| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,279,705 | G→A | 100% | intergenic (+1373/+6659) | mtlD → / ← glmM | mannitol‑1‑phosphate 5‑dehydrogenase/phosphoglucosamine mutase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,279,705 | 0 | G | A | 100.0% | 345.5 / ‑6.5 | 121 | intergenic (+1373/+6659) | mtlD/glmM | mannitol‑1‑phosphate 5‑dehydrogenase/phosphoglucosamine mutase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base A (48/70); minor base C (1/1); total (49/72) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
TTGTGCCGTTATTAGTTGATTCTACTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTGCTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGAATTTGCTG > CP000730/2279568‑2279840 | ttGTGCCGTTATTAGTTGATTCTACTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACtg < 1:116166/141‑1 (MQ=255) ccGTTATTAGTTGATTCTACTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTgttgtt < 1:530575/141‑1 (MQ=255) cttattaGTTGATTCTACTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTc < 1:1154727/140‑1 (MQ=255) ttGATTCTACTTCTGGTTTAATAGTTACCTCGTTATCCATTGTCCGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTg < 2:612736/141‑1 (MQ=255) gATTCTACTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGcc > 1:378887/1‑141 (MQ=255) ttCTACTTCTGGTTTACTAGTTACCTCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGc > 2:423037/1‑141 (MQ=255) ttCTACTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGc < 2:902527/141‑1 (MQ=255) cTACTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGcgt > 1:1002049/1‑139 (MQ=255) aCTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCa > 1:1068850/1‑141 (MQ=255) cTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCCTTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCAc > 2:508597/1‑141 (MQ=255) cTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCAc < 1:114771/141‑1 (MQ=255) atactttttttCTGGTTACATCGTTATTCATTGTCGGATTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCAc < 2:179302/134‑1 (MQ=255) tCTGGTTTACTAGTTACATAGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCCTCACta > 2:567610/1‑141 (MQ=255) ggTTTACTTGTTACATCGGTATCCGTTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACtatta < 2:372638/141‑1 (MQ=255) gTTTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCCTTAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACtattat < 1:821401/141‑1 (MQ=255) tttACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTattatt > 2:1063924/1‑141 (MQ=255) tttACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTattatt > 1:424395/1‑141 (MQ=255) tACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTg > 2:38013/1‑141 (MQ=255) aCTAGTTTCATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTgg < 1:575628/141‑1 (MQ=255) aCTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTgg > 1:52971/1‑141 (MQ=255) ctCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCgg < 1:62013/140‑1 (MQ=255) aTCGTTATCCTTTGTCTGTCTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTGACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCgg < 2:421669/141‑1 (MQ=255) tCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGga > 2:1061450/1‑141 (MQ=255) tCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGga > 2:1041315/1‑141 (MQ=255) cGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAAGTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGgag > 2:458320/1‑141 (MQ=255) ttCCATTGTCGGTCTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAAGTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGc < 1:617460/140‑1 (MQ=255) tctctttGTCTGACTGTTTTTTGATGCCTCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGc < 2:86422/136‑1 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1:935415/140‑1 (MQ=255) ttGTCGGGCTGTTTGTTGATGCTTCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCGGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTg < 2:447998/141‑1 (MQ=255) ttGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTg > 2:1200091/1‑141 (MQ=255) ttGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGCAGAAGCGTCTg > 1:805388/1‑141 (MQ=255) gTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTTCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGGGACGCGTCTGCt > 2:211569/1‑141 (MQ=255) tCGGACTGTTTGTTTATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGGCTGCGGTTTATCTTGTCCATCATCAGTTTCGGATGTTACTGTTGTTTCATCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGGGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCtt < 2:302767/141‑1 (MQ=255) tCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTATTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCtt < 2:1061465/141‑1 (MQ=255) cGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCttt > 1:1174687/1‑141 (MQ=255) ggACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTTTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTg < 1:136512/141‑1 (MQ=255) gACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGATTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGc < 1:900797/141‑1 (MQ=255) aCTGTTTGTTGACGCATCTACTCTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCGCTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGcc > 1:620315/1‑141 (MQ=255) cTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCa < 1:860424/141‑1 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(MQ=255) gTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGAGGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTg < 1:439261/141‑1 (MQ=255) tttATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTgg < 2:52971/141‑1 (MQ=255) tttATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCCGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTgg > 2:430803/1‑141 (MQ=255) ttATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGgt < 1:265385/141‑1 (MQ=255) cATTTGCATCATCAGTGGCGGATGTTACTGTTGTTTCACCCGTTGCCGCATCCCTAGGATGTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTGGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTTGGTTGTCCCGTATTTGCGGGGGTTg > 2:544716/1‑141 (MQ=255) tcaGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATTCGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCAttt < 1:819835/141‑1 (MQ=255) tcaGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCAttt > 2:854255/1‑141 (MQ=255) tcaGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCAttt < 1:837221/141‑1 (MQ=255) tcaGTGGCTTAGTTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCAttt < 2:957654/141‑1 (MQ=255) caGTTTCTTATTTTACTTTTTTTTCACCTGTTGCCGCATCACGATTATTTGGTGTTGTCGTATAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTGATATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTg < 1:1142709/141‑1 (MQ=255) caGTTGCTGATGTTACTCTTGTTTCTCCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTg < 2:52533/141‑1 (MQ=255) ttGCTGATGTTACTTTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGAAt < 1:509269/141‑1 (MQ=255) ttGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGAAt > 2:144909/1‑141 (MQ=255) ttGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTAGTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGGGTTGCATTGGCATTTTAAt > 2:584336/1‑141 (MQ=255) tGCTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGAAtt < 2:1174687/141‑1 (MQ=255) ttGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGTAGCGTCTGCTTTGTCATGAGCTGTCGTCTCAGTTACTTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGAATTTg < 2:694499/140‑1 (MQ=255) cTGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGAATTTg < 1:1068061/141‑1 (MQ=255) tGATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGAATTTGc < 2:620315/141‑1 (MQ=255) gATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGGAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTAGTGTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTTGCAATTGAATTTGCt > 1:1019694/1‑141 (MQ=255) gATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGAATTTGCt < 1:1024821/141‑1 (MQ=255) gATGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGAATTTGCt < 1:497357/141‑1 (MQ=255) ttGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGAATTTGCTg < 1:1012719/140‑1 (MQ=255) | TTGTGCCGTTATTAGTTGATTCTACTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTGCTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGAATTTGCTG > CP000730/2279568‑2279840 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |