| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,684,834 | G→T | 7.0% | S52Y (TCT→TAT) | USA300HOU_1575 ← | hypothetical membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,684,834 | 0 | G | T | 7.0% | 201.1 / 3.6 | 69 | S52Y (TCT→TAT) | USA300HOU_1575 | hypothetical membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (27/37); new base T (2/3); total (29/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.26e-01 | |||||||||||
ATAATTCAATTACAACTAATATAACGCCAATTGAGAATATTAAGATAGAATGCATATTGACATTTCCTTGGATTAGAAATCCCAAAAATAAAATAAGTAATGATAATGTGGCGATAATACCAGCTGCATTGATTTTTTTAGAGTAAAGTTGATATACAAATCCTAAGAATGTCAAACAGGTTAATATTAACGTAAAAATAGGTTGAACAATTATATTGCTAACTTGTTCAACCCAAGTATCTCCAGCCGTTGATTCCAAGATAGTTGTCATTTGTAAAAAA > CP000730/1684694‑1684974 | ataatTCAATTACAACTAATATAACGCCAATTGAGAATATTAAGATAGAATGCATATTGACATTTCCTTGGATTAGAAATCCCAAAAATAAAATAAGTAATGATAATGTGGCGATAATACCAGCTGCATTGATTTTTTTag > 2:159015/1‑141 (MQ=255) aaatCCAACTACAACTAAAATAACGCCAAAGGAAAACAATAAGATAGAATGCATATTGACATTTCCTTGGATTAGAAATCCCAAAAATAAAATAAGTAATGATAATGTGGCGATAATACCAGCTGCATTGATTTTTTTaga < 2:386482/140‑1 (MQ=255) aatacaaatacaACTAATATAACGCCAATTGAGAATAATAAGATAGAATGCATATTGACATTTCCTTGGATTAGAAAGCCCAAAAATAAAATAAGTAATGATAATGTGGCGATAATACCAGCTGCATTGATTTTTTTagag < 2:46443/141‑1 (MQ=255) aatTCAATTACAACTAATATAACGCCAATTGAGAATATTAAGATAGAATGCATATTGACATTTCCTTGGATTAGAAATCCCAAAAATAAAATAAGTAATGATAATGTGGCGATAATACCAGCTGCATTGATTTTTTTagag < 1:403483/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aaaaCGCCAATAGAGAATATTAACAAACAATGCATATTGACATTTCCTGGGATTAGAAATCCCAAAAATAAAATAAGTAATGATAATGTGGCGATAATACCAGCTGCATTGATTTTTTTAGAGTAAAGTTGATATACAAAt < 2:185508/139‑1 (MQ=255) cGCCAATTGAGAATATTAAGATAGAATGCATATTGACATTTCCTTGGATTAGAAATCCCAAAAATAAAATAAGTAATGATAATGTGGCGATAATACCAGCTGCATTGATTTTTTTAGAGTAAAGTTGATATACAAATCCTa < 2:598487/141‑1 (MQ=255) ccAATTGAGAATATTTAGATAGAATGCATATTGACATTTCCTTGGATTAGAAATCCCAAAAATAAAATAAGTAATGATAATGTGGCGATAATACCAGCTGCATTGATTTTTTTAGAGTAAAGTTGATATACAAATCCTAAg > 1:821615/1‑141 (MQ=255) ccAATTGAGAATATTAAGATAGAATGCATATTGACATTTCCTTGGATTAGAAATCCCAAAAATAAAATAAGTAATGATAATGTGGCGATAATACCAGCTGCATTGATTTTTTTATAGTAAAGTTGATATACAAATCCTAAg > 2:398165/1‑141 (MQ=255) ccAATTGAGAATATTAAGATAGAATGCATATTGACATTTCCTTGGATTAGAAATCCCAAAAATAAAATAAGTAATGATAATGTGGCGATAATACCAGCTGCATTGATTTTTTTATAGTAAAGTTGATATACAAATCCTAAg > 2:398018/1‑141 (MQ=255) ccAATTGAGAATATTAAGATAGAATGCATATTGACATTTCCTTGGATTAGAAATCCCAAAAATAAAATAAGTAATGATAATGTGGCGATAATACCAGCTGCATTGATTTTTTTAGAGTAAAGTTGATATACAAATCCTAAg > 1:71457/1‑141 (MQ=255) ttGAGAATATTAAGATAGAATGCATATTGACATTTCCTTGGATTAGAAATCCCAAAAATAAAATAAGTAATGATAATGTGGCGATAATACCAGCTGCATTGATTTTTTTAGAGTAAAGTTGATATACAAATCCTAAGAATg < 1:959629/141‑1 (MQ=255) ttGAGAATATTAAGATAGAATGCATATTGACATTTCCTTGGATTAGAAATCCCAAAAATAAAATAAGTAATGATAATGTGGCGATAATACCAGCTGCATTGATTTTTTTAGAGTAAAGTTGATATACAAATCCTAACAATg > 2:33759/1‑141 (MQ=255) gagaaaagcaagaaagaATGCAGAGTGAGATTACGTTGGATTAGAAATCCCAAAAATAAAATAAGTAATGATAATGTGGCGATAATACCAGCTGCATGGATTTTTTTAGAGTAAAGTTGATATACAAGTCCTAAGAATGTc < 2:135157/132‑1 (MQ=255) gagaATATTAAGATAGAATGCATATTGACATTTCCTTGGATTAGAAATCCCAAAAATAAAATAAGTAATGATAATGTGGCGATAATACCAGCTGCATTGATTTTTTTAGAGTAAAGTTGATATACAAATCCTAAGAATGTc < 2:84532/141‑1 (MQ=255) agaATATTAAGATAGAATGCATATTGACATTTCCTTGGATTAGAAATCCCAAAAATAAAATAAGTAATGATAATGTGGCGATAATACCAGCTGCATTGATTTTTTTAGAGTAAAGTTGATATACAAATCCTAAGAATGTCa < 2:858259/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tAATATAGAACGCATATTGACATTTCCTTGGATTAGAAATCCCAAAAATAAAATAAGTAATGAGAATGTGGCGATAATACCAGCTGCATTGATTTTTGTAGAGTAAAGTTGATATACAAATCCTAAGAATGTCAAACAGGt < 1:271162/141‑1 (MQ=255) tAAGATAGAATGCATATTGACATTTCCTTGGATTAGAAGTCCCCACAATAAAATAAGTAATGATAATGTGGCGATAATACCAGCTGCATTGATTTTTTTAGAGTAAAGTTGATATACAAATCCTAAGAATGTCAAACAGGt > 1:758882/1‑141 (MQ=255) tAAGATAGAATGCATATTGACATTTCCTTGGATTAGAAATCCCAAAAATAAAATAAGTAATGATAATGTGGCGATAATACCAGCCGAATTGATTTTTTTAGAGTAAAGTTGATATACAAATCCTAAGAATGTCAAACAGGt > 1:305847/1‑141 (MQ=255) aaaaaaaaaaTACAAATTAACATTTCCATGGATAAGAAATCCCAAAAATAAAATAAGTAATGATAATGTGGCGATAATACCAGCTGCATTGATTTTTTTAGAGTAAAGTTGATATACAAATCCTAAGAATGTCAAACAGGt < 2:683275/133‑1 (MQ=255) aaGATAGAATGCATATTGACATTTCCTTGGATTAGAAATCCCAAAAATAAAATAAGTAATGATAATGTGGCGATAATACCAGCTGCATTGATTTTTTTAGAGTAAAGTTGATATACAAATCCTAAGAATGTCAAACAGGtt > 1:779048/1‑141 (MQ=255) aaGATAGAATGCATATTGACATTTCCTTGGATTAGAAATCCCAAAAATAAAATAAGTAATGATAATGTGGCGATAATACCAGCTGCATTGATTTTTTTAGAGAAAAGTTGAGATACAAGTCCTACGAATGTCAAACAGGtt > 1:202052/1‑141 (MQ=255) aaTGCATATTGACATTTCCTTGGATTAGAAATCCCAAAAATAAAATAAGTAATGATAATGTGGCGATAATACCAGCTGCATTGATTTTTTTAGAGTAAAGTTGATATACAAATCCTAAGAATGTCAAACAGGTTAATATTa > 1:327493/1‑141 (MQ=255) ttGACATTTCCTTGGAATAGAAATCCCAAAAATAAAATAAGTAATGATAATGTGGCGATAATACCAGCTGCATTGATTTTTTTAGAGTAAAGTTGATATACAAATCCTAAGAATGTCAAACAGGTTAATATTAACGTaaaa > 1:566025/1‑141 (MQ=255) cATTTCCTTGGATTAGAAATCCCAAAAATAAAATAAGTAATGATAATGTGGCGATAATACCAGCTGCATTGATTTTTTTAGAGTAAAGTTGATATACAAATCCTAAGAATGTCAAACAGGTTAATATTAACGTGAAAATAg > 2:884612/1‑141 (MQ=255) aTTTCCTTGGATTAGAAATCCCAAAAATAAAATAAGTAATGATAATGTGGCGATAATACCAGCTGCATTGATTTTTTTAGAGTAAAGTTGATATACAAATCCTAAGAATGTCAAACAGGTTAATATTAACGTAAAAATAgg < 2:701594/141‑1 (MQ=255) tCCTTGGATTAGAAATCCCAAAAATAAAATAAGTAATGATAATGTGGCGATAATTCCAGCAGAATTGATTTTTTTAGAGGAAAGTTGATGTGCAAATCGTAGGAGTGTCAAACAGGTTAATATTAACGCAAACAGAGGTTg > 1:440325/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) aTCCCAAAAATAAGATAAGTAATGATACTGTGGCGATAATACCAGCTGCATTGATTTTTTTAGAGTAAAGTTGATATACAAATCCTAAGAATGTCAAACAGGTTAATATTAACGTAAAAATAGGTTGAACAATTATATTGc < 2:560762/141‑1 (MQ=255) aTCCCAAAAATAAAATAAGTAATGATAATGTGGCGATAATACCAGCTGCATTGATTTTTTTAGAGTAAAGTTGATATACAAATCCTAAGAATGTCAAACAGGTTAATATTAACGTAAAAATAGGTTGAACAATTATATTGc < 2:793830/141‑1 (MQ=255) aTCCCAAAAATAAAATAAGTAATGATAATGTGGCGATAATACCAGCTGCATTGATTTTTTTAGAGTAAAGTTGATATACAAATCCTAAGAATGTCAAACAGGTTAATATTAACGTAAAAATAGGTTGAACAATTATATTGc < 1:415324/141‑1 (MQ=255) acccAAAAATAAAATAAGTAATGATAATGTGGCGATAATACCAGCTGCATTGATTTTTTTAGAGTAAAGTTGATATACAAATCCTAAGAATGTCAAACAGGTTAATATTAACGTAAAAATAGGTTGAACAATTATATTGCt < 2:741412/140‑1 (MQ=255) cccAAAAATAAAATAAGTAATGATAATGTGGCGATAATACCAGCTGCATTGATTTTTTTATAGTAAAGTTGATATACAAATCCTAAGAATGTCAAACAGGTTAATATTAACGTAAAAATAGGTTGAACAATTATATTGCTa < 1:398165/141‑1 (MQ=255) cccAAAAATAAAATAAGTAATGATAATGTGGCGATAATACCAGCTGCATTGATTTTTTTATAGTAAAGTTGATATACAAATCCTAAGAATGTCAAACAGGTTAATATTAACGTAAAAATAGGTTGAACAATTATATTGCTa < 1:398018/141‑1 (MQ=255) cccAAAAATAAAATAAGTAATGATAATGTGGCGATAATACCAGCTGCATTGATTTTTTTAGAGTAAAGTTGATATACAAATCCTAAGAATGTCAAACAGGTTAATATTAACGTAAAAATGGGTTGAACAATTATATTGCTa < 2:71457/141‑1 (MQ=255) cccAAAAATAAAATAAGTAATGATAATGTGGCGATAATACCAGCTGCATTGATTTTTTTAGAGTAAAGTTGATATACAAATCCTAAGAATGTCAAACAGGTTAATATTAACGTAAAAATAGGTTGAACAATTATATTGCTa < 2:821615/141‑1 (MQ=255) aaaaaaaaaaTAAGTCATGACAATGTTGGAATAATACCCGCTTCATTGATATCTTTATAGTAAACTTGATATACAAATCCTAAGAATGTCAAACAGGTTAATATTAACGTAAAAATAGGTTGAACAATTATATTGCTAACt < 2:719744/141‑1 (MQ=255) aaaaaTAAAATAAGTAATGATAATGTGGCGATAATACCAGCTGCATTGATTTTTTTAGAGTAAAGTTGATATACAAATCCTAAGAATGTCAAACAGGTTAATATTAACGTAAAAATAGGTTGAACAATTATATTGCTAACt < 1:356605/141‑1 (MQ=255) aaaaaTAAAATAAGTAATGATAATGTGGCGATAATACCAGCTGCATTGATTTTTTTAGAGTAAAGTTGATATACAAATCCTAAGAATGTCAAACAGGTTAATATTAACGTAAAAATAGGTTGAACAATTATATTGCTAACt < 2:543719/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tgtgGCGATAATACCAGCTGCATTGATTTTTTTAGAGTAAAGTTGATATACAAATCCTAAGAATGTCAAACAGGTTAATATTAACGTAAAAATAGGTTGAACAATTATATTGCTAACTTGTTCAACCCAAGTATCTCCAGc < 2:90704/141‑1 (MQ=255) tggggCGATAATACCATCTGCATTGATTTTGTTAGATTAAAGTTGATATACAAATCCTAAGAATGTCAAACAGGTTAATATTAACGTAAAAATAGGTTGAACAATTATATTGCTAACTTGTTCAACCCAAGTATCTCCAGc < 2:440325/138‑1 (MQ=255) taataCCAGCTGCATTGATTTTTTTAGAGTAAAGTTGATATACAAATCCTAAGAATGTCAAACAGGTTAATATTAACGTAAAAATAGGTTGAACTATTGTATTGCTAACTTGTCCAACCCAAGTATCTCCAGCCGTTGAtt > 1:571821/1‑141 (MQ=255) taataCCAGCTGCATTGATTTTTTTAGAGTAAAGTTGATATACAAATCCTAAGAATGTCAAACAGGTTAATATTAACGTAAAAATAGGTTGAACAATTATATTGCTAACTTGTTCAACCGCAGTATCTCCAGCCGCTGAtg > 1:185019/1‑140 (MQ=255) ataCCAGCTGCATTGATTTTTTTAGAGTAAAGTTGATATACAAATCCTAAGAATGTCAAACAGGTTAATATTAACGTAAAAATAGGTTGAACAATTATATTGCTAACTTGTTCAACCCAAGTATCTCCAGCCGTTGATTcc > 1:634323/1‑141 (MQ=255) ccAGCTGCATTGATTTTTTTAGAGTAAAGTTGATATACAAATGCTAGGAATGTCAAACAGGTTAATATTAACGTAAAAATAGGGTGAACAATAATATTGCTAACTTGTTCAACCCAAGTATCTCCAGCGGTTGATTCCacg > 1:211947/1‑139 (MQ=255) cTGCATTGATTTTTTTAGAGTAAAGTTGATATACAAATCCTAAGAATGTCACGGATGGTAATATTAACGTAAAAATAGGTTGAACAATTATATTGCTAACTTGTTCAACCCAAGTATCTCCAGCCGTTGATTCCAAGATAg < 1:753520/141‑1 (MQ=255) aTTGATTTTTTTAGAGTAAAGTTGATATACAAATCCTAAGAATGTCAAACAGGTTAATATTAACGTAAAAATAGGTTGAAGAATTATAGTTCTAACGTGTTCAACCCAAGTATCTCCAGCCGTTGATTCCAAGATAGTTGt < 2:809461/141‑1 (MQ=255) aTTGATTTTTTTAGAGTAAAGTTGATATACAAATCCTAAGAATGTCAAACAGGTTAATATTAACGTAAAAATAGGTTGAACAATTATATTGCTAACTTGTTCAACCCAAGTATCTCCAGCCGTTGATTCCAAGATAGTTGt > 1:994282/1‑141 (MQ=255) tttttAGAGTAAAGTTGATATACAAATCCTAAGAATGTCAAACAGGTTAATATTAACGTAAAAATAGGTTGAACAATTATATTGCTAACTTGTTCAACCCAAGTGTCTCCAGCCGTTGATTCCAAGATAGTCGTCATTTGt < 1:810331/141‑1 (MQ=255) ttttAGAGTCAAGTTGATATACAAATCCTAAGAATGTCAAACAGGTTAATATTAACGTAAAAATAGGTTGAACAATTATATTGCTAACTTGTTCAACCCAAGTATCTCCAGCCGTTGATTCCAAGATAGTTGTCATTTGTa < 1:160136/141‑1 (MQ=255) ttAGAGTAAAGTTGATATACAAATCCTAAGAATGTCAAACAGGTTAATATTAACGTAACAATAGGTTGAACAATTATATTGCTAACTTGTTCAACCCAAGTATCTCCAGCCGTTGATTCCAAGATAGTTGTCATTTGTaaa > 1:1084654/1‑141 (MQ=255) ttAGAGTAAAGTTGATATACAAATCCTAAGAATGTCAAACAGGTTAATATTAACGTAAAAATAGGTTGAACAATTATATTGCTAACTTGTTCAACCCAAGTATCTCCAGCCGTTGATTCCAAGATAGTTGTCATTTGTaaa < 2:713054/141‑1 (MQ=255) ttAGAGTAAAGTTGATATACAAATCCTAAGAATGTCAAACAGGTTAATATTAACGTAAAAATAGGTTGAACAATTATATTGCTAACTTGTTCAACCCAAGTATCTCCAGCCGTTGATTCCAAGATAGTTGTCATTTGTaaa > 1:628390/1‑141 (MQ=255) gagTAAAGTTGATATACAAATCCTAAGAATGTCAAACAGGTTAATATTAACGTAAAAATAGGTTGAACAATTATATTGCTAACTTGTTCAACCCAAGTATCTCCAGCCGTTGATTCCAAGATAGTTGTCATTTGTaaaaaa > 1:678432/1‑141 (MQ=255) | ATAATTCAATTACAACTAATATAACGCCAATTGAGAATATTAAGATAGAATGCATATTGACATTTCCTTGGATTAGAAATCCCAAAAATAAAATAAGTAATGATAATGTGGCGATAATACCAGCTGCATTGATTTTTTTAGAGTAAAGTTGATATACAAATCCTAAGAATGTCAAACAGGTTAATATTAACGTAAAAATAGGTTGAACAATTATATTGCTAACTTGTTCAACCCAAGTATCTCCAGCCGTTGATTCCAAGATAGTTGTCATTTGTAAAAAA > CP000730/1684694‑1684974 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |