| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP000730 | 2,091,501 | G→T | 4.8% | Q34K (CAA→AAA) | USA300HOU_1954 ← | hypothetical bacteriophage protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,091,501 | 0 | G | T | 4.8% | 644.6 / 5.3 | 214 | Q34K (CAA→AAA) | USA300HOU_1954 | hypothetical bacteriophage protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (93/105); new base T (11/2); total (106/108) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.60e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 218 total aligned reads displayed.
CTAAACCAAGCACCCACATTTTCATATCACGTATGTTCTTATCATTTTCTTTCTTATTCTTTTCATCTATTTCTCTTTCTTTTTGAATAGCATCTAAGGTTTTATCTAATTTAATGTTAACTTGCTCTTGGG‑TTTTTTGACCTAATTTAATTTCATTGAGTGTGCTGAGCATTGTTTTATCATTCTCTTCTAACCTTCTGATGCGCCATTCATGTTCGTGTTTTTTGAACCACCCCAATTCAGTACACCCGCTTTCTAAAAGAATAAAGATTATGAGTA > CP000730/2091363‑2091641 | cTAAACCAAGCACCCACATTTTCATATCACGTATGTTCTTATCATTTTCTTTCTTATTCTTTTCATCTATTTCTCTTTCTTTTTGAATAGCATCTAAGGTTTTATCTAATTTAATGTTAACTTGCTCTTGGG‑TTTTTTGAc < 1:1022310/141‑1 (MQ=255)cTAAACCAAGCACCCACATTTTCATATCACGTATGTTCTTATCATTTTCTTTCTTATTCTTTTCATCTATTTCTCTTTCTTTTTGAATAGCATCTAAGGTTTTATCTAATTTAATGTTAACTTGCTCTTGGG‑TTTTTTGAc > 1:370447/1‑141 (MQ=255) aaCCAAGCACCCACATTTTCATATCACGTATGTTCTTATCATTTTCTTTCTTATTCTTTTCATCTATTTCTCTTTCTTTTTGAATAGCATCTAAGGTTTTATCTAATTTAATGTTAACTTGTTCTTGGG‑TTTTTTGACCta > 1:927792/1‑141 (MQ=255) aaCCAAGCACCCACATTTTCATATCACGTATGTTCTTATCATTTTCCTTCTTATTCTTTTCATCTATTTCTCTTTCTTTTTGAATAGCATCTAAGGTTTTATCTAATTTAATGTTAACTTGCTCTTGGG‑TTTTTTGACCta > 1:1054190/1‑141 (MQ=255) 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g‑TTTTTGGACCTAATGTAATTTCATTGAGTGTGCTGAGCATTGTTTTATCATTCTCTTCGAACCTTCTGATGCGCCATTCATGTTCGTGTTTTTTGAACCACCCCAATTCAGTACACCCGCTTTCTAAAAGAATAAAGAtt < 1:24556/141‑1 (MQ=255) ttttttGACCTAATTTAATTTCATTGAGTGTGCTGAGCATTGTTTTATCATTCTCTTCTAACCTTCTGATGCGCCATTCATGTTCGTGTTTTTTGAACCACCCCAATTCACTCCACCCGCTTTCTAAAAGACTAAAGATTa > 1:978754/1‑141 (MQ=255) tttGACCTAATTTAATTTCATTGAGTGTGCTGAGCATTGTTTTATCATTCTCTTCTAACCTTCTGATGCGCCATTCATGTTCGTGTTTTTTGAACCCCCCCAATTCAGTACACCCGCTTTCTAAAAGAATAAAGATTATgg > 1:938309/1‑140 (MQ=255) tttGACCTAATTTAATTTCATTGAGTGTGCTGAGCATTGTTTTATCATTCTCTTCTAACCTTCTGATGCGCCATTCATGTTCGTGTTTTTTGAACCACCCCAATTCAGTACACCCGCTTTCTAAAAGCATCAAGATTATGa > 1:742269/1‑141 (MQ=255) ttGACCTAATTTAATTTCATTGAGTGTGCTGAGCATTGTTTTATCATTCTCTTCTAACCTTCTGATGCGCCATTCATGTTCGTGTTTTTTGAACCACCCCAATTCAGTACTAACTCTTTCTAAAAGAATAAAGATTATGAg < 1:812955/141‑1 (MQ=255) ttGACCTAATTTAATTTCATTGAGGGTGCTGAGCATTGTTTTATCATTCTCTTCTAACCTTCTGATGCGCCATTCATGTTCGTGTTTTTTGAACCACCCCAATTCAGTCCACCCGCTTTCTAAAAGAATAAAGATTATGat > 1:147160/1‑140 (MQ=255) gACCTAATTTAATTTCATTGAGTGTGCTGAGCATTGTTTTATCATTCTCTTCTAACCTTCTGATGCGCCATTCATGTTCGTGTTTTTTGAACCACCCCAATTCAGTACACCCGCTTTCTAAAAGAATAAAGATTATGAGTa > 1:351980/1‑141 (MQ=255) gACCTAATTTAATTTCATTGAGTGTGCTGAGCATTGTTTTATCATTCTCTTCTAACCTTCTGATGCGCCATTCATGTTCGTGTTTTTTGAACCACCCCAATTCAGTACACCCGCTTTCTAAAAGAATAAAGATTATGAGTa < 1:655993/141‑1 (MQ=255) | CTAAACCAAGCACCCACATTTTCATATCACGTATGTTCTTATCATTTTCTTTCTTATTCTTTTCATCTATTTCTCTTTCTTTTTGAATAGCATCTAAGGTTTTATCTAATTTAATGTTAACTTGCTCTTGGG‑TTTTTTGACCTAATTTAATTTCATTGAGTGTGCTGAGCATTGTTTTATCATTCTCTTCTAACCTTCTGATGCGCCATTCATGTTCGTGTTTTTTGAACCACCCCAATTCAGTACACCCGCTTTCTAAAAGAATAAAGATTATGAGTA > CP000730/2091363‑2091641 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |