| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP000730 | 1,151,773 | T→C | 5.1% | I7T (ATC→ACC) | dinB → | DNA‑directed DNA polymerase IV beta subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,151,773 | 0 | T | C | 5.1% | 320.7 / 5.7 | 111 | I7T (ATC→ACC) | dinB | DNA‑directed DNA polymerase IV beta subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (59/46); new base C (3/3); total (62/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.03e-01 | |||||||||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
ATTGATTTTTCACATCCCATATTTATCGGCTTTCACCATTAATTTATA‑AATTATCATAAGAGGTCAGGACAAAGGTATATATTAATGATACGTCCTGGTCTTC‑TTTTTATGGAGTGTTATTATGACAAAAAAAGATGTTATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGAATTAAAAGGGGAAAATACTTTTAAAATATCAGCGTATCGAAAAGCAGCTCAAAGTCTTGAATTAGATGAACGACCATTAGATGAAATATCTGATGTAACGGAGTTA > CP000730/1151633‑1151912 | attGATTTTTCACATCCCATATTTATCGGCTTTCACCATTAATTTATA‑AATTATCATAAGAGGTCAGGACAAAGGTATATATTAATGATACGTCCTGGTCTTC‑TTTTTATGGAGTGTTATTATGACAAAAAAAGATGTTAt > 1:565498/1‑141 (MQ=255) ttGATTTTTCACATCCCATATTTATCGGCTTTCACCATTAATTTATA‑AATTATCATAAGAGGTCAGGACAAAGGTATATATTAATGATACGTCCTGGTCTTC‑TTTTTATGGAGTGTTATTATGACAAAAAAAGATGTTATc < 1:1098147/141‑1 (MQ=255) ttGATTTTTCACATCCCATATTTATCGGCTTTCACCATTAATTTATA‑AATTATCATAAGAGGTCAGGACAAAGGTATATATTAATGATACGTCCTGGTCTTC‑TTTTTATGGAGTGTTATTATGACAAAAAAAGATGTTATc < 1:929385/141‑1 (MQ=255) gATTTTTCACATCCCATATTTATCGGCTTTCACCATTAATTTATA‑AATTATCATAAGAGGTCAGGACAAAGGTATATATTAATGATACGTCCTGGTCTTC‑TTTTTATGGAGTGTTATTATGACAAAAATAGATGTTATCaa < 1:845715/141‑1 (MQ=255) 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1:877844/1‑141 (MQ=255) tGTTATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGAATTAAAAGGGGAAAATACTTTTAAAATATCAGCGTATCGAAAAGCAGCTCAAAGTCTTGAATTAGATGAACGACCATTAGATGAAATATCTGATGTAACGGa < 1:473454/141‑1 (MQ=255) gTTATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGAATTAAAAGGGGAAAATACTTTTAAAATATCAGCGTATCGAAAAGCAGCTCAAAGTCTTGAATTAGATGAACGACCATTAGATGAAATATCTGATGTAACGGAg > 2:352638/1‑141 (MQ=255) gTTATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGAATTAAAAGGGGAAAATACTTTTAAAATATCAGCGTATCGAAAAGCAGCTCAAAGTCTTGAATTAGATGAACGACCATTAGATGAAATATCTGATGTAACGGAg < 2:450247/141‑1 (MQ=255) ttATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGAATTAAAAGGGGAAAATACTTTTAAAATATCAGCGTATCGAAAAGCAGCTCAAAGTCTTGAATTAGATGAACGACCATTAGATGAAATATCTGATGTAACGGAGt > 2:597682/1‑141 (MQ=255) ttATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGAATTAAAAGGGGAAAATACTTTTAAAATATCAGCGTATCGAAAAGCAGCTCAAAGTCTTGAATTAGATGAACGACCATTAGATGAAATATCTGATGTAACGGAGt < 1:45456/141‑1 (MQ=255) tATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGAATTAAAAGGGGAAAATACTTTTAAAATATCAGCGTATCGAAAAGCAGCTCAAAGTCTTGAATTAGATGAACGACCATTAGATGAAATATCTGATGTAACGGAGtt < 1:88796/141‑1 (MQ=255) aTCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGAATTAAAAGGGGAAAATACTTTTAAAATATCAGCGTATCGAAAAGCAGCTCAAAGTCTTGAATTAGATGAACGACCATTAGATGAAATATCTGATGTAACGGAGTTa > 1:899630/1‑141 (MQ=255) | ATTGATTTTTCACATCCCATATTTATCGGCTTTCACCATTAATTTATA‑AATTATCATAAGAGGTCAGGACAAAGGTATATATTAATGATACGTCCTGGTCTTC‑TTTTTATGGAGTGTTATTATGACAAAAAAAGATGTTATCAAACTATTAGAACAAATTGCTACTTATATGGAATTAAAAGGGGAAAATACTTTTAAAATATCAGCGTATCGAAAAGCAGCTCAAAGTCTTGAATTAGATGAACGACCATTAGATGAAATATCTGATGTAACGGAGTTA > CP000730/1151633‑1151912 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |