| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,070,777 | T→A | 4.8% | intergenic (‑138/‑164) | qoxA ← / → USA300HOU_1006 | quinol oxidase subunit II/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,070,777 | 0 | T | A | 4.8% | 261.8 / 2.1 | 83 | intergenic (‑138/‑164) | qoxA/USA300HOU_1006 | quinol oxidase subunit II/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (41/38); new base A (2/2); total (43/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.25e-01 | |||||||||||
CACTTTTTTGACCTCCTAATACTACAAATGTAGGGCTTAACATTAATTTTAAGTTATTACACAATATTTACAAGGGCTTATGGGAAAAAAATTAATAAAATTGTATCAAAAATGTTGATAAATCAAGGTGTGACGTGGGTTCACACATTTGTTAAAATTATGTGTACATTTTGTGACTAATAGCGTTTTTGAAAAAATTGCTTCATATTTAAAAGGAAAGTTGAGAATAGCTTTCAATTAAAGGTTAATTGAATGAAAATAAAAAAAGTTTGAAAT > CP000730/1070637‑1070912 | cacTTTTTTGGCCTCCTAATACTACAAACGTAGGGCTGAACATTAATTTTAAGTTATTACACAATATTTACAAGGGCTTATGGGAAAAAAATTAATAAAATTGTATCAAAAATGTTGATAAATCAAGGTGTGACGTGGGtt < 1:27824/141‑1 (MQ=255) cctttttGACCCCCTAATACTACAAATGTAGGGCTTAACATTAATTTTAAGTTATTACACAATATTTACAAGGGCTTATGGGAAAAAAATTAACAAAAATGTAACAAAAATGTTGATAAATCAAGGTGTGACGTGGGTTca < 1:232536/139‑1 (MQ=255) cTTTTTTGACCTCCTAATACTACAAATGTAGGGCTTAACATTAATTTTAAGTTATTACACAATATTTACAAGGGCTTATGGGAAAAAAATTAATAAAATTGTATCAAAAATGTTGATAAATCAAGGTGTGACGTGGGTTca < 1:5867/141‑1 (MQ=255) ttGACCTCCTAATACTACAAATGTAGGGCTTAACATTAATTTTAAGTTATTACACAATATTTACAAGGGCTTATGGGAAAAAAATTAATAAAATTGTATCAAAAATGTTGATAAATCAAGGTGTGACGTGGGTTCACACAt < 2:375505/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ggCTTAACATTAATTTTAAGTTATTACACAATATTTACAAGGGCTTATGGGAAAAAAATTAATAAAATTGTATCAAAAATGTTGATAAATCAAGGTGTGACGTGGGTTCACACATTTGTTAAAATTATGTGTACATTTtgt > 1:267663/1‑141 (MQ=255) cATTAATTTTAAGTTATTACACAATATTTACAAGGGCTTATGGGAAAAGAATTAATAAAAATGTATCAAAAATGTTGATAAATCAAGGTGTGACGTGGGTTCACACATTTGTTAAAATTATGTGTACAtttttggcttaat > 2:365113/1‑132 (MQ=255) aTTAATTTTAAGTTATTACACAATATTTACAAGGGCTTATGGGAAAAAAATTAATAAAATTGTATCAAAAATGTTGATAAATCAAGGTGTGACGTGGGTTCACACATTTGTTAAAATTATGTGTACATTTTGTGACTAAtt > 2:1113216/1‑140 (MQ=255) tAATTTTAAGTTATTACACAATATTTACAAGGGCTTATGGGAAAAAAATTAATAAAATTGTATCAAAAATGTTGATAAATCAAGGTGTGACNTGGGTTCACACATTGNTTAAANTTATGTGNACATTGTGTGAGTAATANc > 1:940284/1‑141 (MQ=255) aTTTTAAGTTATTACACAATATTTACAAGGGCTTATGGGAAAAAAATTCATAAAATTGTATCAAAAATGTTGATAAATCAAGGTGTGACGTGGGTTCACACATTTGTTAAAATTATGTGTACATATTGTGACTAATAGcat > 2:48167/1‑139 (MQ=255) aTTTTAAGTTATTACACAATATTTACAAGGGCTTATGGGAAAAAAATTAATAAAATTGTATCAAAAATGTTGATAAATCAAGGTGTGACGTGGGTTCACACATTTGTTAAAATTATGTGTACATTTTGTGACTAATAGCGt < 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2:768492/1‑141 (MQ=255) | CACTTTTTTGACCTCCTAATACTACAAATGTAGGGCTTAACATTAATTTTAAGTTATTACACAATATTTACAAGGGCTTATGGGAAAAAAATTAATAAAATTGTATCAAAAATGTTGATAAATCAAGGTGTGACGTGGGTTCACACATTTGTTAAAATTATGTGTACATTTTGTGACTAATAGCGTTTTTGAAAAAATTGCTTCATATTTAAAAGGAAAGTTGAGAATAGCTTTCAATTAAAGGTTAATTGAATGAAAATAAAAAAAGTTTGAAAT > CP000730/1070637‑1070912 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |