| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 937,158 | T→A | 5.3% | intergenic (+65/‑1952) | USA300HOU_0902 → / → USA300HOU_0903 | NADH dehydrogenase/NhaC family sodium:proton (Na+:H+) antiporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 937,158 | 0 | T | A | 5.3% | 259.9 / 5.2 | 95 | intergenic (+65/‑1952) | USA300HOU_0902/USA300HOU_0903 | NADH dehydrogenase/NhaC family sodium:proton (Na+:H+) antiporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (45/43); new base A (3/2); total (48/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.20e-01 | |||||||||||
AAAAAAGTGATTGATACACGTGCGGTATTCAAAATCGGTGGTATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCAACGAAATAAATACATTGATTATTGGTATACCAGAACATTTAAAT > CP000730/937019‑937298 | aaaaaaGTGATTGATACACGTGCGGTATTCAAAATCGGTGGTATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTACTTCAGTGTc > 2:289822/1‑141 (MQ=255) ataGTGATTGATACACGTGCGGTAGTCAAACGTGGTTGGCTCGGTTTAGCATTCAAAAAATGTAAATTCTAGGCGTTACATAAAGTGTCCGTTAAACCCATATAATTAAATTAGTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACt < 2:152399/139‑1 (MQ=255) aaagtacttgttcaacGTGCGGTATCCAAAAGCGGTGGTATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGAAAATTCTTGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAACTAAATTATTCATTTATAATGTCCTTCAGTGTAACt < 2:491455/127‑1 (MQ=255) aaaGTGTTTGATACACGTGCGGTATTCAAAATCGGTGGTATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACt < 2:846769/141‑1 (MQ=255) aaaGTGATTGATACACGTGCGGTATTCAAAATCGGTGGTATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACt < 1:487157/141‑1 (MQ=255) gattgatACACGTGCGGTATTCAAAATCGGTGGTATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAACCACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACGGAAgg > 1:61086/1‑141 (MQ=255) gattgatACACGTGCGGTATTCAAAATCGGTGGTATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAgg > 2:886097/1‑141 (MQ=255) gattgatACACGTGCGGTATTCAAAATCGGTGGTATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAgg > 2:79527/1‑141 (MQ=255) ttgatACACGTGCGGTATTCAAAATCGCGGGTATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATCAAATTAAATTATTCATTTATAAAATCATTCAGTGTCACTGAAGGGc > 2:354165/1‑141 (MQ=255) tgatACACGTGCGGTATTCAAAATCGGTGGTATCGGTTTAGCAATCAAAAAAGGTAGATTGTAGGCTTTAAAGAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCAATGAAGGGCt > 1:80716/1‑141 (MQ=255) atACACGTGCGGTATTCAAAATCGGTGGTATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGGTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGCCCTTCAGTGACACTGAAGGACttt < 1:635957/141‑1 (MQ=255) atACACGTGCGGTATTCAAAATCGGTCGTATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGCCCTTCAGTGACACTGAAGGACttt < 1:299755/141‑1 (MQ=255) tACACGTGCGGTATTCAAAATCGGTGGTATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCtttt > 2:483543/1‑140 (MQ=255) ccacGTGCGGTATTCAAAAGCGGTGGTATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCCTTTATAAAGTCCTTCAGGGTCACTGAAGGGCTTTAt < 1:458145/140‑1 (MQ=255) acacGTGCGGTATTCAAAATCGGTGGTATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTAt > 1:694943/1‑141 (MQ=255) cGTGCGGTATGCAAAATCGGTGGTATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATCCATGTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTAttgt < 1:620634/141‑1 (MQ=255) tGCGGTATTCAAAATCGGTGGTATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGCGCTTTAttgttg > 2:303832/1‑141 (MQ=255) gCGGTATTCAAAATCGGTGGTATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCCTTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCCTTATtgttgt > 2:211273/1‑141 (MQ=255) gggTATTCAAAACAGGTGGTATCGGTATAGCAGTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTGAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTa < 2:1839/140‑1 (MQ=255) cGGTATTTAAAATCGGTGGTATCGGTTTATCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTACATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTa < 2:230616/141‑1 (MQ=255) cGGTATTCAAAATCGGTGGTATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTa < 2:628038/141‑1 (MQ=255) cGGTATTCAAAATCGGTGGTATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTa < 1:860406/141‑1 (MQ=255) ggTATTCAAAATCGGTGGTATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTAc < 1:565103/141‑1 (MQ=255) ggTATTCAAAATCGGTGGTATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTAc < 1:937594/141‑1 (MQ=255) gTATTCAAAATCGGTGGTATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACa > 2:469378/1‑141 (MQ=255) ttCAAAATCGGTGGTATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAAtt < 1:795710/141‑1 (MQ=255) ttCAAAATCGGTGGTATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAAtt > 1:23546/1‑141 (MQ=255) aaaaTCGGTGGTATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGa < 1:580023/141‑1 (MQ=255) aaaaTCGGTGGTATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGa < 2:771048/141‑1 (MQ=255) cGGTGGTATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGa < 2:323053/141‑1 (MQ=255) ggtggtATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGaa > 1:81619/1‑140 (MQ=255) ggtggtATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAg > 2:306557/1‑141 (MQ=255) ggtggtATCGGTTTAGCAGTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAg < 2:495673/141‑1 (MQ=255) gtggtATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGt < 2:95306/141‑1 (MQ=255) ggtATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACTATTTGAAGTGAGTaa < 1:698243/141‑1 (MQ=255) tATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACa < 1:861090/141‑1 (MQ=255) aTCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACat > 2:826047/1‑141 (MQ=255) aGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGATGTGAGTAACATATAACATc > 2:243473/1‑141 (MQ=255) aTTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTaa > 1:872564/1‑141 (MQ=255) aTTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTaa < 2:617711/141‑1 (MQ=255) ttCAAAAAAGGGAAGTTCTTGGGTTTAAATAAAGGTTCAGCTAAACACATAAAAGTACGTTATGTAGTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAag < 1:449290/141‑1 (MQ=255) aaaaGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTTAGTAACATATAAAATCTATGGAGGt > 1:165022/1‑141 (MQ=255) aaaaGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGt > 1:95943/1‑141 (MQ=255) gTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACAtt < 1:811814/141‑1 (MQ=255) tAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTa < 1:886097/141‑1 (MQ=255) tAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTAAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAAATTGAAGTGAGTAACATATCAAAACTAAGGAGGTACAATa > 1:798474/1‑141 (MQ=255) aaTTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATg < 2:898657/141‑1 (MQ=255) aGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAAtttt < 2:512580/141‑1 (MQ=255) cTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTttaaa > 2:166447/1‑141 (MQ=255) cTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTttaaa > 1:808685/1‑141 (MQ=255) cTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTACTTCAGTGTCACTGAAGTGCTTTATTGTTGTACAATTTAAAGTGAGTAACATATCAAAACTACGGAGGTACATTATGAAattagaa > 2:828810/1‑137 (MQ=255) aaataaaGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTttaaattaa < 1:273050/141‑1 (MQ=255) aaataaaGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCAGTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTttaaattaa > 2:861196/1‑141 (MQ=255) aataaaGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTAAATTATGAATTttaatttaaa > 2:409520/1‑141 (MQ=255) aataaaGTTTCAGATAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTttaaattaaa < 1:379659/141‑1 (MQ=255) gTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAacaa > 2:928183/1‑140 (MQ=255) gTTTCAGCCAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAacac < 1:526498/141‑1 (MQ=255) tttCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAacaca < 1:858739/141‑1 (MQ=255) tttCAGCTAAACACAAAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTGGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAacaca < 2:828447/141‑1 (MQ=255) ttCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAATTTAAATAacacac > 1:825205/1‑141 (MQ=255) aGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTaa > 2:576191/1‑141 (MQ=255) cTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAATGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGc > 1:449211/1‑141 (MQ=255) aTAAAATTCAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTAAAATTTGAAGTGAGTAAGATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGCATTTTAAATTAAATAAAACACTAAGCAACGaaaa > 2:406237/1‑140 (MQ=255) tAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAACTAACACACTAAGCAACGaaata > 1:361530/1‑141 (MQ=255) tAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCCACGaaata < 2:297337/141‑1 (MQ=255) tAAAATTAAATTATCTATTTATAAAGGCCTTCAATGTCACTGAAGGGCATTATTGTTGTACAATTCGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTTAGCAACGaaata < 2:555461/141‑1 (MQ=255) aaaaTTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCAACGaaataa < 2:405099/141‑1 (MQ=255) aaattaaattATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCAACGaaataaa < 1:469378/141‑1 (MQ=255) aattaaattaTTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCAACGaaataaat > 1:103555/1‑141 (MQ=255) attaaattaTTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAGGGAGGGACATTATGGATTTTAAATTAAATAACACGCTAAGCGACGAaataaata > 2:887692/1‑141 (MQ=255) attaaactaTTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCAACGAaataaata < 1:339791/141‑1 (MQ=255) ttatattaTTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCAACGAAATAAATAc < 1:774769/141‑1 (MQ=255) ttaaattaTTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCAACGAaataaataa > 1:848554/1‑140 (MQ=255) taaattaTTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGTGGTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGAAACGAagtcaataaa > 2:105632/1‑139 (MQ=255) taaattaTTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCCACGAAATAAATACa > 2:939282/1‑141 (MQ=255) taaattaTTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCAACGAAATAAATACa < 2:129749/141‑1 (MQ=255) taaattaTTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGAGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCTAAGCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCAACGAaataaataaa > 2:395504/1‑139 (MQ=255) aattaTTCATTTATAAAGTGCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTCAAATTAAATAACACACTAAGCAACGAAATAAATACAtt > 1:612910/1‑141 (MQ=255) ttattCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCAACGAAATAAATACATTGa < 2:23546/141‑1 (MQ=255) cATTTATAAAGTCCTTCAGTTGCACTCGAGGGTTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAACCTAAGTAAGAACATTATGACCTTTAAATTAAATAACACACTAAGCAACGACATAAATACATTGattatt < 2:385999/141‑1 (MQ=255) acaataAAGCCCTTCAGTGACACTGAAGGACTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCAACGAAATAAATACATTGATTATTgg > 1:907029/4‑141 (MQ=255) acaataAAGCCCTTCAGTGACACTGAAGGACTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCAACGAAATAAATACATTGATTATTgg > 1:200657/4‑141 (MQ=255) acaataAAGCCCTTCAGTGACACTGAAGGACTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCAACGAAATAAATACATTGATTATTgg > 1:112027/4‑141 (MQ=255) ttATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGCATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCAACGAAATAAATACATTGATTATTGGt < 1:88702/141‑1 (MQ=255) aaaGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCAACGAAATAAATACATTGATTATTGGTATAc < 1:352280/141‑1 (MQ=255) aactCCTGCAGCGTTACTGAAGGGCTTTATTGGTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCAACGAAATAAATACATTGATTATTGGTATAcc < 2:29573/138‑1 (MQ=255) aaGTCCTTTCGTGGCCGTGGAGGGCTTTATTGGTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGATGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCAACGAAATAAATACATTGATTATTGGTATAcc < 2:183054/141‑1 (MQ=255) aGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCAACGAAATAAATACATTGATTATTGGTATACCa > 1:71953/1‑141 (MQ=255) gTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCAACGAAATAAATACATTGATTATTTGTATACCAg > 2:586820/1‑141 (MQ=255) gTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCAACGAAATAAATACATTGATTATTGGTATACCAg < 1:289822/141‑1 (MQ=255) gTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCAACGAAATAAATACATTGATTATTGGTATACCAg > 2:586760/1‑141 (MQ=255) gTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCAACGAAATAAATACATTGATTATTGGTATACCAg > 2:720626/1‑141 (MQ=255) cAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCAACGAAATAAATAGATTGATTATTGGTATACCAGAACAtt > 1:576622/1‑141 (MQ=255) cAGTGTCACTGAAGGGCTTCATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCAACGAAATAAATACATTGATTATAGGCATACCAGAACAtt > 2:341114/1‑141 (MQ=255) agggtCAGTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCAACGAAATAAATACATTGATTATTGGTAGACCAGAACAttt > 2:725516/4‑141 (MQ=255) aGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCAACGAAATAAATACATAGATTATTGGTCTACCAGAACAttt > 2:563354/1‑141 (MQ=255) tCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCAACGAAATAAATACATTGATTATTGGTATACCAGAACATTTAAAt > 2:406063/1‑141 (MQ=255) | AAAAAAGTGATTGATACACGTGCGGTATTCAAAATCGGTGGTATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTAAACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCAACGAAATAAATACATTGATTATTGGTATACCAGAACATTTAAAT > CP000730/937019‑937298 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |