Predicted mutation | |||||||
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RA | CP000730 | 1,105,994 | T→C | 69.2% | T12T (ACT→ACC) | pdhD → | dihydrolipoyl dehydrogenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP000730 | 1,105,994 | 0 | T | C | 69.2% | 177.9 / 78.4 | 121 | T12T (ACT→ACC) | pdhD | dihydrolipoyl dehydrogenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (17/20); new base C (45/36); total (64/57) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.27e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
AGCTTTGACCACAGACAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACTATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCTTCAAAAGCATTACT > CP000730/1105854‑1106134 | aGCTTTGACCACAGACAAATTGATGGTGCACCTGGCCAAAATGAACTGCATCACATTAGCCGTTTATTAACTAAACCAGAATTATAATTCATGATGGGGTACAACATAGTAGTCGAAGATTTCCCAGTTGAAACAGGTACt > 2:928242/1‑141 (MQ=255) ttGACCACAGACAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGGACCAGATACTATAg > 2:677014/1‑141 (MQ=255) gACAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAg < 2:1033305/141‑1 (MQ=255) cAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCa < 1:90686/141‑1 (MQ=255) 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2:1155110/137‑1 (MQ=255) gagaTTTCCCAATTGAAACAGATACTATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAg > 1:957961/1‑141 (MQ=255) gagaTTTCCCAATTGAAACAGATAATATAGTAATCGGAGCAGGTCATAATCGCTCCTTTTCAGAAATACGTGCTCCTCAATTAGGACAAGAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAg > 1:875754/1‑141 (MQ=255) agaTTTCCCAATTGAAACAGATACTATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAgg > 1:312264/1‑141 (MQ=255) gaTTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGa < 1:1085246/141‑1 (MQ=255) aTTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGAt > 1:127925/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) cAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTc > 2:733234/1‑141 (MQ=255) ttGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGCTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCtt > 2:215574/1‑141 (MQ=255) gAAACATATACTAGTGTACTCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTAAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCTTCa < 2:882713/141‑1 (MQ=255) gAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCTTCa > 2:685066/1‑141 (MQ=255) aaCAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTCGAAAAAAATCTTGCACCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCTTCaaa > 2:430556/1‑141 (MQ=255) aaGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCCATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCTTCAAAAg < 1:959195/140‑1 (MQ=255) tACTATAGTAATGCGATCAGGCCTGGGTGCATACGTTGTAGTAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAACCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCTTCAAAAGCAtt < 2:1115615/141‑1 (MQ=255) tACTATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCTTCAAAAGCAtt < 1:921303/141‑1 (MQ=255) tACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCTTCAAAAGCAtt > 1:1183754/1‑141 (MQ=255) tACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCTTCAAAAGCAtt < 1:955121/141‑1 (MQ=255) tataGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCTTCAAAAGCATtact > 1:911200/1‑141 (MQ=255) | AGCTTTGACCACAGACAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACTATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCTTCAAAAGCATTACT > CP000730/1105854‑1106134 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |