| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,507,931 | C→T | 6.5% | intergenic (‑356/+119) | ald1 ← / ← USA300HOU_1377 | alanine dehydrogenase/5'‑3' exonuclease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,507,931 | 0 | C | T | 6.5% | 170.0 / 2.1 | 61 | intergenic (‑356/+119) | ald1/USA300HOU_1377 | alanine dehydrogenase/5'‑3' exonuclease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (27/30); new base T (2/2); total (29/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.78e-01 | |||||||||||
CTCAAAAACTAATTAATCAAATATGTTTTTTAGATTAATAAAGTTGTAACTGTACTATTTTGTAGTGTATGGTAATTTATTTGGATGAAATATAATTCTTTATACTCTATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACTTTTTAAAAATGGGATGAAATA > CP000730/1507791‑1508068 | cTCAAAAACTAATTAATCAAATATGTTTTTTAGATTAATAAAGTTGTAACTGTACTATTTTGTAGTGTATGGTAATTTATTTGGATGAAATATAATTCTTTATACTCTATTTGTTAATAAAATATGTATCTATCAAAAATc > 2:833673/1‑141 (MQ=255) cAAAAACTAATTAATCAAATATGTTTTTTAGATTAATAAAGTTGTAACTGTACTATTTTGTAGTGTATGGTAATTTATTTGGATGAAATATAATTCTTTATACTCTATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCgg < 2:78092/141‑1 (MQ=255) cAAAAACTAATTAATCAAATATGTTTTTTAGATTAATAAAGTTGTAACTGTACTATTTTGTAGTGTATGGTAATTTATTTGGATGAAATATAATTCTTTATACTCTATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCgg < 2:5744/141‑1 (MQ=255) aaaaaCTAATTAATCAAATATGTTTTTTAGATTAATAAAGTTGTAACTGTACTATTTTGTAGTGTATGGTAATTTATTTGGATGAAATATAATTCTTTATACTCTATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGc > 1:749010/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) attaattaAATATTTTTTTTAGATTAATAAAGTTGTAAATGTACTATTTTGTAGTGTATGGTAATTTATTTGGATGAAATATAATTCTTTATACTCTATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCttatttat < 2:115412/141‑1 (MQ=255) attaatCAAATATGTTTTTTAGATTAATAAAGTTGTAACTGTACTATTTTGTAGTGTATGGTAATTTATTTGGATGAAATATAATTCTTTATACTCTATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCttatttat < 2:179107/141‑1 (MQ=255) tatGTTTTTTAGATTAATAAAGTTGTAACTGTACTATTTTGTAGTGTATGGTAATTTATTTGGATGAAATATAATTCTTTATACTCTATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGAc < 2:185129/141‑1 (MQ=255) tttttAGATTAATAAAGTTGTAACTGTACTATTTTGTAGTGTATGGTAATTTATTTGGATGAAATATAATTCTTTATACTCTATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATc < 2:416810/141‑1 (MQ=255) aTTAATAAAGTTGTAACTGTACTATTTTGTAGTGTATGGTAATTTATTTGGATGAAATATAATTCTTTATACTCTATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATAc < 1:618915/141‑1 (MQ=255) ttAATAAAGTTGTAACTGTACTATTTTGTAGTGTATGGTAATTTATTTGGATGAAATATAATTCTTTATACTCTATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACg < 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(MQ=255) atttGGGTGAAATATAATTCTTTATACTCTATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTTTCGATGGGAGTAGGCttttt > 1:68070/1‑141 (MQ=255) tttGGATGAAATATAATTCTTTATACTCTATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTta > 2:895684/1‑141 (MQ=255) tttGAATGAAATATAATTCTTTATACTCTACTGATTAATCAAATATGTATCTAACAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCTAAATCCGCACAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTta > 2:574990/1‑141 (MQ=255) ggctGAAATATAATTCTTTATGCTTTATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAACTTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACATTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATAc < 2:522676/138‑1 (MQ=255) aTGAAATATAATTCTTTATCCTCTATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTTTCGATAGAAATAGTCTTTTTATACtt < 1:455809/141‑1 (MQ=255) aTGAAATATAATTCTTTATACTCTATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACtt < 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1:468976/1‑141 (MQ=255) cAAATATGTAGCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACttt < 2:265680/141‑1 (MQ=255) aaTATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACttttt > 2:784045/1‑141 (MQ=255) aaTATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACttttt < 2:917374/141‑1 (MQ=255) gTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCACCTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACTTTTTaaaaa > 2:428664/1‑141 (MQ=255) tatctatcAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACTTTTTAAAAAt > 2:581745/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) aTTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACTTTTTAAAAATGGGATGAAata > 2:167664/1‑141 (MQ=255) | CTCAAAAACTAATTAATCAAATATGTTTTTTAGATTAATAAAGTTGTAACTGTACTATTTTGTAGTGTATGGTAATTTATTTGGATGAAATATAATTCTTTATACTCTATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACTTTTTAAAAATGGGATGAAATA > CP000730/1507791‑1508068 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |