| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP000730 | 2,682,216 | T→C | 4.0% | Q202Q (CAA→CAG) | USA300HOU_2539 ← | hydroxymethylglutaryl‑CoA reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,682,216 | 0 | T | C | 4.0% | 369.4 / 2.0 | 122 | Q202Q (CAA→CAG) | USA300HOU_2539 | hydroxymethylglutaryl‑CoA reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (56/61); new base C (2/3); total (58/64) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.32e-01 | |||||||||||
Only 100 of 128 total aligned reads displayed.
ACAGAAGCACGTTCCATTCGTTTGGCAACCTCTTCTCCAGTTCTCTCGCCCCTTGCTAAATCTTTAACATCAATTTCGCCTTGAACTTTAACAACGGACGCTGTTGCATGATTGGATAAAATACTCATTAAAATGTCGCTTTGCGGAAATTCATTTTTTAAAAATGCAGTTATGGCCTCTAAAATCGTATTAAGCATATTAGCGCCCATAGCATCTTTCGTATCAACAAATACTTTTAAAGATAGTAACTGTTGCTCAGGAAATGTATCAATCGCTATA > CP000730/2682076‑2682354 | aCAGAAGCACGTTCCATTCGTTTGGCAACCTCTTCTCCAGTTCTCTCGCCCCTTGCTAAATATTTAACATCAATTTCGCCTTGAACTTTAACAACGGACGCTGTTGCATGATTGGATAAAATACTCATTAAAACGTCGCtt > 2:631174/1‑141 (MQ=255) cAGAAGCACGTTCCATTCGTTTGGCAACCTCTTCTCCAGTTCTCTGGCGCTTTGCTAAATCTTTAACATCAATTTCGCCTTGAACTTTAACAACGGACGCTGTTGCATGATTGGATAAAATACTTATTAAAGTGTCGCttt > 2:280444/1‑141 (MQ=255) cAGAAGCACGTTCCATTCGTTTGGCAACCTCTTCTCCAGTTCTCTCGCCCCTTGCTAAATCTTTAACATCAATTTCGCCTTGAACTTTAACAACGGACGCTGTTGCATGATTGGATAAAATACTCATTAAAATGTCGCttt > 2:449411/1‑141 (MQ=255) aGACGCACGTTCCATTCGTTTGGCAACCTCTTCTCCAGTTCTCTCGCCCCTTGCTAAATCTTTAACATCAATTCCGCCTTGCACTTTAACAACGGACGCTGTTGCATGATTGGATAAAATACTCATTAAAATGTCGCTTTg < 1:218849/141‑1 (MQ=255) aGAAGCCCGTTCCATTCGTTTGGCAACCTCTTCTCCAGTTCTCTCGCCCCTTGCTAAATCTTTAACATCAATTTCGCCTTGAACTTTAACAACGGACGCTGTTGCATGATTGGATAAAATACTCATTAAAATGTCGCTTTg < 1:375036/141‑1 (MQ=255) aGAAGCACGTTCCATTCGTTTGGCAACCTCTTCTCCAGTTCTCTCGCCCCTTGCTAAATCTTTAACATCAATTTCGCCTTGAACTTTAACAACGGACGCTGTTGCATGATTGGATAAAATACTCATTAAAATGTCGCTTTg < 1:880082/141‑1 (MQ=255) aGAAGCACGCTCCACTCGTTTGGCAACCTCTTCTCCAGTTCTCTCGCCCCTTGCAAAATCTTGAACATCAATTTCGCCTTGAACTTTAACAACGGACGCTGTTGCATGATTGGATAAAATACTCATTAAAATGTCGTTTTg < 2:38741/141‑1 (MQ=255) gAAGCACGTTCCATTCGTTTGGCAACCTCTTCTCCAGTTCTCTCGCCCCTTGCTAAATCTTTAACATCAATTTCGCCTTGAACTTTAACGACGGCCGCTGTTGGATGATTGGATAAAATACTCATTAAAATGTCGCTTTGc > 1:292263/1‑141 (MQ=255) gAAGCACGTTCCATTCGTTTGGCAACCTCTTCTCCAGTTCTCTCGCCCCTTGCTAAATCTTTAACATCAATTTCGCCTTGAACTTTAACAACGGACGCTGTTGCATGATTGGATAAAATACTCATTAAAATGTCGCTTTGc > 1:828428/1‑141 (MQ=255) gAAGCACGTTCCATTCGTTTGGCAACCTCTTCTCCAGTTCTCTCGCCCCTTGCTAAATCTTTAACATCAATTTCGCCTTGAACTTTAACAACGGACACTGTTGCATGATTGGCTAAAATACTCATTAAAATGTCGCTTTGc > 1:475100/1‑141 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tAAAATGTCGCTTTGCGTAAATTCATTTTTTAAAAACGCAGTTATGGCCCATAAAATCGTATTAAGCATATTAGCGCCAATATCATTTTTGGTATCAACAAATACTTTTAATGATAGTAACTGTTGCTCAGGAAATGTATc < 2:720924/141‑1 (MQ=255) aTGTCGCTTTGCGGAAATTCATTTTTTAAAAATGCAGTTATGGCCTCTAAAATCGTATTAAGCATATTAGCGCCCATAGCATCTTTCGTATCAACAAATACTTTTAAAGATAGTAACTGTTGCTCAGGAAATGTATCACTc > 1:868739/1‑141 (MQ=255) aTGTCGCTTTGCGGAAATTCATTTTTTAAAAATGCAGTTATGGCCTCTAAAATCGTATTAAGCATATTAGCGCCCATAGCATCTTTCGTATCAACAAATACTTTTAAAGATAGTAACTGTTGCTCAGGAAATGTATCAATc > 1:825832/1‑141 (MQ=255) tGTCGCTTTGCGGAAATTCATTTTTTAAAAATGCAGTTATGGCCTCTAAAATCGTATTAAGCATATTAGCGCCCATAGCATCTTTCGTATCAACCAATACTTTTAAAGATAGTAACTGTTGCTCAGGAAATGTATCAATCg > 1:433465/1‑141 (MQ=255) tGTCGCTTTGCGGAAATTCATTTTTTAAAAATGCAGTTATGGCCTCTAAAATCGTATTAAGCATATTAGCGCCCATAGCATCTTTCGTATCAACAAATACTTTTAAAGATAGTAACTGTTGCTCAGGAAATGTATCAATCg < 2:288620/141‑1 (MQ=255) tGTCGCTTTGCGGAAATTCATTTTTTAAAAATGCAGTTATGGCCTCTAAAATCGTATTAAGCATATTAGCGCCCATAGCATCTTTCGTATCAACAAATACTTTTAAAGATAGTAACTGTTGCTCAGGAAATGTATCAATCg < 1:1040958/141‑1 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ACAGAAGCACGTTCCATTCGTTTGGCAACCTCTTCTCCAGTTCTCTCGCCCCTTGCTAAATCTTTAACATCAATTTCGCCTTGAACTTTAACAACGGACGCTGTTGCATGATTGGATAAAATACTCATTAAAATGTCGCTTTGCGGAAATTCATTTTTTAAAAATGCAGTTATGGCCTCTAAAATCGTATTAAGCATATTAGCGCCCATAGCATCTTTCGTATCAACAAATACTTTTAAAGATAGTAACTGTTGCTCAGGAAATGTATCAATCGCTATA > CP000730/2682076‑2682354 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |