| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,454,626 | A→T | 30.2% | L48L (CTA→CTT) | USA300HOU_2315 → | hypothetical membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,454,626 | 0 | A | T | 30.2% | 153.1 / 101.7 | 116 | L48L (CTA→CTT) | USA300HOU_2315 | hypothetical membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (56/25); new base T (14/21); total (70/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.05e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.27e-01 | |||||||||||
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
AGAACAATAAAATTTCTGGTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTAATTTTACCTTTAATTATTCTAAT > CP000730/2454487‑2454766 | gaaCAATTAAATTTCTGGTTGTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCGGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTGATATTTGAAGTTACAGATCTAGc > 1:755636/1‑141 (MQ=255) cAATAAAATTTCTGGTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGTAGTTACAGATCTTGCAcc > 1:920579/1‑141 (MQ=255) cAATAAAATTTCTGGTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCAcc > 2:503060/1‑141 (MQ=255) cAATAAAATTTCTGGTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCAcc > 1:183870/1‑141 (MQ=255) aaTAAAATTTCTGGTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCa > 1:346888/1‑141 (MQ=255) aTAAAATTTCTGGTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCAt < 1:445410/141‑1 (MQ=255) aTAAAATTTCTGGGTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGGCCTCTTTTTCATTACGATGGCGTTCTCCCTTATGCTCCGACACTCTCCGTCTAGAATTGGTGTCAAACCCTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCAt < 2:298350/141‑1 (MQ=255) tAAAATTTCTGGTTTTCCATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATCATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATCTTTGAAGTTACAGATCTAGCGCCAtt > 2:552935/1‑141 (MQ=255) tAAAATTTCTGGTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCAtt > 1:559634/1‑141 (MQ=255) aTTTCTGGTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAAtt > 1:617508/1‑141 (MQ=255) aTTTCTGGTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAAtt > 1:18576/1‑141 (MQ=255) tttCTGGTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTTTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATtg < 1:106486/141‑1 (MQ=255) tttCTGGTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATtg < 1:154330/141‑1 (MQ=255) tttCTGGTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATtg < 1:632101/141‑1 (MQ=255) tGGTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACCGATCTAGCACCATTAATtgctgc > 1:429060/1‑141 (MQ=255) ttaaaaaTGGGCAATGCCGATCTTCGTATACTTTGTCGTTACAATGGAGTTATCAATTATGCTCAGAGATTTCCAGTGCATAATTGGGGTAACACACTTTATATTGGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCGGCAAt > 2:412848/6‑141 (MQ=255) tttCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATc > 2:664352/1‑141 (MQ=255) gCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGtata > 2:719813/1‑141 (MQ=255) aaTGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACt < 2:397191/141‑1 (MQ=255) aaTGACGATTTTCGTCTTCCTTGTCATGACAATGGCGATGACCATTATGCTCAGATATTTTCAGTCTATAATTAGTGTGAAATACTTTATATTGTAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACt < 2:780820/141‑1 (MQ=255) aTGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTc < 1:165103/141‑1 (MQ=255) aTGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCAATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATAATTTGTATACTc > 2:562803/1‑141 (MQ=255) tGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCg > 1:378760/1‑141 (MQ=255) aCGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGtt > 1:1050882/1‑141 (MQ=255) cGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGttt > 1:762176/1‑141 (MQ=255) cGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGttt > 2:960372/1‑141 (MQ=255) cGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGttt > 1:522595/1‑141 (MQ=255) cGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAata > 1:527979/1‑141 (MQ=255) cGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAACCATTTGTATACTCGTTTTCAAata > 1:611214/1‑141 (MQ=255) agccttctaTCTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTTGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAata < 2:949565/138‑1 (MQ=255) ttGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAgg > 1:424104/1‑141 (MQ=255) tGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGt < 1:525923/141‑1 (MQ=255) tCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTcc < 1:43583/141‑1 (MQ=255) tCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTcc > 2:778376/1‑141 (MQ=255) aTTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCaa < 2:476419/141‑1 (MQ=255) ttACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAAc < 2:794517/141‑1 (MQ=255) ttACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAAc > 2:1043289/1‑141 (MQ=255) ttACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAAc < 1:65339/141‑1 (MQ=255) ttAAAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCGCCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACACGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAAc < 2:1185645/141‑1 (MQ=255) aCAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCACCtt > 2:453898/1‑141 (MQ=255) aTGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCa < 1:92498/141‑1 (MQ=255) tGGCGTTATCCATTAGGCTCAGAGATTTCCAGTCAAAAAGTGGTGTCAAACACTTTATATCTGAAGTTACAACACTAGCACAATACAGTGCTGCAATCAGTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAACGTCCAACTTGCAg > 2:365475/1‑141 (MQ=255) ggTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACTCTTGATATTTCAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGtt < 2:215344/140‑1 (MQ=255) cGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGtt < 2:1159183/141‑1 (MQ=255) cGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGtt > 2:627671/1‑141 (MQ=255) cGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGtt < 1:48898/141‑1 (MQ=255) cGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTATATAATAGGTATTAAAGGCTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGtt < 1:513256/141‑1 (MQ=255) gTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGttt < 1:1053144/141‑1 (MQ=255) tATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTaa < 1:1011828/141‑1 (MQ=255) tCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTaaaa > 1:735253/1‑141 (MQ=255) tATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAACAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATtctc < 2:74560/141‑1 (MQ=255) tATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATtctc > 2:989310/1‑141 (MQ=255) tATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATtctc > 1:1050276/1‑141 (MQ=255) cTCAGATATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATc < 1:751656/141‑1 (MQ=255) gagaTTTCCAGTCTATAATTGGAGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGcc > 2:435754/1‑141 (MQ=255) ataTTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTCGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCt < 2:354721/139‑1 (MQ=255) agaTTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGACt > 2:702538/1‑141 (MQ=255) agaTTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACGCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAAATTGCATGTTTAAAATTCTCAATcgaccg > 1:20353/1‑136 (MQ=255) aaTTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTTCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTg < 2:389076/140‑1 (MQ=255) aTTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAAGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATAAGCATGa > 2:1064236/1‑141 (MQ=255) tCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTGCAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAg > 2:303321/1‑141 (MQ=255) tCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAg > 2:87985/1‑141 (MQ=255) tCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAg > 1:406951/1‑141 (MQ=255) ccAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGt > 2:454860/1‑141 (MQ=255) cAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTa > 2:607798/1‑141 (MQ=255) cAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTa < 1:36567/141‑1 (MQ=255) aGTCTACAATTGGTGCCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATAAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATCTAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTCAAAATTCCCAATCAGCCTGAACGTaa > 2:1072210/1‑141 (MQ=255) aTTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGt > 2:1179550/1‑141 (MQ=255) ttGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTc < 2:603905/141‑1 (MQ=255) ttGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTc > 1:224379/1‑141 (MQ=255) tgtCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTAtt > 1:1092044/1‑141 (MQ=255) gtCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAAGCGTTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAGAGGTGCAACTTGGAGGTTTAAAATTCGCAATCATCGTGAACGTAATTGAACGTCTCTTg > 2:1126173/1‑141 (MQ=255) tCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATACAAAGGTCCAACTTGCTGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGc < 2:845157/141‑1 (MQ=255) tCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCCGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTgt > 2:18936/1‑140 (MQ=255) tCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGc > 1:185276/1‑141 (MQ=255) tCAAACACTTTATATTTGAAGTGACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGc > 1:1190215/1‑141 (MQ=255) aaCACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAg > 2:717192/1‑141 (MQ=255) aaCACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCATGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAg > 2:911297/1‑141 (MQ=255) aaCACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTACAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCACTCAGCGTGAAGGTAATTGAACGTCTATTGCTat > 2:822944/1‑140 (MQ=255) acacTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGc < 1:1127994/141‑1 (MQ=255) acTTTATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCtt > 2:1095214/1‑141 (MQ=255) acTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCtt < 2:562797/141‑1 (MQ=255) cTTTATATTTGAAGTTACAGATCGAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCTACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATTATGCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCttt < 2:251315/141‑1 (MQ=255) cTTCATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCttt < 2:805067/141‑1 (MQ=255) ttATATTTGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTaa < 2:1050882/141‑1 (MQ=255) atatTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTAAtt > 2:898137/1‑141 (MQ=255) atTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTAAtttt > 2:141625/1‑141 (MQ=255) tttGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTAATTTTa > 2:858721/1‑141 (MQ=255) tGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTAATTTTAcc > 2:443455/1‑141 (MQ=255) tGAAGTTACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTAATTTTAcc > 2:234351/1‑141 (MQ=255) tACAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTAATTTTACCTTTAat < 1:607798/141‑1 (MQ=255) aCAGATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTAATTTTAccaataatt < 1:435754/141‑8 (MQ=255) aCAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAACAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTCTTCCCGGCGTTAATTTTACCTTTAatt > 1:268818/1‑141 (MQ=255) cAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTAATTTTACCTTTAatta > 2:673286/1‑141 (MQ=255) aGATCTTGCACAATTAATTGCTGTAATCATTTGCATATTCATTTACCAGTCGGCAGAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTAATTTTACCTTTAattat < 1:562803/141‑1 (MQ=255) gATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTAATTTTACCTTTAattatt > 2:971502/1‑141 (MQ=255) gATCTTGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTAATTTTACCTTTAattatt < 2:371581/141‑1 (MQ=255) aGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTAATTTTACCTTTAATTATTCTAat < 1:987030/141‑1 (MQ=255) aGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTAATTTTACCTTTAATTATTCTAat < 1:238403/141‑1 (MQ=255) aGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTAGACGCGTTTTCAACTAACAGATTAAGCAGCTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTAATTTTACCTTTAATTATTCTAat < 1:1172133/141‑1 (MQ=255) | AGAACAATAAAATTTCTGGTTTTCAATGGGCAATGACGATTTTCGTCTTCTTTGTCATTACAATGGCGTTATCCATTATGCTCAGAGATTTCCAGTCTATAATTGGTGTCAAACACTTTATATTTGAAGTTACAGATCTAGCACCATTAATTGCTGCAATCATTTGTATACTCGTTTTCAAATATAAAAAGGTCCAACTTGCAGGTTTAAAATTCTCAATCAGCCTGAAAGTAATTGAACGTCTATTGCTAGCTTTAATTTTACCTTTAATTATTCTAAT > CP000730/2454487‑2454766 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |