| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 588,312 | A→G | 3.2% | E739G (GAG→GGG) | rpoB → | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 588,312 | 0 | A | G | 3.2% | 516.4 / 2.6 | 163 | E739G (GAG→GGG) | rpoB | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (83/74); new base G (3/3); total (86/77) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 164 total aligned reads displayed.
CGTCTAGTTGAAGAGAACGGCGTTGAGCATGAAGGTGAATTAGATCGCTATCCATTAGCTAAATTTAAACGTTCAAACTCAGGTACATGTTACAACCAACGTCCAATCGTTGCAGTTGGAGATGTTGTTGAGTATAACGAGATTTTAGCAGATGGACCATCTATGGAATTAGGAGAAATGGCATTAGGTAGAAACGTAGTAGTTGGTTTCATGACTTGGGACGGTTACAACTATGAGGATGCCGTTATCATGAGTGAAAGACTTGTGAAAGATGACG > CP000730/588173‑588449 | cgtcTAGTTGAAGAGAACGGCGTTGAGCAGGAAGGTGAATCAGATCGCTATCCATTAGCTAAATTTAAACGTTCAAACTCAGGTACATGTTACAACCAACGTCCAATCGTTGCAGTTGGAGATGTTGTTGAGTATAACgag < 1:25714/141‑1 (MQ=255) cTAGTTGAAGAGAACGGCGTTGAGCATGCAGGTGAATTAGATCGCTATCCATTAGCTAAATTTAAACGTTCAAACTCAGGTACATGTTACAACCAACGTCCAATCGTTGCACTCGGGCTTGGTGTTGAGTATAACGAGAtt > 2:836285/1‑141 (MQ=255) tAGTTGAAGAGAACGGCGTTGAGCATGAAGGTGAATTAGATCGCTATCCATTAGCTAAATTTAAACGTTCAAACTCAGGTGCATGTTACAACCAACGTCCAATCGTTGCAGTTGGAGATGTTGTTGAGGATAACGAGAttt > 1:897302/1‑141 (MQ=255) tAGTTGAAGAGAACGGCGTTGAGCATGAAGGTGAATTAGATCGCTATCCATTAGCTAAATTTAAACGTTCAAACTCAGGTACATGTTACAACCAACGTCCAATCGTTGCAGTTGGAGATGTTGTTGAGTATAACGAGAttt < 1:1075814/141‑1 (MQ=255) tAGTTGAAGAGAACGGCGTTGAGCATGAAGGTGAATTAGATCGCTATCCATTAGCTAAATTTAAACGTTCAAACTCAGGTACATGTTACAACCAACGTCCAATCGTTGCAGTTGGAGATGTTGTTGAGTATAACGAGAttt > 2:1154085/1‑141 (MQ=255) aGTTGAAGAGAACGGCGTTGAGCATGAAGGTGAATTAGATCGCTATCCATTAGCTAAATTTAAACGTTCAAACTCAGGTACATGTTACAACCAACGTCCAATCGTTGCAGTTGGAGATGTTGTTGAGTATAACGAGAtttt > 1:541771/1‑141 (MQ=255) aGTTGAAGAGAACGGCGTTGAGCATGAAGGTGAATTAGATCGCTATCCATTAGCTAAATTTAAACGTTCAAACTCAGGTACATGTTACAACCAACGTCCAATCGTTGCAGTTGGAGATGTTGTTGAGTATAACGAGAtttt < 2:10884/141‑1 (MQ=255) gTTGAAGAGAACGGCGTTGAGCATGAAGGTGAATTAGATCGCTATCCATTAGCTAAATTTAAACGTTCAAACTCAGGTACATGTTACAACCAACGTCCAATCGTTGCAGTTGGAGATGTTGTTGAGTATAACGAGATTTTa > 1:98592/1‑141 (MQ=255) tGAAGAGAACGGCGTTGAGCATGAAGGTGAATTAGATCGCTATCCATTAGCTAAATTTAAACGTTCAAACTCAGGTACATGTTACAACCAACGTCCAATCGTTGCAGTTGGAGATGTTGTTGAGTATAACGAGATTTTAGc < 2:950644/141‑1 (MQ=255) gAAGAGAACGGCGTTGAGCATGAAGGTGAATTAGATCGCTATCCATTAGCTAAATTTAAACGTTCAAACTCAGGTACATGTTACAACCAACGTCCAATCGTTGCAGTTGGAGATGTTGTTGAGTATAACGAGATTTTAGCa < 1:156654/141‑1 (MQ=255) aaGAGAACGGCGTTGAGCATGAAGGTGAATTAGATCGCTATCCATTAGCTAAATTTAAACGTTCAAACTCAGGTACATGTTACAACCAACGTCCAATCGTTGCAGTTGGAGATGTTGTTGAGTATAACGAGATTTTAGCAg < 1:153213/141‑1 (MQ=255) aaGAGAACGGCGTTGAGCATGAAGGTGAATTAGATCGCTATCCATTAGCTAAATTTAAACGTTCAAACTCAGGTACATGTTACAACCAACGTCCAATCGTTGCAGTTGGAGATGTTGTTGAGTATAACGAGATTTTAGCAg < 1:946126/141‑1 (MQ=255) agagAACGGCGTTGAGCATGAAGGTGAATTAGATCGCTATCCATTAGCTAAATTTAAACGTTCAAACTCAGGTACATGTTACAACCAACGTCCAATCGTTGCAGTTGGAGATGTTGTTGAGTATAACGAGATTTTAGCAGa < 1:1038379/141‑1 (MQ=255) agagAACGGCGTTGAGCATGAAGGTGAATTAGATCGCTATCCATTAGCTAAATTTAAACGTTCAAACTCAGGTACATGTTACAACCAACGTCCAATCGTTGCAGTTGGAGATGTTGTTGAGTATAACGAGATTTTAGCAGa < 1:752806/141‑1 (MQ=255) agagAACGGCGGTGAGCATGAAGGTGAATTAGATCGCTATCCAGTATGTAAATTTAAACGTTCAAACCCAGGTACATGTTACAACCAACCTCCAATCGTTGCAGTTGGAGATGTTGTTGAGTATAACGAGATTTTAGCAGa < 2:457929/141‑1 (MQ=255) gaACGGCGTTGAGCATGAAGGTGAATTAGATCGCTATCCATTAGCTAAATTTAAACGTTCAAACTCAGGTACATGTTACAACCAACGTCCAATCGTTGCAGTTGGAGATGTTGTTGAGTATAACGAGATTTTAGCAGATgg < 2:1143748/141‑1 (MQ=255) aaCGGCGTTGAGCATGAAGGTGAATTAGATCGCTATCCATTAGCTAAATTTAAACGTTCAAACTCAGGTACATGTTACAACCAACGTCCAATCGTTGCAGTTGGAGATGTTGTTGAGTATAACGGGATATTAGCAGATgaa > 1:350321/1‑139 (MQ=255) ccGGCGTTTATCATGCAGGGGCATTAGATCGCTATCCATTAGCTAAATGTACACGTTCTAACTCAGGTACATGTTACAACCAACGTCCAATCGTTGCAGTTGGATATGTTGTTGAGCATATCGAGATTTTAGCAGATGGAc < 2:43335/140‑1 (MQ=255) aCGGCGTTGAGCATGAAGGTGAATTAGATCGCTATCCATTAGCTAAATTTAAACGTTCAAACTCAGGTACATGTTACAACCAACGTCCAATCGTTGCAGTTGGAGATGTTGTTGAGTATAACGAGATTTTAGCAGATGGAc > 2:140448/1‑141 (MQ=255) aCGGCGTTGAGCATGAAGGTGAATTAGATCGCTATCAATTAGCTAAATTTAAACGTTCAAACTCAGGTACATGTTACAACCAACGTCCAATCGTTGCAGTTGGAGATGTTGTTGAGTATAACGAGATTTTAGCAGATGGAc > 2:1091457/1‑141 (MQ=255) aCGGCGTTGAGCATGAAGGTGAATTAGATCACTATCCATTAGCTAAATTTAAACGTTCAACCCCCGGTACATGTTACAACCAACGTCCAATCGTTGCAGTTGGAGATGTTGTTGAGTATAACGAGATTTTCGCAGCTGGAc > 2:1152283/1‑141 (MQ=255) aCGGCGGTGAGCATGAAGGTGAATTAGATCGCTATCCATTAGCTAAATTTAAACGTTGAAACGCAGGTACATGTTACCACCAACGTCCAATCGTTGCAGTGGGCGCTGTTGTTGAGTGTAACTAGATTTTAGCGGAGGGAc > 1:491604/1‑141 (MQ=255) ggCGTTGAGCATGAAGGTGAATTAGATCGCTATCCATTAGCTAAATTTAAACGTTCAAACTCAGGTACATGTTACAACCAACGTCCAATCGTTGCAGTTGGAGATGTTGTTGAGTATACCGAGATTTTAGCAGATGGACCa > 2:705921/1‑141 (MQ=255) cGTTGAGCATGAAGGTGAATTAGATCGCTATCCATTAGCTAAATTTAAACGTTCAAACTCAGGTACATGTTACAACCAACGTCCAATCGTTGCAGTTGGAGATGTTGTTGAGTATAACGAGATTTTAGCAGATGGACCCTc > 2:519818/1‑141 (MQ=255) gTTGAGCATGAAGGTGAATTAGATCGCTATCCATTAGCTAAATTTAAACGTTCAAACTCAGGTACATGTTACAACCAACGTCCACTCGTTGCAGTTGGAGCGGTTGTTGAGTATAACGAGATTTTAGCAGATGGACCATCt > 2:499663/1‑141 (MQ=255) ttGAGCATGAAGGTGAATTAGATCGCTATCCATTAGCTAAATTTAAACGTTCAAACTCAGGTACATGTTACAACCAACGTCCAATCGTTGCAGTTGGAGATGTTGTTGAGTATAACGAGATTTTAGCAGATGGACCATCTa < 1:990590/141‑1 (MQ=255) ttGAGCATGAAGGTGAATTAGACCGCTATCCATTAGCTAAAATTCAAAGAAGGAACTCAGGTACATGTTACAACCAACGTCCAATCGTTGCAGTTGGAGATGTTGTTGAGTATAACGAGATTTTAGCAGATGGACCATCTa < 1:1172332/141‑1 (MQ=255) aTGAAGGTGAATTAGATCGCTATCCATTAGCTAAATTTAAACGTTCAAACTCAGGTACATGTTACAACCAACGTCCAATCGTTGCAGTTGGAGATGTTGTTGAGTATAACGAGATTTTAGCAGATGGACCATCTATGGAAt < 1:790919/141‑1 (MQ=255) aTGAAGGTGAATTAGATCGCTATCCATTAGCTAAATTTAAACGTTCAAACTCAGGTACATGTTACAACCAACGTCCAATCGTTGCAGTTGGAGATGTTGTTGAGTATAACGAGATTTTAGCAGATGGACCATCTATGGAAt < 1:1011224/141‑1 (MQ=255) ggTGAATTAGATCGCTATCCATTAGCTAAATTTAAACGTTCAAACTCAGGTACATGTTACAACCAACGTCCAATCGTTGTGGTTGGAGATGTTGTTGAGTATAACGAGATTTTAGCAGATGGACCATCTATGGAATTAGga < 1:1005058/141‑1 (MQ=255) ggTGAATTAGATCGCTATCCATTAGCTAAATTTAAACGTTCAAACTCAGGTACATGTTACAACCAACGTCCAATCGTTGCAGTTGGAGATGTTGTTGAGTATAACGAGATTTTAGCAGATGGACCATCTATGGAATTAGga < 1:469940/141‑1 (MQ=255) gTGAATTAGATCGCTATCCATTAGCTAAATTTAAACGTTCAAACTCAGGTACATGTTACAACCAACGTCCAATCGTTGCAGTTGGAGATGTTGTTGAGTATAACGAGATTTTAGCAGATGGACCATCTATGGAATTAGgag < 1:1145271/141‑1 (MQ=255) gTGAATTAAATCGCTATCCATTAGCTAAATTTAAACTTTTAAACTCAGTTACATGTTACAACCAACGTCCAATCGTTGCAGTTGGAGATGTTGTTGAGTATAACGAGATTTTAGCAGATGGACCATCTATGGAATTAGgag < 1:109516/141‑1 (MQ=255) ggAATTAGATCGCTATCCATTAGCTAAATTTAAACGTTCAAACTCAGGTACATGTTACAACCAACGTCCAATCGTTGCAGTTGGAGATGTTGTTGAGTATAACGAGATTTTAGCAGATGGACCATCTATGGAATTAGgaga < 2:1029066/140‑1 (MQ=255) aTTAGATCGCTATCCATTAGCTAAATTTAAACGTTCAAACTCAGGTACATGTTACAACCAACGTCCAATCGTTGCAGTTGGAGATGTTGTTGAGTATAACGAGATTTTAGCAGATGGACCATCTATGGAATTAGGAGAAAt < 1:11517/141‑1 (MQ=255) aTTAGATCGCTATCCATTAGCTAAATTTAAACGTTCAAACTCAGGTACATGTTACAACCAACGTCCAATCGTTGCAGTTGGAGATGTTGTTGAGTATAACGAGATTTTAGCAGATGGACCATCTATGGAATTAGGAGAAAt < 1:378715/141‑1 (MQ=255) aTTAGATCGCTATCCATTAGCTAAATTTAAACGTTCAAACTCAGGTACATGTTACAACCAACGTCCAATCGTTGCAGTTGGAGATGTTGTTGAGTATAACGAGATTTTAGCAGATGGACCATCTATGGAATTAGGAGAAAt < 2:286332/141‑1 (MQ=255) ttAGATCGCTATCCATTAGCTAAATTTAAACGTTCAAACTCAGGTACATGTTACAACCAACGTCCAATCGTTGCAGTTGGAGATGTTGTTGAGTATAACGAGCTTTTAGCAGATGGACCATCTATGGAATTAGGAGAAATg > 2:170442/1‑141 (MQ=255) aGATCGCTATCCATTAGCTAAATTTAAACGTTCAAACTCAGGTACATGTTACAACCAACGTCCAATCGTTGCAGTTGGAGATGTTGTTGAGTATAACGAGATTTTAGCAGATGGACCATCTATGGAATTAGGAGAAATGGc < 2:924681/141‑1 (MQ=255) aGATCGCTATCCATTAGCTAAATTTAAACGTTCAAACTCAGGTACATGTTACAACCAACGTCCAATCGTTGCAGTTGGAGATGTTGTTGAGTATAACGAGATTTTAGCAGATGGACCATCAATGGAATTAGGAGAAATGGc > 2:460346/1‑141 (MQ=255) aGATCGCTATCCATTAGCTAAATTTAAACGTTCAAACTCAGGTACATGTTACAACCAACGTACAGTCGTTGCAGTTGGAGATGTTGTTGAGTATGACGAGATTTTAGAAGATGGACCATATAGGGAATTAGGAGGATTgga > 1:39670/1‑140 (MQ=255) gATCGCTATCCATTAGCTAAATTTAAACGTTCAAACTCAGGTACATGTTACAACCAACGTCCAATCGTTGCAGTTGGAGATGTTGTTGAGTATAACGAGATTTTAGCAGATGGACCGTCTATGGAATTAGGAGAAATGGCa > 2:1160577/1‑141 (MQ=255) gATCGCTATCCATTAGCTAAATTTAAACGTTCAAACTCAGGTACATGTTACAACCAACGTCCAATCGTTGCAGTTGGAGATGTTGTTGAGTATAACGAGATTTTAGCAGATGGACCATCTATGGAATTAGGAGAAATGGcc > 1:838668/1‑140 (MQ=255) aTCTCTCTCCATTAGCTAAATTTAAACGTCCAAACTCAGGTACATGTTACAACCAACGTCCAATCGTTGCAGTTGGAGATGTTGTTGAGTATAACGAGATTTTAGCAGATGGACCATCTATGGAATTAGGAGAAATGGCAt < 1:683775/141‑1 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1:962444/141‑1 (MQ=255) tATCCATTAGCTAAATTTAAACGTTCAAACGCAGGTACATGTTACAACCAACGTCCAATCGTTGCAGTTGGAGATGTTGTTGAGTATAACGAGATTTTAGCAGATGGACCATCTATGGAATTAGGAGAAATGGCATTAGGt < 2:153873/141‑1 (MQ=255) aTCCATTAGCTAAATTTAAACGTTCAAACTCAGGTACATGTTACAACCAACGTCCAATCGTTGCAGTTGGAGATGTTGTTGAGTATAACGAGATTTTAGCAGATGGACCATCTATGGAATTAGGAGAAATGGCATTAGGTa < 1:140448/141‑1 (MQ=255) aTCCATTAGCTAAATTTAAACGTTCAAACTCAGGTACATGTTACAACCAACGTCCAATCGTTGCAGTTGGAGATGTTGTTGAGTATAACGAGATTTTAGCAGATGGACCATCTATGGAATTAGGAGAAATGGCATTAGGTa > 1:1159789/1‑141 (MQ=255) cATTAGCTAAATTTAAACGTTCAAACTCAGGTACATGTTACAACCAACGTCCAATCGTTGCAGTTGGAGATGTTGTTGAGTATAACGAGATTTTAGCAGATGGACCATCTATGGAATTAGGAGAAATGGCATTAGGTAGaa > 2:357772/1‑141 (MQ=255) gCTAAATTTAAACGTTCAAACTCAGGTACATGTTACCACCAACGTCCAATCGTTGCAGTTGGAGATGTTGTTGAGTATAACGAGATTTTAGCAGATGGACCATCTATGGAATTAGCAACAATGGCATTAGGTAGAAACgta > 2:537266/1‑141 (MQ=255) 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cAGTTGGAGATGTTGTTGAGTATAACGAGATTTTAGCAGATGGACCATCTATGGAATTAGGAGAAATGGCATTAGGTAGAAACGTAGTAGTTGGTTTCATGACTTGGGACGGTTACAACTATGAGGATGCCGTTATCATgg > 1:633379/1‑140 (MQ=255) aGTTGGAGATGTTGTTGAGTATAACGAGATTTTAGCAGATGGACCATCTATGGAATTAGGAGAAATGGCATTAGGTAGAAACGTAGTAGTTGGTTTCATGACTTGGGACGGTTACAACTATGAGGATGCCGTTATCATGAg < 2:677620/141‑1 (MQ=255) aGTTGGAGATGTTGTTGAGTATAACGAGATTTTAGCAGATGGACCATCTATGGAATTAGGAGAAATGGCATTAGGTAGAAACGTAGTAGTTGGTTTCATGACTTGGGACGGTTACAACTATGAGGATGCCGTTATCATGAg > 2:992802/1‑141 (MQ=255) gagaTGTTGTTGAGTATAACGAGATTTTAGCAGATGGACCATCTATGGAATTAGGAGAAATGGCATTAGGTAGAAACGTAGTAGTTGGTTTCATGACTTGGGACGGTTACAACTATGAGGATGCCGTTATCATGAGTGaaa > 1:314933/1‑141 (MQ=255) tgttgtTGAGTATAACGAGATTTTAGCAGATGGACCATCTATGGAATTAGGAGAAATGGCATTAGGTAGAAACGTAGTAGTTGGTTTCATGACTTGGGACGGTTACAACTATGAGGATGCCGTTATCATGAGTGAAAGACt > 1:1065069/1‑141 (MQ=255) gttgttGAGTATAACGAGATTTTAGCAGATGGACCATCTATGGAATTAGGAGAAATGGCATTAGGTAGAAACGTAGTAGTTGGTTTCATGACTTGGGACGGTTACAACTATGAGGATGCCGTTATCATGAGTGAAAGACtt < 2:649286/141‑1 (MQ=255) aGTATAACGAGATTTTAGCAGATGGACCATCTATGGAATTAGGAGAAATGGCATTAGGTAGAAAAGTAGTAGTTGGTTTCATGACTTGGGACGGTTACAACTATGAGGATGCCGTTATCATGAGTGGAAGCCTTGTGAAAg > 2:264928/1‑141 (MQ=255) gTATAACGGGATTTTAGCAGATGGACCATCTATGGAATTAGGAGAAATGGCATTAGGTAGAAACGTAGTAGTTGGTTTCATGACTTGGGACGGTTACAACTATGAGGATGCCGTTATCATGAGTGAAAGACTTGTGAAAGa < 1:721987/141‑1 (MQ=255) tataACGAGATTTTAGCAGATGGACCATCTATGGGATTAGGAGAAATGGCATTAGGTAGAAACGTAGTAGTTGGTTTCATGACTTGGGACGGTTACAACTGTACGGATGCCGGTATCATTAGTGAAAgcgtgatgaaacat > 2:628821/1‑128 (MQ=255) ataACGAGATTTTAGCAGATGGACCATCTATGGAATTAGGAGAAATGGCATTAGGTAGAAACGTAGTAGTTGGTTTCATGACTTGGGACGGTTACAACTATGAGGATGCCGTTATCATGAGTGAAAGACTTGTGAAAGATg > 2:406156/1‑141 (MQ=255) aCGAGATTTTAGCAGATGGACCATCTATGGAATTAGGAGAAATGGCATTAGGTAGAAACGTAGTAGTTGGTTTCATGACTTGGGACGGTTACAACTATGAGGATGCCGTTATCATGAGTGAAAGACTTGTGAACGATGACg > 1:376626/1‑141 (MQ=255) | CGTCTAGTTGAAGAGAACGGCGTTGAGCATGAAGGTGAATTAGATCGCTATCCATTAGCTAAATTTAAACGTTCAAACTCAGGTACATGTTACAACCAACGTCCAATCGTTGCAGTTGGAGATGTTGTTGAGTATAACGAGATTTTAGCAGATGGACCATCTATGGAATTAGGAGAAATGGCATTAGGTAGAAACGTAGTAGTTGGTTTCATGACTTGGGACGGTTACAACTATGAGGATGCCGTTATCATGAGTGAAAGACTTGTGAAAGATGACG > CP000730/588173‑588449 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |