| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,580,165 | G→T | 7.4% | S108* (TCA→TAA) | USA300HOU_1448 ← | hypothetical bacteriophage protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,580,165 | 0 | G | T | 7.4% | 204.4 / 2.5 | 73 | S108* (TCA→TAA) | USA300HOU_1448 | hypothetical bacteriophage protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (29/38); new base T (3/3); total (32/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
TCTTTAAAGCCTTTAT‑AAAAAATTCAGATGCTTCATTTAAAGCTTTATCACTCTTAGCCTGCATTGCTTGTTTACCGTATACCGATTCTAATTTATTCAACACTTCAGGTATCCCTTTAATTTCTACACTCATTTTTCTGATAAAACCACTGTATTATAGCCAATATCTGGTGTATCAATTCTTATTTCTACAATGTTGAATAATTTATCGGAATATAATGCACTGTCAATTTTAACTAAGTGATTTGTTTGTGGTAGATATTCAGTTTTAGAAGA > CP000730/1580026‑1580301 | tctttAAAGCCTTTATAAAAAAATTCAGATGCTTCATTTAAAGCTTTATCACTCTTAGCCTGCATTGCTTGTTTACCGTATACCGATTCTAATTTATTCAACACTTCAGGTATCCCTTAAATTTCTACACTCATTTTTCTg < 2:809060/141‑1 (MQ=255)tctttAAAGCCTTTAT‑AAAAAATTCAGATGCTTCATTTAAAGCTTTATCACTCTTAGCCTGCATTGCTTGTTTACCGTATACCGATTCTAATTTATTCAACACTTCAGGTATCCCTTTAATTTCTACACTCATTTTTCTGa < 2:728645/141‑1 (MQ=255) tttAAAGCCTTTAT‑AAAAAATTCAGATGCTTCATTTAAAGCTTTATCACTCTTCGCCTGCATTGCTTGTTTACCGTATACCGATTCTAATTTATTCAACACTTCAGGTATCCCTTTAATTTCTACACTCATTTTTCTGATa < 1:223401/141‑1 (MQ=255) tttAAAGCCTTTAT‑AAAAAATTCAGATGCTTCATTTAAAGCTTTATCACTCTTAGCCTGCATTGCTTGTTTACCGTATACCGATTCTAATTTATTCAACACTTCAGGTATCCCTTTAATTTCTACACTCATTTTTCTGATa < 1:199990/141‑1 (MQ=255) 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1:82421/141‑1 (MQ=255) aaaaaaTTCAGATGCTTCATTTAAAGCTTTATCACTCTTAGCCTGCATTGCTTGTTTACCGTATACCGATTCTAATTTATTCAACACTTCAGGTATCCCTTTAATTTCTACACTCATTTTTCTGATAAAACCACTGtatta > 1:291106/1‑141 (MQ=255) aaaaaaTTCAGATGCTTCATTTAAAGCTTTATCACTCTTAGCCTGCATTGCTTGTTTACCGTATACCGATTCTAATTTATTCAACACTTCAGGTATCCCTTTAATTTCTACACTCATTTTTCTGATAAAACCACTGtatta > 1:946038/1‑141 (MQ=255) aGATGCTTCATTTAAAGCTTTATCACTCTTAGCCTGCATTGCTTGTTTACCGTATACCGATTCTAATTTATTCAACACTTCAGGTCTCCCTTTAATTTCTACACTCATTTTTCTGATACAACCACTGTATTGTAGCCAatt > 2:255393/1‑140 (MQ=255) gATGCTTCATTTAAAGCTTTATCACTCTTAGCCTGCATTGCTTGTTTACCGTATACCGATTCTAATTTATTCAACACTTCAGGTATCCCTTTAATTTCTACACTCATTTTTCTGATAAAACCACTGTATTATAGCCAatat > 2:640055/1‑141 (MQ=255) tGCTTCATTTAAAGCTTTATCACTCTTAGCCTGCCTTGCTTGTTTACCGTATACCGATTCTAATTTATTCAACACTTCAGGTATCCCTTTAATTTCTACACTCATTTTTCTGATAAAACCACTGTATTATAGCAACTATCt > 2:884068/1‑141 (MQ=255) tGCTTCATTTAAAGCTTTATCACTCTTAGCCTGCATTGCTTGTTTACCGTATACCGATTCTAATTTATTCAACACTTCAGGTATCCCTTTAATTTCTACACTCATTTTTCTGATAAAACCACTTTATTATAGCCAAAATCt > 2:881256/1‑141 (MQ=255) tGCTTCATTTAAAGCTTTATCACTCTTAGCCTGCATTGCTTGTTTACCGTATACCGATTCTAATTTATTCAACACTTCAGGTATCCCTTTAATTTCTACACTCATTTTTCTGATAAAACCACTGTATTATAGCCAATATCt > 1:903277/1‑141 (MQ=255) tGCTTCATTTAAAGCTTTATCACTCTTAGCCTGCATTGCTTGTTTACCGTATACCGATTCTAATTTATTCAACACTTCAGGTATCCCTTTAATTTCTACACTCATTTTTCTGATAAAACCACTGTATTATAGCCAATATCt > 1:210488/1‑141 (MQ=255) tGCTCCATTTAAAGCTTTATCACTCTTAGCCTGCATTGCTTGTTTACCGTATACCGATTCTAATTTATTCAACACTTCAGGTATCCCTTTAATTTCTACACTCATTTTTCTGATAAAACCACTGTATTATAGCCAGTATCt > 2:765287/1‑141 (MQ=255) tttAAAGCTTTCTCACTCTTTGCCTGCATTGCTTGTTTACCCTATACCGATTCTAATTTATTCCACCCTTCAGGTATCCCTTTAACTTCTACACTCATTTTTCTGATAAAACCAATGTTTTAAAGCCAATATCTGGTGGAt < 2:509257/141‑1 (MQ=255) taaccTTTAGGACCCTTAGCCTGCATTGCTTGTTTACCGTATACCGATTCTAATTTATTCAACACTTCAGGTATCCCTTTAATTTCTACACTCATTTTTCTGATAAAACCACTTTATTATAGCCAATATCTGGTGTATCaa < 2:921048/137‑1 (MQ=255) aaaaCTTTATCACTCTTAGCCTTCATTGCTTGTTTACCGTATACCGATTCTAATTTATTCAACACTTCAGGTATCCCTTTCATCTCCACACTCATTTTTCTGATAAACCCACTGTATTATAGCCAATATCTGGTGTATCaa < 2:278363/141‑1 (MQ=255) tttATCACTCTTAGCCTGCATTGCTTGTTTACCGTATACCGATTCTAATTTATTCAACACTTCAGGTATCCCTTTAATTTCTACACTCATTTTTCTGATAAAACCACTGTTTTGTAGCCAATATCTGGTGTATCAATTCtt > 2:932773/1‑141 (MQ=255) tCACGCTTGGGCTGCAGTGCTTGTGTACCGTATACCGATTCTAATTTATTCAACACTTCAGGTATCCCTTTAATTTCTCCTCTCATGTTTCTGATAAAACCCCTGTATTATAGCCAATATCTGGTGTATCAATTCTTAttt < 2:63890/141‑1 (MQ=255) tcctAGCCTGCATTGCTTGTTTACCGTATACCGATTCTAATTTATTCAACACTTCAGGTATCCCTTTAATTTATACACTCATTTTTCTGATAAAACCACTGTATTATAGCCAATATCTGGTGTATCAATTCTTATTTCTAc < 2:479738/138‑1 (MQ=255) aGCCTGCATTGCTTGTTTACCGTATACCGATTCTAATTTATTCAACACTTCAGGTATCCCTTTAATTTCTACACTCATTTTTCTGATAAAACCATTGTATTATAGCAAATATCTGGTGTATCAATTCTTATTTCTACCATg < 2:188545/141‑1 (MQ=255) aGCCTGCATTGCTTGTTTACCGTATACCGATTCTAATTTATTCAACACTTCAGGTATCCCTTTAATTTCTACACTCATTTTTCTGATAAAACCACTGTATTATAGCCAATATCTGGTGTATCAATTCTTATTTCTACAATg < 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cTGCATTGCTTGTTTACCGTATACCGATTCTAATTTATTCTACTCTTCCGGTATCCCTTTAATTTCTACACTCATTTTTCTTATAAAACCACTGTATTATAGCCAATATCTGGTGTATCAATTCTTATTTCTACAATGTTg < 2:215492/141‑1 (MQ=255) cATTGCTTGTTTACCGTATACCGTTTCTAATTTATTCAACACTTCAGGTATCCCTTTAATTTCTACACTCATTTTTCTGATAAAACCACTGTATTATAGCCAATATCTGGTGTCTTGATGCGGATTTCTACAATGTTGaat < 2:1068861/141‑1 (MQ=255) tGCTTGTTTACCGTATACCGATTCTAATTTATTCAACACTTCAGGTATCCCTTTAATTTCTACACTCATTTTTCTGATAAAACCACTGTATTATAGCCAATATCTGGTGTATCAATTCTTATTTCTACAATGTTGaataat < 1:596543/141‑1 (MQ=255) tGCTTGTTTACCGTATACCGATTCTAATTTATTCAACACTTCAGGTATCCCTTTAATTTCTACACTCATTTTTCTGATAAAACCACTGTATTATAGCCAATATCTGGTGTATCAATTCTTATTTCTACAATGTTGaataat < 1:119502/141‑1 (MQ=255) gCTTGTTTACCGTATTCCGATTCTAATTTATTCAACACTTCAGGTATCCCTTTAATTTCTACACTCATTTTTCTGATAAAACCACTGTATTATAGCCAATATCTGGTGTATCAATTCTTATTTCTACAATGTTGAATAAtt < 1:329558/141‑1 (MQ=255) gCTTGTTTACCGTATACCGATTCTAATTTATTCAACACTTCAGGTATCCCTTTAATTTCTACACTCATTTTTCTGATAAAACCACTGTATTATAGCCAATATCTGGTGTATCAATTCTTATTTCTACAATGTTGAATAAtt < 1:159475/141‑1 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2:527034/141‑1 (MQ=255) taCCGCTTCTAATTTATTCAACACTTCAGGTCTCCCTTTAATTTCTACTCTCATTTTTCTGATAAAACCACTCTATTATAGCCAATATCTGGTGTATCAATTCTTATTTCTACAATGTTGAATAATTTATCGGAATATAAt < 2:117243/141‑1 (MQ=255) taCCGATTCTAATTTATTCAACACTTCAGGTATCCCTTTAATTTCTACACTCATTTTTCTGATAAAACCACTGTATTATAGCCAATATCTGGTGTATCAATTCTTATTTCTACAATGTTGAATAATTTATCGGAATATAAt < 2:511069/141‑1 (MQ=255) cctaTTCTAATTTATTCAACACTTCAGGTATCCCTTTAATTTCTACACTCTTTTTTCTTATAAAACCACTGTATTATAGCCATTATCTGGTGTATCAATTTTTATTTCTACAATGTTGAATAATTTATCGGAATATAATGc < 2:471222/138‑1 (MQ=255) ccGATTTTAATTTATTCAACACGTCCGGTATCCCTTTAATTTCTACACTCCTTTTTCTGATAAAACCACTGTATTATAGCCAATATCTGGTGTATCAATTCTTATTTCTACAATGTTGAATAACTTACCGGAATATAATGc < 1:116214/141‑1 (MQ=255) ccGATTCTAATTTATTCAACACTTCAGGTATCCCTTTAATTTCTACACTCATTTTTCTGATAAAACCACTGTATTATAGCCAATATCTGGTGTATCAATTCTTATTTCTACAATGTTGAATAATTTATCGGAATATAATGc < 1:137531/141‑1 (MQ=255) cGATTCTAATTTATTCAACACTTCAGGTATCCCTTTAATTTCTACACTCATTTTTCTGATAAAACCACTGTATTATAGCCAATATCTGGTGTATCAATTCTTATTTCTACAATGTTGAATAATTTATCGGAATATAATGCa > 1:33844/1‑141 (MQ=255) gATTCTAATTTATTCAACACTTCAGGTATCCCTTTAATTTCTACACTCATTTTTCTGATAAAACCACTGTATTATAGCCAATATCTGGTGTATCAATTCTTATTTCTACAATGTTGAATAATTTATCGGAATATAATGCAc < 2:683528/141‑1 (MQ=255) ttAATTTATTCAACACTTCAGGTATCCCTTTAATTTCTACACTCATTTTTCTGATAAAACCACTGTATTATAGCCAATATCTGGTGTATCAATTCTTATTTCTACAATGTTGAATAATTTATCGGAATATAATGCACTGTc < 1:841031/140‑1 (MQ=255) cTAATTTATTCAACCCTTCAGGTATCCCTTTAATTTCTACACTCATTTTTCTGATAAAACCACTGTATTATAGCCAATATCTGGTGTATCAATTCTTATTTCTACAATGTTGAATAATTTATCGGAATATAATGCACTGTc < 2:738410/141‑1 (MQ=255) aTTTATTCAACACTTCAGGTATCCCTTTAATTTCTACACTCATTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTATTATAGCCAATATCTGGTGTATACTTTTTTTTTTTTAATAGGATGAATTATTTATCGGAATATCATGCACTGTCTAt > 2:229367/1‑141 (MQ=255) ttATTCAACACTTCAGGTATCCCTTTAATTTCTACACTCATTTTTCTGATAAAACCACTGTATTATAGCCAATATCTGGTGTATCAATTCTTATTTCTACAATGTTGAATAATTTATCGGAATATAATGCACTGTCAAttt > 1:418401/1‑141 (MQ=255) ttATTCAACACTTCAGGTATCCCTTTAATTTCTACACTCATTTTTCTGATAAAACCACTGTATTATAGCCAATATCTGGTGTATCAATTCTTATTTCTACAATGTTGAATAATTTATCGGAATATAATGCACTGTCAAttt < 1:643109/141‑1 (MQ=255) ttATTCAACACTTCAGGTATCCCTTTAATTTCTACACTCATTTTTCTGATAAAACCACTGTATTATAGCCAATATCTGGTGTATCAATTCTTATTTCTACAATGTTGAATAATTTATCGGAATATAATGCACTGTCAAttt < 2:676096/141‑1 (MQ=255) cAACACTTCAGGTATCCCTTTAATTTCTACACTCATTTTTTTTTTTTTTTTTCTGTATTATAGCCAATATCTGGTGTATCAATTTTTTTTTGTACAATGTTGAATTATTTCTCGGAATATAATTTACTGTCAATTTTaaat > 2:931237/1‑139 (MQ=255) cAACACTTCAGGTATCCCTTTAATTTCTACACTCATTTTTCTGATAAAACCACTGTATTATAGCCAATATCTGGTGTATCAATTCTTATTTCTACAATGTTGAATAATTTATCGGAATATAATGCATTGTCAATTTTAACt > 2:226411/1‑141 (MQ=255) cAGGTATCCCTTTAATTTCTACACTCATTTTTCTGATAAAACCACTGTATTATAGCCAATATCTGGTGTATCAATTCTTATTTCTACAATGTTGAATAATTTATCGGAATATAATGCACTGTCAATTTTAACTAAGTGAtt > 1:293325/1‑141 (MQ=255) ggTATCCCTTTAATTTCTACACTCATTTTTCTGATAAAACCACTGTATTATAGCCAATATCTGGTGTATCAATTCTTATTTCTACAATGTTGAATAAttt > 2:394713/1‑100 (MQ=255) ggTATCCCTTTAATTTCTACACTCATTTTTCTGATAAAACCACTGTATTATAGCCAATATCTGGTGTATCAATTCTTATTTCTACAATGTTGAATAAttt < 1:394713/100‑1 (MQ=255) cTTTAATTTCTACACTCATTTTTTTTTTTTTTTTACTGTATTATAGCCAATATCTGGTTTTTCAGTTCTTATTTGTACAATGTTGAGTAATTTATCGGTATATAATGCACTGTCTATTTTAACTAAGTGATTTGTTtttgt > 2:698039/1‑140 (MQ=255) ttAATTTCTACACTCATTTTTCTGATAAAACCACTGTATTATAGCCAATATCTGGTGTATCAATTCTTATTTCTACAATGTTGAATAATTTATCGGAATATCATGCACTGTCAATTTTAACTAAGTGATTTGTTTGTGGTa > 2:450160/1‑141 (MQ=255) ttAATTTCTACACTCATTTTTCTGATAAAACCACTGTATTATAGCCAATATCTGGTGTATCAATTCTTATTTCTACAATGTTGAATAATTTATCGGAATATAATGCACTGTCAATTTTAGCTAAGTGATTTGTTTGTGGTa > 1:290894/1‑141 (MQ=255) ttAATTTCTACACTCATTTTTCTGATAAAACCACTGTATTATAGCCAATATCTGGTGTATCAATTCTTATTTCTACAATGTTGAATAATTTATCGGAATATAATGCACTGTCAATTTTAACTAAGTGCTTTGTTTGGGGTa > 1:1001438/1‑141 (MQ=255) agtCATTTTTCTGCTAAAACCACTGTATTATAGTCAATATATGGTGTATCAATTCTTATTTCTACAATGTTGAATAATTTATCGGAATATAATGCACTGTCAATTTTAACTAAGTGATTTGTTTGTGGTAGATATTCAGtt < 2:449352/139‑1 (MQ=255) aTTTTTCTGATAAAACCACTGTATTATAGCCAATATCTGGTGTATCAATTCTTATTTCTACAATGTTGAATAATTTATCGGAATATAATGCACTGTCAATTTTAACTAAGTGATTTGTTTGTGGTAGATATTCAGTTTTag < 2:522902/141‑1 (MQ=255) tttttCCGATAAAACCACTGTATTATAGCCAATATCTGGTGTATCAATTCTTATTTCTACAATGTTGAATAATTTATCGGAATATAATGCACTGTCAATTTTAACTAAGTGATTTGTTTGTGGTAGATATTCAGTTTTaga < 2:1040305/141‑1 (MQ=255) ttttttGATAAAACCACTGTATTATAGCCAATATCTGGTGTATCAATTCTTATTTCTTCAATGTTGAATAATTTATCGGAATATAATGCACTGTCAATTTTAACTAAGTGATTTGTTTGTGGTAGATATTCAGTTTTagaa < 1:503784/141‑1 (MQ=255) ttttCTGATAAAACCACTGTATTATAGCCAATATCTGGTGTATCAATTCTTATTTCTACAATGTTGAATAATTTATCGGAATATAATGCACTGTCAATTTTAACTAAGTGATTTGTTTGTGGTAGATATTCAGTTTTagaa < 1:295400/141‑1 (MQ=255) ttttCTGATAAAACCACTGTATTATAGCCAATATCTGGTGTATCAATTCTTATTTCTACAATGTTGAATAATTTATCGGAATATAATGCACTGTCAATTTTAACTAAGTGATTTGTTTGTGGTAGATATTCAGTTTTagaa < 1:907114/141‑1 (MQ=255) ttCTGATAAAACCACTGTATTATAGCCAATATCTGGTGTATCAATTCTTATTTCTACAATGTTGAATAATTTATCGGAATATAATGCACTGTCAATTTTAACTAAGTGATTTGTTTGTGGTAGATATTCAGTTTTagaaga > 1:847790/1‑141 (MQ=255) ttCTGATAAAACCACTGTATTATAGCCAATATCTGGTGTATCAATTCTTATTTCTACAATGTTGAATAATTTATCGGAATATAATGCACTGTCAATTTTAACTAAGTGATGTGTTTGTGGTAGATATTCAGTTTTagaaga > 2:700286/1‑141 (MQ=255) | TCTTTAAAGCCTTTAT‑AAAAAATTCAGATGCTTCATTTAAAGCTTTATCACTCTTAGCCTGCATTGCTTGTTTACCGTATACCGATTCTAATTTATTCAACACTTCAGGTATCCCTTTAATTTCTACACTCATTTTTCTGATAAAACCACTGTATTATAGCCAATATCTGGTGTATCAATTCTTATTTCTACAATGTTGAATAATTTATCGGAATATAATGCACTGTCAATTTTAACTAAGTGATTTGTTTGTGGTAGATATTCAGTTTTAGAAGA > CP000730/1580026‑1580301 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |