| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 110,651 | C→T | 12.2% | D170D (GAC→GAT) | USA300HOU_0109 → | staphylococcal tandem lipoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 110,651 | 0 | C | T | 12.2% | 185.2 / 13.8 | 79 | D170D (GAC→GAT) | USA300HOU_0109 | staphylococcal tandem lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (24/43); new base T (7/2); total (32/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.71e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.52e-01 | |||||||||||
AGATATCCGGTTAAAATGGTCGATAATAAAATCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTTATTGTTAAAAGGT > CP000730/110514‑110789 | aGATATCCGGTTAAGATGGTCGATAATAAAATCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGTCGga < 1:564721/141‑1 (MQ=255)aGATATCCGGTTAAAATGGTCGATAATAAAATCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGga < 1:424343/141‑1 (MQ=255)aGATATCCGGTGAAAATGGTCGATAATAAAATCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGga < 2:266702/141‑1 (MQ=255) gATATCCGGTTAAAATGGTCGATAATAAAATCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGgag < 1:692093/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aTGGTCGATAATAAAATCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAACACGGAGATATTTCATATAAt > 1:161017/1‑141 (MQ=255) tCGATAATAAAAAAAATCCAACAAAAAAAATTAAAAATAAAAAAAT‑AAAAAAGAAACCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCaga < 2:700231/141‑1 (MQ=17) ataataAAATCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAgg > 2:717801/1‑141 (MQ=255) ataataAAATCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAgg < 1:225858/141‑1 (MQ=255) taaAATCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGcc > 1:418603/1‑141 (MQ=255) aaaaTCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAATAGAAATGGAAAACTTTAAGTTATTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAACATTTTTAAAACGTTGATAATTTATATAATTAATAGGTGTCg > 2:63356/1‑141 (MQ=17) aaaTCATTCCAACAAAAGGAATTAAAGAAGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGa < 1:363510/141‑1 (MQ=255) aaaTCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGa < 1:767929/141‑1 (MQ=255) ataccAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAAAAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAt < 2:171804/138‑1 (MQ=255) aTTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGTGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAt > 1:536991/1‑141 (MQ=255) aTTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTAt < 2:103284/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aatgacaGATGAAATAATTAAATATAGAGTCGAAAACTTTAAGTACTATAAGCAAGATGGCGACGTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCCAGTTATTCGGCTGAATATCa < 1:494092/135‑1 (MQ=12) aaGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTaa < 2:189977/141‑1 (MQ=255) tcgcaaaaaataaaaaatGAAATCAAACACTTTAAGTTCTTTGTTCACTTTGGTGACTTTAAAAACTGGAAAAATTACAAAGAAGGAGATATTTCATATAAGCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAAcc < 1:209630/137‑2 (MQ=14) gATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACt < 1:180597/141‑1 (MQ=255) gATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACt < 1:759418/141‑1 (MQ=255) aTGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTa < 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(MQ=255) tttAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGc < 1:646219/141‑1 (MQ=255) tAAGTTCCTTGTTCAATATCGCCACTTTAAAAATTTGAAAAATTAGAAAGACGGACATACTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATCAACTAATGATGATTATAATGTAACACAATTACGCaa < 2:295029/141‑1 (MQ=17) cTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAgata > 1:633971/1‑141 (MQ=255) tcttCAAGATGGCGACGTTAAAAATTTGAAAAATTAGAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAgatatga < 1:348745/139‑1 (MQ=255) tGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAgatatga < 1:248404/141‑1 (MQ=255) cAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATAACAATTAACTAATGATGATTATAATGTCAACCAATTACGACAAAGATATTGtata > 1:653010/1‑141 (MQ=17) atGGCGACTTTAAAAATTTGGAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACcga < 2:290749/141‑1 (MQ=255) tgCGACTTTAAAAAGTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGGGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATTATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACcgacg < 2:72685/140‑1 (MQ=255) ggCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACcgacg > 2:431046/1‑141 (MQ=255) ttttAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAACCAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTaa < 2:71894/140‑1 (MQ=11) ttAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGCTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAg < 2:520694/141‑1 (MQ=255) 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1:55546/1‑141 (MQ=255) aaaaTTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTTAt < 1:434420/141‑1 (MQ=255) aaaTTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTTAtt > 1:594725/1‑141 (MQ=255) ttATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTTATTGtt < 1:714464/141‑1 (MQ=255) ttATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTTATTGtt > 1:101860/1‑141 (MQ=255) ataAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTTATTGTTaa < 1:310939/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTTATTGTTAAAAGGt < 1:662191/141‑1 (MQ=255) | AGATATCCGGTTAAAATGGTCGATAATAAAATCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTTATTGTTAAAAGGT > CP000730/110514‑110789 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |