| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | 512620 = | 81 (1.040) | 68 (1.260) +TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAA |
44/180 | NT | 54.9% | intergenic (+688/‑173) | recR/rrs1 | recombination protein RecR/16S ribosomal RNA |
| ? | CP000730 | 1998278 = | NA (NA) | intergenic (‑6/+5) | USA300HOU_t0050/rrf4 | tRNA‑Val/5S ribosomal RNA | |||||
ACTGATTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAAT‑AAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTTATAC > CP000730/1998138‑1998418 | aCTGATTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAAT‑AAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATACCCCGATTTa > 2:463863/1‑141 (MQ=255) cTGATTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATCCGATTGT‑CACATTGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTaa < 1:685864/141‑1 (MQ=11) cTGATTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAAT‑AAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTaa > 1:461652/1‑141 (MQ=37) tGATTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAAT‑AAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTaaa > 2:696911/1‑141 (MQ=38) aaGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAAT‑AAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCt < 1:320349/141‑1 (MQ=255) aaGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAAT‑AAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCt < 1:34615/141‑1 (MQ=255) aaGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAAT‑AAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCt > 2:112741/1‑141 (MQ=255) aaGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAAT‑AAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCt > 1:461579/1‑141 (MQ=255) agtacgTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAAT‑AAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTg < 2:112361/136‑1 (MQ=255) aGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAAT‑AAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTg < 1:574494/141‑1 (MQ=255) aGTCACTGGCTGTACCAATTGCTTAATGCTGGCAATGTGTAATAAT‑AAATGGTTGGGAGTGACGTGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCGGAGGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTATAACTGCCTg < 2:658477/141‑1 (MQ=9) tCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAAT‑AAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGc > 2:80867/1‑141 (MQ=255) catgtGCCCTACGAAGTGCGTTAGGCCGGCAATATGTAAGAAT‑AAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCa < 2:942753/137‑1 (MQ=14) aGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAAT‑AAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCaa < 1:163662/141‑1 (MQ=255) ttGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAAT‑AAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACg > 1:356331/1‑141 (MQ=255) ttGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAAT‑AAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACg > 1:132328/1‑141 (MQ=255) tctACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAAT‑AAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCt > 1:772263/1‑141 (MQ=255) tACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAAT‑AAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTAc < 1:627965/141‑1 (MQ=255) tACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAAT‑AAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTAc < 1:895689/141‑1 (MQ=255) cAATTGGGCTAGGCGGGCAATATGTAAGAAT‑AAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTActct < 2:268603/141‑1 (MQ=255) cAATTGAGCCAGGCCGGCTATATTGAAGAAT‑AAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTActct < 2:147122/141‑1 (MQ=255) tGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAAT‑AAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCg > 1:369817/1‑141 (MQ=255) tGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAAT‑AAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCg > 1:292808/1‑141 (MQ=255) gCTAGGCCGGCAATATGTAAGAAT‑AAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCCACGTTCTACCCTAGCggga > 1:314130/1‑139 (MQ=255) gCTAGGCCGGCAATATGTAAGAAT‑AAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGaa > 2:587228/1‑141 (MQ=255) cTAGGCCGGCAATATGTAAGAAT‑AAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAAc > 2:592187/1‑141 (MQ=255) tAGGCCGGCAATATGTAAGAAT‑AAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACg < 1:432265/141‑1 (MQ=255) ggCCGGCAATATGTAAGAAT‑AAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGATCTTATTCTCTGCATTGAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTa < 1:452908/141‑1 (MQ=14) gcGGCAATTTGTAAGAAT‑AAATGGGGGAGAATGACGGTTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGCAAg < 2:113032/140‑1 (MQ=255) cAATATGTAAGAAT‑AAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCg > 1:531632/1‑141 (MQ=255) cAATATGTAAGAAT‑AAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCg > 1:622105/1‑141 (MQ=255) atatTTAAGAAT‑AAAGGGGGGCGAATGACGGTTCCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGATCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGAc < 2:202382/141‑1 (MQ=17) tatGTAAGAAT‑AAATGGTGAAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCAGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCGAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTCAAACTGCCTGGCAACATCCTACCACGGCGGAACGTacgaatgact > 2:374618/1‑132 (MQ=14) atGTAAGAAT‑AAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTCAGGCAGATGCTCTCTCATCCGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACGGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTa > 1:930580/1‑141 (MQ=17) atGTAAGAAT‑AAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTa > 1:362125/1‑141 (MQ=255) tGTAAGAAT‑AAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTAc < 1:436906/141‑1 (MQ=255) gTAAGAAT‑AAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCCACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGGTCGACTAcc > 2:628546/1‑141 (MQ=255) gTAAGAAT‑AAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTGAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTAcc > 1:882929/1‑141 (MQ=255) gTAAGAAT‑AAATGGCGGAGAATTACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTAcc < 2:465614/141‑1 (MQ=255) aaGAAT‑AAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAAACGCACTCCCAGCTTAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCAt < 1:271329/141‑1 (MQ=255) aT‑AAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGAc < 1:814644/141‑1 (MQ=255) aT‑AAATGGTGGAGAATGACGCGTTCGAACCGCCGCCCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGAc < 1:43877/141‑1 (MQ=255) aaTGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTTCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACAACCATCGACGCt > 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aCGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACtt > 2:284061/1‑141 (MQ=255) tCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTgtgt > 1:437091/1‑141 (MQ=255) cGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGtt < 1:363626/141‑1 (MQ=255) cGAACAGCCGACCCTCTGCTTGTAACGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTCGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGGCGCTAAGGAGATTAAATCCtggctc > 2:422330/1‑137 (MQ=14) ccgccgACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGTGGCTTAACTTCTGTGTTCGGc > 1:420859/1‑141 (MQ=255) ccgccgACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTATAGCGGAACGTAAGTTCGACTACAATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTATGTGTTTGGc > 1:151846/1‑141 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |