| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,532,298 | A→T | 100% | T15T (ACA→ACT) | USA300HOU_2392 → | FemAB family peptidoglycan biosynthesis protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,532,298 | 0 | A | T | 100.0% | 290.3 / NA | 90 | T15T (ACA→ACT) | USA300HOU_2392 | FemAB family peptidoglycan biosynthesis protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (36/54); total (36/54) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
TGTATTTGTAATCAGTTTTTGATAAAATAAAAAAATAGCATTATTAATAAATTCAAAAATTATAGTTCAATTCAGAGAGGGATGGGATAAAATGAACTTTGTAACGTTGACTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTACAACAAAGCATTTTTCACATTACACACAATCAGCTATTCATTACAATCATAGAGTTGATTTAAAAGGCGATGTGCATCTTGTAGGGGTTAAAGATGACAATGGTCAAGTGATTGCAGGATGCTTATTGACAGAAGCA > CP000730/2532163‑2532433 | tgtATTTGTAATCAGTTTTTGATAAAATAAAAAAATAGCATTATTAATAAGTTGAAAAATTATAGTTCAATTCAGAGAGGGTTGGGTTAAAATGAACTTTGTAACGTTGAGTTTGGATGAGTTTAATGCGTTTACTGCaaa > 1:903366/1‑141 (MQ=255)tgtATTTGTAATCAGTTTTTGATAAAATAAAAAAATAGCATTATTAATAAATTCAAAAATTATAGTTCAATTCAGAGAGGGATGGGATAAAATGAACTTTGTAACGTTGACTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTACTACaaa > 1:862716/1‑141 (MQ=255)tgtATTTGTAATCAGTTTTTGATAAAATAAAAAAATAGCATTATTAATAAATTCAAAAATTATAGTTCAATTCAGAGAGGGATGGGATAAAATGAACTTTGTAACGTTGACTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTACTACaaa > 1:862386/1‑141 (MQ=255) gtATTTGTAATCAGTTTTTGATAAAATAAAAAAATAGCCTTATTAATAAATTCAAAAATTATAGTTCAATTCAGAGAGGGATGGGACAAAATGAACTTTGTAACGTTGACTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTACTACAAAg < 1:610796/141‑1 (MQ=255) 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2:336448/141‑1 (MQ=255) attattAATAAATTCAAAAATTATAGTTCAATTCAGAGAGGGAAAGGATAAAATGAACTTTGTAACGTTGACTTCGGATGAGTTCAATGCGCTTACTACAAAGCATTTTTCACATTACACACAATCAGCTATTCAtaccaa > 1:497502/1‑136 (MQ=255) attaATAAATTCAAAAATTATAGTTCAATTCAGAGAGGGATGGGATAAAATGAACTTTGTAACGTTGACTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTACTACAAAGCATTTTTCACCTTTCCAACAAGCAGCTATTCATTACAATCa < 1:936354/141‑1 (MQ=255) aaaaaaTTCAAAAATTATAATTCAATTCAGAGAGGGATGGGATAAAATGAACTTTGTAACGTTGACTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTACTACAAAGCATTTTTCACATTACACACAATCAGCTATTCATTACAATCATag < 2:412569/138‑1 (MQ=255) taaATTCAAAAATTATAGTTCAATTCAGAGAGGGATGGGATAAAATGAACTTTGTAACGTTGACTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTACTACAAAGCATTTTTCACATTACACACAATCAGCTATTCATTACAATCATagag > 2:602434/1‑141 (MQ=255) aaaTTCAAAAATTATAGTTCAATTCAGAGAGGGATGGGATAAAATGAACTTTGTAACGTTGACTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTACTACAAAGCATTTTTCACATTACACACAATCAGATATTCATTACAATCATAGAGt < 2:391363/141‑1 (MQ=255) 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2:365204/141‑1 (MQ=255) tCAATTCAGAGAGGGATGGGATAAAATGAACTTTGTAACGTTGACTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTACTACAAAGCATTTTTCACATTACACACAATCAGCTATTCATTACAATCATAGAGTTGATTTAAAAGGCGAtgt < 1:588210/141‑1 (MQ=255) tCAATGCAGAGAGGGATGGGATAAAATGAACTTTGTAACGTTGACTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTACTACAAAGCATTTTTCACATTACACACAATCAGCTATTCATTACAATCATAGAGTTGATTTAAAAGGCGAtgt < 2:675150/141‑1 (MQ=255) agagagGGAGGGGATAAAATGAACTTCGAATGGTTGACTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTACTACAAAGCATTTTTCACATTACACACAATCAGCTATTCATTACAATCATAGAGTTGATTTAAAAGGCGATGTGCATCtt > 1:693086/1‑141 (MQ=255) gagagGGATGGGATAAAATGAACTTTGTAACGTTGACTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTACTACAAAGCATTTTTCACATTACACACAATCAGCTATTCATTACAATCATAGAGTTGATTTAAAAGGCGATGTGCATCTTg > 1:77889/1‑141 (MQ=255) gggggatgggctAAAATGAACTGTGTAACGTTGACTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTACTACAAAGCATTTTTCACATTACACACAATCAGCTATTCATTACAATCATAGAGTTGATTTAAAAGGCGATGTGCATCTTGTa < 2:889494/139‑1 (MQ=255) 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tttACTACAAAGCATTTTTCACATTACACACAATCAGCTATTAATTACAATCATCGAGTTGATTAAAAAGGCGATGTGCATCTTGTAGGGGTTAAAGATGACAATGGTCAAGAGATTGCAGGATGCTTATTGATAAAAgca > 2:730997/1‑141 (MQ=255) | TGTATTTGTAATCAGTTTTTGATAAAATAAAAAAATAGCATTATTAATAAATTCAAAAATTATAGTTCAATTCAGAGAGGGATGGGATAAAATGAACTTTGTAACGTTGACTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTACAACAAAGCATTTTTCACATTACACACAATCAGCTATTCATTACAATCATAGAGTTGATTTAAAAGGCGATGTGCATCTTGTAGGGGTTAAAGATGACAATGGTCAAGTGATTGCAGGATGCTTATTGACAGAAGCA > CP000730/2532163‑2532433 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |