Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA CP000730 2,337,959 C→T 71.8% intergenic (‑125/‑119) USA300HOU_2195 ← / → USA300HOU_2196 possible MerR family transcriptional regulator/hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*CP0007302,337,9590CT71.8% 174.8 / 70.1 119intergenic (‑125/‑119)USA300HOU_2195/USA300HOU_2196possible MerR family transcriptional regulator/hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (22/12);  new base T (48/37);  total (70/49)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.37e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

Only 100 of 119 total aligned reads displayed.

TTAGTTTTCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTGGGTGAT  >  CP000730/2337824‑2338097
                                                                                                                                        |                                                                                                                                           
ttAGTTTTCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTc                                                                                                                                        >  2:45107/1‑141 (MQ=255)
 tAGTTTTCATTGCGACCATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATCTTTCa                                                                                                                                       >  2:19546/1‑141 (MQ=255)
     tttCATTGCGTCTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGt                                                                                                                                   <  2:449498/141‑1 (MQ=255)
        cATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTACATTTCATCGtttt                                                                                                                                >  1:422979/1‑141 (MQ=255)
        cATTGCGACTATCCTCTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTACTTTATTAGTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGtttt                                                                                                                                >  1:882782/1‑141 (MQ=255)
        cATAGCGACTATCCTATCAGTTATGTCTGAAAATACATTGCAAAGTCGCTTTATAGATTAGCAACCTCTGTGGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTCTTTAACATTTTATATTTCATCGtttt                                                                                                                                >  2:844019/1‑141 (MQ=255)
           tGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTACATTTCATCGTTTTTaa                                                                                                                             >  2:11000/1‑141 (MQ=255)
            gCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAAt                                                                                                                            >  2:959714/1‑141 (MQ=255)
                 tATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACtt                                                                                                                       <  1:375717/141‑1 (MQ=255)
                   ttcTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTa                                                                                                                    <  2:200482/139‑1 (MQ=255)
                     cTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTaaa                                                                                                                  >  2:223163/1‑141 (MQ=255)
                      tttCAGTTATGTTTGGTCGTCTAACGTAATGTTGCTTTTTATATCGATAAAGGCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTaaaa                                                                                                                 <  1:270412/141‑1 (MQ=255)
                      tttCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATAATTCATCGTTGTTAATTACTTTaaaa                                                                                                                 <  1:597000/141‑1 (MQ=255)
                      tttCAGCTATGTTTGGTAGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATATTATATTTCATCATTTTTAAGTTCTTGaaaa                                                                                                                 >  2:714011/1‑141 (MQ=255)
                       ttCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTaaaaa                                                                                                                <  2:314176/141‑1 (MQ=255)
                         cAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGGAATGTTGCTTTATATGTTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAAtt                                                                                                              <  1:768877/141‑1 (MQ=255)
                            ttATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGta                                                                                                           >  1:352742/1‑141 (MQ=255)
                              aTGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTGTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGtata                                                                                                         >  1:1003045/1‑141 (MQ=255)
                               tGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATGTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCGTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTCACCATTGgatac                                                                                                        >  1:409037/1‑140 (MQ=255)
                                gTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTATTTACTTTAAAAATTGTATaat                                                                                                       >  1:1007284/1‑140 (MQ=255)
                                     gtcgtcTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAGTACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTaaa                                                                                                  >  1:1129197/1‑141 (MQ=255)
                                          cTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATAttt                                                                                             >  2:295091/1‑141 (MQ=255)
                                             aaGTAATGTAGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTaaa                                                                                          >  1:752905/1‑141 (MQ=255)
                                                 aaTGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTCAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGa                                                                                      >  2:294716/1‑141 (MQ=255)
                                                   tGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATgtga                                                                                    >  1:144949/1‑138 (MQ=255)
                                                   tGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGatt                                                                                    >  2:87816/1‑140 (MQ=255)
                                                    gTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGatat                                                                                   <  1:665314/141‑1 (MQ=255)
                                                     ttGCTTTATATATTGTCATCTTAGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTTACATTTTATATTTAATCGTTATTAATTAGTTTGAAAGTTGTATAACTTACATATTTCAAATGAtata                                                                                  >  2:591020/1‑141 (MQ=255)
                                                      tGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATaa                                                                                 >  1:1799/1‑141 (MQ=255)
                                                      tGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTATATAATTTAAATATTTAAATTGATATaa                                                                                 >  2:976994/1‑141 (MQ=255)
                                                      tGCTATATATATTGACATTATCGTTTGAATACTTCTTAGTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTACATTTCATCGCTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATaa                                                                                 >  2:728276/1‑141 (MQ=255)
                                                       gCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTTTTTTTTTTTATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGAtatatt                                                                                >  2:808599/1‑139 (MQ=255)
                                                       gCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTGGTATATGATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGAtatatt                                                                                >  1:1177979/1‑139 (MQ=255)
                                                        cTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAAtt                                                                               >  2:262650/1‑140 (MQ=255)
                                                          ttATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAACTTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAATATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATccc                                                                             >  1:39087/1‑139 (MQ=255)
                                                           tatataTTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACt                                                                            <  2:1044540/141‑1 (MQ=255)
                                                             tatatTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTCAAAATTGTATACCTTAGATATTTAAAATGATATAGTCACTaa                                                                          >  1:521578/1‑141 (MQ=255)
                                                                atTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCCCTAAGAt                                                                       >  2:392855/1‑141 (MQ=255)
                                                                atTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGAt                                                                       <  1:1117844/141‑1 (MQ=255)
                                                                 ttGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGAtt                                                                      >  1:1022000/1‑141 (MQ=255)
                                                                    tCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGat                                                                   >  1:1007139/1‑141 (MQ=255)
                                                                      aTCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGataa                                                                 >  1:729638/1‑141 (MQ=255)
                                                                       ttttCGTTTGTATACTTCTTTTTTTATTTCTCATATTTCATTTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGataat                                                                <  2:1147985/139‑1 (MQ=255)
                                                                       tCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGataaa                                                                >  1:746799/1‑140 (MQ=255)
                                                                       tCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGataat                                                                >  2:829825/1‑141 (MQ=255)
                                                                         ttagTTTGAATACTTCTTATTTTTTTACTCAAATTTAAATTTGACTCTTATTTTACATATTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAatat                                                              <  2:542911/138‑1 (MQ=255)
                                                                         ttCTTTTGATTCCTTCTTATTTTATTACTTAAATTTAATTTTTTCTCTTTTTTAACTTTTTTTATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAatat                                                              <  2:1085536/141‑1 (MQ=255)
                                                                         ttCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAatat                                                              <  2:419612/141‑1 (MQ=255)
                                                                          tCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATAtt                                                             >  1:424682/1‑141 (MQ=255)
                                                                          tCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATGTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTACATTTCATCGGGTTTAATTACTTTCCGAAACTATTTACTGAGATATTTAAAGTGCGATAATCGCTAAGGTTGATAATAtt                                                             >  1:270325/1‑141 (MQ=255)
                                                                           cGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATAttt                                                            >  1:1153429/1‑141 (MQ=255)
                                                                            gTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTa                                                           <  1:394419/141‑1 (MQ=255)
                                                                               tGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAAtt                                                        >  1:873953/1‑141 (MQ=255)
                                                                                  aTACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAAttttt                                                     >  2:263252/1‑141 (MQ=255)
                                                                                  aTACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAAttttt                                                     >  1:471596/1‑141 (MQ=255)
                                                                                  aTACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAAttttt                                                     >  1:434564/1‑141 (MQ=255)
                                                                                  aTACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGAGTGATAATATTTAAttttt                                                     >  1:471518/1‑141 (MQ=255)
                                                                                  aTACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAAttttt                                                     >  1:842510/1‑141 (MQ=255)
                                                                                    tcttcttATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTg                                                   <  2:727175/140‑1 (MQ=255)
                                                                                     cttcttATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAAttttccga                                                  >  2:1196083/1‑137 (MQ=255)
                                                                                     cttcttATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGa                                                  >  1:528848/1‑141 (MQ=255)
                                                                                       tcttATTTTATTTCTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGaaa                                                <  2:1140479/141‑1 (MQ=255)
                                                                                          tattttattACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAatt                                             >  2:560518/1‑141 (MQ=255)
                                                                                               tattaCTCTAATTTAAATTTGTCTCTTTCTTAACATTATTTCATTAATCGTTTTTATTTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATCATATAATCACTAAATATGATATAATTTAATTATTTAAAattgttatt                                       >  2:72382/1‑138 (MQ=255)
                                                                                               tattaCTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAACTATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAGTATTTAATTTTTTGCTAATTAtttt                                        >  1:719316/1‑141 (MQ=255)
                                                                                               tattaCTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTGTTTGAATATTAtttt                                        >  2:1009491/1‑141 (MQ=255)
                                                                                               tattaCTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTAtttt                                        >  1:315675/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                    cTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTg                                   <  2:1799/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                     tacaatttaaatttGTCTTTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGc                                  <  2:92098/138‑1 (MQ=255)
                                                                                                     tCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGc                                  <  2:76438/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                     tCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGTAAATTCttttgattgg                                  >  2:1141166/1‑135 (MQ=255)
                                                                                                     tCAAATTTAAATTTGTCTCGTTTTTAACATTTTATATTTTATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGc                                  <  1:28488/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                           ttaaatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAAtttt                            <  1:104775/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                           ttaaatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAAtttt                            >  2:305727/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                              aatttGTCTCTTTTTTAACATTTTCCATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTgg                         >  2:289989/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                              aatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTgg                         <  1:167829/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                   gTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCATTTTTTGGGTGAt                    >  1:451704/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                    tctcTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATg                   <  2:1177979/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                     ttctTTTTTAACATTTTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGc                  <  2:659773/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                                     ctctTTTTTAACATTTTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGc                  <  1:155131/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                       ttttttgAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCgg                <  2:599625/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                                       ctTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCCCTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCgg                <  1:781324/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                       ctTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCgg                <  1:305727/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                       ctTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTTCACTTTTTTGATGATGCGGa               >  2:480216/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                       ctTTGTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGa               >  2:906168/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                         tttttAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGaa              <  2:52572/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                         tttttAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGaa              <  2:447041/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                         tttttAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGaa              <  2:300796/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                            ttAACATTTTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAAt           <  2:842510/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                            ttAACATGTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAAt           <  1:21406/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                             tAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAAtt          <  1:959714/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                             tAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAAtt          >  2:319104/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                             tAACATTTTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATATTTGGGTGATGCGGAAAAtt          <  1:724160/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                             tAACATGTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAAtt          <  1:45107/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                               aCATTTTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTg        >  1:1157538/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                               aCATTTTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTg        <  1:560518/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                     ttATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTACTTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTGGGTGa   <  1:693125/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                     ttACATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTGGGTGa   <  2:254710/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                     ttACATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTGGGTGa   <  1:295091/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                      tACATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTGGGTGAt  <  1:1068248/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                        |                                                                                                                                           
TTAGTTTTCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTGGGTGAT  >  CP000730/2337824‑2338097

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: