| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 279,564 | C→T | 3.8% | G211S (GGC→AGC) | USA300HOU_0246 ← | ABC superfamily ATP binding cassette transporter, binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 279,564 | 0 | C | T | 3.8% | 329.2 / 2.3 | 108 | G211S (GGC→AGC) | USA300HOU_0246 | ABC superfamily ATP binding cassette transporter, binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (42/60); new base T (2/2); total (45/63) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.25e-01 | |||||||||||
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
TAAGTAAAGAAGTTCTAAATCCAGATTCTTTTGACACTTTTAAATTTTGATTATTTTCTATGTCTTGAACTTTATTAACTGGGACATCAGTTATTAAATCATC‑TTTTTGAGATTCTAAATTTCTGACGCGATTATTGCCGTCTTCTTGGTACGTCACAGTAATATGATCAAGTTTCGGTTTACCTTGCCAATAGTCCTTAAAATTCGACAATGATATTTTTCGAGATTGCTTATAATCTTTTATTTGGTAAGGGCCTGTACCAACAGGAGTTTGATTAA > CP000730/279426‑279704 | tAAGTAAAGAAGTTCTAAATCCAGATTCTTTTGACACTTTTAAATTTTGATTATTTTCTATGTCTTGAACTTTATTAACTGGGACATAAGTTATTAAATCATC‑TTTTTGCGATTCTAAATTTATGACGCGATTATTGCCGt > 2:863724/1‑141 (MQ=255)aaaGTAAAGAAGTCCTAAATCCAGATTCTTTTGACCCTTTTAAATTTTGCTTATTTTCTCCGTCTTGAACTTTATCAACTGGGACATCAGTTATTAAATCATC‑TTTTCGAGATTCTAAATTTCTGACGCGATTATTGCCGt < 1:247735/140‑1 (MQ=255) aaGTAAAGAAGTTCTAAATCCAGATTCTTTTGACACTTTTAAATTTTGATTATTTTCTATGTCTTGAACTTTATTAACTGGGACATCAGTTATTAAATCATC‑TTTTTGAGATTCTAAATTTCTGACGCGATTATTGCCGtc > 1:643750/1‑141 (MQ=255) aGTAAAGAAGTTCTAAATCCAGATTCTTTTGACACTTTTAAATTTTGATTATTTTCTATGTCTTGAACTTTATTAACTGGGACATCAGTTATTAAATCATC‑TTTTTGAGAGTCTATATTTCCCACGCGATTATTGCCGtct < 2:905266/141‑1 (MQ=255) 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1:13644/1‑141 (MQ=255) agaagTTCTAAATCCAGATTCTTTTGACACTTTTAAATTTTGATTATTTTCTATGTCTTGAACTTTATTAACTGGGACATCAGTTATTAAATCATC‑TTTTTGAGATTCTAAATTTCTGACGCGATTATTGCCGTCTTCTTg < 1:1009219/141‑1 (MQ=255) gagTTCTAAATCCAGATTCTTTTGACACTTTTAAATTTTGATTATTTTCTATGTCTTGAACTTTATTAACTGGGACATCAGTTATTAAATCATC‑TTTTTGAGATTCTAAATTTCTGCCGGGATTAGTGCCGTTTTCTTGGt > 2:497106/2‑141 (MQ=255) aagTTCTAAATCCAGATTCTTTTGACACTTTTAAATTTTGATTATTTTCTATGTCTTGAACTTTATTAACTGGGACATCAGTTATTAAATCATC‑TTTTTGAGATTCTAAATTTCTGACGCGATTATTGCCGTCTTCTTGGt < 2:804799/141‑1 (MQ=255) aagTTCTAAATCCAGATTCTTTTGACACTTTTAAATTTTGATTATTTTCTATGTCTTGAACTTTATTAACTGGGACATCAGTTATTAAATCATC‑TTTTTGAGATTCTAAATTTCTGACGCGATTATTGCCGTCTTCTTGGt > 2:801775/1‑141 (MQ=255) cTAAATCCAGATTCTTTTGACACTTTTAAATTTTGATTATTTTCTATGTCTTGAACTTTATTAACTGGGACATCAGTTATTAAATCATC‑TTTTTGAGATTCTAAATTTCTGACGCGATTATTGCCGTCTTCTTGGTAGGTc > 2:414466/1‑141 (MQ=255) 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2:345/1‑133 (MQ=255) ttttATGTCTTGAACTTTATTAACTGGGAAATCAGTTATTAAATCATC‑TTTGTGAGATTCTAAATTGCTGACGCGCTTATTGCCGTCTTCTTGGTACGTCACAGTAATATGATCAAGTTTCGGTTTACCTTGCCAATAGTc < 2:66188/138‑1 (MQ=255) tATGTCTTGAACTTTATTAACTGGGACATCAGTTATTAAATCATC‑TTTTTGAGATTCTAAATTTCTGACGCGATTATTGCCGTCTTCTTGGTACGTCACAGTAATATGATCAAGTTTCGGTTTACCTTGCCAATAGTCCtt < 1:223509/141‑1 (MQ=255) tGTCTTGAACTTTATTAACTGGGACATCAGTTATTAAATCATC‑TTTTTGAGATTCTAAATTTCTGACGCGATTATTCCCGTCTTCTTGGTACGTCACAGTAATATGAACAAGTTTCGGTTTACCTTGCCACTATTCCTTaa > 2:24570/1‑141 (MQ=255) gAACTTTATTAACTGGGACATCAGTTATTAAATCATC‑TTTTTGAGATTCTAAATTTCTGACGCGATTATTGCCGTCTTCTTGGTACGTCACAGTAATATGATCAAGTTTCGGTTTACCTTGCCAATAGTCCTTAAAATTCg < 1:835409/141‑1 (MQ=255) aCTTTATTAACTGGGACATCAGTTATTAAATCATC‑TTTTTGAGATTCTAAATTTCTGACGCGATTATTGCCGTCTTCTTGGTACGTCACAGTAATATGATCAAGTTTCGGTTTACCTTGCCAATAGTCCTTAAAATTCGAc > 2:164934/1‑141 (MQ=255) 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1:418659/134‑1 (MQ=255) tttttGAGATTCTAAATTTCTGACGCGATTATTGCCGTCTTCTTGGTACGTCACAGTAATATGATCAAGTTTCGGTTTACCTTGCCAATAGTCCTTAAAATTCGACAATGATATTTTTCGAGATTGCTTATAATCTTTTAt < 1:248305/141‑1 (MQ=255) tttGAGATTCTAAATTTCTGACGCGATTATTGCCGTCTTCTTGGTACGTCACAGTAATATGATCAAGTTTCGGTTTACCTTGCCAATAGTCCTTAAAATTCGACAATGATATTTTTCGAGATTGCTTATAATCTTTTAttt > 1:93968/1‑141 (MQ=255) ttCTAAATTTCTGACGCGATTATTGCCGTCTTCTTGGTACGTCACAGTAATATGATCAAGTTTCGGTTTACCTTGCCAATAGTCCTTAAAATTCGACAATGATATTTTTCGAGATTGCTTATAATCTTTTATTTGGTAAgg > 1:1038952/1‑141 (MQ=255) ttCTAAATTTCTGACGCGATTATTGCCGTCTTCTTGGTACGTCACAGTAATATGATCAAGTTTCGGTTTACCTTGCCAATAGTCCTTAAAATTCGACAATGATATTTTTCGAGATTGCTTATAATCTTTTATTTGGTAAgg > 1:926285/1‑141 (MQ=255) ttCTAAATTTCTGACGCGATTATTGCCGTCTTCTTGGTACGTCACAGTAATATGATCAAGTTTCGGTTTACCTTGCCAATAGTCCGTAAAATTCGACAATGATATTTTCCGAGATTGCTTATAATCTTTTATTTGGTAAgg < 1:816914/141‑1 (MQ=255) 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2:376735/7‑141 (MQ=255) gATTATTGCCGTCTTCTTGGTACGTCACAGTAATATGATCAAGTTTCGGTTTACCTTGCCAATAGTCCTTAAAATTCGACAATGATATTTTTCGAGATTGCTTATAATCTTTTATTTGGTAAGGGCCTGTACCAACAGGAg > 1:445736/1‑141 (MQ=255) gATTATTGCCGTCTTCTTGGTACGTCACAGTAATATGATCAAGTTTCGGTTTACCTTGCCAATAGTCCTTAAAATTCGACAATGATATTTTTCGAGATTGCTTATAATCTTTTATTTGGTAAGGGCCTGTACCAACAGGAg > 1:2798/1‑141 (MQ=255) gATTATTCCCGTCTTCTTGGGACGTCACAGTAATATGATCAAGTTTCGGTTTACCTTGCCAATAGTCCTTAAAATTCGACAAAGATATTTTTCGAGATTGCTTATAATCTTTTATTTCGTAAGGGCCTGTACCAACAGGAg > 1:753685/1‑141 (MQ=255) gCCGTCTTCTTGGTACGTCACAGTAATATGATCAAGTTTCGGTTTACCTTGCCAATAGTCCTTAAAATTCGACAATGATATTTTTCGAGATTGCTTATAATCTTTTATTTGGTAAGGGCCTGTACCAACAGGAGTTTGAtt < 1:122443/141‑1 (MQ=255) gCCGTCTTCTTGGTACGTCACAGTAATATGATCAAGTTTCGGTTTACCTTGCCAATAGTCCTTAAAATTCGACAATGATATTTTTCGAGATTGCTTATAATCTTTTATTTGGTAAGGGCCTGTACCAACAGGAGTTTGAtt < 1:1006651/141‑1 (MQ=255) gCCGTCTTCTTGATACCTCACAGTAATATGATCAAGTTTCGGCTTACCTTGCCAATAGTCCTTAAAATTCGACACTGATATTTTTCTAGATTGCTTATAATCTTTTATTTGGTAAGGGCCTGTACAAACTGTAGTTTGAtt < 2:905972/141‑1 (MQ=255) cGTCCTCTTGGTACGTCACAGTAATATGATCAAGTTTCGGTTTACCTTGCCAATAGTCCTTAAAATTCGACAATGATATTTTTCGAGATTGCTTATAATCTTTTATTTGGTAAGGGCCTGTACCAACAGGAGTTTGATTaa < 2:927190/141‑1 (MQ=255) | TAAGTAAAGAAGTTCTAAATCCAGATTCTTTTGACACTTTTAAATTTTGATTATTTTCTATGTCTTGAACTTTATTAACTGGGACATCAGTTATTAAATCATC‑TTTTTGAGATTCTAAATTTCTGACGCGATTATTGCCGTCTTCTTGGTACGTCACAGTAATATGATCAAGTTTCGGTTTACCTTGCCAATAGTCCTTAAAATTCGACAATGATATTTTTCGAGATTGCTTATAATCTTTTATTTGGTAAGGGCCTGTACCAACAGGAGTTTGATTAA > CP000730/279426‑279704 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |