| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,453,382 | G→T | 9.5% | N180K (AAC→AAA) | sucA ← | oxoglutarate dehydrogenase (succinyl‑transferring) E1 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,453,382 | 0 | G | T | 9.5% | 240.4 / 5.0 | 84 | N180K (AAC→AAA) | sucA | oxoglutarate dehydrogenase (succinyl‑transferring) E1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (33/42); new base T (7/2); total (40/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.90e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATCGTAATAGTACGTTGTAACATCGGTACAAGTGCGTCTACCCCTTCAATTGAAAAACGCTTTGCACCAACGAAGTTTTTATGAAGATATTTTTCAAACCCTTCAACATACGCTAATTGTTTGAATAGTGCCCTTTTTTCGTTATTATTTAACGTTACTTTATATGGCGTTTCAATTCTTCTTTTTAACCAACCACGTTCGGTATTGTTATTAATATGTGTATACTCAAATGCAATTGGTCCTTTGTAACGTTTTTCCATTCTTAAAATTGCTTCAT > CP000730/1453242‑1453518 | aTCGTAATAGTACGTTGTAACATCGGTACAAGTGCGTCTACCCCTTCAATTGAAAAACGCTTTGCACCAACGAAGTTTTTATGAAGATATTTTTCAAACCCTTCAACATACGCTAATTGTTTGAATAGTGCCCTTTTTTCg > 1:364623/1‑141 (MQ=255) aaTAGTCCGTTTGAACATCGGTACAAGTGCATCTACCCCTACAAAAAAAAAACGCTTTGCACCAACGAAGTTTTTATGAAGATATTTTTCAAACCCTTCAACATACGCTAATTGTTTGAATAGTGCCCTTTTTTCGttatt < 2:865542/141‑1 (MQ=255) aaTAGTACGTTGTAACATCGGTACAAGTGCGTCTACCCCTTCAATTGAAAAACGCTTTGCACCAACGAAGTTTTTATGAAGATATTTTTCAAACCCTTCAACATACGCTAATTGTTTGAATAGTGCCCTTTTTTCGttatt < 2:865532/141‑1 (MQ=255) tAGTACGTTGTAACATCGGTACAAGTGCGTCTACCCCTTCAATTGAAAAACGCTTTGCACCAACGAAGTTTTTATGAAGATATTTTTCAAACCCTTCAACATACGCTAATTGTTTGAATAGTGCCCTTTTTTCGTtattat > 2:259485/1‑141 (MQ=255) tAGTACGTTGTAACATCGGTACAAGTGCGTCTACCCCTTCAATTGAAAAACGCTTTGCACCAACGAAGTTTTTATGAAGATATTTTTCAAACCCTTCAACATACGCTAATTGTTTGAATAGTGCCCTTTTTTCGTtattat > 1:1048552/1‑141 (MQ=255) cGTTGTAACATCGGTACAAGTGCGTCTACCCCTTCAATTGAAAAACGCTTTGCACCAACGAAGTTTTTATGAAGATATTTTTCAAACCCTTCAACATACGCTAATTGTTTGAATAGTGCCCTTTTTTCGTTATTATTTAAc < 2:87901/141‑1 (MQ=255) cGTTGTAACATCGGTACAAGTGCGTCTACCCCTTCAATTGAAAAACGCTTTGCACCAACGAAGTTTTTATGAAGATATTTTTCAAACCCTTCAACATACGCTAATTGTTTGAATAGTGCCCTTTTTTCGTTATTATTTAAc > 2:657187/1‑141 (MQ=255) gTTGTAACATCGGTACAAGTGCGTCTACCCCTTCAATTGAAAAACGCTTTGCACCAACGAAGTTTTTATGAAGATATTTTTCAAACCCTTCAACATACGCTAATTGTTTGAATAGTGCCCTTTTTTCGTTATTATTTAACg > 1:898692/1‑141 (MQ=255) gTTGTAACATCGGTACAAGTGCGTCTACCCCTTCAATTGAAAAACGCTTTGCACCAACGAAGTTTTTATGAAGATATTTTTCAAACCCTTCAACATACGCTAATTGTTTGAATAGTGCCCTTTTTTCGTTATTATTTAACg > 2:251048/1‑141 (MQ=255) aCATCGGTACAAGTGCGTCTACCCCTTCAATTGAAAAACGCTTTGCACCAACGAAGTTTTTATGAAGATATTTTTCAAACCCTTCAACATACGCTAATTGTTTGAATAGTGCCCTTTTTTTTTTTTTTTTTAACATTAGtt > 2:244026/1‑141 (MQ=255) aCATCGGTACAAGTGCCTCTACCCCTTCAATTGAAAAACGCTTTGCACCAACGAAGTTTTTATGAAGATATTTTTCAAACCCTTCAACATACGCTAATTGTTTGAATAGTGCCCTTTTTTCGTTATTATTTAACGTTACtt > 1:567438/1‑141 (MQ=255) aTCGGTACAAGTGCGTCTACCCCTTCAATTGAAAAACGCTTTGCACCAACGAAGTTTTTATGAAGATATTTTTCAAACCCTTCAACATACGCTAATTGTTTGAATAGTGCCCTTTTTTCGTTATTATTTAACGTTACTTta > 2:1109634/1‑141 (MQ=255) aTCGGTACAAGTGCGTCTACCCCTTCAATTGAAAAACGCTTTGCACCAACGAAGTTTTTATGAAGATATTTTTCAAACCCTTCAACATACGCTAATTGTTTGAATAGTGCCCTTTTTTCGTTATTATTTAACGTTACTTta > 2:210742/1‑141 (MQ=255) aTCGGTACAAGTGCGTCTACCCCTTAAATTGAAAAACGCTTTGAACCAACAAAGTAGTTATGAAGATTTTTTTCAAACCCTTCAACATACGCTACTTGTTTGAATAGTGTCCTATTTTAGTTATTGTTTAACGTTACtttt > 2:935742/1‑140 (MQ=255) tCGGTACAATAGCGTCTACCCCTTGAATTGAAAAACGCTGTTCACCAACGAAGTTTTTATGAAGATATTTTTCAAACCCTTCAACATACGCTAATTGTTTGAATAGTGCCCTTTTTTCGTTATTATTTAACGTTACtttct > 1:810030/1‑139 (MQ=255) cGTCTACCCCTTCAATTGAAAAACGCTTTGCACCAACGAAGTTTTTATGAAGATATTTTTCAAACCCTTCAACATACGCTAATTGTTTGAATAGTGCCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTACGTTAATTTATATGTCGTTTTaa > 2:741653/1‑141 (MQ=255) gTCTACCCCTTCAATTGAAAAACGCTTTGCACCAACGAAGTTTTTATGAAGATATTTTTCAAACCCTTCAACATACGCTAATTGTTTGAATAGTGCCCTTTTTTCGTTATTATTTAACGTTACTTTATATGGCGTTTCAAt < 1:243938/141‑1 (MQ=255) gTCTACCCCTTCAATTGAAAAACGCTTTGCACCAACGAAGTTTTTATGAAGATATTTTTCAAACCCTTCAACATACGCTAATTGTTTGAATAGTGCCCTTTTTTCGTTATTATTTAACGTTACTTTATATGGCGTTTCAAt < 1:792396/141‑1 (MQ=255) tCTACCCCTTCAATTGAAAAACGCTTTGCACCAACGAAGTTTTTATGAAGATATTTTTCAAACCCTTCAACATACGCTAATTGTTTGAATAGTGCCCTTTTTTCGTTATTATTTAACGTTACTTTATATGGCGTTTCAAtt < 1:1027947/141‑1 (MQ=255) taacccataaaataaaaaaCGCTTTGCACCAACGAAGTTTTTATGAAGATATTTTTCAAACCCTTTAACATACGCTAATTGTTTGAATAGTGCCCTTTTTTCGTTATTATTTAACGTTACTTTATATGGCGTTTCAAttct < 2:48872/127‑1 (MQ=255) tACCCCTTCAATTGAAAAACGCTTTGCACCAACGAAGTTTTTATGAAGCTATTTTTCAAACCCTTCAACATACGCTAATTGTTTGAATAGTGCCCTTTTTTCGTTATTATTTAACGTTACTTGATATGGCGTGTCAGttct > 1:43506/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) aaaaCGCTTTGCACCAACGAAGTTTTTATGAAGATATTTTTCAAACCCTTCAACATACGCTAATTGTTTGAATAGTGCCCTTTTTTCGTTATTATTTAACGTTACTTTATATGGCGTTTCAATTCTTCTTTTTaaccaacc < 2:52464/141‑1 (MQ=255) aaaaCGCTTTGCACCAACGAAGTTTTTATGAAGATATTTTTCAAACCCTTCAACATACGCTAATTGTTTGAATAGTGCCCTTTTTTCGTTATTATTTAACGTTACTTTATATGGCGTTTCAATTCTTCTTTTTaaccaacc > 1:508531/1‑141 (MQ=255) aaaaCGCTTTGCACCAACGAAGTCTTTATGAAGATATTTTTCAAACCCTTCAACATACGCTAAATGTTTGAATAGTCCCCATTTTTCGTTATTATTTAACGTTTCCTTATACGGCGTCTCCACTCCTCATTCAtaccaacc > 2:524912/1‑141 (MQ=255) aaaCGCTTTGCACCAACGAAGTTTTTATGAAGATATTTTTCAAACCCTTCAACATACGCTAATTGTTTGAATAGTGCCCTTTTTTCGTTATTATTTAACGTTACTTTATATGGCGTTTCAATTCTTCTTTTTAaccaacca < 1:730551/141‑1 (MQ=255) aaaCGCTTTGCACCAACGAAGTTTTTATGAAGATATTTTTCAAACCCTTCAACATACGCTAATTGTTTGAATAGTGCCCTTTTTTCGTTATTATTTAACGTTACTTTATATGGCGTTTCAATTCTTCTTTTTAaccaacca < 1:414787/141‑1 (MQ=255) aaaCGCTTTGCACCAACGAAGTTTTTATGAAGATATTTTTCAAACCCTTCAACATACGCTAATTGTTTGAATAGTGCCCTTTTTTCGTTATTATTTAACGTTACTTTATATGGCGTTTCAATTCTTCTTTTTAaccaacca < 1:785130/141‑1 (MQ=255) aaaCGCTTTGCACCAACGAAGTTTTTATGAAGATATTTTTCAAACCCTTCAACATACGCTAATTGTTTGAATAGTGCCCTTTTTTCGTTATTATTTAACGTTACTTTATATGGCGTTTCAATTCTTCTTTTTAaccaacca < 1:59923/141‑1 (MQ=255) gCTTTGCACCAACGAAGTTTTTATGAAGATATTTTTCAAACCCTTCAACATACGCTAATTGTTTGAATAGTGCCCTTTTTTCGTTTTTTTTTAACGTTACTTTATATGGCGTTTCAATTCTTCTTTTTAACCAACCACGtt > 2:487007/1‑141 (MQ=255) gCTTTGCACCAACGAAGTTTTTATGAAGATATTTTTCAAACCCTTCAACATACGCTAATTGTTTGAATAGTGCCCTTTTTTCGTTATTATTTAACGTTACTTTATATGGCGTTTCAATTCTTCTTTTTAACCAACCACGtt > 2:532021/1‑141 (MQ=255) gtttGCACCAACGACGTTTTTATGAAGCTATTTTTCAAACCCTTCAACATACGCTAATTGTTTGAATAGTGCCCTTTTTTCGTTATTATTTAACGTTACTTTATATGGCGTTTCAATTCTTCTTTTTAACCAACCACGTTc < 1:448115/140‑1 (MQ=255) cTTTGCACCAACGAAGTTTTTATGAAGATATTTTTCAAACCTTTCAACATACGCTAATTGTTTGAATAGTGCCCTTTTTTCGTTATTATTTAACGTTACTTTATATGGCGTTTCAATTCTTCTTTTTAACCAACCACGTTc < 2:312839/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) cACCAACGAAGTTTTTATGAAGATATTTTTCAAACCCTTCAACATACGCTAATTGTTTGAATAGTGCCCTTTTTTCGTTATTATTTAACGTTACTTTATATGGCGTTTCAATTCTTCTTTTTAACCAACCACGTTCGGTAt > 2:797384/1‑141 (MQ=255) cACCAACGAAGATTTTATGAAGATATTTTTCAAACCCTTCAACATACGCTAATTGTTTGAATAGTGCCCTTTTTTCGTTATTATTTAGCGTTACTTTATATGGCGTTTCAATTCTTCTTTTTAACCAACCACGTTCGGTAt > 2:313586/1‑141 (MQ=255) gAAGTTTTTATGAAGATATTTTTCAAACCCTTCAACATACGCTAATTGTTTGAATAGTGCCCTTTTTTCGTTATTATTTAACGTTACTTTATATGGCGTTTCAATTCTTCTTTTTAACCAACCACGTTCGGTATTGttatt < 2:810030/141‑1 (MQ=255) gAAGTTTTTATGAAGATATTTTTCAAACCCTTCAACATACGCTAATTGTTTGAATAGTGCCCTTTTTTCGTTATTATTTAACGTTACTTTATATGGCGTTTCAATTCTTCTTTTTAACCAACCACGTTCGGTATTGttatt < 1:1060432/141‑1 (MQ=255) gAAGTTTTTATGAAGATATTTTTCAAACCCTTCAACATACGCTAATTGTTTGAATAGTGCCCTTTTTTCGTTATTATTTAACGTTACTTTATATGGAGTTTCAATTTTTCTTTTTAACCAACCACGTTCGGTATTGttatt < 2:281119/141‑1 (MQ=255) aaGTTTTTATGAAGATATTTTTCAAACCCTTCAACATACGCTAATTGTTTGAATAGTGCCCTTTTTTTTTTTTTTTTTAACGTTACTTTATATGGCGTTTTAATTCTTCTTTTTATCCAACCACGTTCGGTATTTttattt > 2:192822/1‑140 (MQ=255) aaGTTTTTATGAAGATATTTTTCAAACCCTTCAACATACGCTAATTGTTTGAATAGTGCCCTTTTTTCGTTATTATTTAACGTTACTTTATATGGCGTTTCAATTCTTCTTTTTAACCAACCACGTTCGGTATTGttatta > 2:677388/1‑141 (MQ=255) ttttttATGAAGATATTTTTCAAACCCTTCAACATACGCTAATTGTTTGAATAGTGCCCTTTTTTCGTTATTATTTAACGTTACTTTATATGGCGTTTCAATTCTTCTTTTTAACCAACCACGTTCGGTATTGTTATTAat < 1:528056/140‑1 (MQ=255) gTTTTTATGAAGATATTTTTCAAACCCTTCAACATACGCTAATTGTTTGAATAGTGCCCTTTTTTCGTTATTATTTAACGTTACTTTATATGGCGTTTCAATTCTTCTTTTTAACCAACCACGTTCGGTATTGTTATTAat > 2:363907/1‑141 (MQ=255) tttttATGAAGATATTTTTCAAACCCTTCAACATACGCTAATTGTTTGAATAGTGCCCTTTTTTCGTTATTATTTAACGTTACTTTATATGGCGTTTCAATTCTTCTTTTTAACCAACCACGTTCGGTATTGTTATTAata > 1:93287/1‑141 (MQ=255) ttttATGAATCTATTTTTCACACCCTTCAACATACGCTAATTGTTTGAATAGTGCCCTTTTTTCGTTATTATTTAACGTTACTTTATATGTCGTTTCAATTCTTCTTTTTAACCAACCACGTTCGGTATTGTTATTAatat < 1:127111/141‑1 (MQ=255) 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1:631447/141‑1 (MQ=255) tCAACATACGCTAATTGTTTGAATAGTGCCCTTTTTTTTTTTTTTTTTCACGTTAATTTATCTGCCGTTTTAATTCTTCTTTTTTTGCGTCCACGTTTGTTGTTGTCTGTAATTTCTGTATCTTCAAATGCTACTGGTTCt > 2:465659/1‑141 (MQ=255) tCAACATACGCTAATTGTTTGAATAGTGCCCTTTTTTTTTTTTTTTTTAACGTTACTTTATATGGCGTTTCAATTCTTCTTTTTAACCAACCACGTTCGGTATCTTTCTTAATTTCTAAATCCTCAAATACAATTGGTCCt > 2:950278/1‑141 (MQ=255) cATACGCTAATTGTTTGAATAGTGCCCTTTTTTCGTTATTATTTAACGTTACTTTATATGGCGTTTCAATTCTTCTTTTTAACCAACCACGTTCGGTATTGTTATTAATATGTGTATAATTAAATGCAATTTGTACTTTGt > 2:717073/1‑141 (MQ=255) tACTCTAATTTTTTGAATAGTGCCCTTTTTTCGTTATTATTTAGCGTTACTTTATATGGCGTTTCAATTCTTCTTTTTAACCAACCACGTTCGGTATTGTTATTAATATGTGTATACTCAAATGCAATTGGTCCTTTGTaa < 1:1005667/141‑1 (MQ=255) tACGCTAATTGTTTGAATAGTGCCCTTTTTTCGTTATTATTTAACGTTACTTTATATGGCGTTTCAATTCTTCTTTTTAACCAACCACGTTCGGTATTGTTATTAATATGTGTATACTCACATGCAATTGGTCCTTTGTaa < 1:672322/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gTGCCCTTTTTTCGTTATTATTTAACGTTACTTTATATGGCGTTTCAATTCTTCTTTTTAACCAACCACGTTCGGTATTGTTATTAATATGTGTATACTCAAATGCAATTGGTCCTTTGTAACGTTTTTCCATTCTTaaaa < 1:363907/141‑1 (MQ=255) gTGCCCTTTTTTCGTTATTATTTAACGTTACTTTATATGGCGTTTCAATTCTTCTTTTTAACCAACAACGTTCGGTATTGTTATTAATATGTGTATACTCAAATGCAATTGGTCCTTTGTAACATTTTTCCCTTCTTtaaa > 2:135476/1‑141 (MQ=255) ttttCGTTATTATTTAACGTTACTTTATATGGCGTTTCAATTCTTCTTTTTAACCAACCACGTTCGGTATTGTTATTAATATGTGTATACTCAAATGCAATTGGTACTTTGTGACGTTTTTCCATTCTTAAAATTGCTTct > 1:910173/1‑140 (MQ=255) ttttCGTTATTATTTAACGTTACTTTATATGGCGTTTCAATTCTTCTTTTTAAAAAACCACGTTCGGTATTGTTATTAATATGTGTATACTCAAATGCAATTGGTCCTTTGTAACGTTTTTCCATTCTTAAAATTGCTTCa > 2:1005294/1‑141 (MQ=255) tttCGTTATTATTTAACGTTACTTTATATGGCGTTTCAATTCTTCTTTTTAACCAACCACGTTCGGTATTGTTATTAATATGTGTATACTCAAATGCAATTGGTCCTTTGTAACGTTTTTCCATTCTTAAAATTGCTTCAt < 2:364623/141‑1 (MQ=255) tttCGTTATTATTTAACGTTACTTTATATGGCGTTTCAATTCTTCTTTTTAACCAACCACGTTCGGTATTGTTATTAATATGTGTATACTCAAATGCAATTGGTCCTTTGTAACGTTTTTCCATTCTTAAAATTGCTTCAt > 2:1007022/1‑141 (MQ=255) tttCGTTATTATTTAACGTTACTTTATATGGCGTTTCAATTCTTCTTTTTAACCAACCACGTACGGTATTGTTATTAATATGTGTATACTCAAATGCAATTGGTCCTTTGTAACGTTTTTCCATTCTTAAAATTGCTTCAt > 1:150356/1‑141 (MQ=255) | ATCGTAATAGTACGTTGTAACATCGGTACAAGTGCGTCTACCCCTTCAATTGAAAAACGCTTTGCACCAACGAAGTTTTTATGAAGATATTTTTCAAACCCTTCAACATACGCTAATTGTTTGAATAGTGCCCTTTTTTCGTTATTATTTAACGTTACTTTATATGGCGTTTCAATTCTTCTTTTTAACCAACCACGTTCGGTATTGTTATTAATATGTGTATACTCAAATGCAATTGGTCCTTTGTAACGTTTTTCCATTCTTAAAATTGCTTCAT > CP000730/1453242‑1453518 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |