| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 156,495 | C→G | 4.3% | A81P (GCC→CCC) | USA300HOU_0147 ← | transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 156,495 | 0 | C | G | 4.3% | 297.6 / 3.7 | 97 | A81P (GCC→CCC) | USA300HOU_0147 | transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (36/55); new base G (2/2); total (38/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.39e-01 | |||||||||||
AAGGATGGTTTGCAAACAAATGATTTGTATATTCACTTTCTAAATCAACACGATAATTAATTG‑ATGACATAGATACGCGAGCTAGCAATATTTGATCAAGTGGATGCTTAAATTGATCCATACTTGAAGCGTGTTGGGCATTTGTTTGTGGAATAACAAAGTGTCCCTTCCCTCTTGTACTCTCTACGATGCCATCTTCGGCTAACAATTTTATAGCTTGGCGCAAAGTCATACGACTGACATCAAAGCGCGCACAAAGTTCCTTTTCAGTAGGTAA > CP000730/156357‑156633 | aaGGATGGTTTGCAAACAAATGATTCGTATATTCACTTTCTAAATCAACACGATAATTAATTG‑ATGACATAGATACGCGAGCTAGCAATATTTGATCAAGTGGATGCTTAAATTGATCCATACTTGAAGCGTGTTGGGCAt < 1:836663/141‑1 (MQ=255) cggATTGTTGGCAAACAAATGATTTGTATATTCACTTTCTAAATCAACAAGATAATTAATTG‑ATGACATAGATACGCGAGCTAGCAATATTTGATCAAGTGGATGCTTAAATTGATCCATACTTGAAGCGTGTTGGGCAtt < 1:204860/140‑1 (MQ=255) aGGATGGTTTGCAAACAAATGATTTGTATATTCACTTTCTAAATCAACACGATAATTAATTG‑ATGACATAGATACGCGAGCTAGCAATATTTGATCAAGTGGATGCTTAAATTGATCCATACTTGAAGCGTGTTGGGCAtt < 1:10599/141‑1 (MQ=255) ggATGGTTTGCAAACAAATGATTTGTATATTCACTTTCTAAATCAACACGATAATTAATTG‑ATGACATAGATACGCGAGCTAGCAATATTTGATCAAGTGGATACTTAAATTGATCCATACTTGAAGCGTGTTGGGCAttg > 1:919059/1‑140 (MQ=255) 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1:310484/1‑141 (MQ=255) caaacaaaTGATTTGTATATTCACTTTCTAAATCAACACGATAATGAATTG‑ATGACATAGATACGTGAGCAAGCAATATTTGATCGAGTGGATGCTTAAATTGATCCAGACTTGAAGCGTGTTGGGCATTTGTTTGTGGaa > 2:342646/1‑141 (MQ=255) caaacaaaGGATTTGTATATTCACTTTCTAAATCAACACGATAATTAACTG‑ATGACATAGATACGCGAGCTAGCAATATTTGATCAAGTGGATGCTTAAATTGATCCACACTTGAAGCGTGTTGGGCATTTGCTTGTGGaa < 2:546260/141‑1 (MQ=255) acaaaTGATTTGTATATTCACTTTCTAAATCAACACGATAATTAATTG‑ATGACATAGATACGCGAGCTAGCAATATTTGATCAAGTGGATGCTTAAATTGATCCATACTTGAAGCGTGTTGGGGATTTGTTTGTGGAATaa > 2:59465/1‑141 (MQ=255) acaaaTGATTTGTATATTCACTTTCTAAATCAACACGATAATTAATTG‑ATGACATAGATACGCGAGCTAGCAATATTTGATCAAGTGGATGCTTAAATTGATCCATACTTGAAGCGTGTTGGGGATTTGTTTGTGGAATaa > 2:59484/1‑141 (MQ=255) tgttttGTATATTCACGTTCGAAAGTAACACGGTAAGTATGTG‑ATGACATAGATACCCGAGCTAGCAATATTTGATCAAGTGGATGCTTAAATTGATCCATACTTGAAGCGTGTTGGGCATTTGTTTGTGGAATAACAAAg < 1:194983/138‑1 (MQ=255) tGATTTGTATATTCACTTTCTAAATCAACACGATAATTAATTG‑ATGACATAGATACGCGAGCTAGCAATATTTGATCAAGTGGATGCTTAAATTGATCCATACTTGAAGCGTGTTGGGCATTTGTTTGTGGAATAACAAAg > 2:451624/1‑141 (MQ=255) ggATGTGGATATCCATTTTCTAAATCAACACGATAATTAATTG‑ATGACATAGATACGCGAGCTAGCAATATTTGATCAAGTGGATGCTTAAATTGATCCATACTTGAAGCGTGTTGGGCATTTGTTTGTGGAATAACAAAg < 1:294855/140‑1 (MQ=255) gATTTGTATATTCACTTTCTAAATCAACACGATAATTAATTG‑ATGACATAGATACGCGAGCTAGCAATATTTGATCAAGTGGATGCTTAAATTGATCCATACTTGAAGCGTGTTGGGCATTTGTTTGTGGAATAACAAAgt < 1:745454/141‑1 (MQ=255) gATTTGTATATTCACTTTCTAAATCAACACGATAATTAATTG‑ATGACATAGATACGCGAGCTAGCAATATTTGATCAAGTGGATGCTTAAATTGATCCATACTTGAAGCGTGTTGGGCATTTGTTTGTGGAATAACAAAgt < 2:878279/141‑1 (MQ=255) gATTTGTATATTCACTTTCTAAATCAACACGATAATTAATTG‑ATGACATAGATACGCGAGCTAGCAATATTTGATCAAGTGGATGCTTAAATTGATCCATACTTGAAGCGTGTTGGGCATTTGTTTGTGGAATAACAAAgt < 2:877974/141‑1 (MQ=255) tttGTATATTCACTTTCTAAATCAACACGATAATTAATTG‑ATGACATAGATACGCGAGCTAGCAATATTTGATCAAGTGGATGCTTAAATTGATCCATACTTGAAGCGTGTTGGGCATTTGTTTGTGGAATAACAAAgtgt < 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taattaatTG‑ATGACATAGATACGCGAGCTAGCAATATTTGATCAAGTGGATGCTTAAATTGATCCATACTTGAAGCGTGTTGGGCATTTGTTTGTGGAATAACAAAGTGTCCCTTCCCTCTTGTACTCTCTACGATGCCa > 1:51904/1‑141 (MQ=255) attaattG‑CTGGCATAGATACGCTAGTCAGCAATATTTGATCAAGTGGATGCTTAACTTCTTCCATCCCTGCAGAGTCTTGGGTTCACCTTTGTGGAATGCCCCAACGTCCCTTCCCTCTTGTCctctccggcgggtgatc < 2:198690/141‑13 (MQ=255) attaattG‑ATGACATAGATACGCGAGCTAGCAATATTTGATCAAGTGGATGCTTAAATTGATCCATACTTGAAGCGTGTTGGGCATTTGTTTGTGGAATAACAAAGTGTCCCTTCCCTCTTGTACTCTCTACGATGCCATc > 2:738269/1‑141 (MQ=255) attaattG‑ATGACATAGATACGCGAGCTAGCAATATTTGATCAAGTGGATGCTTAAATTGATCCATACTTGAAGCGTGTTGGGCATTTGTTTGTGGAATAACAAAGTGTCCCTTCCCCCTTGTACTCTCTACGATGCCATc > 2:764066/1‑141 (MQ=255) taattG‑AAGACATAGATACGCGAGGTAGCAATATTTGATCAAGTTGACGCTTAAATTGATCCATATTTGAAGCGTGGTAGGCATTTCTGTGTGGAATAACAAAGTGTCCCTTACCTCTAGCACTCTCTACAGTGCCATCtt < 2:345116/141‑1 (MQ=255) attG‑ATGACATAGATACGCGAGCTAGCAATATTTGATCAAGTGGATGCTTAAATTGATCCATACTTGAAGCGTGTTGGGCATTTGTTTGTGGAATAACAAAGTGTCCCTTCCCTCTTGTACTCTCTACGATGCCATCTTCg < 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tgaCATAGATACGCGAGCTAGCAATATTTGATCAAGTGGATGCTTAAATTGATCCATACTTGAAGCGTGTTGGGCATTTGTTTGTGGAATAACAAAGTGTCCCTTCCCTCTTGTCTTCTCCACGATGCGCTCTTCGGCTaa > 2:234964/1‑141 (MQ=255) aCATAGATACGCGAGCTAGCAATATTTGATCAAGTGGATGCTTAAATTGATCCATACTTGAAGCGTGTTGGGCATTTGTTTGTGGAATAACAAAGTGTCCCTCCCCTCTTGTACTCTCTACGATGCCATCTTCGGCTAACa < 2:330654/141‑1 (MQ=255) cATAGATACGCGAGCTAGCAATATTTGATCAAGTGGATGCTTAAATTGATCCATACTTGAAGCGTGTTGGGCATTTGTTTGTGGAATAACAAAGTGTCCCTTCCCTCTTGTACTCTCTACGATGCCATCTTCGGCTAACaa < 1:309855/141‑1 (MQ=255) aGATACGCGAGCTAGCAATATTTGATCAAGTGGATGCTTAAATTGATCCATACTTGAAGCGTGTTGGGCATTTGTTTGTGGAATAACAAAGTGTCCCTTCCCTCTTGTACTCTCTACGATGCCATCTTCGGCTAACAAttt < 2:945054/141‑1 (MQ=255) ggtACGCGAGCTAGCAATATTTGATCAAGTGGATGCTTAAATTGATCCATACTTGAAGCGTGTTGGGCATTTGTTTGTGGAATAACAAAGTGTCCCTTCCCTCTTGTACTCTCTACGATGCCATCTTCGGCTAACAAtttt < 2:443136/139‑1 (MQ=255) gATACGCGAGCTAGCAATATTTGATCAAGTGGATGCTTAAATTGATCCATACTTGAAGCGTGTTGGGCATTTGTTTGTGGAATAACAAAGTGTCCCTTCCCTCTTGTACTCTCTACGATGCCATCTTCGGCTAACAAgttt > 1:795982/1‑141 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atTTGATCAAGTGGATGCTTAAATTGATCCATACTTGAAGCGTGTTGGGCATTTGTTTGTGGAATAACAAAGTGTCCCTTCCCTCTTGTACTCTCTACGATGCCATCTTCGGCTAACAATTTTATAGCTTGGCGCAAAGTc < 2:104630/141‑1 (MQ=255) ttGATCAAGTGGATGCTTAAATTGATCCATACTTGAAGCGTGTTGGGCATTTGTTTGTGGAATAACAAAGTGTCCCTTCCCTCTTGTACTCTCTACGATGCCATCTTCGGCTAACAATTTTATAGCTTGGCGCAAAGTCAt > 2:33547/1‑141 (MQ=255) gATCAAGTGGATGCTTAAATTGATCCATACTTGAAGCGTGTTGGGCATTTGTTTGTGGAATAACAAAGTGTCCCTTCCCTCTTGTACTCTCTACGATGCCATCTTCGGCTAACAATTTTATAGCTTGGCGCAAAGTCATAc > 2:897662/1‑141 (MQ=255) gTGGATGCTTAAATTGATCCATATTTGAAGCGTGTTGGGCATTTGTTTGTGGAATAACAAAGTGTCCCTTCCCTCTTGTACTCTCTACGATGCCATCTTCGGCTAACACTTTTATAGCTTGGCGCAAATTCATACGatttg > 2:141844/1‑137 (MQ=255) gTGGATGCTTAAATTGATCCATACTTGAAGCGTGTTGGGCATTTGTTTGTGGAATAACAAAGTGTCCCTTCCCTCTTGTACTCTCTACGATGCCATCTTCGGCTAACAATTTTATAGCTTGGCGCAAAGTCATACGACTGa > 1:396264/1‑141 (MQ=255) gTGGATGCTTAAATTGATCCATACTTGAAGCGTGTTGGGCATTTGTTTGTGGAATAACAAAGTGTCCCTTCCCTCTTGTACTCTCTACGATGCCATCTTCGGCTAACAATTTTATAGCTTGGCGCAAAGTCATACGACTGa > 2:473648/1‑141 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1:829982/141‑1 (MQ=255) aaaTTGATCCATACTTGAAGCGTGTTGGGCATTTGTTTGTGGAATAACAAAGTGTCCCTTCCCTCTTGTACTCTCTACGATGCCATCTTCGGCTAACAATTTTATAGCTTGGCGCAAAGTCATACGACTGACATCAAAgcg < 1:774348/141‑1 (MQ=255) tttaTCCATACTTGAAGCGTGTTGGGCATTTGTTTGTGGAATAACAAAGTGTCCCTTCCCTCTTGTACTCTCTACGATGCCATCTTCGGCTAACAATTTTATAGCTTGGCGCAAAGTCATACGACTGACATCAAAgcgcgc < 2:918119/138‑1 (MQ=255) ttGATCCATACTTTAAGCGTGTTGGGCATTTGTTTGTGGAATAACAAAGTGTCCCTTCCCTCTTGTACTCTCTACGATGCCATCTTCGGCTAACAATTTTACAGCTTGGCGCAAAGTCATACGACTGACATCAAAgcgcgc < 2:132465/141‑1 (MQ=255) aTCCATACTTGAAGCGTGTTGGGCATTTGTTTGTGGAATAACAAAGTGTCCCTTCCCTCTTGTACTCTCTACGATGCCATCTTCGGCTAACAATTTTATAGCTTGGCGCCAAATCATACGACTGACATCAAAGCGCGcaca > 2:889314/1‑141 (MQ=255) aTCCATACTTGAAGCGTGTTGGGCATTTGTTTGTGGAATAACAAAGTGTCCCTTCCCTCTTGTACTCTCTACGATGCCATCTTCGGCTAACAATTTTATAGCTTGGCGCAAAGTCATACGACTGACATCAAAGCGCGcaca > 2:1373/1‑141 (MQ=255) ccATACTTGAAGCGTGTTGGGCATTTGTTTGTGGAATAACAAAGTGTCCCTTCCCTCTTGTACTCTCTACGATGCCATCTTCGGCTAACAATTTTATAGCTTGGCGCAAAGTCATACGACTGACATCAAAGCGCGCACaaa < 1:92661/141‑1 (MQ=255) ccATACTTGAAGCGTGTTGGGCATTTGTTTGTGGAATAACAAAGTGTCCCTTCCCTCTTGTACTCTCTACGATGCCATCTTCGGCTAACAATTTTATAGCTTGGCGCAAAGTCATACGACTGACATCAAAGCGCGCACaaa < 1:292497/141‑1 (MQ=255) ccATACTTGAAGCGTGCTGGGCATTCGTTTGTGGAATAACAAAGTGTCCCTTCCCTCTCGTACTCTCTACGATGCCATCTTCGGCTAACAATTTTATAGCTTGGCGCAAAGTCATACGACTGACATCAAAGCGCGCACaaa < 2:241514/141‑1 (MQ=255) cATACTTGAAGCGTGTTGTGCATTTGTTTGTGGAATAACAAAGTGTCCCCTCCCTCTTGTATTCTCTACGATGCCATCTTCGGCTAACAATTTTATAGCTTGGCGCAAAGTCATACGACTGACATCAAAGCGCGCACAAAg < 2:183811/141‑1 (MQ=255) cATACTTGAAGCGTGTTGGGCATTTGTTTGTGGAATAACAAAGTGTCCCTTCCCTCTTGTACTCTCTACGATGCCATCTTCGGCTAACAATTTTATAGCTTGGCGCAAAGTCATACGACTGACATCAAAGCGCGCACAAAg < 2:471251/141‑1 (MQ=255) cATACTTGAAGCGTGTTGGGCATTTGTTTGTGGAATAACAAAGTGTCCCCTCCCTCTTGTACTCTCTACGATGCCATCTTCGGCTAACAATTTTATAGCTTGGCGCAAAGTCATACGACTGACATCAAAGCGCGCACAAAg < 2:45645/141‑1 (MQ=255) cTTGAAGCGTGTTAGGCATTTGTTTGTGGAATAACAAAGTGTCCCTTCCCTCTTGTACTCTCTACGATGCCATCTTCGGCTAACACTTTTATAGCTTTGCGCAAAGTCATACGACTGACATCAAAGCGCGCACAAAGTTcc < 2:239387/141‑1 (MQ=255) gAAGCGTGTTGGGCATTTGTGTGTGTAATAACAAAGTGTCCCTTCCCTCTTGTACTCTCTACGATGCCATCTTCGGCTAACAATTTTATAGCTTGGCGCAAAGTCATACCGCTGACATCAAAGCGCGCACAAAGTTCCttt < 2:917205/141‑1 (MQ=255) gAACCGTGTTGGGCATTTGTTTGTGGAATAACAAAGTGTCCCTTCCCTCTTGTACTCTCTACGATGCCATCTTCGGCTAACAATTTTATAGCTTGGCGCAAAGTCATACGACTGACATCAAAGCGCGCACAAAGTTCCttt < 2:3484/141‑1 (MQ=255) ggCGTGTTGGGTATTTGTTTGTGGAATAACAAAGTGTCCCTTCCCTCTTGTACTCTCTACGATGCCATCTTCGGCTAACAATTTTATAGCTTGGCGCAAAGTCATACGACTGACATCAAAGCGCGCACAAAGTTCCTTTTc < 2:436823/140‑1 (MQ=255) gtgtTGGGCATTTGTTTGTGGAATAACAAAGTGTCCCTTCCCTCTTGTACTCTCTACGATGCCATCTTCGGCTAACAATTTTATAGCTTGGCGCAAAGTCATACGACTGACATCAAAGCGCGCACAAAGTTCCTTTTCAGt < 2:656259/141‑1 (MQ=255) ttGGGGATTTGTTTGTGGAATGACAAAGTGTCCCTTCCCTCTTGTACTCTCTACGATGCCATCTTCGGCTAACAATTTTATAGCTTGGCGCAAAGTCATACGACTGACATCAAAGCGCGCACAAAGTTCCTTTTCAGTAgg < 1:59465/141‑1 (MQ=255) ttGGGGATTTGTTTGTGGAATAACAAAGTGTCCCTTCCCTCTTGTACTCTCTACGATGCCATCTTCGGCTAACAATTTTATAGCTTGGCGCAAAGTCATACGACTGACATCAAAGCGCGCACAAAGTTCCTTTTCAGTAgg < 1:59484/141‑1 (MQ=255) ggCATTTGTTTGTGGAATAACAAAGTGTCCCTTCCCTCTTGTACTCTCTACGATGCCATCTTCGGCTAACAATTTTATAGCTTGGCGCAAAGTCATACGACTGACATCAAAGCGCGCACAAAGTTCCTTTTCAGTAGGTaa < 1:894866/141‑1 (MQ=255) ggCATTTGTTTGTGGAATAACAAAGTGCCCCTTCCCTCTTGTACTCTCTACGATGCCATCTTCGGCTAACAATTTTATAGCTTGGCGCAAAGTCATACGACTGACATCAAAGCGCGCACAAAGTTCCTTTTCAGTAGGTaa < 2:221132/141‑1 (MQ=255) | AAGGATGGTTTGCAAACAAATGATTTGTATATTCACTTTCTAAATCAACACGATAATTAATTG‑ATGACATAGATACGCGAGCTAGCAATATTTGATCAAGTGGATGCTTAAATTGATCCATACTTGAAGCGTGTTGGGCATTTGTTTGTGGAATAACAAAGTGTCCCTTCCCTCTTGTACTCTCTACGATGCCATCTTCGGCTAACAATTTTATAGCTTGGCGCAAAGTCATACGACTGACATCAAAGCGCGCACAAAGTTCCTTTTCAGTAGGTAA > CP000730/156357‑156633 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |