Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA CP000730 36,119 C→T 32.2% V145I (GTA→ATA)  USA300HOU_0026 ← IS431mec transposase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*CP00073036,1190CT32.2% 1122.8 / inf 1012V145I (GTA→ATA) USA300HOU_0026IS431mec transposase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (353/329);  new base T (136/190);  total (491/521)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.04e-03
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.96e-01

Only 100 of 1024 total aligned reads displayed.

TTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATG  >  CP000730/35979‑36260
                                                                                                                                            |                                                                                                                                             
  ttAAAGGATGCTGTTCTGTATTGATACTTTGATACCTTGGTTTTCTTACGTTAATACGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACtt                                                                                                                                             <  1:785778/141‑1 (MQ=14)
     aaGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTaa                                                                                                                                          <  1:9266/141‑2 (MQ=255)
     aaGTATTCTTTGCTGTATTGAGGCTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAg                                                                                                                                          >  2:552183/1‑141 (MQ=255)
      aGTATTCTTTGCTGTATTGATTCTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTACTCAGATATTTCCATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGc                                                                                                                                         <  1:497367/141‑1 (MQ=255)
      aGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGc                                                                                                                                         >  1:713750/1‑141 (MQ=255)
      aGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTACTCAATGAGGTTATTCAGATCTTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGGTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTaaa                                                                                                                                         >  2:173635/1‑139 (MQ=255)
      aGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTCTTTTAGc                                                                                                                                         >  2:230531/1‑141 (MQ=255)
       gTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAAcc                                                                                                                                        <  1:753350/141‑1 (MQ=255)
       gTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGGACTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTGTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTGGcc                                                                                                                                        >  1:38101/1‑141 (MQ=14)
         aTTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCAt                                                                                                                                      >  1:51264/1‑141 (MQ=255)
           tCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTg                                                                                                                                    <  2:252151/141‑1 (MQ=255)
           tCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTg                                                                                                                                    <  1:733277/141‑1 (MQ=255)
            cTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGc                                                                                                                                   <  2:120088/141‑1 (MQ=255)
            cTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGc                                                                                                                                   <  1:738403/141‑1 (MQ=255)
             tttGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCt                                                                                                                                  <  2:601611/141‑1 (MQ=255)
               tgccgTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCtgc                                                                                                                                >  1:238434/5‑139 (MQ=255)
               tGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTAc                                                                                                                                >  1:941177/1‑141 (MQ=255)
                tctttATTTATACTTTTATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACAGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGTCAGTCAGCTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTAcc                                                                                                                               <  2:163763/137‑1 (MQ=11)
                gccgTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCtgcc                                                                                                                               <  1:366039/138‑4 (MQ=255)
                gCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTAcc                                                                                                                               <  2:343357/141‑1 (MQ=255)
                 cTGTATTGATACTTTGATATCTTGTCCTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCt                                                                                                                              <  1:303211/141‑1 (MQ=255)
                 cTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCt                                                                                                                              <  1:772978/141‑1 (MQ=255)
                   gTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAATCATTGCTACCTTc                                                                                                                            >  1:277635/1‑141 (MQ=255)
                     aTTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGt                                                                                                                          <  2:269676/141‑1 (MQ=255)
                      ttGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGtt                                                                                                                         >  2:608595/1‑141 (MQ=255)
                        gATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTAATTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGa                                                                                                                       <  1:442207/141‑1 (MQ=255)
                        gATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCCTTGCTACCTTCGTTGa                                                                                                                       >  1:250277/1‑141 (MQ=255)
                          tACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAg                                                                                                                     >  2:317859/1‑141 (MQ=255)
                          tACCTTGATATCTTGTCTTTCTTACCTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAg                                                                                                                     <  2:498680/141‑1 (MQ=11)
                           aCTTTGATACCTTGTCTTTCTTCCTTTAATATGACGGGGCTCTTGCTCAATGAGGTTTTTCAGATATTTCGCTGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAGTTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAgg                                                                                                                    >  1:906833/1‑141 (MQ=14)
                           aCTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAgg                                                                                                                    >  1:838447/1‑141 (MQ=255)
                            cTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGt                                                                                                                   <  1:704105/141‑1 (MQ=255)
                             tttGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTg                                                                                                                  <  1:29462/141‑1 (MQ=255)
                             tttGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGGTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTg                                                                                                                  <  2:479027/141‑1 (MQ=255)
                              ttGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGc                                                                                                                 <  1:45472/141‑1 (MQ=255)
                               tGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGcc                                                                                                                <  1:105028/141‑1 (MQ=255)
                                    ccTTATCTTTCTTACACAATGATGACGGTGGTCTTGCTCAATGAGGTTACTCAGATATTTCGATGTACAATGCCAGTCAGGTTTAAGTTTAGAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGATACCTTGGTTGAAGGTGCCTGATc                                                                                                           >  2:573723/1‑141 (MQ=11)
                                       tttctttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGAAAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGTCTGATCTGt                                                                                                        <  2:509658/139‑1 (MQ=255)
                                        gTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGCAGGTGCCTGATCTGTa                                                                                                       <  1:561162/141‑1 (MQ=255)
                                          ctttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAAt                                                                                                     <  1:136917/141‑1 (MQ=255)
                                           tttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTaact                                                                                                    <  2:45584/141‑3 (MQ=255)
                                            ttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTaacta                                                                                                   <  1:892335/141‑4 (MQ=255)
                                             tcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTAc                                                                                                  <  1:67736/141‑1 (MQ=255)
                                             tcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTAc                                                                                                  <  1:543132/141‑1 (MQ=255)
                                                 aCTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCttt                                                                                              <  2:829088/141‑1 (MQ=255)
                                                   tgtAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAACAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTg                                                                                            <  1:65133/139‑1 (MQ=11)
                                                    ttAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTgg                                                                                           >  2:747110/1‑140 (MQ=255)
                                                    ttAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGa                                                                                           >  1:148326/1‑141 (MQ=25)
                                                    ttAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTGCCTTTTGa                                                                                           >  1:320880/1‑141 (MQ=255)
                                                     tAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAg                                                                                          <  1:804236/141‑1 (MQ=255)
                                                     tAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCCTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAg                                                                                          >  2:528829/1‑141 (MQ=255)
                                                       atatGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAgtt                                                                                        >  2:328451/1‑139 (MQ=255)
                                                          tGACGGTGATCGTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTa                                                                                     <  1:352609/141‑1 (MQ=11)
                                                           gACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTATCTTGTGAGGTTTAc                                                                                    <  2:639321/141‑1 (MQ=255)
                                                            gcGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAcc                                                                                   <  1:419364/140‑1 (MQ=19)
                                                            aCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCCGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAcc                                                                                   >  2:909453/1‑141 (MQ=255)
                                                            aCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAcc                                                                                   >  1:222879/1‑141 (MQ=25)
                                                            aCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGACGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGCGGCTTAcc                                                                                   >  2:181190/1‑141 (MQ=11)
                                                            aCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTAcc                                                                                   >  1:852469/1‑141 (MQ=11)
                                                               gTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAGGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCaaa                                                                                >  2:868898/1‑141 (MQ=255)
                                                               gTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCGGTAACTACGtttttgggcttgacaaa                                                                                <  2:437501/141‑14 (MQ=11)
                                                               gTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATGTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTATAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCaaa                                                                                <  2:538359/141‑1 (MQ=255)
                                                                tGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGTTTGCCAAAt                                                                               >  2:360109/1‑141 (MQ=255)
                                                                 gATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAAtt                                                                              <  1:603320/141‑1 (MQ=12)
                                                                   tCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGt                                                                            >  1:636652/1‑141 (MQ=17)
                                                                   tCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACCGTAAGGATTAAGTTTAAAATCTTTAATTACTTTTGCTGTTGATGTCTCCGTGGAGGGGGCCTGGTCTGTATTTACCTTTTGAGGTTTACCAAttttt                                                                            >  2:198499/1‑139 (MQ=11)
                                                                   tCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTCTTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACGACCTTTTGCGGCTTACCAAATTGt                                                                            >  2:3768/1‑141 (MQ=11)
                                                                   tCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGt                                                                            >  2:30478/1‑141 (MQ=255)
                                                                    cTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGtt                                                                           >  1:180998/1‑141 (MQ=255)
                                                                    cTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGtt                                                                           >  1:165468/1‑141 (MQ=32)
                                                                     ttGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGttt                                                                          >  2:40199/1‑141 (MQ=17)
                                                                       gCTCAATGTGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTaa                                                                        <  1:477998/141‑1 (MQ=255)
                                                                       gCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTaa                                                                        >  2:691901/1‑141 (MQ=12)
                                                                       gCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTaa                                                                        >  2:663049/1‑141 (MQ=17)
                                                                          cAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATga                                                                     <  2:844739/141‑1 (MQ=17)
                                                                          cAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATga                                                                     <  2:929695/141‑1 (MQ=11)
                                                                          cAAGGAGATTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACTTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATga                                                                     <  2:721387/141‑1 (MQ=11)
                                                                           aaTGAGTTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATgag                                                                    <  2:288072/141‑1 (MQ=11)
                                                                             tGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCAGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGAc                                                                  >  1:668526/1‑141 (MQ=12)
                                                                             agAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGAc                                                                  <  1:816335/140‑1 (MQ=17)
                                                                               aGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGt                                                                <  1:869601/141‑1 (MQ=17)
                                                                                ggTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGtt                                                               <  2:765864/141‑1 (MQ=17)
                                                                                 gTTATTCAGATATTTCGATGTACCATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGttt                                                              <  2:706586/141‑1 (MQ=11)
                                                                                 gTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGttt                                                              <  1:459681/141‑1 (MQ=17)
                                                                                 gTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGttt                                                              <  1:617415/141‑1 (MQ=12)
                                                                                  ttATTCAGTTATTTCGATTTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGTTCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTg                                                             <  2:106867/141‑1 (MQ=11)
                                                                                  ttAATCAGATATTTCGATTTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTg                                                             <  2:215679/141‑1 (MQ=255)
                                                                                   gaTTGAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGa                                                            <  2:885132/140‑1 (MQ=11)
                                                                                    aTTCAGATATTTCGATCTAGAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGACTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGAt                                                           >  1:526308/1‑141 (MQ=11)
                                                                                     ttCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATa                                                          >  2:807062/1‑141 (MQ=17)
                                                                                     ttCAGATATTTCGATGGACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATa                                                          >  1:468857/1‑141 (MQ=12)
                                                                                     tgcAGATTTTTCGATTGACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAACGCTTTAATTACTTTAACCATTGCCACCTTCGTTGAAGGTGTCTGATCTGCAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATa                                                          <  2:40755/139‑1 (MQ=11)
                                                                                        aGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAAc                                                       <  1:396021/141‑1 (MQ=11)
                                                                                        aGACATTTCGATTTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATGACTTTAACCATTGCTTCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAAc                                                       <  2:626610/141‑1 (MQ=11)
                                                                                         gATATTTCGTTGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACg                                                      <  2:141885/141‑1 (MQ=12)
                                                                                              ttCAATGTAAAATGACACTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTAAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCATGAGCTGTAACTCCCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCatat                                                 <  1:200694/141‑1 (MQ=11)
                                                                                                cGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCATACAAAAATGTTTAATGAGTCGATTGATAAACGCATATGc                                               <  2:789475/141‑1 (MQ=11)
                                                                                                         aTGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGAtt                                      <  1:582029/141‑1 (MQ=11)
                                                                                                          tGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTa                                     <  1:408411/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                          tGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTa                                     <  2:736491/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                            |                                                                                                                                             
TTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATG  >  CP000730/35979‑36260

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: