| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP000730 | 1,685,490 | A→G | 4.7% | intergenic (‑106/+187) | rpsU ← / ← USA300HOU_1577 | ribosomal protein S21/possible 2‑methylthioadenine synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,685,490 | 0 | A | G | 4.7% | 259.2 / 2.7 | 86 | intergenic (‑106/+187) | rpsU/USA300HOU_1577 | ribosomal protein S21/possible 2‑methylthioadenine synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (35/46); new base G (2/2); total (37/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.48e-01 | |||||||||||
TGATTCATTTTTACGTACTACTGTTTTAGACATCTGTATTTCCCTCCCTCCAAATATCAACGGAACTTTATAGTCAATTGCACAGTAAAACTATGCATTTATAAGTATAATATATCTGTAATTTATGGTCAATTAGTAAATTGTTTTTTATTTGAAACATATTTCACATCAAAATCACAAAGACTTTTAGATTTTGTTCTAAAAATCTCTTAATAATTTATTTAATGAGAAGAGTTGCTTATATAGTAAATTGTGAAGCCGTTAAAACAACGTTA > CP000730/1685352‑1685626 | tGATTCCTTTTTACGTACTACTGTTTTAGACATCTGTATTTCCCTCCCTCCAAATATCAACGGAACTTTATAGTCAATTGCACAGTAAAACTATGCATTTATAAGTATAATATATCTGTAATTTATGGTCAATTAGTAAAt < 1:790952/141‑1 (MQ=255) aTTCATTTTTACGTACTACTGTTTTAGACATCTGTATTTCCCTCCCTCCAAATATCAACGGAACTTTATAGTCAATTGCACAGTAAAACTATGCATTTATAAGTATAATATATCTGTAATTTATGGTCAATTAGTAAAttt > 1:205977/1‑140 (MQ=255) ttttttACGTACTACTGTTTTAGACATCTGTATTTCCCTCCCTCCAAATATCAACGGAACTTTATAGTCAATTGCACAGTAAAACTATGCATTTATAAGTATAATATATCTGTAATTTATGGTCAATTAGTAAATTGtttt < 2:111664/140‑1 (MQ=255) aTTTTTACGTACTACTGTTTTAGACATCTGTATTTCCCTCCCTCCAAATATCAACGGAACTTTATAGTCAATTGCACAGTAAAACTATGCATTTATAAGTATAATATATCTGTAATTTATGGTCAATTAGTAAATTGtttt < 1:4940/141‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |