| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP000730 | 2,305,823 | 0 | C | T | 12.2% | 279.7 / 23.5 | 111 | intergenic (‑126/‑51) | USA300HOU_2163/USA300HOU_2164 | hypothetical membrane protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (49/48); new base T (12/2); total (61/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.94e-02 | |||||||||||
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Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
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(MQ=255) aTTATAAAATCGTTTATGATGTATTTACAAAATATTTAAAGGATGTGTTTGAATAATGGCAATGACAGTAAAAAAGGATAATAATGAAGTGCGTATTCAATGGAGAGTTGCTGATATCAAAATTACTACACGTGAAATTaa > 1:816177/1‑141 (MQ=255) aTTACAAAATCGTTTATGATGTATTTACAAAATATTTAAAGGATGTGTTTGAATAATGGCAATGACAGTAAAAAAGGATAATAATGAAGTGCGTATTCAATGGAGAGTTGCTGATATCAAAATTCCTACAAGTGAAATTaa > 2:715512/1‑141 (MQ=255) aTTACAAAATCGTTTATGATGTATTTACAAAATATTTAAAGGATGTGTTTGAATAATGGCAATGACAGTAAAAAAGGATAATAATGAAGTGCGTATTCAATGGAGAGTTGCTGATATCAAAATTCCTACAAGTGAAATTaa < 2:671503/141‑1 (MQ=255) aTTACAAAATCGTTTATGATGTATTTACAAAATATTTAAAGGATGTGTTTGAATAATGGCAATGACAGTAAAAAAGGATAATAATGAAGTGCGTATTCAATGGAGAGTTGCTGATATCAAAATTCCTACAAGTAAAATTaa > 2:766173/1‑141 (MQ=255) tACAAAATCGTTTATGATGTATTTACAAAATATTTAAAGGATGTGTTTGAATAATGGCAATGACAGTAAAAAAGGATAATAATGAAGTGCGTATTCAATGGAGAGTTGCTGATATCAAAATTCCTACAAGTGAAATTaaaa < 1:489300/141‑1 (MQ=255) | TGTTTTACCTGTCATATTTGTTCTCCTTTAATACTCACATTTTACCACATCCCTAACAAAAACACGAACATATTTTCGGGTTAAAATTCATTAGTATGACACAATTTAAAAAAGTATCACATAACTCTTGAAAACGATTACAAAATCGTTTATGATGTATTTACAAAATATTTAAAGGATGTGTTTGAATAATGGCAATGACAGTAAAAAAGGATAATAATGAAGTGCGTATTCAATGGAGAGTTGCTGATATCAAAATTCCTACAAGTGAAATTAAAA > CP000730/2305683‑2305961 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |