| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP000730 | 2,575,960 | 0 | C | T | 6.0% | 292.2 / 5.1 | 103 | V33I (GTT→ATT) | USA300HOU_2436 | glycine betaine/choline ABC superfamily ATP binding cassette transporter, membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (50/45); new base T (3/3); total (54/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.29e-01 | |||||||||||
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
TTTTACCAACACCAAAAATCGGTATCATAATAGCAAGTACAGCTAGTGTTGGAATAGTTTGTAAGACACCTGCCACAGTTAATACAATATTGGCAGTTCGCTTTGTTTTTGATAATAAAATGCCTATAGGTACTGCAACAATGATGGCAAGTAATAATGCCACTATAGAAATATAGAAATGTTCCAGTGTTTTCGACATCAACTGTCCACCATGTTCATGTAGGAACTCAATCATGATTTATCATCTCCTATGTCACGTACTTTGACATTAGTAGTGT > CP000730/2575822‑2576099 | ttttACCAACCCCAAAAATCGGTATCATAATAGCAAGTACAGCTAGTGTTGGAATAGTTTGTAAGACACCTGCCACAGTTAATACAATATTGGCAGTTCGCTTTGTTTTTGATAATAAAATGCCTATAGGTACTGcaacaa < 1:6599/141‑1 (MQ=255)ttttACCAACACCAAAAATCGGTATCATAATAGCAAGTACAGCTAGTGTTGGAATAGTTTGTAAGACACCTGCCACAGTTAATACAATATTGGCAGTTCGCTTTGTTTTTGATAATAAAATGCCTATAGGTACTGcaacaa < 1:874711/141‑1 (MQ=255)ttttACCAACACCAAAAATCGGTATCATAATAGCAAGTACAGCTAGTGTTGGAATAGTTTGTAAGACACCTGCCACAGTTAATACAATATTGGCAGTTCGCTTTGTTTTTGATAATAAAATGCCTATAGGTACTGcaacaa < 1:85320/141‑1 (MQ=255) ttACCAACACCAAAAATCGGTATCATAATAGCAAGTACAGCTAGTGTTGGAATAGTTTGTAAGACACCTGCCACAGTTAATACAATATTGGCAGTTCGCTTTGTTTTTGATAATAAAATGCCTATAGGTACTGCAACAatg < 2:511745/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ggTACTGCAATAATGATGGCAAGTAATAATGCCACTATAGAAATATAGAAATGTTCCAGTGTTTTCGACATCAACTGTCCACCATGTTCATGTAGGCACTCAATCATGATTTATCATCTCCTATGTCACGTACTTTGACAt < 1:672530/141‑1 (MQ=255) ggTACTGCAATAATGATGGCAAGTAATAATGCCACTATAGAAATATAGAAATGTTCCAGTGTTTTCGACATCAACTGTCCACCATGTTCATGTAGGAACTCAATCATGATTTATCATCTCCTATGTCACGTACTTTGACAt < 1:513984/141‑1 (MQ=255) gTACTGCAACAATGATGGCAAGTAATAATGCCACTATAGAAATATAGAAATGTTCCAGTGTTTTCGACATCAACTGTCCACCGTGTTCATGTAGGAACTCAATCATGATTTATCATCTCCTATGTCACGTACTTTGACAtt < 1:675432/141‑1 (MQ=255) acaaTGATGGCAAGTAATAATGCCACTGTAGGAATATAGAAATGTTCCAGTGGTTTCGACATCAACTGTCCACAATGTTCATGTAGGAACTCAATCATGATTTATCATCTCCTATGTTACGTACTTTGACGTTATTAgtga > 2:1048562/1‑140 (MQ=255) acaaTGATGGCAAGTAATAATGCCACTATAGAAATATAGAAATGTTCCAGTGTTTTCGACATCAACTGTCCACCATGTTCATGTAGGAACTCAATCATGATTTATCATCTCCTATGTCACGTACTTTGACATTAGTAgtgt > 2:782346/1‑141 (MQ=255) | TTTTACCAACACCAAAAATCGGTATCATAATAGCAAGTACAGCTAGTGTTGGAATAGTTTGTAAGACACCTGCCACAGTTAATACAATATTGGCAGTTCGCTTTGTTTTTGATAATAAAATGCCTATAGGTACTGCAACAATGATGGCAAGTAATAATGCCACTATAGAAATATAGAAATGTTCCAGTGTTTTCGACATCAACTGTCCACCATGTTCATGTAGGAACTCAATCATGATTTATCATCTCCTATGTCACGTACTTTGACATTAGTAGTGT > CP000730/2575822‑2576099 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |