| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP000730 | 629,681 | C→A | 27.9% | L84I (CTA→ATA) | USA300HOU_0564 → | possible 3‑hexulose‑6‑phosphate synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP000730 | 629,681 | 0 | C | A | 27.9% | 148.7 / 64.0 | 100 | L84I (CTA→ATA) | USA300HOU_0564 | possible 3‑hexulose‑6‑phosphate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (34/38); new base A (15/13); total (49/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.58e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.29e-01 | |||||||||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
CAACGAAGGTTTACCAGCAGTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATGGGTGCTGAT > CP000730/629542‑629818 | cAACGAAGGTTTACCAGCAGTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGGAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTTGCGCGGATGTGATTACAGTAca > 2:284604/1‑140 (MQ=255) gAAGGTTTACCAGCAGTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGgt < 1:1180623/141‑1 (MQ=255) aGGTTTACGAGCAGTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATTTACAGGTGTTAACAGACATGTAAAGTAAAGAAGCAGCTGATTAAGAACTTAGCCAAGGGATGAAATTTGGCGTGTATGTAATTACAATACTAGgtgt < 2:45179/141‑1 (MQ=255) aGGTTTACCAGCAGTTAAACATCTTGCAGACAACATTACTAATGTAAAAGAATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGgtgt < 2:950696/141‑1 (MQ=255) 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2:1132822/141‑1 (MQ=255) atgcTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCGATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATGGGTGCTGAt < 2:200609/138‑1 (MQ=255) aTACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGATCTAGTTGAAATGGGTGCTGAt < 1:611171/141‑1 (MQ=255) aTACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATGGGTGCTGAt > 2:458580/1‑141 (MQ=255) aTACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACCTGCAAAAGAACTAGATGAACTGGGTGCTGAt > 2:272755/1‑141 (MQ=255) aTACTAGGTGTTGCAGAAGATGCACAACGAAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATGGGTGCTGAt > 1:285362/1‑141 (MQ=255) | CAACGAAGGTTTACCAGCAGTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATGGGTGCTGAT > CP000730/629542‑629818 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |