCTCACTCAATGAAGCTATTCAAAAATCTCAATGTACAAAGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTACTTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTG‑AACGTGCCTGATCTGTAATTACCtttcg                                                                                                         <  2:613073/139‑3 (MQ=11)
                                      ttAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACGTTAACCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGa                                                                                                        <  2:243000/141‑1 (MQ=255)
                                      ttAATATGACGGTCAGCTTGCTCCATGAGGTTTTTCAGATATGTCGATGTACCACGGCAGGCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTGTTGa                                                                                                        <  2:485243/141‑1 (MQ=11)
                                        aaTATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAgg                                                                                                      >  2:362359/1‑141 (MQ=21)
                                          tatGACGGTGATCTTGCTGAATCAGGTTATTCATATATTTCTATGTACATTGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTTAggct                                                                                                    <  2:335153/141‑3 (MQ=11)
                                           atGACGGTGATCTTGTTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGttt                                                                                                   <  2:385620/141‑1 (MQ=255)
                                             gACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCATATATTTCCATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAc                                                                                                 <  1:263399/141‑1 (MQ=255)
                                             gACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAc                                                                                                 <  2:207775/141‑1 (MQ=25)
                                              aCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAcc                                                                                                >  2:46321/1‑141 (MQ=255)
                                               gggTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCa                                                                                               <  2:508299/140‑1 (MQ=12)
                                                ggTGATCTTGCTCAATGAGGGTATTCAGCTATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCaa                                                                                              <  1:547818/141‑1 (MQ=255)
                                                 gTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCaaa                                                                                             <  1:422015/141‑1 (MQ=17)
                                                  tGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTTAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACGAAAt                                                                                            <  2:478174/141‑1 (MQ=255)
                                                       ttGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGttt                                                                                       >  1:2034/1‑141 (MQ=12)
                                                       ttGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGttt                                                                                       >  1:789921/1‑141 (MQ=11)
                                                        tgcgcggtGAGGTTGGTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTa                                                                                      <  2:670355/134‑1 (MQ=11)
                                                        tGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTa                                                                                      <  1:598367/141‑1 (MQ=17)
                                                         gCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTTATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTaa                                                                                     <  2:252813/141‑1 (MQ=11)
                                                              aTGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATtaga                                                                                >  1:100012/1‑141 (MQ=12)
                                                                 aGGTTAGTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCGTTAAATATTTTAGCCATTGCTGTCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGt                                                                             <  2:282155/141‑1 (MQ=11)
                                                                  ggTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAATATTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGAGGtt                                                                            >  1:117924/1‑141 (MQ=11)
                                                                  ggTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAACCACTCTAACTATTTTGGCCATTGATGCCCCCACCGCACGGTG‑CTTAGCGTGAACGACCTTGTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACggt                                                                            >  2:166028/1‑139 (MQ=2)
                                                                  gattATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTCATTACCTTTTGACGTTTACCGAATTGTTTAATGAGACGtt                                                                            >  2:35404/3‑141 (MQ=11)
                                                                   gTTATTCATATATTGTGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGGTCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGttt                                                                           <  2:712314/141‑1 (MQ=11)
                                                                   gTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGttt                                                                           <  2:621034/141‑1 (MQ=17)
                                                                   gTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGttt                                                                           <  2:583515/141‑1 (MQ=11)
                                                                    ttATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTg                                                                          <  2:494899/141‑1 (MQ=17)
                                                                    ttATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTg                                                                          >  2:292618/1‑141 (MQ=12)
                                                                    ttATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTg                                                                          <  2:687294/141‑1 (MQ=32)
                                                                    ttATTCAGATACTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTg                                                                          <  1:677919/141‑1 (MQ=12)
                                                                      aTTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGAt                                                                        >  2:601708/1‑141 (MQ=12)
                                                                      aTTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATAAGACGTTTGAt                                                                        >  2:576839/1‑141 (MQ=12)
                                                                       ttCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTTACCATTGCTTCCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTTATTACTTTTTGAGGTTTACCAATTTGTTTAGTTAGGCGTTTGGTa                                                                       >  1:403943/1‑141 (MQ=11)
                                                                       ttCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGTCGTTTGATa                                                                       >  1:689839/1‑141 (MQ=11)
                                                                         cacatacTTGGAAGTACAATGAAAGTCAGGTTTAATGTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTTTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATaaa                                                                     <  1:656923/138‑1 (MQ=11)
                                                                         cAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGCGACGTTTGATaaa                                                                     >  2:112538/1‑141 (MQ=12)
                                                                          aGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAAATAGTATAACCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAAc                                                                    <  1:611785/141‑1 (MQ=11)
                                                                           gATTTTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACg                                                                   <  1:51674/141‑1 (MQ=12)
                                                                           gATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACg                                                                   <  1:441276/141‑1 (MQ=17)
                                                                              atTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCat                                                                <  2:645893/141‑1 (MQ=17)
                                                                               tttCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCata                                                               <  2:22893/141‑1 (MQ=17)
                                                                                ttCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCatat                                                              <  1:727047/141‑1 (MQ=17)
                                                                                   gATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCt                                                           >  2:142392/1‑141 (MQ=12)
                                                                                   gATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCAGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACATTTGATAAACGCATATGCt                                                           >  2:564829/1‑141 (MQ=255)
                                                                                     tGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGa                                                         <  1:57287/141‑1 (MQ=17)
                                                                                        aCAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCCTTGCTACCTTTGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAATTACATTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGCTTGATAAACGCATATGCTGAAtt                                                      >  1:752111/1‑140 (MQ=11)
                                                                                         ccaTGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGa                                                     <  2:738601/139‑1 (MQ=11)
                                                                                         cAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACGTATTTGTTTAATGAGTCGTTTGTTAATCGCTTATGCTGGATgt                                                     >  1:255869/1‑140 (MQ=11)
                                                                                         cAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGa                                                     >  1:461778/1‑141 (MQ=9)
                                                                                         cAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGa                                                     >  2:519729/1‑141 (MQ=9)
                                                                                          aaTGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCGTATGCTGAATGAt                                                    >  2:260230/1‑141 (MQ=2)
                                                                                            tGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTATCCATTGCTGCCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCACATGTTGAATGATTa                                                  <  2:534634/141‑1 (MQ=11)
                                                                                             gACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTAt                                                 >  1:351791/1‑141 (MQ=2)
                                                                                                                            tattttAGCCATTGCTGCCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAatgt                  <  1:624434/138‑1 (MQ=0)
                                                                                                                            tattttAGCCATTGCTGCCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAatgt                  <  2:760119/138‑1 (MQ=0)
                                                                                                                              cttgacccagttcTACCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAatgtat                <  1:141682/129‑1 (MQ=0)
                                                                                                                              ctgtaaccATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAatgtat                <  1:233978/135‑1 (MQ=1)
                                                                                                                               tttAGCCATTGCTGCCTTTGTTG‑ATGCAGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAatgtatg               >  1:189872/1‑141 (MQ=11)
                                                                                                                                  aaccATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTcc            <  2:77015/139‑1 (MQ=17)
                                                                                                                                   gCCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCACCCAAATATCTCATGTATGTcac           >  2:418945/1‑139 (MQ=12)
                                                                                                                                   accATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGGCTTTTGATAAACGCATCTGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCACCCAAATATCTAAGGTATGTcac           >  1:377069/2‑139 (MQ=11)
                                                                                                                                    ctctgtcTACGTTCGTTC‑AAGGTGCCTGATCTGTAATGACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCct          <  1:308555/135‑1 (MQ=11)
                                                                                                                                      aTTGCTGCCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTAACTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCctct        >  2:375128/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                      aTTGCCGCCTTCGTTG‑AAGGTGCTTGTGCTGTTTCCACCTTTTGTGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGAATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATTTCTATTGTATGTCCctct        <  2:404498/141‑1 (MQ=11)
                                                                                                                                        tgctgcCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTCCGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTgt      >  1:126148/1‑140 (MQ=11)
                                                                                                                                        tGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTgt      >  1:488840/1‑140 (MQ=17)
                                                                                                                                         gCTACCTTCGTTG‑AAGTGGCCTGATCTGAAATTACCTTTTGAGGTTTACCTAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTTTgta     <  1:536868/141‑3 (MQ=11)
                                                                                                                                          cTACCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGTAt    >  1:303201/1‑141 (MQ=17)
                                                                                                                                           tACCTTCGTTT‑AATGTGGCTGATCCGTGAGTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGTCGTTTGATAAACGCTTATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGTATc   <  1:530643/141‑1 (MQ=11)
                                                                                                                                            aCCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAACCGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTTCTTACGCAACCAAATATCTACGGTATGTACCTCTGTATCa  >  1:50480/1‑141 (MQ=11)
                                                                                                                                            aCCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAATTACATTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGCATCa  >  1:565502/1‑141 (MQ=17)
                                                                                                                                            |                                                                                                                                             
TTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTG‑AAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGCATCA  >  CP000730/35993‑36273

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑