| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | CP000730 | 76275 = | 719 (9.640) | intergenic (+333/‑801) | USA300HOU_0072/USA300HOU_0075 | universal stress protein/lysophospholipase | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 817 total aligned reads displayed.
ACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATC‑TGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCAAATTTGG > CP000730/76120‑76400 | acacAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTg < 1:797043/141‑1 (MQ=255) atgctttttctttcaaatttgatataaaattggggcatcttcttgaacccaacgttagaccgttgaatgatgaacgtttacaccacgttcctttaatattatatatatatcacaataactcaatgcatatcttagatagta < 2:802658‑M1/3‑1 (MQ=255) tgctttttcttccaaatttgatataaaattggggcatattcttgaacccaacggtagatcgttgaatgatgaacgtttacaccacgttctcttaatatttcagatatatcacgatagctcaatgcatatattagatagtag < 1:305299‑M1/4‑1 (MQ=255) tgctttttcttccaaatttgatataaaattggggcatattcttgaacccaacggtagaccgttgaatgatgaacgtttacaccacgttcccttaatatttcagatatatcacgataactcaatgcatatcttagatagtag < 1:852510‑M1/4‑1 (MQ=255) gctttttcttccaaatttgatataaaattggggcatattcttgaacccaacggtagatcgttgaatgatgaacgtttacaccacgttctcttaatatttcagatatatcacgatagctcaatgcatatcttagataATAGc < 2:750195‑M1/5‑1 (MQ=255) gctttttcttccaaatttgatataaaattggggcatattcttgaacccaacggtagaccgttgaatgatgaacgtttacaccacgttcccttaatatttcagatatatcacgataactcaatgcatatcttagataGTAGc < 1:271457‑M1/5‑1 (MQ=255) ctttttcttccaaatttgatataaaattggggcatattcttgaacccaacggtagatcgttgaatgatgaacgtttacaccacgttctcttaatatttcagatatatcacgatagctcaatgcatatcttagataGTAGcc > 1:604860‑M1/136‑141 (MQ=255) ttttcttccaaatttgatataaaattggggcatattcttgaacccaacggtagatcgttgaatgatgaacgtttacaccacgttctcttaatatttcagatatatcacgatagctcaatgcatatcttagataGTAGCCGt > 2:329409‑M1/134‑141 (MQ=255) aattaattTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTgg < 1:91458/141‑1 (MQ=255) aattaattTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTgg < 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tGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATC‑TGAAat < 2:700082/141‑1 (MQ=35) tttataatataaTTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTATGATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATC‑TGAAATATTa < 2:666111/139‑1 (MQ=11) tttataGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATAGTGATATATC‑TGAAATATTa > 2:888598/3‑141 (MQ=2) tataGTATAATTTTAACAAAGAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTACAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGCTATGCGTTGAGTTATCGTGATATATCGTGaaacttaag > 2:515065/1‑135 (MQ=11) tataGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGTTATGAATTGAGTTATCGTGATATATC‑TGACATATTAAg > 2:135430/1‑141 (MQ=255) aGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGGTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATC‑TGAAATATTAAGGGa < 1:482330/141‑1 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aTGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTCCTAACTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATC‑TGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGATCTACCGTTGGGATCAAGAATGTGCCCCAAtttact > 2:432602/1‑138 (MQ=11) aTGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATC‑TGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGATCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTtat < 1:95837/141‑1 (MQ=255) tGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATC‑TGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGATCTACCGTTGGGGTCAAGAATATGCCCCAATTTtata > 1:588817/1‑141 (MQ=255) tttATCAGTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATC‑TGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTatat < 2:251177/140‑1 (MQ=21) gTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATC‑TGAAATATTAAGAGATCGTGGTGTAAACGTTCATCACTTAACGATCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTatat < 1:618071/141‑1 (MQ=11) ttATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATC‑TGAAATCTTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATc > 1:462396/1‑141 (MQ=25) ttATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATC‑TGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGATCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATc > 2:350294/1‑141 (MQ=255) tATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATC‑TGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGATCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCa < 1:846144/141‑1 (MQ=255) aTCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATC‑TGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGATCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCaa > 1:147593/1‑141 (MQ=255) ccTGTAGCCGGTGGCTACCATCTAAGATAGGCCTTGCGCCATCGCGATATATC‑TGAAATATTAAGAGACCGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGATTGACAGTTGGGTTCAGGAATACGCCCCAATCTTATATCAAAtt < 2:737842/140‑1 (MQ=11) tGTAGCCTTTGGCTACTATCTAAGTTATGCATTGAGCTATCGTGATATATC‑TGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGATCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCAAATTTg < 2:208734/141‑1 (MQ=11) tGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATC‑TGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGATCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCAAATTTg < 2:573250/141‑1 (MQ=255) | ACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATC‑TGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCAAATTTGG > CP000730/76120‑76400 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |