| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP000730 | 35,876 | 0 | C | T | 51.7% | 82.3 / 278.2 | 213 | intergenic (+107/+1) | USA300HOU_0025/USA300HOU_0026 | hypothetical protein/IS431mec transposase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (47/56); new base T (45/65); total (92/121) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.93e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.67e-01 | |||||||||||
Only 100 of 215 total aligned reads displayed.
TATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACC > CP000730/35739‑36016 | tATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTa > 1:601481/1‑141 (MQ=255) aaGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCa > 2:413085/1‑141 (MQ=255) aaGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAAAAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATGTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCa > 2:276172/1‑141 (MQ=255) ggCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTa > 1:53124/1‑141 (MQ=255) 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> 1:98327/1‑141 (MQ=17) gtgtTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGAGGCATGGGGAAAATCCGTAGCTCTGAAGAGACCTACGGTTCTTTATATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTTCCGTATTGATAcat > 2:44807/1‑139 (MQ=11) tgtTCGTTTAACTTGCTAGCATGTTGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGGAGAGACCTGCGGTTGTTTTTATATGGAGCGTAAATACAGTCAATATCTTTTAAAGTGTTTTTTGTTGTTTTGTTACttt > 2:117603/1‑141 (MQ=11) tgtTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGGGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTACGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACttt < 1:931574/141‑1 (MQ=11) tgtTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGGGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTACGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACttt > 1:80232/1‑141 (MQ=255) tgtTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGGGAAAACCCGTAGATCTGAAGAGACCTACGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACttt < 1:44285/141‑1 (MQ=11) tgtTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCAAATGTCGTGGCATGGGGAAAATCCGTAGATCTGAGGAGACCTACGGTTCTTTGAATATAGAGCGTAAATACATTCTATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACttt > 2:1579/1‑141 (MQ=11) tgtTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACttt < 1:309157/141‑1 (MQ=17) tttCGTTTCACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGGGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTACGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTg < 1:1007568/140‑1 (MQ=11) gtTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTg > 1:408156/1‑141 (MQ=12) gtTCGTTTAACTGGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTg < 1:37119/141‑1 (MQ=12) ttCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATCCTTTGa > 1:148175/1‑141 (MQ=12) ttCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCACGGGGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTACGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGa > 1:43399/1‑141 (MQ=11) ttCGTTTAAACTGCTAGCATGATGATAATTTAGTGGCATCTTTAAAATACGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTAGTCTTTGGCGGCTTGATACTTTgg > 1:809492/1‑140 (MQ=11) ttCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGa < 1:1015712/141‑1 (MQ=32) tCGTTTAAATTGCTAGCATGATGATACTTTCGAGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGCGCTGCGGTTCTTTATATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTCAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGAt > 2:256237/1‑141 (MQ=11) tCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGAt > 2:3721/1‑141 (MQ=32) tCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACGCAAGACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGAt > 1:84210/1‑141 (MQ=12) tCGCTTAACTTGCTAGCATCATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGAt > 1:586254/1‑141 (MQ=17) tCGCGTAACTTGCTTACATGATGTTAAAGTCGATACCTGGCGAAAATCCGTAGATCTGAACAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACCCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGAt < 2:639188/141‑1 (MQ=11) cGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATa > 1:792044/1‑141 (MQ=17) cGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATa > 1:944883/1‑141 (MQ=17) gCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATAc < 2:967379/141‑1 (MQ=17) | TATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACC > CP000730/35739‑36016 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |