| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 76,915 | G→A | 12.8% | intergenic (+973/‑161) | USA300HOU_0072 → / → USA300HOU_0075 | universal stress protein/lysophospholipase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 76,915 | 0 | G | A | 12.8% | 136.2 / 5.6 | 53 | intergenic (+973/‑161) | USA300HOU_0072/USA300HOU_0075 | universal stress protein/lysophospholipase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (28/17); new base A (2/5); total (31/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.19e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTTAAAAGGTATTGAATGTATTTACGCTCTATATAAAAAGAACCGCAGGTCTCTTCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTT > CP000730/76780‑77050 | ttgaaaaGGTATTGAAGTTAATTACGCTCTATATAAAAAGAACCGTAGGTCTCTTCAGATCTACGGATTTTCCCCATGGCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAAGGATGCTTTACATGATATATTAGTGATTAGc < 2:363012/138‑1 (MQ=1) gtagtgatggTATTTAGGTTCTATATAAAAAGAACCGCAGGTCTCTTCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATAtttt < 1:355510/132‑1 (MQ=1) gcatagagtGTATTTACGCTCTATATAAAAAGAACCGCAGGTCTCTTCAGACCTACGGATTTTCGCCATGCCACCAAATTAGAATCATGCTAGCAAGTTATACGAACACTGACATGATATATTAGTGATTAGCTATAtttt < 1:360048/133‑1 (MQ=1) gagtGTATTTACGCTCTATATAAAAAGAACCGCAGGTCTCTTCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAACGAACACTGACATGATATATTAGTGATTAGCTATAttttttact > 1:427155/4‑138 (MQ=1) 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(MQ=255) cAGGTCTCTTCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCAAAATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCtt > 1:346401/1‑141 (MQ=255) aGGTCTCTTCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTa > 1:400303/1‑141 (MQ=255) ggTCTCTTCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTaa > 1:419416/1‑141 (MQ=255) gTCTCTTCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTTTAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTaaa > 2:638228/1‑141 (MQ=255) tctcTTCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAg < 1:711075/141‑1 (MQ=255) ctctTCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCAGGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTACGCGCACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAAACTATCAAAAACAAGGGATTAAAgt > 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(MQ=255) gCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGATTAAAGGGTTCATTTATATAGTactactc > 2:207555/1‑140 (MQ=255) ccATGCCACGAAATTAGCATCTTGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGc < 1:341260/141‑1 (MQ=255) ccATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGc > 1:515379/1‑141 (MQ=255) cGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATTGTATTACttaaacacttg > 2:415785/1‑131 (MQ=255) cGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACAtta > 1:643831/1‑140 (MQ=255) catcatGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACAGGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTc < 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(MQ=12) aTAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCa > 1:681837/1‑141 (MQ=255) tAAATTAGTGATTAGCTAGATCTTTTTACTCTGTAACAGAACCTATAAAAAATATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTCTTCGCGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCAt < 1:458056/141‑1 (MQ=255) tAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAAttt < 1:743969/141‑1 (MQ=255) | TTTAAAAGGTATTGAATGTATTTACGCTCTATATAAAAAGAACCGCAGGTCTCTTCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTT > CP000730/76780‑77050 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |