| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP000730 | 1,776,265 | C→A | 10.9% | V87L (GTA→TTA) | clpX ← | S14 family endopeptidase ClpX |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP000730 | 1,776,265 | 0 | C | A | 10.9% | 262.2 / 14.8 | 95 | V87L (GTA→TTA) | clpX | S14 family endopeptidase ClpX |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (41/43); new base A (6/5); total (47/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.59e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
CTTGGCTAAGGTTTGAGCTAATAATGTTTTACCACTACCTGTTGGCCCAATTAATGCAATGTTACTTTTTTGTAATTCAACATCATCTTCTTTTGGTCCTAATTGTTGAATACGCTTATAGTGGTTATAAACAGCTACAGCTAAAGATTTTTTAGCTTTTTCTTGACCAATAACATATTCGTTTAAATGATCCATAATTTCTTTAGGAGTAGGTAATTCTGTCATCGCTTCAGAAGTGTTTTGAGCTAATTCTTCTTCGACGATTTCTGAGCATAATT > CP000730/1776128‑1776405 | cTTGGCTAAGGTTTGAGCTAATAATGTTTTACCACTACCTGTTGGCCCAATTAATGCAATGTTACTTTTTTGTTTTTCTACATCATCTTCTTTTGGTCCTAATTGTTGAATACGCTTATAGTGGTTATAAacagctactgc > 2:78280/1‑141 (MQ=255) ttGGCTAAGGTTTGAGCTAATAATGTTTTACCACTACCTGTTGGCCCAATTAATGCAATGTTACTTTTTTGTAATTCAACATCATCTTCTTTTGGTCCTAATTGTTGAATACGCTTATAGTGGTTATAAacagctacagct < 2:301778/141‑1 (MQ=255) ttGGCTAAGGTTTGAGCTAATAATGTTTTACCACTACCTGTTGGCCCAATTAATGCAATGTTACTTTTTTGTAATTCAACATCATCTTCTTTTGGTCCTAATTGTTGAATACGCTTATAGTGGTTATAAacagctacagct < 2:827106/141‑1 (MQ=255) gCTAAGGTTTGAGCTAATAATGTTTTACCACTACCTGTTGGCCCAATTAATGCAATGTTACTTTTTTGTAATTCAACATCATCTTCTTTTGGTCCTAATTGTTGAATACGCTTATAGTGGTTATAAACAGCTACAGCTaaa > 1:157257/1‑141 (MQ=255) 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aCCACTACCTGTTGGCCCAATTAATGCAATGTTACTTTTTTGTAATTCAACATCATCTTCTTTTGGTCCTAATTGTTGAATACGCTTATAGTGGTTATAAACAGCTACAGCTAAAGATTTTTTAGCTTTTTCTTGACCAAt > 1:50521/1‑141 (MQ=255) cTACCTGTTGGCCCAATTAATGCAATGTTACTTTTTTGTAATTCAACATCATCTTCTTTTGGTCCTAATTGTTGAATACGCTTATAGTGGTTATAAACAGCTACAGCTAAAGATTTTTTAGCTTTTTCTTGACCAATAACa > 1:791354/1‑141 (MQ=255) ccTGTTGGCCCAATTAATGCAATGTTACTTTTTTGTAATTCAACATCATCTTCTTTTGGTCCTAATTGTTGAATACGCTTATAGTGGTTATAAACAGCTACAGCTAAAGATTTTTTAGCTTTTTCTTGACCAATAACatat < 1:204101/141‑1 (MQ=255) tGTTGGCCCAATTAATGCAATGTTACTTTTTTGTAATTCAACATCATCTTCTTTTGGTCCTAATTGTTGAATACGCTTATAGTGGTTATAAACAGCTAAAGCTAAAGATTTTTTAGCTTTTTCTTGACCAATAACATATTc < 1:668344/141‑1 (MQ=255) gTTGGCCCAATTAATGCAATGTTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTCATCTTAATTTGGTCTTCGTTGTTGAATACGCTTATAGGGGGTATAAACAGCTACCGCCCAAGCTTCTTCAGCTTTTTCTTGACCAATAACATATTCg > 2:678276/1‑141 (MQ=255) gTTGGCCCAATTAATGCAATGTTACTTTTTTTTAATTTTTCAAAATATACTTTTGGTCCTAATTGTTGAATACGCTTATAGTGGTTATAAACAGTTACAGCTAAAGATTATCTCACTTTTTCTTGAACAAttatctctgcg > 2:28686/1‑131 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(MQ=255) acagctacagctAAAGATTTTTTAGCTTTTTCTTGACCAATAACATATTCGTTTAAATGATCCATAATTTCTTTAGGAGTAGGTAATTCTGTCATCGCTTCAGAAGTGTTTTGAGCTAATTCTTCTTCGACGATTTCTGAg > 1:419632/1‑141 (MQ=255) cagctacagctaAAGATTTTTTAGCTTTTTCTTGACCAATAACATATTCGTTTAAATGATCCATAATTTCTTTAGGAGTAGGTAATTCTGTCATCGCTTCAGAAGTGTTTTGAGCTAATTCTTCTTCGACGATTTCTGAGc < 2:1069460/141‑1 (MQ=255) agctacagctaAAGATTTTTTAGCTTTTTCTTGACCAATAACATATTCGTTTAAATGATCCATAATTTCTTTAGGAGTAGTTACTTATGTCATCGCTTCAGAAGGGTTTAGGGCTACTTCTTCTTCGGCGATTTCtaccca > 2:1159534/1‑136 (MQ=255) acagctaAAGATTTTTTAGCTTTTTCTTGACCAATAACATATTCGTTTAAATGATCCATAATTTCTTTAGGAGTAGGTAATTCTGTCATCGCTTCAGAAGTGTTTTGAGCTAATTCTTCTTCGACGATTTCTGAGCATAAt < 1:228012/141‑1 (MQ=255) cagctaAAGATTTTTTAGCTTTTTCTTGACCAATAACATATTCGTTTAAATGATCCATAATTTCTTTAGGAGTAGGTAATTCTGTCATCGCTTCATAAGTGTTTTGAGCTAATTCTTCTTCGACGATTTCTGAGCATAAtt > 2:508728/1‑141 (MQ=255) | CTTGGCTAAGGTTTGAGCTAATAATGTTTTACCACTACCTGTTGGCCCAATTAATGCAATGTTACTTTTTTGTAATTCAACATCATCTTCTTTTGGTCCTAATTGTTGAATACGCTTATAGTGGTTATAAACAGCTACAGCTAAAGATTTTTTAGCTTTTTCTTGACCAATAACATATTCGTTTAAATGATCCATAATTTCTTTAGGAGTAGGTAATTCTGTCATCGCTTCAGAAGTGTTTTGAGCTAATTCTTCTTCGACGATTTCTGAGCATAATT > CP000730/1776128‑1776405 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |