| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP000730 | 2,420,667 | G→T | 9.5% | intergenic (+98/‑264) | ssaA → / → USA300HOU_2286 | secretory antigen SsaA/(R)‑2‑hydroxyacid dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,420,667 | 0 | G | T | 9.5% | 243.6 / 6.8 | 90 | intergenic (+98/‑264) | ssaA/USA300HOU_2286 | secretory antigen SsaA/(R)‑2‑hydroxyacid dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (28/52); new base T (8/2); total (36/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.27e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTCTGCAAGTGAAGCAGGTAACTACAACTACATCCATATTTAATATAAACACGATGATACATATTGTCTTGAAACTTAATTCTAGTACATATGTCATCAAAAAACTTTGAGCTTTCCTTTATAGGAGAAGCTCTTTTTTTGCTATTTTTCGTTGCCACCTACTTATTTATATTTCCTCCCATATTCAAAATATTAATTTTTTCTAATACTATTAACTTTAAAACTACGTTATCTAATTTAATTGATCCAGTTTTTCCACATTACAATATTCATAGTTCTAC > CP000730/2420527‑2420807 | ttCTGCAAGTGAAGCAGGTAACTACAACTACATCCATATTTAATATAAACACGATGATACATATTGTCTTGAAACTTAATTCTAGTACATATGTCATCAAAAAACTTTGAGCTTTCCTTTCTAGGAGAAGCTCTTTTTTTg > 1:262400/1‑141 (MQ=255)ttCTGCAAGTGAAGCAGGTAACTACAACTACATCCATATTTAATATAAACACGATGATACATATTGTCTTGAAACTTAATTCTAGTACATATGTCATCAAAAAACTTTGAGCTTTCCTTTATAGGAGAAGCTCTTTTTTTg > 2:1025698/1‑141 (MQ=255) tGCAAGTGAAGCAGGTAACTACAACTACATCCATATTTAATATAAACACGATGATACATATTGTCTTGAAACTTAATTCTAGTACATATGTCATCAAAAAACTTTGAGCTTTCCTTTATAGGAGAAGCTCTTTTTTTGCtt > 1:130993/1‑140 (MQ=255) tGCAAGGGAAGCAGGTAACTACAACTACATCCATATTTAATATAAACACGATGATACATATTGTCTTGAAACTTAATTCTAGTACATATGTCATCAAAAAACTTTGAGCTTTCCTTTATAGGAGAAGCTCTTTTTTTGCTa < 2:412119/141‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |