| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,064,445 | Δ1 bp | 100% | coding (44/1218 nt) | USA300HOU_1000 ← | LytR family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,064,444 | 0 | A | . | 97.7% | 184.0 / ‑3.1 | 43 | coding (45/1218 nt) | USA300HOU_1000 | LytR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base . (16/26); total (17/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.95e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
GTTCTTCGGGATTGACTTTATTATCTCTTAAGTTGGATTGACGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAGAACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAATTAGTTGAACGATATTTATACAACTTCATTAC > CP000730/1064311‑1064577 | gttCTTCGGGATTGACTTTATTATCTCTTAAGTTGGATTGACGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTATTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATg > 1:67206/1‑140 (MQ=255) ttcttcGGGATTGACTTTATTCTCGCTGACGTGGGTTTGACGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTCAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGc < 2:359014/140‑1 (MQ=255) ttcttcGGGATTGACTTTATTATCTCTTAAGTTGGATTGACGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGc > 1:463663/1‑140 (MQ=255) tcttcGGGATTGACTTTATTATCTCTTAAGTTGGATTGACGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCt > 1:356330/1‑140 (MQ=255) gATTGACTTTATTATCTCTTAAGTTGGATTGACGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGa > 1:90464/1‑140 (MQ=255) ttattaTCTCTTAAGTTGGATTGACGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAATGACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAg < 2:441385/140‑1 (MQ=255) atCTCTTAAGTTGGATTGACGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTAttt < 1:194383/140‑1 (MQ=255) tcatcaGTTGGATTGACGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGAGTCGAATGCATGTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTAATGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCGAGACGGATCAAAAAGTAGTTTaa > 2:83320/6‑140 (MQ=255) gTTGGATTGGCTGTTAGCTTTTTTGCTGTTTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTTATGTAGTGATTACTTTTGGAACAACAATGAG‑ACTAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAAttt < 2:30359/140‑1 (MQ=255) gTTGGATTGACGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGA‑ACACAAAGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAAttt > 1:423332/1‑140 (MQ=255) gTTGGATTGACGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCAACTTGGGACGATTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAAttt > 1:149739/1‑140 (MQ=255) ggATTGACGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTAtt > 1:342192/1‑140 (MQ=255) cGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCAtgatt < 1:97773/140‑1 (MQ=255) gATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCAtgattg < 2:119538/140‑1 (MQ=255) gCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGCTCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCt > 2:234463/1‑140 (MQ=255) tGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTatat < 2:119755/140‑1 (MQ=255) tGCTGTATTGAGAAGAGTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGGATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTatat < 1:253154/140‑1 (MQ=255) ccgTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGATAAAAAAATAAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTa < 2:548915/138‑1 (MQ=255) gAATGCATCTTGGGACGGTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATGTTAAAAATTTATTCATGATTGATGATCCTATATTAAATTTTTGTTAaatcat > 1:128246/1‑140 (MQ=255) aTGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGGTCGAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAaatcataa > 2:170006/1‑140 (MQ=255) ttGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATTCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATcataatgttaat > 1:234022/1‑140 (MQ=255) tttAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTACTATGTTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAata < 2:90464/140‑1 (MQ=255) tAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAAtata > 2:275364/1‑140 (MQ=255) aaaaaGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATaa < 1:53550/140‑1 (MQ=255) aaaaaGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATaa > 1:459149/1‑140 (MQ=255) aaaaGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGTATCAAATAGTATTTTAAAAATTTATGCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAAt < 1:194689/140‑1 (MQ=255) aGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAATTAg < 2:114696/140‑1 (MQ=255) gTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAATTAGt > 2:318159/1‑140 (MQ=255) tAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAATTAGtt < 2:403059/140‑1 (MQ=255) aCGTAGCAAAGACTATTTGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAATTAGTTGa < 1:532015/140‑1 (MQ=255) gTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAATTAGTTGAAc < 1:496013/140‑1 (MQ=255) atagaaaaGATTTTTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGAATTTTAAAAATTTATTCATGATTAATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATAATAATCATAATTTTAAAATATAATTAGTTGAAc > 2:201375/7‑140 (MQ=255) tAGCGAAGACTATCGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAATTAGTTGAACg > 2:278827/1‑140 (MQ=255) gAAGACTATTGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAATTAGTTGAACGatat < 2:463663/140‑1 (MQ=255) cTATTGGAACAACAATGTG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAATTAGTTGAACGATATTtata < 2:356330/140‑1 (MQ=255) ttGGAACAACAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAATTAGTTGAACGATATTTATACaa < 2:67206/140‑1 (MQ=255) tgtaacaacAATGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCTTGATTTATGCTCCTATATTAAAGTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAATTAGTTGAACGATATTTATACAAc < 1:220791/137‑1 (MQ=255) ggAAAAAAAATGAG‑ACCAATGCTAGAAAGATCAAAAAGGATTTTAAAAATTTATTCATTATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATTATAATCATAATTTTAAAATATAATTAGTTGAACGATATTTATACAACt < 2:213737/140‑1 (MQ=255) gaccaacaaTGAG‑ACCAATGCTAGAAGGCTCAAAAAGTCTCTTGACCATTTACTCATGATTGATGAATTTTCTGGAAAACCATGCGGCTTAAAAAACATAATTTTAAAATATAATTAGTTGAACGATATTTATACAACtt < 1:264693/137‑1 (MQ=255) caacaaTGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAATTAGTTGAACGATATTTATACAACTTCAt < 2:149739/140‑1 (MQ=255) caacaaTGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAATTAGTTGAACGATATTTATACAACTTCAt < 2:423332/140‑1 (MQ=255) caacaaTGAG‑ACCAATGATAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAATTAGTTGAACGATATTTATACAACTTCAt < 1:25106/140‑1 (MQ=255) caaTGAG‑ACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAATTAGTTGAACGATATTTATACAACTTCATTAc < 1:231966/140‑1 (MQ=255) | GTTCTTCGGGATTGACTTTATTATCTCTTAAGTTGGATTGACGATTAGCATTTTTGCTGTCTTGAGAAGATTCGAATGCATCTTGGGACGTTTTAAAAAGTAACGTAGCGAAGACTATTGGAACAACAATGAGAACCAATGCTAGAAGGATCAAAAAGTATTTTAAAAATTTATTCATGATTGATGCTCCTATATTAAATTTTTGTTAAATCATAATCATAATTTTAAAATATAATTAGTTGAACGATATTTATACAACTTCATTAC > CP000730/1064311‑1064577 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |