| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP000730 | 2,504,989 | T→C | 8.8% | intergenic (+293/+111) | USA300HOU_2365 → / ← gltT | hypothetical protein/DAACS family dicarboxylate/amino acid:sodium (Na+) or proton (H+) symporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP000730 | 2,504,989 | 0 | T | C | 8.8% | 296.1 / 7.0 | 142 | intergenic (+293/+111) | USA300HOU_2365/gltT | hypothetical protein/DAACS family dicarboxylate/amino acid:sodium (Na+) or proton (H+) symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (59/63); new base C (3/15); total (63/79) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.18e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 143 total aligned reads displayed.
TTGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGT‑CCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTATTTTTTAAATTGATTTTAAATATTCTTGACCTTT > CP000730/2504850‑2505129 | ttGCGCATGCATAAACGCCCCTTCCAACCTGAGGTCACTGCGCTTCCGTTCGGCTGGGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACACCCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGT‑c < 2:36124/141‑1 (MQ=14) gcgcATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGT‑ccc > 2:755482/1‑141 (MQ=255) cgctcgcatTAACGCCCCTATCATCCTGAGGCCACCCCGCGCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAACGCCCCTAACACCCGGAGGTCACTCCGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGT‑CCCt < 1:104779/136‑1 (MQ=14) cgcATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGT‑CCCt < 1:562407/141‑1 (MQ=255) gcatgcatCAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGT‑CCCTa < 1:141176/141‑1 (MQ=255) catgcatAAGAGCCCCTATCCACCTGGGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGT‑CCCTaa < 2:571479/141‑1 (MQ=255) catgcatAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCGCTACGCGCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGT‑CCCTaa > 1:770940/1‑141 (MQ=255) catgcatAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGC‑CCCTaa > 1:396236/1‑141 (MQ=255) catgcatAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGC‑CCCTaa > 1:276673/1‑141 (MQ=255) catgcatAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCATTAGCACATGCATAAAAGCCCCTAACAACCGGAGGTCACTACGCGTCGGGTCGCCTCCGCATTACCGCACACATAAAAAC‑CCCTaa > 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gcggTCACCCCCCTCCGGTTCGCCCGCGCGTTGCCGCATGCATAAACGCCCCTACCAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGT‑CCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGt < 2:565273/139‑1 (MQ=14) gggTCCCTGCGCCCGCGTTCGCCTGCGCTTCAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCGTAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAACAGC‑CCCAATCAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGtt < 1:224855/140‑1 (MQ=14) aGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGCGGTCACTAAGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGT‑CCCTAACAACCTGAGTTCACTGCGCTTCCGtt > 1:102218/1‑141 (MQ=255) aGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGT‑CCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGtt < 1:446184/141‑1 (MQ=255) aGGTCACTGCGCTCCAGTTCGCCTGGGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGT‑CCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGtt > 1:472849/1‑141 (MQ=255) ggTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGT‑CCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTc > 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cTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGT‑CCCTAACAACCTGAGGTCACGACGCTTCCATTCGCCCgcgcat > 2:27778/1‑139 (MQ=255) cccgttccGCCTCCGC‑TTCGCGCATGCATACAAGCCCCTAACAACCCGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCCGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGC‑CCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTa < 2:294339/134‑1 (MQ=11) gTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGT‑CCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAgcg > 1:461025/1‑141 (MQ=255) tCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGT‑CCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCCCCTGCGCTTTAGCgca < 1:485205/141‑1 (MQ=255) ccTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGT‑CCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTCCCGTTCGCCTGCGCTTTAGGgcatga > 2:736909/1‑140 (MQ=255) ccTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGT‑CCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCGTCAGTTCGCCTGCGCTATAGCgcatgc > 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atAAAAGT‑CCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGCTGTGTTTTATTTTAAAAGACGGGTAGTGTTTTTTAAATTGATTTTAAATATTCtt > 1:443676/1‑141 (MQ=17) atAAAAGC‑CCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTATTTTTTAAATTGATTTTAAATATTCtt < 2:215745/141‑1 (MQ=255) aaaaGTGCCCTAACATCCTGAGGGCACGACGCTTCCGGTCGGCTTCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCGAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTATTTTTTAAATTGATTTTAAATATTCTTg < 1:902306/141‑1 (MQ=37) aaaaGT‑CCCCAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTATTTTTTAAATTGATTTTAAATATTCTTGa < 1:647008/141‑1 (MQ=255) aaaaGC‑CCCTAACAACCTGCGGTCACTACGCGTCCGTTCGCCTGAGATTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTATTTTTTAAATTGATTTTAAATATTCTTGa < 2:614274/141‑1 (MQ=37) aaaaGC‑CCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTATTTTTTAAATTGATTTTAAATATTCTTGa < 2:447421/141‑1 (MQ=255) aaGC‑CCCTAACCACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTATTTTTTAAATTGATTTTAAATATTCTTGAcc < 2:42697/141‑1 (MQ=255) t‑CCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCACATAGTATTTTTTAAATTGATTTTAAATATTCTTGACCttt < 1:672379/141‑1 (MQ=255) | TTGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGT‑CCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTATTTTTTAAATTGATTTTAAATATTCTTGACCTTT > CP000730/2504850‑2505129 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |