| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 111,516 | C→A | 32.0% | Q196K (CAA→AAA) | USA300HOU_0110 → | possible staphylococcal tandem lipoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 111,516 | 0 | C | A | 32.0% | 169.4 / 87.5 | 123 | Q196K (CAA→AAA) | USA300HOU_0110 | possible staphylococcal tandem lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (50/32); new base A (15/24); total (66/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.13e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.67e-01 | |||||||||||
Only 100 of 128 total aligned reads displayed.
CTGAGGAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAAT > CP000730/111376‑111652 | cTGAGGAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCATTTTAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCACCTc > 2:797288/1‑141 (MQ=255)cTGAGGAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTc > 1:875176/1‑141 (MQ=255)cTGAGGAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTGTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGAATTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTc > 1:608460/1‑141 (MQ=255) tGAGGAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTGATTCAGCTCa > 1:789041/1‑141 (MQ=255) aGGAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATAAAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATCTATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCaaa > 2:827900/1‑140 (MQ=255) aGGAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTATTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGCGATATATCATATAATCCAAAGGGGCCGAGTTCTTCAGCTCAat > 2:573425/1‑141 (MQ=25) gAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCGATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAatat < 1:136334/141‑1 (MQ=255) aaGTTAAAGAAGAAAAAAAAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCTCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTAGAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTTAATATc < 2:593585/141‑1 (MQ=21) aGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTTTTTTTTATTTTAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATGATATAATCCAGAGTTGCCGAGTTATTCGGCTAAATAGCa > 2:110696/1‑141 (MQ=17) aGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTTTTTTTTATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATGCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAttataa > 2:628633/1‑139 (MQ=17) aGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATGAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCAGAGTTATTAGGCTAAatgtaa > 2:223839/1‑137 (MQ=18) aGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCa > 1:799780/1‑141 (MQ=255) gTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCaa < 1:837265/141‑1 (MQ=255) ttAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTTTTTTTTTTTGCAATTGTAAAGATTTAACGAGTTATCGCGATGGGGATAGATCAAATAAGCGAGAGGTTCCGAGTTATTCTGCTCAATATCaaa > 2:803099/1‑140 (MQ=12) tAAAGGAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAAtt < 2:502744/141‑1 (MQ=255) tAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAAAATAGAACTTATAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATTTAATGCAGCGGCACGGAGTTATTCAGCTCAATCACAAtt > 1:786125/1‑141 (MQ=21) aagaagAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGTAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTaa > 2:836628/1‑141 (MQ=255) aagaagAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTaa > 1:154285/1‑141 (MQ=255) agaagaAAACATAAAAAAAGAAATCGAGAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAAc < 1:403061/141‑1 (MQ=255) gaaAACATAAAAAAAGGAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGAAGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAat > 1:485490/1‑141 (MQ=255) aaaaaaaTAAAAAAAGAAAACGAAAACATTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAat < 1:783655/140‑1 (MQ=17) aaaCATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAatga < 2:376381/141‑1 (MQ=255) aaCATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGCTATATCATATAATCCCGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAatgat < 1:505230/141‑1 (MQ=255) aaCATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAatgat > 1:353805/1‑141 (MQ=255) aaCATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAatgat > 2:794888/1‑141 (MQ=255) aCATACAAAAAGAACGCGAAAACTTTACGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAatgatg < 1:153515/141‑1 (MQ=17) aCATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTTTGTTTTTTTTTAATTTTAAAGATTTAATGAATTATTAAGATGGAGATATATTATATAATCCAGAGGTGCTGAGTTATTAGGCTAAGTATCAATTAACTAatgatg > 2:854409/1‑141 (MQ=14) aCATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAatgatg < 1:732606/141‑1 (MQ=255) aCATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAatgatg < 1:752530/141‑1 (MQ=255) aCAAAAAAAAATAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCACAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAatgatg < 2:656574/141‑1 (MQ=255) cATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAAtgatga > 1:495284/1‑141 (MQ=255) tAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGAtt < 2:844327/141‑1 (MQ=255) aaaaGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATaa < 2:57047/141‑1 (MQ=255) aaaGAAATCGAAACTATTTAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAAt < 2:735397/141‑1 (MQ=17) aaGAAATCAAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATg < 2:448616/141‑1 (MQ=255) aaTCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATATTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTaaa > 2:703206/1‑141 (MQ=255) aTCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTaaaa < 1:289354/141‑1 (MQ=255) aaaaCTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAAt < 1:703206/141‑1 (MQ=255) aaaaCTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAAt < 1:368219/141‑1 (MQ=255) aaaCTTTAAGTTTTTTGCGGAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTTTAATGTAAAACAAtt > 2:435152/1‑141 (MQ=255) aaaCTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAAtt < 1:473677/141‑1 (MQ=255) aaaCTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAAAAAta > 2:363754/1‑140 (MQ=255) aaCTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAACGATGGATATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTa > 1:221281/1‑141 (MQ=255) tAAGTTTTTTGCGCAATATTGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTaa < 1:426726/141‑1 (MQ=255) tAAGTTTTTTGAGCTTTATAGTGTTGTTGGAGATTTAGTGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCGAGAGGTGCCGTGTTTTTTAGATAATTATCGATTAAGTAATGTTGATTTTAATGTAACACGTTTAAGTaa > 2:523232/1‑141 (MQ=255) aaGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCaaa < 1:656757/141‑1 (MQ=255) tttttGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGat < 1:364575/141‑1 (MQ=255) ttttGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGata < 1:39596/141‑1 (MQ=255) cgcAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGata < 2:521534/141‑3 (MQ=255) cgcAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTAAGCagaagagaagaaa > 1:265382/1‑134 (MQ=17) gcAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGatat < 2:654569/141‑4 (MQ=14) gcAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACAt > 1:617898/1‑141 (MQ=255) gcAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAAGTGCGTAAAAGATATGACAt > 1:716860/1‑141 (MQ=255) tataGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACca < 2:799780/141‑1 (MQ=255) ataGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATAccga < 2:136651/141‑3 (MQ=14) ataGCAAGTTAAAAGATTTAATGAATTATAAAGAGGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATAccga < 2:213889/141‑3 (MQ=11) taGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACcaac < 2:734338/141‑1 (MQ=255) gCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATAccgacga > 1:859404/1‑136 (MQ=11) cAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGGCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATAccgacgag < 2:222652/141‑7 (MQ=11) cAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATGATGTTATACAATTACGTAAAAGATATGACATACcaacaat > 1:405531/1‑140 (MQ=255) cAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATAACAACaaa > 2:925609/1‑141 (MQ=255) cAATTTTAAAGATTTAATGAACTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATAccgacgag < 2:53097/141‑7 (MQ=11) tttAAAGATGTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATACAGAGGTGCCGAAGTATTCAGCTCAAAATCAATTAACAAATGATGATTGTAATGGAAAACAATTACGTCAAAGATGTGACATACAAACAaaaaaa > 2:226084/1‑141 (MQ=255) aaaGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAgcg > 2:385343/1‑141 (MQ=255) aaaGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAgcg > 1:38893/1‑141 (MQ=255) aaaGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAgcg > 1:279448/1‑141 (MQ=255) aaaGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAgcg > 1:256927/1‑141 (MQ=255) aGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATCTCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAACTAAAGCGcc > 2:323140/1‑141 (MQ=255) aGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGcc < 1:896797/141‑1 (MQ=255) aGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGcc < 1:15191/141‑1 (MQ=255) tttAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGaa < 2:667357/141‑1 (MQ=255) taataaATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATAACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGaaac > 2:652223/1‑139 (MQ=255) aTGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCtg < 2:353805/141‑1 (MQ=255) tGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCtgt < 1:882051/141‑1 (MQ=255) aTTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCtgttgt < 2:38893/141‑1 (MQ=255) aGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAgg > 2:587255/1‑141 (MQ=255) gaTATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAggg < 1:578903/141‑1 (MQ=255) gaTATATCATATAATCACGGGGTGACGCATCTTTAAGCTCAATCACACTTAAATAATGACGATTACAAGGCAAAACAATTACAAAAAATAGATTACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAggg < 2:315593/141‑1 (MQ=255) aatatatCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAggg < 1:385740/140‑1 (MQ=255) atatatCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTTAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGa > 1:606642/1‑141 (MQ=255) tatCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAAtt > 1:404150/1‑141 (MQ=255) atatAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAAATTaaa > 2:61924/1‑141 (MQ=255) tataATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTaaaa < 1:867373/141‑1 (MQ=255) aTCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATCTCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGtt < 2:588212/141‑1 (MQ=255) aTCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGtt < 2:449899/141‑1 (MQ=255) aTCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGtt < 2:329889/141‑1 (MQ=255) aTCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGtt < 2:784135/141‑1 (MQ=255) acAGAGAGGCCGCGTTAATTAGCTAAATATGACTGAAATAATTATGATGATAACGTAAAAAAATTACGTTAAAGTTATTTAAAACCAACAAATAAAGAAGCGAAGCAGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATATaaacgcctac > 2:409693/2‑134 (MQ=255) agagGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGCTATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTtcatc > 2:568478/1‑141 (MQ=255) agagGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGGACAGGGAATTTAAAAGGTtcatc > 1:296759/1‑141 (MQ=255) agagGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATCATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGAAATACCAACAAATAAACAGCCGGAGCGATTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAgatacaca > 2:81327/1‑134 (MQ=17) ggTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGt > 1:355534/1‑141 (MQ=255) gTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGtt > 1:630576/1‑141 (MQ=255) tGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTg > 2:907260/1‑141 (MQ=255) tGCCGAGTTATTCAGCACAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTg > 1:524529/1‑141 (MQ=255) cGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTAGAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGat > 1:171556/1‑141 (MQ=255) cGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGaa > 2:352391/1‑140 (MQ=255) cAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATaaaaaaa > 1:798485/1‑141 (MQ=255) aGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAATAAATAAAGCGCCGAAGAAGTTGTTGGAAGGTAGAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAAt > 2:704851/1‑141 (MQ=17) aGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAAt < 2:279448/141‑1 (MQ=255) | CTGAGGAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCAACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAAT > CP000730/111376‑111652 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |