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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP000730 | 35,850 | 0 | C | T | 40.1% | 175.0 / 120.8 | 143 | intergenic (+81/+27) | USA300HOU_0025/USA300HOU_0026 | hypothetical protein/IS431mec transposase |
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Only 100 of 143 total aligned reads displayed.
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2:143822/1‑141 (MQ=11) tAGAAGGTTCTTTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCAGGAGGCTAATTTCGTGGTATGGCTAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTtat < 2:4865/141‑1 (MQ=11) gcagtttCTTTTGCAAAGCAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTtctat < 1:794600/136‑1 (MQ=0) gAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTtatat > 1:618857/1‑141 (MQ=31) gAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAAATTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTtatat > 2:804/1‑141 (MQ=14) aaGGTACTGTTGCAAAGCAAAAAAATATAGCGAGCCCCTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTGCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTtatata < 2:1027668/141‑1 (MQ=11) aattAAAAAAATATAACTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGGTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACag < 2:247374/138‑2 (MQ=0) | CATTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACAT > CP000730/35712‑35970 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |