| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP000730 | 19,294 | C→T | 48.6% | T317I (ACT→ATT) | USA300HOU_0014 → | DHH subfamily phosphodiesterase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP000730 | 19,294 | 0 | C | T | 48.6% | 1.4 / 163.1 | 122 | T317I (ACT→ATT) | USA300HOU_0014 | DHH subfamily phosphodiesterase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (36/26); new base T (32/26); total (70/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.54e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.49e-01 | |||||||||||
Only 100 of 123 total aligned reads displayed.
AAATTTAATCGACTTAGGTGAATTATCACAATCAGGCCTAGACTTAGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGGCGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTACTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTCACATGCGTTAAAAGATATCCTTGCAGAGGGTGACAAAGTCATTATCATGGGACATAAACGTCCTGACTTAGATGCAATTGGTGCAGCAATCGGTGTGTCTAGATTTGCAATGATG > CP000730/19154‑19433 | aaaTTTAATCGACTTAGGTGAATTATCACAATCAGGCCTAGACTTAGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGACGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTAc < 1:172787/141‑1 (MQ=255) ttAATCGTGTTAGGTGAATTATGACAATCAGGCCTAGACTTAGCAGTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGGCGGTGAGACTGACCCGATGGAGAAACGTACTCgt < 2:582141/141‑1 (MQ=255) aaTCGACTTAGGTGAATTATCACAATCAGGCCTAGACTTAGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAAGGTGCGTTTCTATGACGGTAAGCCTGACCCGAGGGAGAAAGGTACTctggg > 2:1114597/1‑137 (MQ=255) aaTCGACTTAGGTGAATTATCAAAATCAGGCCTAAACTTAGCATTAGGACGCGGGGGCGAACAAGTTGCAATTAAAAGTATTAGTGGTAATGTGCGTTTCTATGACGGTAGAAATGACTCGATGTAGTAGCGTCATCgtga > 2:707455/1‑140 (MQ=255) 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aCCCGATGGAGAAACGTATTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTCACATGCGTTAAAAGATATCCTTGCAGAGGGTGACAAAGTCATTATCATGGGACATAAACGTCCTGACTTAGATGCAATTGGTGCAGCAATCGgtgtgt > 1:189460/1‑141 (MQ=255) cGATGGAGAAACGTACTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTCACATGCGTTAAAAGATATCCTTGCAGAGGGTGACAAAGTCATTATCATGGGACATAAACGTCCTGACTTAGATGCAATTGGTGCAGCAATCGGTGTGTCTa > 2:702828/1‑141 (MQ=255) aTGGAGAAACGTACTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTCACAAGCGTTAAAAGATATCATTGCAGAGGGTGACAAAGTCATTAGCATGGGACATAAACGTCCTGACTTAGATGCAATTGGTGCAGCAATCGGCGTGTCTAGa > 1:1007820/1‑141 (MQ=255) gagaAACGTACTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTCACATGCGTTAAAAGGTATCCTTGCAGATGGTGACAAAGTCATTATCATGGGACATAAACGTCCTGACTTAGATGCAAATGGTGCAGAAATCGGTGTGTCTAGAttt > 2:52404/1‑141 (MQ=255) gaAACGTACTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTCACATGCGTTAAAAGATATCCTTGCAGAGGGTGACAAAGTCATTATCATGGGACATAAACGTCCTGACTTAGATGCAATTGGTGCAGCAATCGGTGTGTCTAGATTTGc < 2:50141/141‑1 (MQ=255) aaaCGTATTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTCACATGCGTTAAAAGATATCCTTGCAGAGGGGGACACAGTCATTATCATGGGACATAAACGTCCTGACTTAGATGCAATTGATGAAGCAATTGGGGTGTCACGATTTGcc > 2:390854/1‑140 (MQ=255) aCGTATTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTCACATGCGTTAAAAGATATCCTTGCAGAGGGTGACAAAGTCATTATCATGGGACATAAACGTCCTGACTTAGATGCAATTGGTGCAGCAATCGGTGTGTCTAGATTTGCAat > 1:449343/1‑141 (MQ=255) cGTATTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTCACATGCGTTAAAAGATATCCTTGCAGAGGGTGACAAAGTCATTATCATGGGACATAAACGTCCTGACTTAGATGCAATTGGTGCAGCAATCGGTGTGTCTAGATTTGCAatg > 1:441935/1‑141 (MQ=255) cGTACTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTCACATGCGTTAAAAGATATCCTTGCAGAGGGTGACAAAGTCATTATCATGGGACATAAACGTCCTGACTTAGATGCAATTGGTGCAGCAATCGGTGTGTCTAGATTTGCAatg < 1:803004/141‑1 (MQ=255) tACTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTCACATGCGTTAAAAGATATCCTTGCAGAGGGTGACAAAGTCATTATCATGGGACATAAACGTCCTGACTTAGATGCAATTGGTGCAGCAATCGGTGTGTCTAGATTTGCAatgat > 2:570814/1‑141 (MQ=255) aCTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTCACATGCGTTAAAAGATATCCTTGGAGAGGGTGACAAAGTCATTATCATGGGACAGAAACGTCCTGACTTAGATGCAATTGGTTCGGCAAGCGGTGTGTCTAGATTTGCAatgatg > 1:219168/1‑141 (MQ=255) | AAATTTAATCGACTTAGGTGAATTATCACAATCAGGCCTAGACTTAGCATTAGGACGCGGTGGCGACCAAGTTGCAATTAAAAGTATTAATGGTAATGTGCGTTTCTATGGCGGTAAGACTGACCCGATGGAGAAACGTACTCGTGTAAGAGCACGTGTGATCTCACATGCGTTAAAAGATATCCTTGCAGAGGGTGACAAAGTCATTATCATGGGACATAAACGTCCTGACTTAGATGCAATTGGTGCAGCAATCGGTGTGTCTAGATTTGCAATGATG > CP000730/19154‑19433 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |